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Problème lenteurs, onglet saisi des groupes de population
by Bastien PREUSS Aug. 18, 2010

Aug. 18, 2010

Voici le Debug que javais oublié. Il semble aussi y avoir dautres erreurs, vu la taille du debug De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Bastien PREUSS Envoyé : Wednesday, August 18, 2010 1:43 PM À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] Problème lenteurs, onglet saisi des groupes de population Bonjour, Je ne sais pas si dautres personnes ont ce problème, mais depuis la version 3.3.0.5 louverture et la navigation dans longlet « saisi des groupes de population » sont très lente. A toutes fins utiles, je mets le debug en PJ. Est-ce un problème lié à mon ordi, ou est-ce lié à ISIS ? Dans le même genre : plus je laisse ISIS ouvert longtemps, plus il devient lent. Après plus dune heure par exemple je ne peu quasiment plus rien faire, et je suis obligé de fermer ISIS et de le redémarrer. Merci. Bastien De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Benoit Archambault Envoyé : Tuesday, August 17, 2010 6:50 PM À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Simulateur EffortByCell J'ai essayé en sélectionnant moins de stratégies au cas où le problème viendrait d'une stratégie, également fait des tests sur une région démo. J'ai toujours la même erreur lorsque j'utilise la rule Cantonnement. Quelqu'un aurait-il une idée de la cause possible ? merci, Benoit 2010/8/16 Benoit Archambault <benarcha(a)gmail.com> Ca marche sans rule, par contre si je teste avec la rule cantonnement j'ai l'erreur message suivante arrivé au mois où l'engin concerné est utilisé pour la première fois : ERROR|19:53:43,397|InProcessSimulatorLauncher.java|428|localSimulateSameThre ad|Error during simulation java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:ZoneCantonnement-Pot_crab-4 in [Banc des americains, Morue presence, Morue recrutement, Morue reproduction, Morue hivernage, Zone_metier_bottom_otter_trawl_stern, Plaice recrutement, Zone_metier_Bottom_pair_trawl_plaice, Zone_metier_Danish_Seine_mixed, Zone_metier_fixed_gillnet_demersal, Zone_metier_fixed_gillnet_herring_spring, Zone_metier_fixed_gillnet_herring_autumn, Zone_metier_gillnet_unspecified_autumn, Zone_metier_gillnet_unspecified_spring, Zone_metier_Longline_autres, Zone_metier_Longline_cod, Zone_metier_scottish_seine_demersal, Hareng hivernage, Hareng repro spring, Hareng repro fall, Hareng presence, Hareng recrutement, Plaice presence, Crabe_reproduction, Crabe_recrutement, Shediac, Moitie, Crabe presence, Zone_metier_pot_crab, Zone_metier_mixed_traps] Est-ce que la règle cantonnement est incompatible avec le byCell ou il y aurait un moyen de l'adapter ? Merci, Benoit 2010/8/16 Benoit Archambault <benarcha(a)gmail.com> Super merci, ca a l'air de tourner, par contre ca prend plus de temps logique j'imagine. 2010/8/16 Benjamin POUSSIN <poussin(a)codelutin.com> On Sat, 14 Aug 2010 21:25:31 -0400 Benoit Archambault <benarcha(a)gmail.com> wrote: > Bonjour, > > quelqu'un a déjà utilisé le simulateur EffortByCell ? Si j'essaye de lancer > une simu avec, j'ai le message suivant, je ne vois pas trop où est le > probleme la classe existe bien, pas d'erreur lors de la compilation, pas de > faute de frappe. > > Benoit, abonné à la liste users.. :) Euh, oui, en fait il marche pas :). Mais il est la pour savoir comment configurer le simulateur normal pour qu'il fasse le travail. (il suffit de regarder le code). Mais c'est vrai que ce n'est dit nul part :( C'est 'juste' un problème de sélection des fichiers Java à mettre dans la simulation. En fait pour l'instant on ne peut mettre qu'un script de simulation or SimulatorEffortByCell dépend de DefaultSimulator qui du coup n'est pas trouvé :( En gros tu ne changes pas de simulateur (tu gardes DefaultSimulator) par contre dans la page tag/value tu ajoutes: tag: effortByCell value: true et du coup ton simulateur calculera l'effort par maille -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Facteur de standardisation et facteur de ciblage
by Stephanie MAHEVAS Aug. 17, 2010

