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Nouvelle version d'IsisFish 3.2 disponible au telechargement
by Eric Chatellier 07 Sep '09

07 Sep '09

Bonjour, La nouvelle version d'IsisFish est a present disponible au telechargement. Il s'agit de la version 3.2. Cette version initie la branche 3.2 d'IsisFish, tous les utilisateurs sont invites a utiliser cette nouvelle version. Les versions 3.1 ne beneficieront plus d'aucun support. Avant de commencer ------------------ Cette version apporte de nouvelles fonctionnalites et de profonds changements. Avant toutes chose, il est conseille d'effectuer une sauvegarde de vos donnees a partir de la version 3.1.3 d'IsisFish. Action a effectuer: - exportez votre base de donnees de travail pour la V3.1.3 Dans l'interface de saisie de la pecherie, ouvrez votre region, et cliquez dans Fichier > Exporter la region et choisissez un repertoire pour enregistrer votre region - fermez maintenant IsisFish-3.1.3 - renommez le dossier "isis-database-3" en "isis-database-3.1.3" (ce dossier est normalement situe dans votre repertoire utilisateur, sous windows C:\Documents and settings\<user>\) Tele©chargement de la nouvelle version ------------------------------------- Rendez vous ensuite sur le site http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/. Dans le menu, dirigez vous ensuite sur "Telechargement". Et telechargez la derniere version (par exemple isis-fish-3.2.x.y-bin.zip). Decompressez l'archive que vous venez de telecharger. Apres avoir telecharge IsisFish -------------------------------- Lancez la nouvelle version en cliquant sur le fichier "go.bat" present dans le repertoire d'IsisFish apres decompression. IsisFish telecharge un nouveau "isis-database-3" et vous propose une migration de la base de donnees. Il vous proposera egalement cette migration pour toutes vos bases de donnees. Il est obligatoire d'accepter cette migration, sans quoi ces bases ne fonctionneront pas. Vous n'avez aucun problemes ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Dans le cas ou vous n'auriez aucun probleme apparent (IsisFish se lance) verifiez quand meme que le fichier debug.txt ne contient aucune erreur. S'il en contient, n'hesitez pas a demander de l'aide sur isis-fish-users(a)list.isis-fish.org en envoyant votre fichier debug.txt. Dirigez-vous dans l'interfaces des scripts et verifiez que vos scripts ne contiennent pas d'erreurs et compilent (en cliquant sur verifier). Vous avez des problemes ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Si vous avez des problemes (isis ne se lance pas, ou rien ne fonctionne). Envoyez un message a la liste isis-fish-users(a)list.isis-fish.org en precisant le comportement d'IsisFish ou les erreurs rencontrees et accompagnez votre message du fichier debug.txt. Apres le premier lancement -------------------------- Si le premier lancement d'IsisFish s'est bien passe, vous pouvez : - reimporter vos bases de donnees (en acceptant la migration demandee normalement) - faire tourner une simulation Si la simulation n'a pas fonctionne, vous pouvez demander de l'aide sur isis-fish-users(a)list.isis-fish.org en joignant votre fichier debug.txt Vous pouvez ensuite, recopier vos anciens scripts (plans d'analyses, regles, export) depuis le dossier "isis-database-3.1.3" que vous avez sauvegarde vers le dossier "isis-database-3". N'oubliez pas ensuite de valider tous vos scripts dans l'interfaces dans l'interface de gestion des scripts et de verifier qu'ils compilent bien. Informations complementaires ---------------------------- Les informations complementaires concernant IsisFish sont presentes sur le wiki. En particulier : - le manuel : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… - les changements : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Valeur du paramètre calculé lors de la calibration
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 04 Sep '09

04 Sep '09

Bonjour à tous les utilisateurs d'ISIS, je relance ma petite question à propos de la calibration : le paramètre calculé a parfois des valeurs de l'ordre de 2e06 et d'autre fois des valeurs de 7e06 (selon pour quel groupe de taille je calibre la capturabilité). Cela signifie-t-il que dans le deuxième cas la calibration est mauvaise ou peu importe (juste choisir la valeur la plus faible de toutes les simus) ? Bien que la valeur du paramètre soit de 7e06, au bout de 50 - 60 simulations, elle reste assez stable et les valeurs des capturabilités ne changent quasiment plus...donc je suppose que la calib a bien marché ? Qui pourrait me confirmer / infirmer ces hypothèses ? Merci, Delphine _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Valeur considérée correcte du paramètre calculé pour la calibration
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 01 Sep '09

01 Sep '09

Bonjour à tous les ISIS-Fish Users, j'ai lancé plusieurs calibration, il semble que ça marche (enfin) plutôt bien. En tous cas, il n'y a plus de valeurs négatives et celles qui sortent semblent cohérentes. Mon ordi tourne pas trop mal jusqu'à environ 80/90 simulations...au-delà, il met à peu près 24h pour ajouter 2 simus supplémentaires...hum hum. Je me demandais s'il y a des valeurs du paramètre calculé considérées comme "bonnes" pour choisir nos valeurs de q1/q2 correspondantes ? Ou alors, comme suggéré, prendre la plus petite de toutes les simus... Mais bon, j'ai essayé de calibrer plusieurs valeurs de capturabilité, pour différents groupes. La calibration pour les 2 premiers groupes me donne une valeur de paramètre (la plus petite) de 2 539 540... et la calibration de 2 autres valeurs de capturabilité me donne le plus petit paramètre à 7 222 682....c'est la plus petite valeur après 86 simus...mais bien plus grande que pour la calibration des 2 autres capturabilités... Est-ce normal ou c'est que la recherche de la plus petite valeur n'était pas suffisamment aboutie ? Merci, Delphine _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Migration de la liste / List migration
by Benjamin POUSSIN 27 Aug '09

