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equation de croissance en mois : exemple utile
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 11 Mar '15

11 Mar '15

Hello, j ai fait une equation pour que la taille s'incrémente tous les mois à toutes fins utiles : // Attention age in months (1 yo = 12) // Atlas CHARMIII double Linf = 37.7; double K = 0.3; double T0 = -0.84; int mon = context.getSimulationControl().getStep().getMonth().getMonthNumber(); double result = Linf*(1.0-Math.exp((-K*(((age+mon)/12)-T0)))); return result; -- Sigrid Lehuta Post doctoral research associate Ifremer Boulogne sur mer contact : slehuta(a)ifremer.fr Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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ISIS 4.3.1.1 SNAPSHOT : plantages de plans de simulation en local
by Audric Vigier 05 Mar '15

05 Mar '15

Bonjour à tous, Hier j'ai lancé 5 vieux plans de simulation qui datent de mon stage en parallèle et en local sur mon PC. Au lancement aucun souci, ça tourne bien et ça tourne vite =) En revenant ce matin, j'ai constaté que mon PC a eu la main verte car 4 plans ont planté entre temps. Dans le debug, je retrouve des messages d'erreur pour deux d'entre eux (voir mon extrait de debug, regroupant les lignes contenant "error" et leur contexte (100 lignes avant et après) + les numéros de ligne): ERROR [main] (SqlExceptionHelper.java:146) logExceptions - Error opening database: "Could not save properties C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_CalibRecuitValeurConseil10delta_2015-03-03-11-39_334/data/data.lock.db" [8000-176] ERROR [main] (InProcessSimulatorLauncher.java:148) simulate - Can't do simulation sim_CalibRecuitValeurConseil10delta_2015-03-03-11-39_334 org.hibernate.exception.JDBCConnectionException: Error calling Driver#connect ERROR [main] (SqlExceptionHelper.java:146) logExceptions - Error opening database: "Could not save properties C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_CalibRecuitValeurConseil10delta_2015-03-03-11-39_334/data/data.lock.db" [8000-176] Pour les 2 autres plans, aucune trace du problème dans le debug. Les plantages ont eu lieu à plusieurs heures d'écart à chaque fois. Comme piste, j'ai repensé au fait que mes 5 plans sont amenés à consulter entre chaque simulation un fichier .csv, c'est le même pour tous. Si ce fichier est consulté 2 fois au même moment, est-ce que ça peut être l'origine de mon problème? -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 98 22 40 40 (3407)

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Changement du dossier de stockage des simus ISIS sur caparmor ?
by lgasche＠ifremer.fr 10 Feb '15

10 Feb '15

Bonjour, J'ai demandé à Tina 64 coeurs sur caparmor, ce qui ne semble pas leur poser de problème. Par contre elle demande si on peut changer le dossier de stockage de nos simus sur caparmor par celui-ci : /home/trash/Users/5days_Max/lgasche Est-ce faisable ? Comment ? Si ce n'ai pas faisable ça ne devrait pas être trop grave vu que les simus de l'AS devraient être assez légères, mais bon. Loïc ----- Message transféré de Tina.Odaka(a)ifremer.fr ----- Date : Fri, 6 Feb 2015 13:37:23 +0100 De : Tina Odaka <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Objet : Re: 64 cores ? À : "lgasche(a)ifremer.fr" <lgasche(a)ifremer.fr> Cc : Dcroizef <dcroizef(a)ifremer.fr> Hi loic For64, I asked denis to take care of that since I'm not at work today Also, We've created you a disc space which have better access; Can you plz try to use /home/trash/Users/5days_Max/lgasche as your space you put your temporally Isis-fish disk space before you submit your 9999 jobs?? Thanks Tina 5 févr. 2015 08:30、lgasche@ifremer.fr のメッセージ: > Hi Tina, > > I hope you managed to solve the preoblems with caparmor. > > You asked me to remind you of our need of 64 cores for ISIS on thursday. > > Loïc > ----- Fin du message transféré -----

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64 coeurs queue ISIS-Fish ?
by lgasche＠ifremer.fr 06 Feb '15

06 Feb '15

Bonjour Tina, Après une assez longue phase d'amélioration des performances d'ISIS (des simus qui prenaient 4 heures prennent désormais 12 minutes), nous allons avoir besoin de lancer à nouveau des simulations assez lourdes sur caparmor. En faisant des tests ce weekend j'ai remarqué que la queue ISIS ne disposait plus que de 32 coeurs. Serait-il possible de ré-augmenter ce nombre à 64 provisoirement afin que nous puissions faire tourner nos analyses de sensibilité plus rapidement ? Loïc

