February 2021 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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Formation java 9-10 mars à Ifremer
by Stephanie MAHEVAS 09 Mar '21

09 Mar '21

Bonjour une nouvelle formation à java pour ISIS sera dispensée par Eric les 9-10 mars au centre Ifremer-Nantes. Sont principalement concernés, Steffie, Antoine et Charlotte. Si cela intéresse d'autres personnes, vous pouvez me contacter. Je me retournerais vers le responsable de centre pour savoir si il est possible de rajouter des participants. Merci Bonne journée -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (stephanie.mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Recherche date réunion annuelle des utilisateurs
by Stephanie MAHEVAS 08 Mar '21

08 Mar '21

Chers tous, voici un lien pour trouver une date de réunion pour la réunion annuelle des utilisateurs/développeurs ISIS : https://doodle.com/poll/f72bgyx6einytsdi?utm_source=poll&utm_medium=link Etant donné que cette réunions sera en visio, je vous propose de la concentrer sur une demi-journée de 14h à 18h. Au programme, nous passerons en revue les nouveaux développements, les problèmes rencontrés dans l'utilisation d'ISIS, les futurs développements possibles, l'état d'avancement des applications en cours, les sources de financements, la mise à jour du site, les formations... Si vous avez points particuliers que vous souhaiteriez aborder pendant cette réunion, je vous remercie de bien vouloir nous les faire partager en amont. Bonne journée Stéphanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (stephanie.mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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ISIS - Système de projection
by Charlotte Sève 08 Mar '21

08 Mar '21

Hello, Est-ce que quelqu'un saurait quel est le système de projection utilisé dans ISIS ? Merci beaucoup ! Ciao Charlotte -- *--* *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE (USR 3278 CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 | Skype: charlotteseve Mail: charlotte.m.seve(a)gmail.com

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Modèle Isisfish
by Etienne JOUBERT 26 Feb '21

26 Feb '21

Bonjour à tous, Je m'appelle Etienne Joubert. Je suis en apprentissage à Ifremer, sous la tutelle de Marc Bouchoucha sur le sujet de la restauration écologique. J'ai repris il y a quelque temps le modèle Isisfish sur la rade de Toulon et ses populations de sars commun, créé par Adrian Bach en stage à ma place l'année dernière. Dans un premier temps, j'aimerais vous partager mon admiration pour votre travail. Ce logiciel libre est plein de fonctionnalités tout en restant simple à prendre en main après quelques tutos sur le langage JAVA. Je trouve assez incroyable tout ce qu'il permet de faire même pour un novice en la matière comme moi et j'ai hâte de savoir mieux le manipuler! Si je vous contacte c'est également pour vous poser quelques questions sur le passage du code insérés dans les cases du volet population dans les simulations. Les variables que l'on rentre subissent-elles des modifications dans la "racine" ou "code source" (je n'ai pas le terme exact) du modèle? Je m'explique avec un exemple: Lorsque je rentre dans le volet reproduction une boucle simple comme celle qui suit (ce code est piqué au modèle de démo sur les populations de néfrops du golfe de Gascogne mais fonctionne et a le bénéfice de ne pas être une concoction "maison" j'ai donc tendance à plus y faire confiance pour débuguer mes problèmes): double compt=0; double ktemp = context.getValueAndCompute("SarCommun.reproductionEquation.Ktemp", 1.0); for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup : groups){ double cf = group.getReproductionRate()*Ktemp; compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; D'une part, N.getValue(group, zone) correspond t'il bien au nombre d'individus d'un groupe dans une zone donnée au mois de reproduction voulu? Si tel est le cas, peut être est-ce une erreur d'interprétation de ma part mais avec: - un taux de reproduction égal à 1 uniquement pour le groupe 8 de ma population (un taux de 0 est affecté aux autres groupes), - un nombre d'individus initialisé à 380, qui est égal à 365 lorsque les sars se reproduisent (mortalité), - aucune équation de recrutement à par un "return 0;" (0 ou 1 ne change pas la donne apparemment). Je suis sensé obtenir un nombre de juvéniles égal au nombre d'adultes reproducteurs, non ? Or j'obtiens un nombre de nouvelles recrues dans C0 égal à 722. Ce nombre de sortie semble suivre une tendance particulière de 0.47051% par rapport à la valeur d'entrée. Lorsque je remplace N.getValue(group, zone) directement dans le code par 380 ou par 1000 par exemple j'obtiens respectivement 158 et 417. Cela signifie que la valeur d'entrée de N.getValue(group, zone) pour mon exemple est sensiblement proche de 1731. Ce qui n'est pas la valeur attendue. À cela j'ai deux hypothèses -Soit, tout est faux depuis le début et je me trompe de variable. -Soit, il me semble que ce chiffre correspond au nombre d'individus potentiellement reproducteurs dans ce groupe au mois d'avril (la reproduction se déroule en mars dans ce modèle donc normalement ce n'est pas ce qui est sensé avoir lieu). Dans ce cas, cela veut dire que la reproduction est prise en compte au début mois +1 dans le code de simulation? Cela concorderait et serait une solution à mon problème mais je m'inquiète de corriger une de mes erreurs par un autre biais. Cependant je ne m'explique pas pourquoi les données du modèle seraient corrigées par un facteur 0.47051. Je vous remercie et vous souhaite une excellente fin d'après-midi. Bien cordialement, Etienne Joubert