27 Aug '09

Bonjour à tous, ISIS-fish a son propre domain isis-fish.org. Les listes de diffusions ont été migrées et tous les utilisateurs ont normalement du être réabonnés aux nouvelles listes. La nouvelle adresse de cette liste: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Nous sommes désolés des désagréments causés et vous remercions de votre soutien. Cordialement, L'équipe de développement. ---------------------------- Dear all, ISIS-fish has its own domain isis-fish.org. The mailing-lists have been migrated and everybody should have been automatically subscribing the new lists. New mail address for this list: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org We are sorry for the inconvenience, and thank you for your support. Best regards, The development team. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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[Isis-fish-user] Calibration : valeurs de q1 négatives...et emplacement d'un individu faisant la taille limite de classe
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 24 Aug '09

24 Aug '09

Bonjour à tous j'ai lancé plusieurs simus de calibration, mais les résultats me semblent bien étranges. Pour les 3 premières simus, il me calcule le paramètre en utilisant les 3 valeurs de M1, M2 et M3 proposées dans le script. Par contre, pour les simus suivantes, il n'a pas vraiment l'air de prendre en compte le pas de calcul de 1e-05. Il propose des valeurs de q1 négatives....je ne comprends pas trop pourquoi (fichier Historic.csv ci-joint). Est-ce que qqun a déjà eu ces soucis et pourrait m'expliquer le pourquoi du comment ? Sinon je n'ai pas reçu d'avis concernant l'emplacement d'un individu faisant la taille limite de 2 classes de taille...est-ce qu'un individu de 60 cm va dans la classe 50-60 ou dans la 60-70 ?? Merci ! delphine

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Re: [Isis-fish-user] Maillage
by Benjamin POUSSIN 04 Aug '09

04 Aug '09

On Tue, 4 Aug 2009 15:50:16 +1100 "Bastien Preuss" <Bastien.Preuss(a)noumea.ird.nc> wrote: > Bonjour, > > > > Je voudrais savoir si la taille minimale de la maille et le nombre maximum > de mailles dans la région sont fixés dans Isis ou si cela ne dépend que je > la puissance de lordinateur utilisé. > > Dans mon cas, je voulais tester une maille assez fine : 0.001 degré, ce qui > représentait un nombre de mailles dans ma région égale à 1 million, bien > sure ça ne marche pas ! Normalement ca ne depend que de la puissance de la machine, mais je ne pense pas qu'actuellement il y ait des machines assez puissante pour supporter des calculs avec autant de maille dans des temps raisonnable. Je te conseil donc de diviser au moins par 100 ton nombre de maille. Il serait bien que quelqu'un se devoue pour faire des tests de difference de performance entre 10, 100, 1000, 10000 mailles avec le meme nombre de zone (et tous les memes objets). -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] Maillage
by Bastien Preuss 04 Aug '09

04 Aug '09

Bonjour, Je voudrais savoir si la taille minimale de la maille et le nombre maximum de mailles dans la région sont fixés dans Isis ou si cela ne dépend que je la puissance de lordinateur utilisé. Dans mon cas, je voulais tester une maille assez fine : 0.001 degré, ce qui représentait un nombre de mailles dans ma région égale à 1 million, bien sure ça ne marche pas ! Merci. Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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[Isis-fish-user] Où ranger un individu qui a pour longueur une borne de classe de taille ?
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 21 Jul '09

21 Jul '09

Bonjour à tous, j'ai une petite question existentielle à propos des classes de taille ISIS, et je n'en ai pas trouvé la réponse dans les divers documents consultés... Est-ce plutôt par exemple : classe 0 = [0;10[ et classe 1 = [10;20[ ou classe 0 = ]0;10] et classe 1 = ]10;20] ?? puisque les classes des tailles doivent avoir des valeurs limites égales d'une classe à l'autre (la max d'une classe de taille doit-être la même que la min de la classe suivante)...simplement, afin de ranger mes individus des obs réelles dans les bonnes classes de taille, j'aimerais savoir, si j'ai un individu de 10 cm par ex, si je dois le mettre dans classe 0 ou classe 1 ? Dans un cas purement mathématique, j'opterais pour la deuxième solution (classe 1), mais dans un cas biologique, je le mettrais plutôt dans la classe 0 (car des indiv de 0 cm ça n'existe pas, donc j'opterais pour ]0;10])... Qui peut m'éclairer ? merci Delphine

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[Isis-fish-user] Calibration ne fonctionne plus quand on change d'ordi
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 20 Jul '09

20 Jul '09

Bonjour à tous, nouveau petit souci ISIS : la calibration tourne maintenant sur mon ordi portable, pas de soucis, mais lorsque je transfère tous les fichiers nécessaires sur un autre ordi pour le faire tourner, là, lorsque je lance la simulation, il m'indique "Can't prepare information for simulation" j'ai pourtant placé les dossiers nécessaires au mm endroit que sur mon portable, je ne vois pas pourquoi ça bloque... Quelqu'un a-t-il déjà eu ce souci ? merci Delphine

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Re: [Isis-fish-user] Calibration du modèle : script pas pris en compte ?
by Eric Chatellier 17 Jul '09

17 Jul '09

Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Bonjour Mr Chatellier, > > bon je crois que je comprends à peu près maintenant d'où vient le > soucis (je ne parle pas couramment java...loin de là), par contre, je > ne sais pas comment faire pour lire la matrixDebarquement créée dans > le init, dans le afterSimulation? > > N'est-elle pas relue avec "double obs = > matrixDebarquement.getValue(dim);" qui est ds le afterSimulation ? Vous pouvez ajouter le code suivant au debut de votre méthode afterSimulation : // contournement d'un bug d'isis if(matrixDebarquement == null) { init(context); } -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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