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Temps de simulation variables pour plans en // sur Caparmor
by Audric Vigier 05 Feb '15

05 Feb '15

Bonjour, J'ai remarqué il y a quelques temps que mes plans d'optimisation étaient extrêmement lents sur Caparmor (pour 16 plans en //, 5-6 simus se réalisaient toutes les heures pour chaque plan, au lieu d'une 20aine d'habitude, avec la même version d'ISIS-Fish). Etant donné qu'il était possible que le problème vienne de Caparmor, qui n'est pas en grande forme ces derniers temps, ou de moi, qui aurait pu mal lancer les plans, j'ai fait quelques tests avec la simu, l'optimization et la région en PJ : On simule sur 1 ou 10 ans x On fait 1, 8 ou 16 plans en // sur Caparmor J'ai calculé une "vitesse" pour chaque cas, qui correspond au nb moyen de simus réalisé en une heure pour chaque plan d'optim. Résultats: -Pour des simus qui durent un an ou 10 ans, les vitesses sont identiques! Ce n'est pas normal : j'ai bien vérifié au moment de lancer les plans que mes simus duraient 1 ou 10 ans. En regardant les simulation.log dans les dossiers de simulations, j'ai bien vu que les simus duraient le temps que je leur avais indiqué. J'y ai aussi vu les temps de calcul : en 1 an , les simus durent environ 40 sec, celles en 10 ans se font en 2 min. Malgré tout, elles mettent le même temps à se faire sur Caparmor -Plus inquiétant : plus il y a de plans en //, plus c'est lent! 18 simus/h pour un seul plan; environ 9-10 simus/h pour 8 plans; environ 5-6 simus/h pour 16 plans. Ce qui m'étonne, quand il y en a 16 en //, c'est qu'il se déroule environ 10 minutes entre chaque simulation dans un plan, alors que la simulation en elle-même ne dure pas plus de 2 minutes...je demande pourtant très peu de résultats (juste la matrixCatchWeightPerStrategyPerZonePop), un dossier de simu pèse 5 Mo (10 ans) ou 2 Mo (1 an). -Dans le debug (non dispo cette fois-ci), j'observe que des coupures de connexion ont lieu, mais cela n'arrête pas le plan, qui finit toujours par reprendre, ce qui est bien. Mais ce qui est gênant, c'est la durée des coupures. Par exemple vendredi dernier, j'ai lancé un seul plan. Il s'est arrêté samedi matin, et n'a repris que lundi matin au moment où je suis redevenu actif sur mon PC. On ne nous a pas signalé de problème sur Caparmor ce week-end là, même s'il est possible que le problème vienne de lui. -lorsque j'ai fait tourner 8 plans en // en début de semaine, il m'est arrivé de recevoir ces messages automatiques : PBS Job Id: 7281669.service0.ice.ifremer.fr Job Name: simulation-sim_ Post job file processing error; job 7281669.service0.ice.ifremer.fr on host r5i0n1.ice.ifremer.fr Unlink of stage out file /var/spool/PBS/spool/7281669.service0.ice.ifremer.fr.OU failed Les plans tournaient quand même. C'est grave docteur? J'ai aussi joint ma config caparmor. Je suis sous ISIS 4.3.1.1 SNAPSHOT. Une idée sur les origines de ces bizarreries? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 98 22 40 40 (3407) /* * Copyright (C) 2014 avigier, poussin * * This program is free software: you can redistribute it and/or modify * it under the terms of the GNU General Public License as * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the * License, or (at your option) any later version. * * This program is distributed in the hope that it will be useful, * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the * GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public * License along with this program. If not, see * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. */ package optimizations; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; import fr.ifremer.isisfish.simulator.Optimization; import fr.ifremer.isisfish.simulator.OptimizationContext; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo; import fr.ifremer.isisfish.types.Month; import java.io.File; import java.io.FileReader; import java.security.SecureRandom; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays; import java.util.Collections; import java.util.LinkedList; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory; import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; import org.nuiton.topia.TopiaContext; import org.nuiton.util.FileUtil; import scripts.ResultName; /** * RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansSCE4.java * * // //////////////////////////////////////////////////////////////////////// * USER GUIDE *------------------------------------------------------------------------- * Script must be adapted to the case study (calibration data, catchability assumptions) * Script won't compile as it stands * Comments preceeded by /////*** explain where and how to adapt the script * Access to the APIs is free * //////////////////////////////////////////////////////////////////////// * * **You can modify class name if you want * **BUT attention : file name and