Aug. 17, 2010

yes! a+ steph Bastien PREUSS a écrit : > Merci Stéphanie pour ce récapitulatif intéressant! > > Si je me réfère à plusieurs des nombreux mails qui ont été envoyés à ce > sujet, le "d" correspond alors à cette fameuse "accessibilité"? Est-ce bien > cela? > > > A bientôt. > > > Bastien > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : Tuesday, August 17, 2010 5:43 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Facteur de standardisation et facteur de > ciblage > > Bonjour > > voici un petit résumé sur les différents facteurs à estimer pour paramétrer > l'exploitation dans ISIS (Définitions ,Approche pour leur estimation, Mises > en garde!). Merci Sigrid pour tes commentaires. > Je le mets aussi sur le wiki. > > a+ > Stéphanie > > > > bastien.preuss(a)ifremer.fr a écrit : > >> Bonjour, >> >> je reviens sur un sujet qui a déjà été abordé: le facteur de >> standardisation pour les engins et le facteur de ciblage pour les >> métier, mais en relisant les archives je ne trouve finalement pas de >> réponse bien tranchée... >> >> >> Il me semble que dans plusieurs cas un modèle a été ajusté sur les log >> des CPUE (ou similaires) avec les facteurs année+saison+engin+métier, >> et les effets de ces facteurs ont été utilisés pour ces 2 paramètres. >> Mais dans d'autre cas, j'ai vu que le facteur de standardisation, été >> calculé comme le rapport de la CPUE d'un engin par rapport à la CPUE >> d'un engin référence. Ou que le facteur de ciblage été calculé comme >> la proportion des capture d'une espèce dans les captures totales. >> >> Une première remarque qui a déjà été posée par Benoit mais pour >> laquelle je n'ai pas vu de réponse: on peut aboutir dans le premier >> cas à des facteurs supérieurs à 1 et pas dans l'autre... ?? >> >> Et d'autre part, n'y a-t-il pas de mélange des effets engin et métier >> dans les méthodes avec des rapports de CPUE ou proportions de captures?? >> >> Notamment dans des cas comme le mien ou 1 métier = 1 engin (et >> inversement). >> >> >> Merci de vos éclaircissements. >> >> >> Bastien >> >> >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> > > -- > ...................................................................... > Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et > Modèles pour l'Halieutique) > Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 > > o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o > /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ > / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ > ...................................................................... > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Facteur de standardisation et facteur de ciblage
by bastien.preuss＠ifremer.fr Aug. 17, 2010

Aug. 17, 2010

Bonjour, je reviens sur un sujet qui a déjà été abordé: le facteur de standardisation pour les engins et le facteur de ciblage pour les métier, mais en relisant les archives je ne trouve finalement pas de réponse bien tranchée... Il me semble que dans plusieurs cas un modèle a été ajusté sur les log des CPUE (ou similaires) avec les facteurs année+saison+engin+métier, et les effets de ces facteurs ont été utilisés pour ces 2 paramètres. Mais dans d'autre cas, j'ai vu que le facteur de standardisation, été calculé comme le rapport de la CPUE d'un engin par rapport à la CPUE d'un engin référence. Ou que le facteur de ciblage été calculé comme la proportion des capture d'une espèce dans les captures totales. Une première remarque qui a déjà été posée par Benoit mais pour laquelle je n'ai pas vu de réponse: on peut aboutir dans le premier cas à des facteurs supérieurs à 1 et pas dans l'autre... ?? Et d'autre part, n'y a-t-il pas de mélange des effets engin et métier dans les méthodes avec des rapports de CPUE ou proportions de captures?? Notamment dans des cas comme le mien ou 1 métier = 1 engin (et inversement). Merci de vos éclaircissements. Bastien

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Interpretation/Explication résultat étrange
by Benoit Archambault Aug. 17, 2010

