November 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Calibration avec différenctiation des métiers
by Bastien PREUSS Nov. 18, 2010

Nov. 18, 2010

Bonjour, Jaimerais réaliser une calibration en prenant en compte les différents métiers, c'est-à-dire sans sommer les captures sur les métiers. Pour la matrice L des captures simulées il ne semble pas problématique de conserver la dimension correspondante aux métiers et de ne pas faire la somme sur cette dimension (ligne 340 du script), mais concernant la matrice des observations qui est importée au départ, comment peut ont importer une matrice à plus de 2 dimensions ? ou à la limite importer plusieurs matrices à 2 dimensions ? Dans mon script jai créé la matrice de la façon suivante : /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data int nbGroup = 10; /////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file int nbTrim = nbYear * 12; /////*** enter the number of métiers int nbMet = 3; int[] dimMatrix = {nbMet, nbTrim, nbGroup }; matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); //matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{nbGroup}); // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new List[]{groups}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves), new int[] {0, 0, 0 }); log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); //db.closeContext(); } Mais je narrive pas à faire un import qui convienne pour fixer « debarquementsObserves » avant, qui est créés comme suis à lorigine dans le script : public String param_nomfichier_debarquements = "C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsMet.cs v";//in row : time ; in columns : age or length group protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; Est-ce que quelquun aurait déjà fait ça, ou saurait comment faire ? Merci. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Sigrid LEHUTA Nov. 17, 2010

Nov. 17, 2010

hello Bastien, pourrais tu envoyer ton script de calibration ? - pour afficher la matrice obs tu fais System.out.println("matriceObs :"+ obs); - pour le [0,10] c est normal si la matrice est 12 x 10 l'element [0,10] serait dans la 11 eme colonne or y en a pas... alors qu il existe dans la matrice L 12x12 qui est parcourue par l iterateur - maintenant pourquoi L est 12x12 ? as tu ete la regarder dans l interface de resultats ? essaie de l afficher aussi dans les logs avant et apres les sumOverDim pour voir et de la comparer a celle de l interface le pb vient surement des sumOverDim... si oui on le verrai dans le code A+ Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour Sigrid, > > Merci de ta réponse. > Justement je ne comprends pas pourquoi j'ai les 2 dimensions de L qui font > 12, car je n'ai pas 12 groupes mais 10 (d'où le 10 dans ma matrice "obs"), > ni 12 stratégies, ni 12 métiers, ni 12 zones... le seul 12 c'est le nombre > de mois! J'ai les débarquements par mois donc 12 lignes dans ma matrice > d'obs, et 10 groupes d'âge dans ma pop d’où les 10 colonnes. > > Donc je ne comprends pas 1) comment la matrice L peut faire [12;12]; 2) > pourquoi il y a une erreur lors de la lecture du première élément de ma > matrice "obs" comme s'il était vide (est-il possible de vérifier que le .csv > a été chargé correctement?). > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid > LEHUTA > Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 7:03 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs > > Si en effet, > ta matrice L a normalement autant de groupes que ta population > Donc je suppose > 1) qu il y a 12 groupes d ages dans ta pop, non ? > > si oui pourquoi seulement 10 dans les observations ?? > > 2) que tes sum sur metiers strategies etc ne soient pas faites sur les > bonnes dimensions... ce qui expliquerait que tu aie 12 elements en > dimension 2 (12 strategies, 12 metiers, 12 zones ??) au lieu de 10... > > C est possible ?? > > > > Bastien PREUSS a écrit : >> Dans le script je ne spécifie pas si le premier élément est 0 ou 1. >> Je donne le chemin d'accès de mon fichier .csv qui contient 10 colonnes et >> 12 lignes sans noms de colonnes ni de lignes, puis je dis dans le script > que >> le nombre de colonnes est 10 et le nombre de lignes 12. >> Donc à priori il ne devrait pas y avoir de problème sur le nombre de >> dimensions sur cette matrice... >> >> Je remarque que la matrice "L" fait [12,12] et la matrice "obs" fait > [12,10] >> la première correspondant aux valeurs simulées et la seconde aux valeurs >> observées, ces matrices ne devrait-elle pas être de mêmes dimensions? >> >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean >> Couteau >> Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 12:44 PM >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs >> >> -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- >> Hash: SHA1 >> >> >> Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas >> d'élément ? >> >> Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : >>> J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la >> calibration. >>> J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais >> ça >>> plante après la première simu avec l?erreur suivante : >>> >>> java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas >>> dans la matrice [12, 10] >> Jean >> >> -----BEGIN PGP SIGNATURE----- >> Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) >> Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ >> >> iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x >> /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 >> hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 >> UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 >> iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe >> gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= >> =u5X5 >> -----END PGP SIGNATURE----- >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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intitule de l onglet emigrqtion dans la 3.3.0.5
by Jessica Andre Nov. 17, 2010

