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Import d'une région dans une autre
by Louis MAILLARD 12 Feb '24

12 Feb '24

Bonjour Eric, tu trouveras ci-joint les bases que j'essaye de merger, ainsi que mon script. Merci beaucoup pour ton aide! Bonne journée. Cordialement, Louis Maillard.

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check script zone
by Sigrid LEHUTA 09 Feb '24

09 Feb '24

Bonjour Eric, j'ai écrit ce script pour agrandir une zone existante en prenant des cellules dans un shapefile. Il est possible que certaines cellules du shape appartiennent deja a la zone existante, cela pose t'il un probleme? j ai mis plusieurs options de code a la fin, peux tu regarder ce qui est suceptible de marcher ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Import d'une région dans une autre
by Louis MAILLARD 09 Feb '24

09 Feb '24

Bonjour Eric, je suis actuellement en train d'importer à la main une région en format Json dans une autre région. Au moment d'importer des stratégies j'ai selectionné "créer" car les stratégies ne sont pas présentes dans la première région, mais l'import s'arrête et me donne les détails ci dessous. As tu une idée de ce qui n'a pas fonctionné ? Merci d'avance pour ton aide! Bonne journée. Louis Maillard. java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at jdk.proxy1/jdk.proxy1.$Proxy20.actionPerformed(Unknown Source) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1972) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2314) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:407) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.doClick(AbstractButton.java:374) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(BasicMenuItemUI.java:1029) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(BasicMenuItemUI.java:1073) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6621) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3398) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6386) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2266) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4996) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2324) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4828) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4948) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4575) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4516) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2310) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2780) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4828) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:775) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:720) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:714) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:400) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:87) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:98) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:747) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:745) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:400) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:87) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:744) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:118) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:580) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 38 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importEntityJson(InputHandler.java:533) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuImportJson(InputUI.java:267) at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:103) ... 40 more Caused by: java.lang.RuntimeException: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't instanciate entity: fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson.getEntities(RegionImportJson.java:146) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importEntityJson(InputHandler.java:513) ... 42 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't instanciate entity: fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.convertJsonToEntity(RegionImportJson.java:198) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.ask(RegionImportJson.java:245) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.loadEntity(RegionImportJson.java:176) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson.getEntities(RegionImportJson.java:138) ... 43 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't set property 'inactivityEquationUsed' from json value: 'true' at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.visit(RegionImportJson.java:318) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyAbstract.accept0(StrategyAbstract.java:73) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyAbstract.accept(StrategyAbstract.java:65) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.convertJsonToEntity(RegionImportJson.java:196) ... 46 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:115) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:580) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.invokeMethod(PropertyUtilsBean.java:2128) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setSimpleProperty(PropertyUtilsBean.java:2109) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setNestedProperty(PropertyUtilsBean.java:1915) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setProperty(PropertyUtilsBean.java:2022) at org.apache.commons.beanutils.BeanUtilsBean.setProperty(BeanUtilsBean.java:1018) at org.apache.commons.beanutils.BeanUtils.setProperty(BeanUtils.java:454) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.visit(RegionImportJson.java:316) ... 49 more Caused by: java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImplementor.getDAO(java.lang.Class, java.lang.Class)" because "ci" is null at fr.ifremer.isisfish.IsisFishDAOHelper.getStrategyMonthInfoDAO(IsisFishDAOHelper.java:349) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.getStrategyMonthInfo(StrategyImpl.java:120) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.computeNumberOfTrips(StrategyImpl.java:192) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.setInactivityEquationUsed(StrategyImpl.java:188) at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:103) ... 57 more

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Problème datarmor
by aricouar 06 Feb '24

06 Feb '24

Bonjour Eric, J'ai voulu relancer aujourd'hui un job sur datarmor via un qsub. Ce job avait déjà tourné quasiment à l'identique et sans problème il y a quelques semaines. J'obtiens maintenant cette erreur dans le debug ISIS de chaque simulation : "sh: /home3/datahome/echatell/jdk17/bin/java: Permission denied" Apparemment, il n'arrive pas à accéder à java sur ton repertoire dans datarmor. Peux-tu m'expliquer pourquoi ? Ci-joint le script .pbs impliqué. Merci. Antoine

