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identifier tous les reusltats necessaires en debut de simu
by Stephanie MAHEVAS Sept. 5, 2024

Sept. 5, 2024

Hello une fonctionnalité que je coyais disponible dans la V8.1 mais qui ne l'est pas ... Par ex quand une équation de pop a besoin de BiomasseBeginMonth ou AbondanceBeginMonth et que ce résultat n'est pas sélectionné dans l'interface de lancement, la simu plante... ce qui est pas cool quand ca arrive dans une grosse simu ou un plan. Pour l'utilisateur c'est pas facile d'y penser. Avoir une recherche de tous les necessary results en debut de simu pour les charger automatiquement serait pratique a+ Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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lancement sur datarmor depuis l'interface
by slehuta Sept. 3, 2024

Sept. 3, 2024

hello je tente de lancer une simu sur datarmor depuis l interface. j ai testé la connexion qui marche. mais j ai cette erreur Merci de votre aide ! 2024-09-03 11:38:51,676 INFO [pool-4-thread-2] (SimulationJob.java:208) run - Start simulation: sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38_0 2024-09-03 11:38:51,676 INFO [pool-4-thread-2] (SSHSimulatorLauncher.java:184) message - Connexion à Datarmor 2024-09-03 11:38:51,676 INFO [pool-4-thread-2] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Datarmor 2024-09-03 11:38:51,678 INFO [pool-4-thread-2] (SSHSimulatorLauncher.java:184) message - Upload de la simulation 2024-09-03 11:38:51,678 INFO [pool-4-thread-2] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation 2024-09-03 11:38:52,460 INFO [pool-4-thread-2] (SSHSimulatorLauncher.java:184) message - Attente de la fin de la simulation 2024-09-03 11:38:52,460 INFO [pool-4-thread-2] (SimulationControl.java:206) setText - Attente de la fin de la simulation 2024-09-03 11:38:53,452 INFO [pool-4-thread-2] (SSHUtils.java:220) exec - JSch channel exit-status: 2 2024-09-03 11:38:53,452 ERROR [pool-4-thread-2] (SSHSimulatorLauncher.java:316) simulate - Impossible de lancer une simulation sur serveur distant 2024-09-03 11:38:53,452 WARN [pool-4-thread-2] (SimulationJob.java:291) run - Can't simulate sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38_0 java.rmi.RemoteException: Impossible de lancer une simulation sur serveur distant; nested exception is: fr.ifremer.isisfish.util.ssh.SSHException: Command 'qsub -o "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.out" -e "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.err" -m n -l mem=2GB -l walltime=01:00:00 "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-script.seq"|tee "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.id"' fail to execute at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:318) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:286) [isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at java.base/java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1136) [?:?] at java.base/java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:635) [?:?] at java.base/java.lang.Thread.run(Thread.java:833) [?:?] Caused by: fr.ifremer.isisfish.util.ssh.SSHException: Command 'qsub -o "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.out" -e "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.err" -m n -l mem=2GB -l walltime=01:00:00 "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-script.seq"|tee "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.id"' fail to execute at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.sendStartSimulationRequest(SSHSimulatorLauncher.java:1115) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.startSimulation(SSHSimulatorLauncher.java:977) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:312) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] ... 4 more 2024-09-03 11:38:53,452 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationJob.java:208) run - Start simulation: sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38_0 2024-09-03 11:38:53,453 INFO [pool-4-thread-1] (SSHSimulatorLauncher.java:184) message - Connexion à Datarmor 2024-09-03 11:38:53,453 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Datarmor 2024-09-03 11:38:53,456 INFO [pool-4-thread-1] (SSHSimulatorLauncher.java:184) message - Upload de la simulation 2024-09-03 11:38:53,456 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation 2024-09-03 11:38:54,431 INFO [pool-4-thread-1] (SSHSimulatorLauncher.java:184) message - Attente de la fin de la simulation 2024-09-03 11:38:54,431 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationControl.java:206) setText - Attente de la fin de la simulation 2024-09-03 11:38:55,504 INFO [pool-4-thread-1] (SSHUtils.java:220) exec - JSch channel exit-status: 2 2024-09-03 11:38:55,504 ERROR [pool-4-thread-1] (SSHSimulatorLauncher.java:316) simulate - Impossible de lancer une simulation sur serveur distant 2024-09-03 11:38:55,504 WARN [pool-4-thread-1] (SimulationJob.java:291) run - Can't simulate sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38_0 java.rmi.RemoteException: Impossible de lancer une simulation sur serveur distant; nested exception is: fr.ifremer.isisfish.util.ssh.SSHException: Command 'qsub -o "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.out" -e "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.err" -m n -l mem=2GB -l walltime=01:00:00 "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-script.seq"|tee "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.id"' fail to execute at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:318) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:286) [isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at java.base/java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1136) [?:?] at java.base/java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:635) [?:?] at java.base/java.lang.Thread.run(Thread.java:833) [?:?] Caused by: fr.ifremer.isisfish.util.ssh.SSHException: Command 'qsub -o "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.out" -e "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.err" -m n -l mem=2GB -l walltime=01:00:00 "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-script.seq"|tee "$SCRATCH/eftp/isis-temp-4/simulation-sim_SEAwise template Scenario0_2024-09-03-11-38-pbs.id"' fail to execute at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.sendStartSimulationRequest(SSHSimulatorLauncher.java:1115) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.startSimulation(SSHSimulatorLauncher.java:977) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:312) ~[isis-fish-4.4.8.2.jar:4.4.8.2] ... 4 more

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java heap space out of memory
by slehuta Sept. 3, 2024

Sept. 3, 2024

bonjour, je suis en 8.2 et j ai ce message d erreur. Une idee comment regler le probleme ? Merci !

