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[Isis-fish-user] modifier les effectifs initiaux
by chirine HUSSEIN 11 May '09

11 May '09

Bonjour à tous, dans le script de l'analyse de sensibilité, je voudrais modifier les effectifs initiaux , y-a-il une moyenne? j'ai regardé dans l'API, mais je pense qu'il y a rien? merci chirine

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[Isis-fish-user] analyse de sensibilité
by chirine HUSSEIN 07 May '09

07 May '09

Bonjour à tous, Toujours pour l’analyse de sensibilité , mon plan d’analyse pour 9 paramètres, à priori, j’ai un problème avec un seul (facteur de ciblage) , dans l’interface Editeur de script, le plan d’analyse est correcte, mais les simulations ne tournent pas, et quand j’enlève tous ce qui concerne le facture de ciblage (dans le script), les simulations tournent bien. Je vous envoie le script du plan d’analyse, et le fichier d’erreur. Pourrez-vous jeter un coup d’œil. Merci bien pour l’avance. Chirine

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[Isis-fish-user] Résultats d'une simulation : uniquement abondances / Bug si temps de simu trop long
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 07 May '09

07 May '09

Bonjour les ISISiens, j'ai fait tourner quelques simus, et 2 soucis, si vous pouvez m'éclairer : 1) une des simus a très bien fonctionné, elle a calculé les abondances de l'espèce sur 5 ans...par contre, quand j'essaye d'afficher l'évolution des captures, là ça ne marche plus, ISI me laisse un graphique tout blanc, sans aucune valeur... 2) j'ai essayé de lancer une simu sur un pas de tps plus long (10 à 30 ans) et ça tourne pour la première année (mais sacrément long) et puis ça bugg...est-ce trop lourd ? Un souci de mémoire ? Merci Delphine

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Re: [Isis-fish-user] Plan d'Analyse ne s'ajoute pas dans l'onget Analys de sensibilité
by Eric Chatellier 28 Apr '09

28 Apr '09

Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Oui, mais NaturalDeathRate est un string et pas un double...je ne peux > donc pas modifier la ligne "string mortalitenaturelle" en "double > mortalitenaturelle" et quel est sa valeur par exemple ? une équation (comme le demandais Sigrid) ? > Le souci c'est que je ne comprends pas ce que signifie i.hasNext() par > exemple. Pour MatrixIterator, il me semble comprendre que cela > correspond à la nouvelle matrice que l'on va créer ds l'analyse de > sensibilité, pour remplacer les valeurs actuelles de la matrice > mortalité naturelle ( MatrixND mn ?). mais je ne sais pas à quoi > correspondent "i.hasNext(), "i.next()" et "i.setValue"... > Pouvez-vous m'éclairer là-dessus ? Un itérateur est un pointeur sur un élément de la matrice. - i.hasNext() renvoie vrai, s'il y a encore un élément après l'élément courant - i.next() déplace le pointeur sur le prochain élément. - i.setValue() change la valeur actuellement pointer Donc pour une matrice de double, i.getValue() est un double aussi. > Merci > delphine PS : pouvez vous répondre sur isis-fish-user(a)lists.labs.libre-entreprise.org on vous répondra mieux que moi, je pense ;) -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Isis-fish-user] [Fwd: avec le script c'est mieux]
by Sigrid LEHUTA 28 Apr '09

28 Apr '09

-------- Message original -------- Sujet: avec le script c'est mieux Date: Tue, 28 Apr 2009 15:48:56 +0200 De: Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr Pour: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Références: <20090424154608.9nxxssik0s44skcw(a)www.ifremer.fr> <49F1C30E.1010508(a)codelutin.com> <49F1C41C.40309(a)codelutin.com> <20090428114147.vdio0m5s048kg4wo(a)www.ifremer.fr> <49F6D4CA.1070409(a)codelutin.com> <49F6FA36.1050700(a)ifremer.fr> Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : > En fait , j ai pas ton script mais dans > > NATURALDEATHRATE > > tu mets (a priori) l'equation de mortalité, non ? donc un string non ? > > Eric Chatellier a écrit : >> Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : >> >>> Bonjour, >>> >> Bonjour, >> >>> j'ai encore un petit pb avec le script PlanAnalyse....il reste juste >>> un petit souci au niveau de la ligne 300, pour la mortalité naturelle >>> (j'ai réussi à régler le pb de la capturabilité). J'ai vu sur le wiki >>> que la valeur est un "double", mais il semble que le script attende >>> qqch en "string"...je ne sais pas comment tourner le script pour faire >>> ça... >>> >>> Pourriez-vous m'indiquer quelques conseils ? >>> >>> >> La methode attend bien un double. >> >> Mais en argument, vous essayez de multiplié un double et un string >> (mortalitenaturelle) ce qui n'a pas de sens. >> >> Au lieu de : >> String mortalitenaturelle = getString(NATURALDEATHRATE, simNum); >> ne faut-il pas mettre : >> double mortalitenaturelle = getDouble(NATURALDEATHRATE, simNum); >> >>> Ci-joint le script >>> >>> Merci >>> Delphine >>> > > -- > Sigrid LEHUTA > ~ ><> ~ > Doctorante > Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique > IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 > Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 > > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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Re: [Isis-fish-user] Plan d'Analyse ne s'ajoute pas dans l'onget Analys de sensibilité
by Eric Chatellier 28 Apr '09

