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erreur simulation
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 15 Oct '15

15 Oct '15

Re, je viens de lancer une simu avec pas mal de règles qui tournait sans problème avant mon export de base et qui maintenant pose problème dans une règle que je n'ai pas touché... Elle ne s'arrete pas et j'ai un message d'erreur pourtant j'ai des resultats et des exports Tu peux regarder Eric? Je te mets mon debug et le repertoire de simu sans les exports et les resultats. C'est avec la base que j'ai envoyée ce matin. merci stephanie

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message d'erreur à l'export d'une base
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 15 Oct '15

15 Oct '15

Bonjour ca fait plusieurs fois que j'ai un message d'erreur à l'export de ma base. La base s'exporte qd même et ca ne semble pas poser de reel probleme (c'est bien pour ça que je n'ai jamais envoyé ce message). Mais bon c'est etrange. Je mets le message d'erreur et j'attache ma base exportee (version 4.3.1.2 d'ISIS). merci Stephanie fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get entity for id fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegion#1169026661737#0.3357275559105304 at fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeRenderer.getTreeCellRendererComponent(FisheryTreeRenderer.java:125) at javax.swing.plaf.synth.SynthTreeUI.paintRow(Unknown Source) at javax.swing.plaf.synth.SynthTreeUI.paint(Unknown Source) at javax.swing.plaf.synth.SynthTreeUI.update(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintComponent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JViewport.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JSplitPane.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at javax.swing.JLayeredPane.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintChildren(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paintToOffscreen(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager$PaintManager.paintDoubleBuffered(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager$PaintManager.paint(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager.paint(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.paint(Unknown Source) at java.awt.GraphicsCallback$PaintCallback.run(Unknown Source) at sun.awt.SunGraphicsCallback.runOneComponent(Unknown Source) at sun.awt.SunGraphicsCallback.runComponents(Unknown Source) at java.awt.Container.paint(Unknown Source) at java.awt.Window.paint(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager.paintDirtyRegions(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager.paintDirtyRegions(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager.prePaintDirtyRegions(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager.access$700(Unknown Source) at javax.swing.RepaintManager$ProcessingRunnable.run(Unknown Source) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: Ce contexte a été fermé, impossible de réaliser l'opération findById at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.checkClosed(TopiaContextImpl.java:902) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.findByTopiaId(TopiaContextImpl.java:912) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeRenderer.getTreeCellRendererComponent(FisheryTreeRenderer.java:89) ... 60 more

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '15

30 Sep '15

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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erreur au lancement d'une simulation avec ISIS-fish 4.3.2
by Stephanie MAHEVAS 30 Sep '15

30 Sep '15

voici le message... merci Stephanie fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Can't prepare information for simulation at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.prepareSimulationZipFile(SimulationService.java:912) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:406) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1047) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:366) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:619) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) at $Proxy3.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.backup at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.backup(TopiaContextImpl.java:1157) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.prepareSimulationZipFile(SimulationService.java:752) ... 46 more Caused by: org.hibernate.PessimisticLockException: could not extract ResultSet at org.hibernate.dialect.H2Dialect$2.convert(H2Dialect.java:342) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:49) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:126) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:112) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.extract(ResultSetReturnImpl.java:91) at org.hibernate.loader.Loader.getResultSet(Loader.java:2066) at org.hibernate.loader.Loader.executeQueryStatement(Loader.java:1863) at org.hibernate.loader.Loader.executeQueryStatement(Loader.java:1839) at org.hibernate.loader.Loader.doQuery(Loader.java:910) at org.hibernate.loader.Loader.doQueryAndInitializeNonLazyCollections(Loader.java:355) at org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2554) at org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2540) at org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2370) at org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2365) at org.hibernate.loader.custom.CustomLoader.list(CustomLoader.java:353) at org.hibernate.internal.SessionImpl.listCustomQuery(SessionImpl.java:1873) at org.hibernate.internal.AbstractSessionImpl.list(AbstractSessionImpl.java:311) at org.hibernate.internal.SQLQueryImpl.list(SQLQueryImpl.java:141) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.backup(TopiaContextImpl.java:1154) ... 47 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Timeout trying to lock table "POPULATION"; SQL statement: SCRIPT TO 'C:\Users\smahevas\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1443519438720-preparation\data-backup.sql.gz' COMPRESSION GZIP [50200-176] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:344) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:178) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:154) at org.h2.table.RegularTable.doLock(RegularTable.java:530) at org.h2.table.RegularTable.lock(RegularTable.java:464) at org.h2.command.dml.ScriptCommand.query(ScriptCommand.java:226) at org.h2.command.CommandContainer.query(CommandContainer.java:91) at org.h2.command.Command.executeQuery(Command.java:197) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeQuery(JdbcPreparedStatement.java:109) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.extract(ResultSetReturnImpl.java:82) ... 61 more -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Journée annuelle des utilisateurs/développeurs ISIS
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 29 Sep '15

