November 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Warn dans Debug - les simus ne se alncent pas sur caparmor
by Stephanie MAHEVAS Nov. 29, 2010

Nov. 29, 2010

Bonjour mes simus sont en attente de lancement sur caparmor depuis un petit bout de temps et j'ai des Warn inexplicables dans mon debug. Repertoire soit disant inexistants mais qui existent...??? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 5

Cantonnement (version 3.3.0.5)
by chirine HUSSEIN Nov. 29, 2010

Nov. 29, 2010

Bonjour tous les mondes, Depuis aujourd'hui, je n'arrive pas à lancer les simulations sur ISIS-Fish version 3.3.0.5, qui plante dès le premier mois de fermeture (les mêmes simulations (14 cantonnements), je n'avais aucun problème avec les même simulation avant. En sachant qu’avec un seul cantonnement la simulation tourne bien mais avec deux cantonnements et plus les simulations s’arrêtent. Voici en PJ le contenu du log. Merci bien pour l’avance. HUSSEIN Chirine Doctorante Biologie Ecologie Tropicale et Méditerranéenne UMR 5244 CNRS-EPHE-UPVD Université de Perpignan Via Domitia, 52 Avenue Paul Alduy 66860 Perpignan Cedex, FRANCE Bureau/Office: +33 (0)4 68 66 20 55.

2 4

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

> En effet j'ai 2 versions de Java, > l'une en 64bits: C:\\Programs Files\Java\jdk_1.6.0_21 > et l'autre en 32 bits : C:\\Programs Files (x86)\Java\jdk_1.6.0_20 > > Je ne suis pas sûr que ça soit une super idée de supprimer mon Java 64bits > vu que c'est celui qui est utilisé par défaut par toutes les autres > applications de mon ordi qui utilisent du Java... > Du coup justement, je cherchais à indiquer à Isis le chemin pour aller > chercher le Java 32bits, mais je n'ai pas trouvé... où puis-je spécifier ce > chemin? Dans le fichier "go.bat", il y a seulement "java" qui utilse le java par defaut. Tu peux le replacer par : C:\Programs Files (x86)\Java\jdk_1.6.0_20\bin\java (en laissant la suite des paramètres) -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Re: [Isis-fish-users] AS
by Stephanie MAHEVAS Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

Actuellement oui il te faut le meme nombre de modalites et en plus ce nombre doit etre un nombre premier ... Dans tous les cas ca ne marche pas pour un facteur continu. Il s'agit d'un plan factoriel. stephanie Bastien PREUSS a écrit : > Par contre j'ai un paramètre continu et les autres sont discrets... > Du coup RegularFrac n'est peut être pas adapté?! > Pour le nombre de modalités, ça dépend des facteurs. Faut-il le nombre total > de modalités ou par facteur? > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : Tuesday, November 23, 2010 5:46 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] AS > > Tu peux aussi tester ton parametrage de regularfraction directement sous > R avant de lancer la simu. > Si tu me donnes ton nombre de modalites et la resolution souhaitee je > peux te renvoyer les bonnes valeurs à mettre. > a+ > steph > > Bastien PREUSS a écrit : > >> J'ai utilisé des paramètres que Delphine avait dans une situation >> > similaire, > >> mais du coup je vais essayer de recalculer les paramètres de >> RegularFractions. >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean >> Couteau >> Envoyé : Tuesday, November 23, 2010 5:26 PM >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] AS >> >> -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- >> Hash: SHA1 >> >> >> Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : >> >> >>> Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une >>> > erreur, > >>> je ne trouve pas ce qui la provoque : >>> >>> ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get >>> scenarios from calculator >>> >>> >> En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive >> pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces >> paramètres ? >> >> Jean >> >> -----BEGIN PGP SIGNATURE----- >> Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) >> Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ >> >> iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS >> qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 >> UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO >> UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ >> hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ >> 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= >> =ItGp >> -----END PGP SIGNATURE----- >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> > > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 1