28 Apr '09

Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Bonjour, Bonjour, > j'ai encore un petit pb avec le script PlanAnalyse....il reste juste > un petit souci au niveau de la ligne 300, pour la mortalité naturelle > (j'ai réussi à régler le pb de la capturabilité). J'ai vu sur le wiki > que la valeur est un "double", mais il semble que le script attende > qqch en "string"...je ne sais pas comment tourner le script pour faire > ça... > > Pourriez-vous m'indiquer quelques conseils ? > La methode attend bien un double. Mais en argument, vous essayez de multiplié un double et un string (mortalitenaturelle) ce qui n'a pas de sens. Au lieu de : String mortalitenaturelle = getString(NATURALDEATHRATE, simNum); ne faut-il pas mettre : double mortalitenaturelle = getDouble(NATURALDEATHRATE, simNum); > Ci-joint le script > > Merci > Delphine -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Isis-fish-user] Plan d'Analyse ne s'ajoute pas dans l'onget Analys de sensibilité
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 24 Apr '09

24 Apr '09

Bonjour les ISIS user j'ai un petit souci avec l'analyse de sensibilité. J'essaye de télécharger mon fichier PlanAnalyse depuis la fenêtre du lanceur de simulations, mais ça ne marche pas. J'ai placé mon fichier Plananalyse dans le dossier "AnalysePlan" de isis-database-3 (avec les 2 autres fichiers Calibration et Max qui y sont par défaut). J'arrive à trouver mon fichier dans la liste déroulante, cependant, lorsque je fais "ajouter", il ne se passe rien, il n'apparaît pas dans la fenêtre en-dessous... Qu'est-ce que j'ai mal fait ? Est-ce que ça peut provenir d'une erreur dans le script ? Ou peut-être le fichier n'est pas placé au bon endroit ? Merci Delphine

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Re: [Isis-fish-user] analyse sensibilité, et calibration
by Bastien Preuss 17 Apr '09

17 Apr '09

Sigrid à écrit : Salut Bastien, c'est bien ça tu as tout compris ! (petite précision la calibration c'est de l'optimisation de la valeur du/des paramètres par rapport à un objectif, c'est différent de l'incertitude, même si on calibre en général en effet des paramètres mal connus) autre chose on peut faire de l optimisation avec des simu indépendantes et de l analyse de sensibilité avec des simu dépendantes: "tout est possible !" (Thuram, 1998) sur le wiki ce sont juste des exemples. Delphine et toi créerez bientot vos propres scripts de calibration et sensibilité que vous posterez sur le wiki ! Autre info interessante : dans la nouvelle version qui marche pas encore top, il y aura une interface analyse de sensibilité pour lancer des analyses simples sans coder... Pour Java faudra y passer mais ca sera plus facile à comprendre quand tu auras lu l'algo du simplex en francais(anglais?) dans le bouquin de Walters et ya le site de sun avec de tres bons tutoriaux http://java.sun.com/docs/books/tutorial/ et ya aussi plein de forums sur internet (c est comme ca que j ai appris petit a petit)

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[Isis-fish-user] analyse de sensibilité et calibration
by Bastien Preuss 17 Apr '09

17 Apr '09

Bastien Preuss a écrit : > > Salut Sigrid, > > Je continue sur quelques questions sur les SA et calibration, je > commence tout juste à regarder comment ça marche, du coup je ne > comprends pas tout encore. Jai lu le Wiki et les scripts (mais le > Java cest encore du charabia pour moi J ). Donc je comprends à peut > près en quoi consiste les 2 approches, mais je me pose une question : > pour lanalyse de sensibilité on peut faire les simulations pour avoir > différentes sorties du modèle en fonction de modalités choisies prises > par des facteurs, mais les sorties de ces simus sont à analyser en > dehors dIsis (avec R par exemple), pour conclure sur la sensibilité > du modèle aux paramètres étudiés ? cest ça ? > > Concernant la calibration, là on fait varier la valeur dun (ou > plusieurs) paramètre en fonction des sorties du modèle de la simu > davant, et donc on minimise lécart entre les sorties et des données > de terrains permettant de réduire lincertitude sur ce paramètre > directement à lintérieur de ISIS? cest ça ? > > Merci > > A très bientôt. > > Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 791 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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[Isis-fish-user] Supprimer un script devenu inutile
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 07 Apr '09

07 Apr '09

Bonjour à tous, j'essaye désespérément d'accéder aux archives de la liste users, mais impossible de me connecter....du coup je ne peux pas rechercher l'info qui me manque (et dont la réponse est je suppose toute simple...). Alors voilà : comment faire pour supprimer des modèles qui ne servent à rien ? (j'avais créé des modèles "essai" ou autres, mais qui ne sont pas les définitifs). J'ai essayé directement depuis l'interface ISIS, ça ne marche pas...je suis allée ds l'interface "script", puis "supprimer" sur le nom du script en question...ne marche pas...(me dit que je n'ai pas le droit de le supprimer ??!!!). Dois-je tout simplement supprimer le fichier texte dans le dossier "formules" ? Et il me semble avoir entraperçu cette info sur le site ISIS, mais aujourd'hui, je n'arrive pas à la retrouver. Merci Delph

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