29 Sep '15

Bonjour à tous comme tous les ans nous organisons la journée des utilisateurs/développeurs ISIS. Au menu des réjouissances, évolutions, applications, projets en cours et à venir! Cette année la ISIS's party se tiendra le 15 décembre à Nantes en salle 3. Merci de bloquer cette date dans votre agenda et pour ceux qui viennent de loin d'engager leur mission. A très bientôt Stéphanie et Sigrid

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Fonction pour Zone
by Francois Timon 01 Sep '15

01 Sep '15

Bonjour, Je souhaiterai connaitre la fonction qui renvoi la liste de toute les zones définis pour une région. Cordialement

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scripts d'export qui ne fonctionnent pas
by Sigrid Lehuta 08 Jul '15

08 Jul '15

Salut, j'ai crée des exports qui complilent mais n'ont pas fonctionné (le csv est vide) Peux tu trouver l'erreur? Sinon tu crois qu'ils marchent si store result on disk est different de -1 ? Merci

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Message d'erreur dans rendu des résultats
by Francois TIMON 25 Jun '15

25 Jun '15

Bonjour, Après avoir fait tourner des simulations je souhaite accéder à mes matrice d'abondances dans les résultats. Or, pour certaines espèces, je n'arrive pas à accéder aux matrices, en sélectionnant toutes les zones et tous les mois par exemple, j'obtiens le message d'erreur suivant : java.lang.IllegalArgumentException: Color parameter outside of expected range: Red Green Blue at java.awt.Color.testColorValueRange(Unknown Source) at java.awt.Color. (Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.map.Motif.createOMDataMap(Motif.java:200) at fr.ifremer.isisfish.map.DataMapList.createOMGraphicList(DataMapList.java:237) at fr.ifremer.isisfish.map.ResultatLayer.generateGraphics(ResultatLayer.java:243) at fr.ifremer.isisfish.map.ResultatLayer.setDataMapList(ResultatLayer.java:101) at fr.ifremer.isisfish.map.ResultatLayer.setMatriceInfo(ResultatLayer.java:193) at fr.ifremer.isisfish.ui.result.MatrixMapRenderer.getComponent(MatrixMapRenderer.java:79) at org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.performRendering(MatrixViewerPanel.java:322) at org.nuiton.math.matrix.viewer.MatrixViewerPanel$IconButtonRenderingPanel.actionPerformed(MatrixViewerPanel.java:303) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

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AS - pas de resultats dans isis.simule du Rdata
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 23 Jun '15

23 Jun '15

Bonsoir, je suis bien embetee car dans l'objet isis.simule de mon Rdata, il n'y a pas les valeurs des outputs selectiones (ils sont pourtant bien dans le repertoire sensitivityResults de chaque simu de l'as et quand je demande l'analyse dans l'interface elle se fait comme il faut). Toutes les simu ont tournees sans probleme. quelqu'un a t-il une idee? j'ai attache la simu sans les results et sans les exports + le Rdata genere. Merci Steph

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Fonction Isis pour zones
by Francois TIMON 19 Jun '15

19 Jun '15

Bonjour, Je suis à la recherche de la fonction dans ISIS qui permet de récupérer toutes les zones définies dans une région. On m'a parlé de la classe SiMatrix mais je ne retrouve pas les détails de cette classe sur les API : ISIS, NuitonMatrix et même Java. Quelle fonction dois-je utiliser ? Ou sinon où puis-je trouver les détails de la classe SiMatrix ? Merci d'avance. Cordialement

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