class name must be the same (without the extention ".java"), * ie here : "RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansSCE4" * * * Created: 4 avril 2014 * * @author poussin <user.name(a)vcs.hostName> * @version $Revision: 1545 $ * Last update: $Date: 4 avril 2014 $ * by : $Author: poussin $ */ public class RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansSCE4 implements Optimization { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ private static Log log = LogFactory.getLog(RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansSCE4.class); /////***here must appear the path to export the historic file ("Historic.csv") //in which all information about each simulation is stored /////***Attention : before beginning a new calibration rename any potential //old Historic.csv files or they will be lost @Doc("Path to export the historic file. The root is the folder where the .bat is located.") public String param_exportPath="Output_essai_recuit/HistoricRecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansSCE4.csv"; protected String exportHisto = ""; @Doc("Population which parameters are calibrated") public Population param_Population = null; @Doc("Lower values of parameters, separated with semicolons: de la forme(\"xx1;xx2;xx3\")") public String param_borneInf = "0;0;0;0;0;0;0;0;0;0";// devient un parametre du plan d analyse/// Rentrer ici les bornes inferieruers de chaque parametre. @Doc("Upper values of parameters, separated with semicolons: de la forme(\"xx1;xx2;xx3\"); Keep the order used to fill borneInf.") public String param_borneSup = "0.005;0.005;0.005;0.005;0.005;0.005;0.005;0.005;0.005;0.005";// devient un parametre du plan d analyse/// Rentrer ici les bornes superieruers de chaque parametre. @Doc("Cooling schedule : choose between \"Van Laarhoven\", \"Huang\", \"Triki\", \"Geometric\", \"Lundy\", \"Constant\" and \"Linear\".") public String param_coolingSchedule = "Geometric"; // Attention aux methodes a valeurs a fixer par l'utilisateur. @Doc("Parameter associated with the cooling schedule (if \"Constant\" or \"Triki\", ignore this): delta for \"Van Laarhoven\", lambda for \"Huang\", alpha for \"Geometric\", beta for \"Lundy\" and coefficient for \"Linear\".") public double param_coolTemp= 0.997; //public long param_seed = 1; @Doc("Delta Value for each parameter. Delta is the maximum amplitude of mutation for a parameter when going to the next state.") public String param_deltaValue="0.01;0.01;0.01;0.01;0.01;0.01;0.01;0.01;0.01;0.01";// Valeur de delta @Doc("Way to alter delta. For this simulationplan, the only choice is \"Aleatoire\" (we use Martins et al. adaptive simulated annealing).") public String param_variationsDelta="Aleatoire"; // plutot ne pas laisser le choix a l'utilisateur ce coup-ci? @Doc("This is the first paarmetrisation, so you can force the algorithm to start far or near the global optimum...or in the middle of nowhere!") public String param_valeursConseil = " 0.0005;0.0015;0.0025;0.0035;0.0035;0.0045;0.0035;0.0025;0.0005;0.0015" ; String [] borneInf; String [] borneSup; String [] valeursConseil; String [] deltaValue; int taille; int c1; int c2; int current; int compteurSimus; int compteurTemperature; int compteurAccept; double deltaEnergy; SecureRandom random; double rhoValue; boolean bool; double obj; File exportHistoric = null; //int seuilTemperature=5;// Laisses au choix de l'utilisateur. Dans l'interface, proposer des methodes pour faire evoluer les seuils? //int seuilAcceptance=3; double seuilArret=0.01; //Sera utilise en fonction du critee d'arret trancher. // ***put here the path and name of the file containing the data used to calibrate // your fishery ( here observed landings per season and age groups) @Doc(value = "file name and path of observed landings") public String param_nomfichier_debarquements = "Input_essai_recuit/Inputlandings10param10ansglob4.csv"; protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; ArrayList<Experience> historique = new ArrayList<Experience>(); //historique va contenir tout l'historique de l'algorithme, c'est un ArrayList d'Experience. protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP }; @Override public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. * @return L''aide ou la description du plan */ @Override public String getDescription() throws Exception { return _("Calibration using simulated annealing: user" + "gives a file of observations (here catches)(.csv), simulated output" + "will try to approach oservations by changing the values of catchability"); } /** * Appele lors de l'initialisation. La premiere generation doit etre construite * dans l'init via des appels a context.addSimulation(...) * * @param context */ public void init(OptimizationContext context) throws Exception { random = new SecureRandom(); //random.setSeed(param_seed); if (param_nomfichier_debarquements == null || "".equals(param_nomfichier_debarquements)) { debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv separateur ';'"); } else { debarquementsObserves = new File(param_nomfichier_debarquements); } // ***Create the matrix named matrixDebarquement that will contain your observed landings int[] dimMatrix = {120,1}; matrixDebarquement=MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); //date est un int donnant le nombre de mois sur lequel on a simule. // ***Then import your file in it FileReader in = new FileReader(debarquementsObserves); matrixDebarquement.importCSV(in,new int []{0,0}); in.close(); matrixDebarquement= matrixDebarquement.reduce(); //Indispensable pour pouvoir travailler sur la matrice et avoir les memes dimensions que les simulations. //log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); borneInf=param_borneInf.split(";"); borneSup=param_borneSup.split(";"); valeursConseil=param_valeursConseil.split(";"); deltaValue = param_deltaValue.split(";"); taille=borneInf.length; exportHistoric = new File(param_exportPath); } /** * La premiere generation doit etre construite dans cette methode * via des appels a context.addSimulation(...) * * @param context */ public void firstSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { SimulationStorage nextSimulation = context.newSimulation(); compteurSimus = context.getCurrentGeneration(); //numero de la simulation a venir Experience expCurrent = createExperience(compteurSimus, null); expCurrent.accepted = true; changeDB(expCurrent, nextSimulation); } /** * Genere une nouvelle serie de simulation suivant le context d'optimisation. * Pour cela vous devez appeler context.addSimulation(...) pour ajouter * des simulations pour la prochaine generation. * * @param context context * @param region region * @return simulations serie */ public void nextSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { Experience expParent; compteurSimus = context.getCurrentGeneration(); // compteurSimus = numero de la simu qui va commencer SimulationStorage nextSimulation = null; nextSimulation = context.newSimulation(); if (historique.get(compteurSimus - 1).accepted){ expParent = historique.get(compteurSimus - 1); } else{ expParent = historique.get(compteurSimus - 1).parent; } Experience expCurrent = createExperience(compteurSimus, expParent); if (expCurrent.id > 1){ expCurrent.temperature = baisse(expCurrent); } changeDB(expCurrent, nextSimulation); } /** * Cette methode est appelee apres chaque serie de simulation * soit apres startSimulation et nextSimulation * @param context */ public void endSimulation(OptimizationContext context) throws Exception { //Dans l'after, on evalue la nouvelle parametrisation, on met en competition cette parametrisation //avec celle de reference (celle de l'iteration current), on modifie la temperature, on verifie que le //critere d'arret de l'algorithme n'est pas atteint, on enregistre toutes les modifications dans la table historique. SimulationStorage lastSimulation = context.getLastSimulation(); ResultStorage result = lastSimulation.getResultStorage(); boolean bool=true; compteurSimus=context.getCurrentGeneration() - 1; //numero de la simulation qui vient de se terminer Experience expCurrent = historique.get(compteurSimus); // SOUCI DE ARRAYOUTOFBOUNDEXCEPTION A L ITERATION 0 double obj=calculFonctionObjectif(result); expCurrent.objective = obj; if (compteurSimus > 0){ if (obj < expCurrent.best.objective){//On compare la nouvelle parametrisation a la meilleure parametrisation expCurrent.best = expCurrent; } acceptationSolution(expCurrent);//On compare la nouvelle parametrisation a la parametrisation courante et on decide qui sera la courante. //if (isModifierTemperature()){//Pour le moment, les methodes proposees modifient la temperature a chaque fois. On integrera un systeme de phase et de verification de critere de temperature plus tard, si besoin. /*} else{ historique.get(compteurSimus).temperature = getExperience(compteurSimus-1).temperature; }*/ //bool=isCritereArretAtteint(expCurrent); } if (compteurSimus==0){ expCurrent.parent=expCurrent; expCurrent.temperature = 0; } if (compteurSimus==1){ // (Autin (2006)) expCurrent.temperature = 10*Math.abs((expCurrent.objective - historique.get(0).objective)); } exportHisto+=expCurrent.toCSV(); //On laisse sous cette forme tant qu'il faut aller consulter les logs, mais c'est lourd. Une fois le script fini, passer l'ecriture du fichier au moment de l'arret complet de l'algorithme FileUtils.writeStringToFile(exportHistoric,exportHisto); if (compteurSimus >= 2000){ bool = false; } if(compteurSimus > 50){// Modification du voisinage changeDelta(expCurrent); } lastSimulation.closeStorage(); } /** * Cette methode est appelee lorsqu'il n'y a plus de simulation a faire * (init ou getNextSimulation n'ont pas fait appel a context.addSimulation) * @param context */ public void