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Re: [Isis-fish-users] echec simulation sur datarmor
by Stephanie MAHEVAS 18 Feb '21

18 Feb '21

Avec cette nouvelle version, ma simu simple a tourné. Merci ! :) Par contre mon plan de simulation, lui, non ... :( et je ne vois pas dans le dbug d'ou vient le pb le plan a besoin d'un fichier csv (codé en dur dans le plan), mais il n'encapsule dans "l'executable" envoyé sur datarmor, non ? merci Stephanie Le 18/02/2021 à 12:35, Eric Chatellier a écrit : > Le 17/02/2021 à 17:53, Eric Chatellier a écrit : >> Le 17/02/2021 à 17:10, Stephanie MAHEVAS a écrit : >>> voici la simu >> En effet, je reproduis le problème. Mais je ne comprend pas ce qu'il >> se passe pour le moment, je cherche encore. > > C'est un bug Isis qui se produit sur certains résultat > (MatrixBeginMonth...) et pas sur d'autre. > > Il faudra une version corrective 4.4.5.2 pour cela. > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (stephanie.mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.5.2 released
by Eric Chatellier 18 Feb '21

18 Feb '21

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.5.2 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #11197: Gérer l'erreur qui se produit lorsque l'on ouvre une simulation et que la région associée n'est pas présente #11200: Certains résultats ne sont pas inclut dans le zip de simulation Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6606/isis-fish-4.4.5.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] erreur copie d'une simulation
by Eric Chatellier 18 Feb '21

18 Feb '21

Le 18/02/2021 à 13:05, Stephanie MAHEVAS a écrit : > et le nom de la region dans l'arbre est aussi différent : sar_gdl_v5_rec1mois Oui en effet, c'est un problème que j'avais déjà relevé, les régions ont plusieurs noms et on s'y perd :-( . Le problème actuel du rechargement de simulation c'est que la simulation à tourné avec la région "sar_gdl_final_2021" et qu'au rechargement, il essaye d'ouvrir la région qui porte ce nom (un dossier "sar_gdl_final_2021" dans le isis-database/regions) -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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erreur copie d'une simulation
by Stephanie MAHEVAS 18 Feb '21

18 Feb '21

Bonjour apres avoir copié une simulation qui a tourné avec la V4.5.0 sur un autre ordi que le mien, j'ai eu un message d'erreur à son ouverture avec la V4.4.5.1. (ci-joint le debug). Est-ce lié au fait qu'il s'agit un plan de simu ? Merci Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (stephanie.mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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echec simulation sur datarmor
by Stephanie MAHEVAS 17 Feb '21

17 Feb '21

Re, J'ai lancé sur datarmor une simulation. Elle a échoué avec le message ci-dessous alors qu'elle a tourné sans problème en local sur mon ordi. J'attache aussi le debug. C'est quoi le problème...? Merci Stépahnie O|13:59:13,745|InProcessSimulatorLauncher.java|338|localSimulateSameThread|17/02/21 13:59 Java version: 1.8.0_212-b10 Isis-fish version: 4.4.5.1 INFO|13:59:15,679|InProcessSimulatorLauncher.java|199|message|Mise en place des aspects Cache INFO|13:59:15,679|SimulationControl.java|206|setText|Mise en place des aspects Cache INFO|13:59:20,318|DataStorage.java|163|getMemStorage|Create new memory storage for sim_datarmor_test_simusimple_2021-02-17-14-54 INFO|13:59:20,768|DataStorage.java|206|getStorage|Create new storage for sim_datarmor_test_simusimple_2021-02-17-14-54 INFO|13:59:23,347|InProcessSimulatorLauncher.java|199|message|Simulation execution INFO|13:59:23,348|SimulationControl.java|206|setText|Simulation execution INFO|13:59:23,359|SimulationContext.java|497|message|Exécution des scripts de Presimulation INFO|13:59:23,359|SimulationControl.java|206|setText|Exécution des scripts de Presimulation INFO|13:59:24,359|InProcessSimulatorLauncher.java|431|localSimulateSameThread|Matrix backend: org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector and org.nuiton.math.matrix.DoubleSparseHashVector threshold: 1000 INFO|13:59:25,019|IsisCacheBackendOnGuava.java|238|adjustedCache|Cache size ajusted to 1,4Go (equivalent to 0 step need) INFO|13:59:25,824|SimulationControl.java|206|setText|Rules initialisation:[] INFO|13:59:25,847|SimulationControl.java|206|setText|begin step janvier 0 INFO|13:59:25,863|SimulationControl.java|206|setText|Reloading parameters ERROR|13:59:37,562|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException: null at fr.ifremer.isisfish.result.ResultInfoHelper.extractRecursiveResults(ResultInfoHelper.java:93) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.result.ResultInfoHelper.extractAllNecessaryResults(ResultInfoHelper.java:71) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.ResultManager.isEnabled(ResultManager.java:196) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:178) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:433) [isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] INFO|13:59:37,595|InProcessSimulatorLauncher.java|513|localSimulateSameThread|Simulation time: 23.685 INFO|13:59:37,596|IsisCacheBackendOnGuava.java|238|adjustedCache|Cache size ajusted to 260o (equivalent to 2 step need) INFO|13:59:37,697|InProcessSimulatorLauncher.java|199|message|Simulation terminée INFO|13:59:37,697|SimulationControl.java|206|setText|Simulation terminée -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (stephanie.mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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