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Email Error Alert
by list.isis-fish.org Sept. 28, 2025

Sept. 28, 2025

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Pb forçage de l'effort
by dedah.ahmed-babou＠ird.fr Sept. 26, 2025

Sept. 26, 2025

Bonjour à tous, Je voudrais adapter un script de forçage de l'effort de pêche suivant le mois et la stratégie pour chaque année séparement. Les fichiers de donnée, de script et de log de simu sont ci-joint. Mon problème en est que les captures restent nulles à la fin de chaque simulation. Si quelqu'un a une idée. Merci par avance. Dedah.

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Suspension Notice
by list.isis-fish.org Aug. 25, 2025

Aug. 25, 2025

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2025

June 30, 2025

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Restaurer les param d'une simulation : nb of months non restauré
by Sigrid LEHUTA June 11, 2025

June 11, 2025

Bonjour, isis V4.4.8.1 : j'utilise la fonction tres pratique "Restaurer les paramètres d'une simulation" à partir du parameter.properties. Tout fonctionne bien sauf : - le nb de mois de simus qui reste à 12. - les exports qui ne sont pas tous sélectionnés Peut on corriger ce bug s'il vous plait, merci. Sigrid -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish March 31, 2025

March 31, 2025

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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comment isis peut-il comprendre : fr.ifremer.isisfish.types.Month:0, 1, 10, 11, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ?
by Sigrid LEHUTA March 10, 2025

March 10, 2025

Bonjour, dans un fichier semantics j'ai cet entete [132,12] Strategy:1_Bretons @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL, .... fr.ifremer.isisfish.types.Month:0,1,10,11,2,3,4,5,6,7,8,9 je ne comprends pas qu'isis parvienne a manipuler le fichier alors que ce ne sont pas des noms d'objet Month qui sont donnés. Il fait le lien entre le MonthNumber et le month automatiquement ? Merci -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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erreur en utilisant foreach sur une queue mpi sur datarmor (parallel::mclapply marche)
by Sigrid LEHUTA March 5, 2025

March 5, 2025

Bonjour, j'ai eu un problème de parallélisation sur datarmor, ca a fini par marcher mais je ne comprends pas pourquoi ! Si qqn peut m'aider a sortir de mon ignorance sur le fonctionnement de la parallelisation je serai tres reconnaissante car c'est frustrant et pas tres efficace de bricoler comme ça. Merci !!! j'utilise un script R pour lancer des run isis en parallele sur mpi-6 sur datarmor. J'ai 2 méthodes qui sont des copier/coller de codes plus anciens mais j'avoue ne pas trop comprendre comment ils marchent. Le premier c est notre méthode habituelle de calibration et l'autre je l'ai déterré, car le premier ne marchait pas. Quelle difference entre les 2 ? Pourquoi foreach ne marche pas dans ce cas ? *Methode 1 : utilise package foreach, il a tres bien marché pour lancer des LHS jusqu'ici mais là j'ai l'erreur ci-dessous. Ca pourrait être lié à un conflit de package d'après internet...??? Ou alors ils ont changé qqch sur datarmor ? --------------------------------------------------------------------- library(doParallel, include.only = c("registerDoParallel")) # pour éviter d’écraser `makeCluster` library(foreach) cl <- makeCluster(parallel::detectCores()) registerDoParallel(cl) tmp <- foreach(i = simus) %dopar% { # lancer simul nomSimul_i <- sprintf("%s_%04d", Sys.getenv("SIMUL_BASENAME"), i) debug_file <- file.path(Sys.getenv("PBS_O_WORKDIR"),"debugISIS.log") system2("myIsis", args = nomSimul_i, stdout = debug_file, stderr = debug_file) } Error in makeMPIcluster(spec, ...) : MPI cluster of size 167 already running Calls: makeCluster -> makeMPIcluster Execution halted --------------------------------------------------------------------- *Methode 2 : fonctionne avec parallel et la fonction mclapply mais je ne sais pas pourquoi ca marche et pas l'autre. mclapply(seq(0, N_SIM), mc.cores = parallel::detectCores(), function (i){ # lancer simul nomSimul_i <- sprintf("%s_%04d", Sys.getenv("SIMUL_BASENAME"), i) debug_file <- file.path(Sys.getenv("PBS_O_WORKDIR"),"debugISIS.log") system2("myIsis", args = nomSimul_i, stdout = debug_file, stderr = debug_file) }) -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins :https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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est ce qu'un plan de simu tourne sur datarmor ?
by Sigrid LEHUTA Feb. 28, 2025

Feb. 28, 2025

Hello, si je lance sur datarmor une simu preparée en local contenant un plan de simulation. ca va marcher ? Merci -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2024

Dec. 31, 2024

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