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

> Salut Eric, > > J'ai bien tout en 32 bits. > Pour Java je pense que c'est la bonne version car les simu sans AS et la > calibration fonctionne sans problème. C'est juste la relation avec R qui fait que tout doit être dans la même architecture. Sans R (sans AS) il n'y a pas de différences. > J'ai un petit doute cependant sur la version de java que va chercher ISIS au > moment de l'AS, car l'erreur dans le debug est: > java.lang.UnsatisfiedLinkError: C:\Documents and > Settings\bpreuss\desktop\isis-fish-3.3.0.5-bin\isis-fish-3.3.0.5\jri\jri.dll > : Can't load IA 32-bit .dll on a AMD 64-bit platform > > Il semble bien aller chercher la version 32bits de java, mais ça à l'air de > lui poser un problème avec le 64 bits... En fait non, "Can't load IA 32-bit .dll" (R) on "AMD 64-bit platform" (Java) > Surtout qu'en regardant les infos au début du debug j'ai l'info suivante: > INFO [main] (IsisFish.java:316) init - Java version: 1.6.0_21-b06 > INFO [main] (IsisFish.java:317) init - Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit > Server VM > INFO [main] (IsisFish.java:318) init - System arch: amd64 Tu es bien en 64bits pour java. Je pense que tu en a plusieurs et que c'est celle en 64bits qui est utilisée. Si vraiment tu n'utilise pas une de ces versions, essaye en la supprimant. Sinon, il faudra dire a Isis d'en utiliser une en particulier. Sous windows, de mémoire il doit y avoir java installé au endroit suivant: - C:\\Programs Files\Java\jdk_1.6.0_21 - C:\\Programs Files (x86)\Java\jdk_1.6.0_21 -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

> §y a-t-il un path à indiquer pour le JRE, car il semble que j'ai un problème > de chemin, lié à ma plateform 64bits. > Mais j'ai bien installé JRE 32 bit aussi, donc ça devrait fonctionner...? Oui, il faut que la chaine soit totalement en 32 bits ou 64bits C'est à dire, java, isis et R. Dans ton cas, je pense que java est en 64bits, mais Isis et/ou R sont en 32bits. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

Le 25/11/2010 11:07, Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour Eric, > > Effectivement comme j'utilise plusieurs version de R sur mon ordi, ce > n'était pas le 2.9.2 dans le R_HOME. > > L'erreur que j'ai maintenant semble venir d'un FactorXMLVisitor lié à > Mexico... > Je ne sais pas si ça vient de là, mais j'ai vérifié, le package sensitivity > est bien installé. A la vue de l'erreur, je dirais que tu a un facteur discret avec 0 valeurs dedans (Nombre de facteur discret = 0) -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

erreur 9000 simus
by Stephanie MAHEVAS Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

File uploaded! Copy the following URL to get it: http://upload.codelutin.com/file.php?h=R2c191589291f5ccd0af93b037212c1d0 -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 0

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier Nov. 25, 2010

Nov. 25, 2010

Le 24/11/2010 18:28, Bastien PREUSS a écrit : > Je constate que pour l'un des paramètres (le nombre de jours d'inactivité) > il n'y pas possibilité de saisir l'opérateur, à la fois c'est peut être > étonnant que ce paramètre puisse être considéré comme continu. > > J'ai supprimé ce paramètre et je n'ai plus l'erreur... mais ISIS à planté > complet et s'est fermé! Grrr. Dans ce cas, c'est que la configuration de R est incomplète : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier Nov. 24, 2010

Nov. 24, 2010

Le 24/11/2010 17:56, Bastien PREUSS a écrit : > > J’ai tout ressaisi pour voir mais j’obtiens toujours la même erreur. > > Je mets tout le debug en PJ si cela peut aider à trouver plus précisément la > cause. > Vu l'erreur, c'est qu'un des facteurs de type matrice continue a un opérateur non défini (null) -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1