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JDK 21 et java 17
by Stephanie MAHEVAS 05 Feb '24

05 Feb '24

hello les lutins JDK 21 et java 17 sont ok pour les dernières versions d'ISIS ? merci a+ Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Scripts de suppression de flottille et de stratégie
by Louis MAILLARD 29 Jan '24

29 Jan '24

Bonjour, Étant novice dans Isis, ce que je cherche à faire vous paraitra peut être simple, mais je n'ai pas trouvé la solution. Je souhaite créer un script pour importer puis modifier ma base de donnée en supprimant des flottilles et des stratégies avec une condition sur leurs noms (par exemple toutes celles qui comprennent le mot "demersaux" ou "dragueurs") puis exporter la nouvelle base filtrée en JSON, pour enfin la réimporter dans une autre base. J'ai commencé un premier script mais il ne fonctionne pas. Merci d'avance pour votre aide. Cordialement, Louis.

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export des toutes les zones d'ISIS
by Stephanie MAHEVAS 17 Jan '24

17 Jan '24

Bonjour Eric est-il possible d'exporter "automatiquement" toutes les zones d'une region dans un shape (un fichier par zone)? sinon peux-tu m'aider à ecrire script pour le faire ? Merci d'avance Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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question effortNominalPerStrategyMet
by Stephanie MAHEVAS 17 Jan '24

17 Jan '24

private double effortNominalPerStrategyMet(Strategy str, Metier metier, TimeStep step) { Month month = step.getMonth(); StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month); double propSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels(); int nbOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels(); double propStrMet = smi.getProportionMetier(metier); double effortNominalPerVessel = effortNominalPerStrategyPerVessel(str, metier, step); if (log.isDebugEnabled()) { log.debug( " strategy=" + str + " metier=" + metier + " propSetOfVessels=" + propSetOfVessels + " nbOfVessels=" + nbOfVessels + " propStrMet=" + propStrMet + " effortPerVessel=" + effortNominalPerVessel ); } double result = propSetOfVessels * nbOfVessels * propStrMet * effortNominalPerVessel; return result; } Bonsoir Eric peux-tu me confirmer que l'effort nominal calculé par cette fonction retourne bien l'effort du step modifié par les regles en cours dans la simulation? smi.getProportionMetier(metier) rend la proportion du metier à step et pas celle du mois dans la Region au debut de la simu ? c'est ce bout de code qui me mets le doute Month month = step.getMonth(); StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month); merci bonne soirée stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Changement de la version 4.4.8.0
by Eric Chatellier 16 Jan '24

16 Jan '24

Bonjour, Une nouvelle version 4.4.8.0 d'ISIS-Fish vient de sortir. Voici les changements les plus notables. Java 17 ------- Java 17 minimum est maintenant requis pour lancer l'application. Cache de compilation des équations ---------------------------------- Un cache de compilation des équations a été ajouté pour améliorer le temps de démarrage des simulations, en particulier celles qui contiennent beaucoup d'équations. A noter que, suite à la mise à jour, le premier lancement sera toujours long dû à la première initialisation du cache. Configuration R --------------- La configuration automatique de R a normalement été corrigé sous Windows. Cela doit être accompagné d'une configuration manuelle qui est détaillée ici : http://isis-fish.org/v4/user/r.html Cordialement, -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.8.0 released
by Eric Chatellier 16 Jan '24

16 Jan '24

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.8.0 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #12085: Revoir la configuration de R sous windows qui n'est pas si simple depuis l'application #12173: Ajouter le support des saisons dans les sémantiques d'import de matrice #12223: Ajouter un cache de compilation des equations #11007: Passage à Java 17 Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/7996/isis-fish-4.4.8.0-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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