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Analyse de sensibilité
by Etienne JOUBERT 04 Jul '23

04 Jul '23

Bonjour à tous, J'espère que vous allez bien. Je rencontre une erreur JAVA lorsque je tente de réaliser l'analyse de sensibilité de mon modèle. Cette erreur arrive uniquement lorsque l'AS concerne des paramètres compris dans une équation (avec Ktemp). Tout se passe bien avec des paramètres "solitaires" comme l'accessibilité ou le facteur de standardisation. Si l'AS ne tourne pas quand je la lance, l'erreur est déjà détectable dans le volet analyse de sensibilité lorsque je re-sélectionne les Facteurs que j'ai ciblé pour l'AS. Je vous mets l'erreur en pj avec l'espoir que l'un d'entre vous ait la solution. Merci et excellente journée à tout le monde ! Etienne

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '23

30 Jun '23

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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intelIJ
by Sigrid LEHUTA 30 Jun '23

30 Jun '23

Hello, j'essaie d'utiliser Intel IJ pour faire du code ISIS mais j ai oublié comment le configurer pour avoir les suggestions de methodes pour les objets et toutes les fonctionnalités pratiques. Est ce que vous pourriez envoyer un rapide recap ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Calibration
by aricouar 12 Jun '23

12 Jun '23

Bonjour les "ISISusers", c'est encore moi ! Voici l'objet de ma nouvelle bouteille à la mer : J'essaye de réaliser la calibration des accessibilités d'une espèce de raie (Raja clavata). Dans mon modèle, la population n'a qu'un groupe (groupe 0). Il y a une erreur dans la simulation 31 sur les 55 de la première génération : 2023-06-06 12:57:08,299 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (SqlExceptionHelper.java:142) logExceptions - Table "POPULATION" non trouvée Table "POPULATION" not found; SQL statement: select population0_.topiaId as topiaid1_11_, population0_.topiaVersion as topiaver2_11_, population0_.topiaCreateDate as topiacre3_11_, population0_.name as name4_11_, population0_.geographicId as geograph5_11_, population0_.plusGroup as plusgrou6_11_, population0_.growth as growth7_11_, population0_.growthReverse as growthre8_11_, population0_.comment as comment9_11_, population0_.meanWeight as meanwei10_11_, population0_.price as price11_11_, population0_.naturalDeathRate as natural12_11_, population0_.fishingMortalityOtherFleets as fishing13_11_, population0_.caractBioComment as caractb14_11_, population0_.reproductionEquation as reprodu15_11_, population0_.monthGapBetweenReproRecrutement as monthga16_11_, population0_.recruitmentDistribution_name as recruit17_11_, population0_.recruitmentDistribution_dim as recruit18_11_, population0_.recruitmentDistribution_dimNames as recruit19_11_, population0_.recruitmentDistribution_semantics as recruit20_11_, population0_.recruitmentDistribution_data as recruit21_11_, population0_.recruitmentEquation as recruit22_11_, population0_.recruitmentComment as recruit23_11_, population0_.zonesComment as zonesco24_11_, population0_.seasonsComment as seasons25_11_, population0_.capturabilityComment as captura26_11_, population0_.migrationComment as migrati27_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_name as mapping28_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dim as mapping29_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dimNames as mapping30_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_semantics as mapping31_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_data as mapping32_11_, population0_.capturability_name as captura33_11_, population0_.capturability_dim as captura34_11_, population0_.capturability_dimNames as captura35_11_, population0_.capturability_semantics as captura36_11_, population0_.capturability_data as captura37_11_, population0_.capturabilityEquationUsed as captura38_11_, population0_.capturabilityEquation as captura39_11_, population0_.maturityOgiveEquation as maturit40_11_, population0_.reproductionRateEquation as reprodu41_11_, population0_.fbarGroupMin as fbargro42_11_, population0_.fbarGroupMax as fbargro43_11_, population0_.abundanceReferenceMonth as abundan44_11_, population0_.computeFOnLandings as compute45_11_, population0_.species as species46_11_ from population population0_ where population0_.name=? limit ? [42102-199] 2023-06-06 12:57:08,306 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (InProcessSimulatorLauncher.java:483) localSimulateSameThread - Error during simulation javax.persistence.PersistenceException: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement Cela évoque-t-il quelque chose à quelqu'un ? Ci-joint également : * les debugs : pbs, R, et le debug ISIS contenant l'erreur (les autres n'en contiennent pas, a priori) * les deux règles utilisées lors de la calibration * la region utilisée * les répertoires master et data_calib utilisés * le script R "calibr_run" * le script main * la simu isis préparée Merci pour toute aide :)

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Fwd: [marbec-tous] Lien Zoom Soutenance de thèse Dedah AHMED BABOU, MARDI 13 JUIN 2023 / 14H00 À MONTPELLIER
by dedah.ahmed-babou＠ird.fr 05 Jun '23