Aug. 17, 2010

Bonjour, j'ai voulu faire un test des sorties du modèle une aire grandissante d'AMP. Je commence donc par un scénario sans AMP, puis une AMP de taille 3 mailles, puis 6, puis 9,etc jusqu'à 70. Je regarde l'effet sur la biomasse en fin de simu et sur les captures totales durant la simu. Je précise que l'amp de taille 70 contient toutes les mailles de la taille 67, qui contient toutes les mailles de la 64 etc.. Bien entendu je n'attend pas un effet linéaire, vu l'héterogénéité spatiale qu'il peut y'avoir entre les mailles, on peut s'attendre à des résultats en "escaliers". Au départ, une taille plus grande donne une biomasse + élevée en sortie, ce qui est intuitif, mais à partir d'une certaine taille, ce n'est plus vrai. J'ai donc une forme de cloche si je trace biomasse~taille_amp. Et la cloche inverse en quelque sorte si je fais captures~taille_amp Je n'ai pas ajouté de règle de comportement spécifique, et il n'y a aucune autre mesure durant les simulations. Je ne vois pas d'explication pour le moment, peut être que c'est évident et je suis juste fatigué. Si quelqu'un a une suggestion ! Peut être une histoire de report d'effort excessif sur la partie non protégée, qui conduirait à un effet néfaste sur la zone ?? merci et bonne soirée Benoit

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Probleme de lancement d'analyse de sensibilite (sous 3.3.0.5)
by Jessica Andre Aug. 16, 2010

Aug. 16, 2010

Bonjour, Malheureusement, je crois qu'il va y avoir beaucoup de messages de ma part dans les prochains temps... Le site web fonctionne de nouveau et j'ai downloadé la version 3.3.0.5 qui fonctionne (je peux l'ouvrir et faire des simulations). Par contre quand j'essaye de faire une analyse de sensibilité simple (juste 2 tailles de maille de filet différentes pour tester), ISIS se ferme (même problème que la version 3.3.0.3 quand j'avais essayé de faire une analyse de sensibilité). Aucun fichier debug n'apparait. Peut-être j'oublie de sélectionner quelque chose. Ma démarche est la suivante : Dans l'onglet Paramètre : - Sélection d'une ancienne simulation - Je nomme mon analyse de sensibilité - J'ai un nombre d'année définie pour la simulation (5 ans) - J'ai une stratégie, une population et une règle (InterdictionEnginPreSimu : pas graballnet de mars a avril) sélectionnés - La matrice de population initiale et les paramètres de règles sont remplis Dans l'onglet Analyse de sensibilité : - je veux tester mon paramètre d'engin donc je lui donne 2 valeurs possible, 137 et 144. Je sauve et le facteur a modifier apparait a gauche sous le dossier « Facteurs » Dans l'onglet Méthode de la sensibilité : - je choisi une Méthode (SensitivityCalculatorJavaExpandGrid) , qui a une valeur par défaut de 2 - j'ajoute un export (SensitivitySpawningBiomassY2.java) et je sélectionne ma population Dans l'onglet Export des résultats: - je sélectionne tout Dans l'onglet Choix des résultats : - je sélectionne tout Dans l'onglet Paramètres avancés: - Je ne touche a rien Dans l'onglet Analyse des résultats : - ben vide pour l'instant mais j'aimerai bien le remplir... Je reviens a l'onglet Paramètres, je lance la simulation, ISIS réfléchi 1 seconde....et se ferme. Qu'est-ce-que je fais de faux ?! Merci d'avance ! Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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Re: [Isis-fish-users] calcul des distances
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr Aug. 5, 2010

Aug. 5, 2010

c'est la moyenne des distances entre le port et chaque cellule de la zone metier. SiMatrix :ligne 1096 private double distance(Collection<Zone> zones, Cell cell) { double result = 0; List<Cell> cells = getCells(zones); if (cells.size() == 0) { // normalement il devrait y avoir des mailles, mais pour les // ancienne zone AuPort, il n'y en avait pas if (log.isWarnEnabled()) { log.warn("Calcul d'une distance avec une zone sans maille"); } return 0; } for (Cell c : cells) { result += distance(c, cell); } if (log.isDebugEnabled()) { log.debug(" result=" + result + " nbMaille=" + cells.size()); } result = result / (double) cells.size(); return result; } Bastien PREUSS <bastien.preuss(a)ifremer.fr> a écrit : > Bonjour, > Petite question sur le calcul des distances géographiques dans ISIS: > Pour calculer les temps de trajets on utilise la vitesse des navires et la > distance entre le port et la zone de pêche. Mais comment est calculée cette > distance? Est-ce la distance entre la maille du port et la maille la plus > proche de la zone de pêche, ou la distance moyenne entre la maille du port > et l'ensemble des mailles du port, ou autre? > > > Merci. > > Bastien > > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