finish(OptimizationContext context) throws Exception { } /////***hasard1,2,3, etc => des methodes de hasard a determiner, a placer en debut de script. Pour le moment, elles ne font que de l'uniforme, a nous de voir ce qui est le mieux et pourquoi public int hasard1(){ int result = random.nextInt(taille); return result; } public int hasard2(int max){ int result = random.nextInt(max); return result; } public double hasard3(int num, Parameter[] M1){// POUR UN DELTA FIXE double result = M1[num].delta*(2*random.nextInt(2)-1); return result; } public double hasardUniforme(){ double result = random.nextDouble(); return result; } public double hasardAlea(int num, Parameter[] M1){ double result = (random.nextDouble()*2*M1[num].delta-M1[num].delta); return result; } //////////////////// //////////////////// /// /// ///AUTRES CLASSES/// /// /// //////////////////// //////////////////// protected Parameter[] copyM1(Parameter[]M1){ Parameter[] result = new Parameter[M1.length]; for (int i=0,maxi=M1.length; i<maxi; i++) { result[i] = M1[i].copy(); } return result; } class Parameter { double value; double inf; double sup; double delta; public Parameter (double valeur, double borneinf, double bornesup, double deltaValue){ /*if (borneinf >= bornesup) { throws SimulationException(String.format("Error: inf(%s) >= sup(%s)", borneinf, bornesup)); }*/ value=valeur; inf=borneinf; sup=bornesup; delta=deltaValue; } public Parameter copy() { return new Parameter(value, inf, sup, delta); } } class Experience{// 1 objet Experience contient toutes les informations sur la passage de l'etat current a l'etat suivant. public int id; public Experience parent; public Experience best; public boolean accepted; public double rho; public double rand; public Parameter[] parametrisation; //On enregistre la parametrisation et les bornes, tout est necessaire en cas de re-utilisation. public double objective; public double temperature; public Experience(int id, Experience parent) { this.id = id; this.parent = parent; if (parent == null) { best = this; parametrisation = initM1(); } else { Experience expPrev = historique.get(id-1); best = expPrev.best; temperature=expPrev.temperature; Parameter[] M1=copyM1(parent.getParametrisation()); modif(M1); parametrisation = M1; } } /** * recherche de la 1ere experience accepte et retourne parametrisation */ public Parameter[] getParametrisation() { Parameter[] result = parametrisation; if (!accepted) { result = parent.getParametrisation(); } return result; } public String toCSV() { String sep = ";"; String result = ""; String saut = "\n"; result += id + sep; result += accepted + sep; result += rand + sep; result += rho + sep; result += objective + sep; result += temperature + sep; for (int i=0; i<taille; i++){ result += parametrisation[i].value + sep; } result += parent.id + sep; result += best.id + sep; for (int i=0; i<taille; i++){ result += parametrisation[i].delta + sep; } result += saut; return result; } } //////////////////// //////////////////// /// /// /// METHODES /// /// /// //////////////////// //////////////////// /** *Retourne l'experience a l'index i dans la table historique, cree l'experience si elle n'existe pas encore. *@param i l'index de l'Experience demandee *@return l'Experience i */ public Experience createExperience(int id, Experience parent){ Experience result = new Experience(id, parent); historique.add(result); return result; } /** *Baisse la temperature selon une certaine methode. Appelle par @see modifierTemperature *@param compteurSimus la simulation qui vient de s'achever *@return la temperature baissee */ //En faire une fonction de compteurSimus pour que toutes les methdoes marchaent! public double baisse(Experience expCurrent){ double temperature = expCurrent.temperature; double result=0; //Methode pour faire baisser la temperature. Il peut y en avoir plusieurs, l'idee etant de pouvoir basculer d'une methode a l'autre pendant l'algorithme; //Van Laarhoven et al. (1987) if (param_coolingSchedule.equals("Van Laarhoven")){ double obj = expCurrent.objective; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); double sigma=Math.sqrt(sigmasquare); result = temperature*(1/(1+(Math.log(1+param_coolTemp))*temperature/(3*sigma))); } //Huang et al. (1986) if (param_coolingSchedule.equals("Huang")){ double obj = expCurrent.objective; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); double sigma=Math.sqrt(sigmasquare); result=temperature*Math.exp(-param_coolTemp*temperature/sigma); } // Triki et al. (2005) if (param_coolingSchedule.equals("Triki")){ double obj = expCurrent.objective; double objParent=historique.get(expCurrent.parent.id).objective; double delta=obj-objParent; double sigmasquare=(obj*obj-obj)*(obj*obj-obj); result= temperature*(1-temperature*delta/sigmasquare); } // Geometrique (decrit dans Triki et al. (2005)) if (param_coolingSchedule.equals("Geometric")){ result=param_coolTemp*temperature; } // Lundy et al. (1986) if (param_coolingSchedule.equals("Lundy")){ result= temperature*(1/(1+param_coolTemp*temperature)); } // Fixe if (param_coolingSchedule.equals("Constant")){ result=temperature; //Il faut fixer une bonne temperature, voir Cohn et Connolly pour plus de renseignements. } //Lineaire if (param_coolingSchedule.equals("Linear")){ result=temperature-param_coolTemp; } return result; } /** *Initialise une parametrisation avant la premiere simulation a partir des bornes de chaque parametre selon une loi uniforme *@return la parametrisation initialisee. */ public Parameter[] initM1(){ //Methode 1 : initialisation selon une loi uniforme entre les bornes de chaque parametre. Parameter M1[] = new Parameter[taille]; for (int i=0; i<taille; i++){ double inf = Double.parseDouble(borneInf[i]); double sup = Double.parseDouble(borneSup[i]); double val= Double.parseDouble(valeursConseil[i]); double delta = Double.parseDouble(deltaValue[i]); Parameter param = new Parameter(val, inf, sup, delta); M1[i]=param; } //Methode 2 => On peut proposer plusieurs methodes d'initiation dans l'interface? Lois de Poisson, Gauss, etc. //etc. return M1; } /** * Modify nextSimulation database with parameters in Experience exp. * @param exp the Experience in process * @param nextSimulation storage for the next simulation * @throws Exception */ protected void changeDB(Experience exp, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { // methode appelee dans before simualtion TopiaContext db = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();//ouvrir un context pour modifier les donnees Population pop = (Population) db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); //reccupere la pop ciblee MatrixND c = pop.getCapturability(); // recupere la matrice de capturabilite // *** that is where you explain how to fill the catchability matrix with q1 and q2 for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup) sem[0]; // On travaille avec des ca&pturabilites par groupe. i.setValue(exp.parametrisation[group.getId()].value); }//fin du for*/ db.commitTransaction(); // effectue la modification db.closeContext(); // ferme le context } /** *Modifie une parametrisation, utilise une methode pour modifier parametre par parametre *@param M1 la parametrisation a modifier *@see modifParameter */ public void modif(Parameter[] M1){ for (int i =0; i<taille ; i++){ modifParameter(i, M1); //Modification du parametre } } /** *Modifie un parametre selon une certaine methode, appellee par @see modif *@param num la position dans la parametrisation du parametre a modifier */ public void modifParameter(int num, Parameter[] M1){ //Methode 1 if (param_variationsDelta.equals("Fixe")){ double amplitude = hasard3(num, M1); double valeur=M1[num].value; M1[num].value=amplitude+valeur; int MAX = 10000; while (MAX > 0 && (M1[num].value<M1[num].inf || M1[num].value>M1[num].sup)){ //Tant qu'on est en dehors du domaine de definiton du parametre, on modifie la valeur amplitude = hasard3(num, M1); M1[num].value=amplitude+valeur; MAX--; } } if (param_variationsDelta.equals("Aleatoire")){ double amplitude = hasardAlea(num, M1); double valeur=M1[num].value; M1[num].value=amplitude+valeur; int MAX = 10000; while (MAX > 0 && (M1[num].value<M1[num].inf || M1[num].value>M1[num].sup)){ //Tant qu'on est en dehors du domaine de definiton du parametre, on modifie la valeur amplitude = hasardAlea(num, M1); M1[num].value=amplitude+valeur; MAX--; } } /* if (MAX <= 0) { throws SimulationException("Can't find new value"); }*/ //Methode 2 //etc. L'idee est de faire varier la maniee de faire varier delta en fcontion de l'avancement de l'algorithme. } /** *Met en competition la nouvelle solution et la solution courante (calcul de la "probabilite" d'acceptation) et decide de qui sera la solution courante, le renseigne dans l'historique des simulations. *@param compteurSimus le numero de la simulation qui vient de s'achever. *@see getProba */ public void acceptationSolution(Experience expCurrent){// Mise en competition de l'etat current et du nouvel etat deltaEnergy= expCurrent.parent.objective - expCurrent.objective;//Valeur absolue double rhoValue = getProba(expCurrent, deltaEnergy); expCurrent.rho = rhoValue; double randValue; if (rhoValue>=1){ expCurrent.rand = 0;// rand n'a pas ete tire a cette iteration. expCurrent.accepted = true; }else{ randValue=hasardUniforme(); if (randValue<rhoValue){ expCurrent.rand = randValue; expCurrent.accepted = true; } else{ expCurrent.rand = randValue; expCurrent.accepted = false; } } } /** *Calcule la valeur de la fonction d'objectif de la parametrisation utilisee pour la simulation qui vient de s'achever. *@param result le numero de la simulation venant de s'achever *@return la valeur de fonction d'objectif */ public double calculFonctionObjectif(ResultStorage result){//Inclut l'import des donnees, des resultats