05 Jun '23

PI. De: "Isabelle VIDAL AYOUBA" <isabelle.vidal-ayouba(a)ird.fr> À: marbec-tous(a)listes.ird.fr Envoyé: Lundi 5 Juin 2023 13:06:13 Objet: [marbec-tous] Lien Zoom Soutenance de thèse Dedah AHMED BABOU, MARDI 13 JUIN 2023 / 14H00 À MONTPELLIER Bonjour, Dedah AHMED BABOU soutiendra sa thèse MARDI 13 JUIN 2023 à 14H00 en salle 09, bâtiment 36, 1er étage, à la Faculté des Sciences de Montpellier (informations en pièce jointe). Le lien Zoom pour suivre la soutenance à distance est le suivant : [ https://umontpellier-fr.zoom.us/j/92968675588 | https://umontpellier-fr.zoom.us/j/92968675588 ] Bien cordialement, Isabelle. -- -- [ mailto:isabelle.vidal-ayouba@ird.fr | Isabelle Vidal Ayouba ] Communication et publications [ https://www.umr-marbec.fr/ | Site web MARBEC ] [ https://hal.umontpellier.fr/MARBEC/ | Collection MARBEC dans HAL ] UMR MARBEC 248 / 9190 Avenue Jean Monnet CS 30171 34203 Sète cedex tel +33 (0)499 573 256 En congés le mercredi après-midi [ http://www.umr-marbec.fr/ ]

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.7.4 released
by Eric Chatellier 02 Jun '23

02 Jun '23

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.7.4 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #11873: Les facteurs discret de type matrice ne sont pas gérés #11963: Les fichiers d'imports des matrices sont lus avec l'encoding système par défaut Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/7609/isis-fish-4.4.7.4-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Fwd: [marbec-tous] Soutenance de thèse Dedah AHMED BABOU, MARDI 13 JUIN 2023 / 14H00 À MONTPELLIER
by Stephanie MAHEVAS 26 May '23

26 May '23

Bonjour à tous Dedah soutient sa thèse e 13 juin prochain ! Pour celles et ceux qui sont interessées, je ferai suivre le lien zoom dès que je l'aurais. Bon we Stephanie -------- Message transféré -------- Sujet : [marbec-tous] Soutenance de thèse Dedah AHMED BABOU, MARDI 13 JUIN 2023 / 14H00 À MONTPELLIER Date : Fri, 26 May 2023 16:15:06 +0200 De : Isabelle VIDAL AYOUBA, Sete IRD, 04 99 57 32 56 <isabelle.vidal-ayouba(a)ird.fr> Répondre à : Isabelle VIDAL AYOUBA, Sete IRD, 04 99 57 32 56 <isabelle.vidal-ayouba(a)ird.fr> Pour : marbec-tous(a)listes.ird.fr Bonjour, *Dedah AHMED BABOU*soutiendra sa thèse MARDI 13 JUIN 2023 à 14H00 en*salle SC36.09**à la Faculté des Sciences de Montpellier* 30, Place E. Bataillon, 34095 Montpellier (informations en pièce jointe). Le lien Zoom vous sera communiqué ultérieurement. Bon week-end, Isabelle. -- -- Isabelle Vidal Ayouba <mailto:isabelle.vidal-ayouba@ird.fr> Communication et publications Site web MARBEC <https://www.umr-marbec.fr> Collection MARBEC dans HAL <https://hal.umontpellier.fr/MARBEC/> UMR MARBEC 248 / 9190 Avenue Jean Monnet CS 30171 34203 Sète cedex tel +33 (0)499 573 256 /En congés le mercredi après-midi/ Logo MARBEC <http://www.umr-marbec.fr>

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Problème mdp Datrmor
by Antoine RICOUARD 26 May '23

26 May '23

Bonjour Eric, J'ai tenté l'autre jour de lancer une simulation sur Datarmor, en passant par l'interface ISIS. Lorsqu'il m'a demandé le mot-de-passe, j'ai rentré mon mot-de-passe habituel dans la boîte de dialogue, ça n'a pas marché (je précise que je n'avais fait aucun réglage préalable avant de lancer la simulation sinon de choisir Datarmor au moment du lancement). Non seulement, il n'a pas accepté mon mot-de-passe, mais maintenant, à chaque fois que je démarre ISIS, ordinateur connecté à internet, il ouvre une fenêtre me demandant le mot-de-passe. Si je ferme la fenêtre, elle revient au bout de quelques secondes si bien que je ne peut plus utiliser ISIS sauf à travailler hors ligne. Comment résoudrte ce problème ? Merci. -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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java heap space
by Stephanie MAHEVAS 23 May '23

23 May '23

Bonjour ci-joint le debug d'une simu qui a planté à cause d'un pb de memoire... cela me fait penser au pb pour la pecherie merlu du GdG je mets aussi la pecherie merci de ton aide Bonne soirée Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Problèmes dans les simulations
by aricouar 09 May '23

09 May '23

Bonjour Eric, Nous rencontrons des difficultés à faire tourner la base nouvellement paramétrée d'ISIS (base ci-jointe). Lorsque nous lançons la base avec toutes les espèces SAUF Raja_clavata et Leucoraja_naevus (ces espèces-là ont d'autres problèmes), la simulation tourne à première vue normalement mais arrivée au mois décembre 1, la simulation ne progresse plus. On reste à décembre 1 pendant très très longtemps, pourtant ISIS ne renvoie pas d'erreur. Si on regarde le debug (ci-joint), on observe depuis le début de la simulation ce message : 023-05-05 17:36:45,358 INFO [Thread-18] (SubProcessSimulationLauncher.java:284) run - dans un sous processus>2023-05-05 17:36:45,358 WARN [SimThread sim_Ref_MACCO_BoB_NoRaysAllStr_2015to2018_2023-05-05-16-40] (PopulationSeasonInfoImpl.java:516) getMigrationMatrix - Erreur dans la migration, un coef est negatif Nous ne comprenons pas pourquoi des coefficients sont négatifs ni si cela est lié au fait que la simulation ne progresse plus à partir de décembre 1. Un idée ? -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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