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Erreur en cours de simulation avec TAC.
by Benoit Archambault Aug. 5, 2010

Aug. 5, 2010

Bonjour, Lorsque je fais ma simulation en utilisant la rule TACpoids, j'ai une erreur durant la 4eme année. Je n'arrive pas à l'interpréter, si quelqu'un a déjà rencontré cela :) Merci, Benoit Fin du Debug, le fichier complet fait 11 Mo, donc dispo sur demande.. : INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:224) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] Use case 2 INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:248) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] il y a des metiers possibles INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:224) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] Use case 2 INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:248) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] il y a des metiers possibles INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:224) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] Use case 2 INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:248) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] il y a des metiers possibles INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (TACpoids.java:224) aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_TACpoids - [TAC] Use case 2 INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus>ERROR [SimThread sim_TEST_WITH_TACS_2010-07-26-14-35] (InProcessSimulatorLauncher.java:428) localSimulateSameThread - Error during simulation INFO [Thread-66] (SubProcessSimulationLauncher.java:267) run - dans un sous processus>java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:Gillnet_unspecified_spring in [bottom_otter_trawl_stern_mixed, Danish_Seine_mixed, Gillnet_fixed_demersal, Longline_autres, Longline_cod, Mixed_Traps_crab, Pot_crab]

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Analyse basique de sensibilité : group screening ?
by Benoit Archambault Aug. 5, 2010

Aug. 5, 2010

Bonjour, je voudrais conduire une analyse basique de la sensibilité de mon modèle. Le nombre de paramètres important et le temps me restant ne m'autorisent pas à conduire une analyse poussée. J'aimerais donc faire une analyse basique de type group screening, pour identifier les paramètres ou groupes de paramètres les plus influents sur mes sorties. Si vous avez des suggestions, des références ou des conseils pour la méthodologie à suivre je suis preneur car c'est un domaine que je ne connais pas trop. Merci , Benoit (ca sera tout pour aujourd'hui !)

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Probleme de lancement isis
by Jessica Andre Aug. 4, 2010

Aug. 4, 2010

Bonjour, Un question pour Eric ou Jean... Je suis sur la version 3.3.0.3. Hier j'ai tenté plusieurs fois de faire une analyse de sensitivité et lorsque je l'ai lancée ca a fermé le programme. Ce matin, je ne peux plus ouvrir ISIS du tout . .. J'ai réinstallé ISIS (toujours 3.3.0.3) mais même topo : je ne peux pas toujours pas ouvrir le programme. J'ai attaché le débug. Je voulais aussi installer la version 3.3.0.5 mais ne peux plus accéder au site ISIS wiki (très lent hier, ne marche plus du tout aujourd'hui). Est-ce que le site est momentanément inaccessible pour des raisons techniques ou est ce que ca vient de mon coté? Décidément, j'aurai mieux fait de rester couchée ce matin... Merci d'avance Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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Probleme de log et de simulation
by Jessica Andre Aug. 3, 2010

Aug. 3, 2010

Bonjour, Je me fait les dents sur une simulation simple sur 5 ans : 1 espèce (femelle seulement), un engin, un métier, 1 zone qui sert de zone de pêche, de recrutement et de reproduction et 1 seul type de navire. Et quelque soit mes changements, j'obtiens toujours le même résultat. Il me semble que seule la dynamique des populations tourne mais pas le modèle d'exploitation. Je ne sais pas vraiment ou est l'erreur, il me semble avoir rempli toute les données nécessaires... J'ai attache le log. A propos de log, j'ai aussi des problèmes de ce cote la : - Je ne peux pas m'envoyer le log par courriel (peut-être parce qu'on a un système de serveur différent ici, on utilise pas « smtp » mais « exchange ») - Je ne peux pas copier le log dans sa totalité pour le mettre dans un document .txt (je ne peux que copier que ce qui est visible a l'écran, ce qui n'est qu'une partie du log). J'ai du récupérer le log dans le dossier « Temp » de mon « Local Settings », ce qui n'est pas très pratique. Si quelqu'un a une suggestion, je suis preneuse... Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au<mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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