de la simulation et le calcul de la fonction d'objectif; /////***import the matrix of simulated data (here landings) from the simulation result MatrixND L = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); /////*** extract, sum, etc to obtain the same format/data as your observation matrix // useful methods to work on matrix : sumOverDim(), getSubMatrix(), reduce() //Somme sur les strategies, metiers, groupes et zones L= L.sumOverDim(1); L= L.sumOverDim(2); L= L.sumOverDim(3); L= L.sumOverDim(4); L= L.reduce(); //Indispensable pour pouvoir travailler sur la matrice et avoir les memes dimensions que les observations. ///////////////////Calcul du critere////////////////// double obj = 0; // *** using the matrixIterator assumes that the observation and simulated // matrix are organised in the exact same way ( columns and rows corresponding in each of them) for (MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();) { g.next(); int[] dim = g.getCoordinates(); double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); double simules = g.getValue(); obj += Math.pow((obs - simules), 2); } return obj; } public void changeDelta (Experience expCurrent){ Experience aModifier = expCurrent ; //Si a refuse, ce sera le parent qui sera a modifier (si on change sur un expCurrent refuse, TSPCS on n'avait pas appele cette methode) if (expCurrent.accepted == false){ aModifier = expCurrent.parent; } double moyenne = 0; double newValue = 0; double minimum; double maximum; double pente; LinkedList<Double> valParam = new LinkedList<Double>(); for (int i =0; i<taille ; i++){//Pour tous les parametres, on va verifier s'il faut modifier la valeur de delta for (int j =0; j<50; j++){ valParam.add(historique.get(expCurrent.id-j).parametrisation[i].value); //To be checked! moyenne =+ valParam.get(j); } moyenne = moyenne/50;// Calcul de la moyenne minimum = Collections.min(valParam); maximum = Collections.max(valParam); if((Math.abs(minimum -moyenne)<3*aModifier.parametrisation[i].delta)&&(Math.abs(maximum -moyenne)<3*aModifier.parametrisation[i].delta)){ //Si le min et le max sont au moins de 2*delta de la moyenne => baisser delta newValue = aModifier.parametrisation[i].delta; aModifier.parametrisation[i].delta = newValue/2; } pente = historique.get(expCurrent.id-20).parametrisation[i].value - expCurrent.parametrisation[i].value; if ((pente<-10*aModifier.parametrisation[i].delta) && (pente>10*aModifier.parametrisation[i].delta)){ //J'ai pris 20000 au pif, a adapter aux soubresauts du recuit simule... newValue = aModifier.parametrisation[i].delta; aModifier.parametrisation[i].delta = newValue*2; } } } /** *Verifie si le critere d'arret de l'algorithme est atteint, les criteres pouvant changer selon les preferences de l'utilisateur. *@param compteurSimus le numero de la simulation qui vient de s'achever *@return true si le critere est atteint, false sinon. */ public boolean isCritereArretAtteint(Experience expCurrent){// Critee a choisir? A rendre variable au cours de l'algorithme? (autant sur le critee d'une methode que sur la methode employee?) /*Methode 1 double difference = Math.abs(expCurrent.objective - expCurrent.parent.objective); boolean bool = difference < seuilArret; *///seuil a determiner /*boolean bool=true; if (expCurrent.id>100){ bool=false;// Cette inversion de signification de booleen n'est que rustine temporaire... } /* if (temperature<seuilArret) //seuil a determiner double temperature = getExperience(compteurSimus).temperature bool=true; if (compteurSimus>seuilArret) //seuil a determiner bool=true; //Methode 4 numero de phase...vraiment? */ //etc. return bool; } /** *Calcule ce qu'on appelle (abusivement) la probabilite d'accepter la nouvelle parametrisation, appelee par @see acceptationSolution *@param deltaEnergy la difference de fonction d'objectif entre la nouvelle parametrisation et la parametrisation courante *@return la "probabilite" */ public double getProba(Experience expCurrent, double deltaEnergy){ double temp = expCurrent.temperature; double proba = Math.exp(deltaEnergy/temp); return proba; } /* /** *Verifie si le critere de modification de la temperature est atteint, les criteres pouvant varier selon les preferences de l'utilisateur. *@return true s'il faut modifier la temperature (@see modifierTemperature), false sinon. *:/ public boolean isModifierTemperature(){//Renvoie un booleen qui indique s'il faut changer ou non la temperature. boolean bool=false; if (compteurTemperature>seuilTemperature || compteurAccept>seuilAcceptance){//seuils a fixer/determiner bool=true; } return bool; } */ /** *Recupere le numero de la simulation renseignee *@param simulation storage de la simulationr enseignee *@return numero de la simulation renseignee */ public int getIteration(SimulationStorage simulation){ //Il n'y a pas de setIteration return simulation.getParameter().getSimulationPlanNumber() + 1; } }

