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Isis-Fish 3.3.0.2 est disponible
by Eric Chatellier 07 Apr '10

07 Apr '10

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version corrige : * un problème de migration pour les régions sans carte * un problème de sauvegarde impossible sur une région en cours d'édition * un problème de relancement des simulations locales Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Probleme avec isis-database-3 pour la V3.2 et V3.3
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 06 Apr '10

06 Apr '10

Bonjour j'ai rencontré les problèmes suivants dans les 2 configurations - pas de isis et donc pas de isis-database 3 - suppression de isis-database-3 de la version courante avant de mettre une nouvelle version d'isis Je lance ISIS 3.2 message d'erreur : votre base de donnée locale chemin\isis-database-3 n'utilise pas un protocole correct. Voulez-vous faire une sauvegarde de cette base et récupérer une meilleure version? » si je clique sur non : il apparait une fenetre d'erreur can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:142) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:239) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:138) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:122) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:459) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:290) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:89) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:677) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:182) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:505) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:143) à force de cliquer, elle se ferme et isis se lance mais simulation impossible si je clique sur oui :isis se lance mais simulation impossible Je lance ISIS3.3.0.1 c'est idem... WARN « la base de donnée n'a pu etre trouvee ou telechargée vous pouvez la telechargez depuis le site ... » en cliquant sur oui, il y a le message d'erreur « impossible d'obtenir la liste des résultats » ca vient de quoi ?????????? merci stephanie

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Attention : target factors dans une base multi-specifique
by Sigrid LEHUTA 02 Apr '10

02 Apr '10

Salut, je viens de m'apercevoir d un piège piégeux. Lorsqu'on a plus d'une espèce, il est obligatoire de renseigner les target factors des métiers pour chaque espece meme si elle n est pas ciblée. Qqn peut-il me le confirmer ? Il semblerait que la valeur par defaut des target factors soit 1. Si c est bien le cas, il me semble que zéro serait mieux, mais à valider avec les autres avant modif. A+ -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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message d erreur en V3.3. : impossible de sauver les modifs
by Sigrid LEHUTA 01 Apr '10

01 Apr '10

Salut, j ai cette erreur quand je tente de sauver des modifs dans la base pour une espèce. "isis a detecté une erreur, impossible de sauver les modifications." et c est un peu aléatoire au bout d un moment les modifs sont gardées. Avez vous une idee de l origine ? Merci d avance Sigrid Message: org.nuiton.topia.TopiaException: Une erreur est apparue pendant le commit : Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] Level: SEVERE Stack Trace: Une erreur est apparue pendant le commit : Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:655) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.topiaSave(InputSaveVerifier.java:330) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier$1.actionPerformed(InputSaveVerifier.java:87) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.check(AbstractEntityPersister.java:1782) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.update(AbstractEntityPersister.java:2425) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.updateOrInsert(AbstractEntityPersister.java:2325) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.update(AbstractEntityPersister.java:2625) org.hibernate.action.EntityUpdateAction.execute(EntityUpdateAction.java:115) org.hibernate.engine.ActionQueue.execute(ActionQueue.java:279) org.hibernate.engine.ActionQueue.executeActions(ActionQueue.java:263) org.hibernate.engine.ActionQueue.executeActions(ActionQueue.java:168) org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.performExecutions(AbstractFlushingEventListener.java:321) org.hibernate.event.def.DefaultFlushEventListener.onFlush(DefaultFlushEventListener.java:50) org.hibernate.impl.SessionImpl.flush(SessionImpl.java:1028) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:640) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.topiaSave(InputSaveVerifier.java:330) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier$1.actionPerformed(InputSaveVerifier.java:87) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.0.0.1 est disponible
by Eric Chatellier 30 Mar '10

30 Mar '10

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version rend configurable l'emplacement de Java pour utiliser un autre serveur de simulation que caparmor. Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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probleme de lancement V3.3.0
by Stephanie MAHEVAS 29 Mar '10