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.8.2 released
by Sarah Bordage Aug. 26, 2024

Aug. 26, 2024

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.8.2 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- This new version aims to improve calculation times. It is based on an update of “nuiton-matrix”, the library used by ISIS-Fish to manage multidimensional arrays. Please note that due to certain algorithmic changes, results may differ slightly from previous versions of ISIS-Fish. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/8426/isis-fish-4.4.8.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team

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bug rafraichissement fenêtres suite à l'ouverture d'une nvelle région dans l'interface
by Sophie LEFORESTIER Aug. 23, 2024

Aug. 23, 2024

Re-bonjour, Je me suis aperçue que lorsque je change la région dans l'interface, les fenêtres que j'ouvre ensuite ne se rafraîchissent pas, ce sont les paramètres de l'ancienne région qui s'affichent (par exemple équation de migration...). Pour mettre à jour les fenêtres, je dois fermer et réouvrir Isis. Y aurait-il un moyen de corriger ce bug qui pourrait être à l'origine d'erreurs de paramétrisation ? Merci beaucoup ! Sophie

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matrices de mortalité par pêche différentes entre deux simus
by Sophie LEFORESTIER Aug. 22, 2024

Aug. 22, 2024

Bonjour, J'ai fait tourner la simu* sim_sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_0_nouvelEssai_sansRegles_avecNouveauPlan_2024-08-21-15-14_0* après avoir chargé la simu *sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_0* dans l'interface. J'ai pris soin de supprimer les règles sélectionnées dans l'interface pour qu'elles ne s'appliquent pas en double, étant donné qu'elles sont déjà appelées dans le plan de simu. Lorsque je compare les sorties des deux simulations, tous les résultats semblent similaires à l'exception de la matrice de mortalité par pêche MatrixFishingMortalityPerGroup (et MatrixTotalFishingMortality qui en dépend). D'après le doc dans le resultinfo, cette matrice est calculée à partir de trois autres matrices qui ne présentent pas de différences entre les deux simulations : • MatrixAbundanceBeginMonth • MatrixCatchPerStrategyMetPerZonePop • MatrixLandingPerMet C'est donc probablement la méthode de calcul de la matrice MatrixFishingMortalityPerGroup qui diffère entre les deux simulations. Pourriez-vous svp m'indiquer où trouver le script qui permet de calculer MatrixFishingMortalityPerGroup ? Ci-dessous un lien WeTransfer pour télécharger les deux simus zippées et la région : https://we.tl/t-EgcGAPZ3qM Merci d'avance pour votre aide ! Bonne journée, Sophie

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captures chalutiers nulles avec version optimisée ISIS 4.4.8.2.
by Sophie LEFORESTIER Aug. 20, 2024

Aug. 20, 2024

Bonjour à tous, Me voici de nouveau dans la liste Isis avec un problème concernant la nouvelle version optimisée 4.4.8.2. J'ai fait tourner la même simu sur la base de données du Golfe du Lion WestMed_EMU1_23-11 avec les versions ISIS 4.4.8.1 et 4.4.8.2 (avant vs. après optimisation). Avec la version optimisée, je me suis aperçue que les captures des chalutiers sont nulles, pourtant leur effort est positif. Pour les autres engins, les captures semblent correctement simulées. Je ne rencontre pas ce problème avec l'ancienne version. Ci-dessous un lien WeTransfer pour télécharger les dossiers de simu zippés (trop lourds pour vous les envoyer directement par mail même après avoir supprimé les exports) : https://we.tl/t-rLvC7QHkSr sim_sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_0_2024-07-25-15-13_0 (ancienne version) et sim_sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_testOptim_2024-07-26-13-00_0 (version optimisée) Merci d'avance pour votre aide ! Sophie

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changement de nom metier
by Stephanie MAHEVAS July 16, 2024

July 16, 2024

Bonjour Eric je souhaite changer le nom d'un metier (metier_old -> metier_new). Est-ce possible de le faire de telle sorte à ce que tous les objets (les strategies ou les flottilles) qui utilisent ce metier_old, utilisent alors metier_new sans avoir à le faire à la main ? merci Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2024

June 30, 2024

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Erreur règle suite à une nouvelle installation d'ISIS
by aricouar May 23, 2024

May 23, 2024

Bonjour, J'ai installé ISIS sur un nouvel ordinateur (pour cause de décès du précédent) et en rechargeant certaines des règles que j'utilisais précédemment, dûment sauvegardées sur gitlab, il m'indique des erreurs à la compilation qui n'existaient pas avant : ---------- 1. ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\ISIS-Fish\isis-fish-4\isis-community-database\rules\MaccoEquilibriumRestartSim.java (at line 34) import static scripts.PTAtoolbox.expandEnvirVar; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import scripts.PTAtoolbox cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\ISIS-Fish\isis-fish-4\isis-community-database\rules\MaccoEquilibriumRestartSim.java (at line 96) paramPath = expandEnvirVar.replace(paramPath); ^^^^^^^^^^^^^^ expandEnvirVar cannot be resolved ---------- 2 problems (2 errors) Ci-joint une des règles, l'erreur est la même pour toutes les règles concernées. J'imagine que le problème est trivial, mais si quelqu'un a la réponse, ce serait tout-de-même une grande aide ! Merci. Antoine

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