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Export de résultats et matrices de résultats
by lgasche＠ifremer.fr 02 Feb '15

02 Feb '15

Bonjour, J'ai lancé une grosse AS ce weekend sur caparmor. Elle a planté par manque d'espace disque, car, bien qu'il s ne soient pas demandés, j'avais les exports de biomasse, abondance, captures,... (que j'avais regardés précédemment afin de vérifier les résultats). Et à plus de 200Mo l'export de captures ça remplit vite le disque. J'ai relancé une petite AS de test ce matin en re-sélectionnant et dé-sélectionnant les exports de résultats, et cette fois-ci il n'y a effectivement pas eu d'exports. Par contre j'ai fait de même pour les matrices de résultats (en ne conservant que l'abondance et catchPerStrategyPerZonePop), et là je me retrouve dans le dossier results avec des matrices de biomasse ou de captures en plus des matrices demandées. Ce dossier result fait encore 23Mo, ce qui pourrait encore poser problème si on fait un grand nombre de simus (et il contient des trucs pas demandés). Serait-il possible de corriger ce (ces) problème(s) ? Loïc

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temps de simu local VS caparmor
by Loic GASCHE 30 Jan '15

30 Jan '15

Bonjour, J'ai lancé mon AS de test en local (sur le serveur) et sur caparmor. En local pour 12 ans de simu cela a pris environ 12 minutes. Sur caparmor en 1 heure de simu j'en suis au milieu de la quatrième année... Et mon AS contient seulement 6 simus (et on avait observé que le temps de simu par simu augmentait avec le nombre de simus). Une idée de la cause de problème ? Je peux vous envoyer des éléments pour vous aider à chercher (même si l'AS tourne encore) ? Loïc

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debug du probleme a l agro
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 29 Jan '15

29 Jan '15

voici le debug de notre erreur de lancement de simu ici on a java 8.25 les etudiants ont java 8 .31 aucun des 2 ne marche... on pense que ca vient de ca mais voyez vousd le pb ? merci ! ----- Message transféré de guitton(a)agrocampus-ouest.fr ----- Date : Thu, 29 Jan 2015 18:04:39 +0100 De : guitton(a)agrocampus-ouest.fr Objet : debug À : Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Le debug qui mache pas ----- Fin du message transféré ----- -- Sigrid Lehuta Post doctoral research associate Ifremer Boulogne sur mer contact : slehuta(a)ifremer.fr Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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structure des RData et .csv d'exports de résultats d'AS ?
by Loic GASCHE 29 Jan '15

29 Jan '15

Bonjour, Grâce aux modifs indiquées par Eric j'ai réussi à faire tourner une AS de test. Par contre je m'interroge sur certains des résultats que j'obtiens, qui ne me semblent pas cohérents (ex : des biomasses de benthos nulles en fin de simu pour certaines cellules alors que toutes les cellules contiennent du benthos). Ca m'a amené à m'interroger sur la structure des exports. En particulier, je m'interroge sur le contenu des fichiers .csv créés, et les conséquences que cela peut avoir sur le contenu du RData. En effet, pour chaque export on a deux .csv, un _Results et un _SensitivityIndices. Il semblerait que tous les _Results sont identiques (et contiennent tous les résultats de l'AS), alors qu'on s'attendrait à avoir un _Result propre à chaque export. De plus les _SensitivityIndices contiennent parfois des résultats (pas forcément très clairs), parfois de 0 ou des NA. Cette structure est-elle normale ? Si non, est-ce un problème ISIS ou une erreur dans le codage des scripts d'export (sachant que cette structure bizarre apparait même pour les exports "historiques" de la database, et que jusqu'ici mes tests d'exports par zone semblaient corrects). Loïc

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NullPointerException
by Loic GASCHE 28 Jan '15

28 Jan '15

Bonjour, J'ai installé la version 4.3.1.2 d'ISIS sur le serveur et relancé mon AS. Ce coup-ci j'ai un plantage en décembre 0 et le message d'erreur est : ERROR|15:23:33,275|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup_aroundBody98(SiMatrix.java:1921) at scripts.SiMatrix$AjcClosure99.run(SiMatrix.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup(SiMatrix.java:1895) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:501) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) A la ligne 1921 j'ai : catchPerStrategy = catchPerStrategyTemp.clone(); et catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); La matrice MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP fait partie des matrices de résultats que je demande en sortie, donc il ne devrait pas y avoir de problème pour calculer la mortalité par pêche par groupe. Une idée ? Loïc

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