29 Mar '10

Bonjour un collègue (Alain FRANC) en cours d'inscription à la liste des utilisateurs vient d'installer la nouvelle version d'ISIS apres avoir verifie qu'il avait bien la version 1.6 de Java (il a la version 1.6.0_7), il a clique sur le .bat. Resultat : la fenetre DOS se lance avec pour simple commentaire "isis starting..." mais au bout d'une demi-heure toujours pas d'ISIS... voici le debug et son commentaire "ce serait pas mal d'avoir un message plus explicite sur ce que fait ISIS ...". merci d'avance Stephanie pour Alain -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... [Script] R_HOME not found [Script] Path = C:\Perl\bin\;C:\Program Files\MiKTeX 2.7\miktex\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\Program Files\Fichiers communs\Roxio Shared\DLLShared\;C:\Program Files\Fichiers communs\GTK\2.0\bin;c:\delta;C:\_AF\phylip-3.68\exe;C:\MinGW\bin INFO [main] (IsisFish.java:314) init - Starting Isis-Fish with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:319) init - 29/03/10 15:11 Java version: 1.6.0_07-b06 Isis-fish version: 3.3.0.0 INFO [main] (URLConverter.java:68) <init> - org.nuiton.util.URLConverter@16fe0f4 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.URLConverter@16fe0f4 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.URIConverter@a4e2e3 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.VersionConverter@2a15cd INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.LocaleConverter@121ab80 INFO [main] (IsisConfig.java:886) parse - Check configuration change INFO [main] (IsisConfig.java:907) parse - Config file migration done INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*i18n/.+\.properties in 9 urls in 258,436ms INFO [main] (I18nLoader.java:162) init - 9 bundle(s) found, [18 file(s)] in 4,763ms INFO [main] (I18nLoader.java:233) addLanguage - Language <locale: fr_FR,nbStences:1321>, nbEntries: 9, nbSentences: 1321 in 21,142ms INFO [main] (IsisFish.java:432) initVCS - Check state of local repository: C:\Documents and Settings\Alain\isis-database-3 INFO [main] (IsisFish.java:461) initVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:135) getSVNManager - Try to connect to svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:223) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data/ INFO [main] (VCSSVN.java:531) checkout - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (RegionStorage.java:237) getRegion - Try to open region DemoRegion(C:\Documents and Settings\Alain\isis-database-3\regions\DemoRegion) INFO [main] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for DemoRegion INFO [main] (TopiaContextImpl.java:199) loadServices - Le service topia.service.migration chargé par org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationServiceImpl INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:226) migrateSchema - Starting Topia Migration Service ERROR [main] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version26_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:249) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:252) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 84 urls in 1,859s INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:286) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. INFO [main] (TopiaMigrationServiceImpl.java:249) postRestoreSchema - postRestoreSchema event detected, redo, schema migration INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:226) migrateSchema - Starting Topia Migration Service ERROR [main] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version107_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:249) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:252) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 84 urls in 1,808s INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:276) migrateSchema - Database need update

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Fwd: isis logo
by hilaire.drouineau 26 Mar '10

26 Mar '10

et qu'est ce que vous en pensez comme ça? isis

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Récupérer une matrice en cours de simulation.
by Benoit Archambault 12 Mar '10

12 Mar '10

Bonjour. Je dois récupérer, en cours de simulation, les valeurs d'une matrice, Abundance par exemple. Ceci afin d'exporter la matrice dans un String puis d'écrire le String dans un csv. (cf message de Sigrid, merci pour la réponse). Je vois bien comment cela est fait à la fin d'une simulation (cf exports), mais je n'arrive pas à retrouver le chemin menant à cette matrice en cours de simulation. Je pense qu'il me manque un paramètre du style "currentsimulation" et après peut être récupérer la marice comme ceci: MatrixND mat = currentsimulation.getResultStorage().getMatrix(param_pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE); J'espère avoir été clair. Merci, Benoit

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writeString ??
by Sigrid LEHUTA 11 Mar '10

11 Mar '10

Hello on a essayé d exporter des valeurs dans un fichier (en inspirant de ce qui est fait dans le script calibration). Voici notre essai en pj. on se heurte a un nullpointerexception concernant la ligne org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto); et on ne comprend pas pourquoi car on fait exactement comme dans calibration. Vous voyez le problème ? Merci !! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) /* * Copyright (C) 2010 slehuta * * This program is free software; you can redistribute it and/or * modify it under the terms of the GNU General Public License * as published by the Free Software Foundation; either version 2 * of the License, or (at your option) any later version. * * This program is distributed in the hope that it will be useful, * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the * GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public License * along with this program; if not, write to the Free Software * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. */ package rules; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import scripts.ResultName; import java.io.*; import java.io.Writer; import java.util.*; import org.nuiton.math.matrix.*; import org.nuiton.topia.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() import org.nuiton.util.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() import org.nuiton.math.matrix.*; import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; import fr.ifremer.isisfish.entities.*; import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; /** * TestBenoit.java * * Created: 11 mars 2010 * * @author slehuta <user.name(a)vcs.hostName> * @version $Revision: 1545 $ * Last update: $Date: 11 mars 2010 $ * by : $Author: slehuta $ */ public class TestBenoit extends AbstractRule { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ private static Log log = LogFactory.getLog(TestBenoit.class); File exportHistoric = new File ("testBen.csv"); protected String exportHisto = ""; protected MatrixND matMort; public Population param_pop = null; public String [] necessaryResult = { // put here all necessary result for this rule // example: // ResultName.MATRIX_BIOMASS, // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. * @return L'aide ou la description de la regle */ public String getDescription() throws Exception { // TODO return _("TODO description rule"); } /** * AppelÃƒÂ© au dÃƒÂ©marrage de la simulation, cette mÃƒÂ©thode permet d'initialiser * des valeurs * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void init(SimulationContext context) throws Exception { matMort = param_pop.getNaturalDeathRateMatrix(); System.out.println("matMort "+matMort); log.debug("matMort 2 "+matMort); } /** * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites */ public boolean condition(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { // TODO return true; } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÂ©e avant le pas * de temps de la simulation. * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void preAction(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { System.out.println("pre action"); exportHisto = "ben alors"; org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto); } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÂ©e apres le pas * de temps de la simulation. * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void postAction(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { // TODO } }

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Re: [Isis-fish-users] erreur version 3.3
by Eric Chatellier 11 Mar '10

11 Mar '10

Le 11/03/2010 00:04, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > > Je viens de réaliser la manip que tu m'as conseillé, ça semble fonctionner! > Dans le fichier Debug (en PJ) il reste quelques erreurs, mais je ne sais pas > si elle sont importantes ou pas. > Bonjour, Les erreurs sont liées aux cartes. Si les cartes s'affichent correctement, elles ne doivent pas être importante. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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