Nov. 17, 2010

on a remarque que dans l interface de saisie population migration, il y a 2 onglets migration en vrai l un d eux devrait etre Emigration (le troisieme) merci

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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Sigrid LEHUTA Nov. 17, 2010

Nov. 17, 2010

Si en effet, ta matrice L a normalement autant de groupes que ta population Donc je suppose 1) qu il y a 12 groupes d ages dans ta pop, non ? si oui pourquoi seulement 10 dans les observations ?? 2) que tes sum sur metiers strategies etc ne soient pas faites sur les bonnes dimensions... ce qui expliquerait que tu aie 12 elements en dimension 2 (12 strategies, 12 metiers, 12 zones ??) au lieu de 10... C est possible ?? Bastien PREUSS a écrit : > Dans le script je ne spécifie pas si le premier élément est 0 ou 1. > Je donne le chemin d'accès de mon fichier .csv qui contient 10 colonnes et > 12 lignes sans noms de colonnes ni de lignes, puis je dis dans le script que > le nombre de colonnes est 10 et le nombre de lignes 12. > Donc à priori il ne devrait pas y avoir de problème sur le nombre de > dimensions sur cette matrice... > > Je remarque que la matrice "L" fait [12,12] et la matrice "obs" fait [12,10] > la première correspondant aux valeurs simulées et la seconde aux valeurs > observées, ces matrices ne devrait-elle pas être de mêmes dimensions? > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean > Couteau > Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 12:44 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs > > -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- > Hash: SHA1 > > > Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas > d'élément ? > > Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : >> J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la > calibration. >> J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais > ça >> plante après la première simu avec l?erreur suivante : >> > >> java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas >> dans la matrice [12, 10] > > Jean > > -----BEGIN PGP SIGNATURE----- > Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) > Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ > > iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x > /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 > hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 > UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 > iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe > gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= > =u5X5 > -----END PGP SIGNATURE----- > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re: [Isis-fish-users] Pb accents dans le scipt de calibration
by Eric Chatellier Nov. 16, 2010

Nov. 16, 2010

Le 16/11/2010 12:01, Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > > > Un tit problème avec les accents ! > > > > Dans le plan de calibration aux lignes 99, 396 et 429 il y a des accents, par > exemple : debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv > séparateur ';'"); > > Ils sont dans des mots entre guillemets donc ça ne pose pas directement de > problèmes je pense, mais à chaque fois que l’on utilise ce script, les accents > sont modifiés par d’autres caractères, par exemple : > > debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv > sÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â©parateur ';'"); > > > > > > Cette opération se répétant à chaque simu, le fichier fini par grossir > énormément. Je suis arrivé jusqu’à un script de calibration faisant 1.5Mo au > lieu de 23K ce qui cause le plantage de ISIS, même sans lancer de simu, > simplement à l’ouverture du script concerné. > > En remplaçant simplement les « é » par « e » ça semble résoudre le problème. > oui, c'est un bug. Je le supprimerais plus tard, mais il faut que je fasse des tests sur caparmor (ca a été fait pour lui à l'origine). En attendant, le mieux est de ne pas mettre d'accent. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Jean Couteau Nov. 16, 2010

Nov. 16, 2010

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas d'élément ? Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : > > J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la calibration. > J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais ça > plante après la première simu avec l?erreur suivante : > > > java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas > dans la matrice [12, 10] Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= =u5X5 -----END PGP SIGNATURE-----

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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr Nov. 16, 2010

Nov. 16, 2010

hello à tout hasard... est-ce qu'il ne pourrait pas s'agir d'un probleme d'indexation? En java les indices d'une matrice commence à 0 et non à 1 comme en R par exemple stephanie Bastien PREUSS <bastien.preuss(a)ifremer.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Jai un problème avec la matrice dobservation me servant à la calibration. > Jai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais ça > plante après la première simu avec lerreur suivante : > > > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:340) afterSimulation - > sommes sur les strategies, metiers et zones faites > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:353) afterSimulation - > calcul du critere > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:354) afterSimulation - > dim de L [12, 12] > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:355) afterSimulation - > dim de obs [12, 10] > > ERROR [pool-2-thread-2] (SimulationService.java:919) finished - Stop > simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan > analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite > > java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas > dans la matrice [12, 10] > > > > > > Il semble donc que rien ne soit trouvé dans ma matrice de débarquement > observés, elle nest pourtant pas vide, et les bonnes dimensions ont bien > été spécifiées au début du script > > Jai recréé la matrice pour voir, mais ça ne change rien. > > > > Est-ce que lerreur pourrait venir dautre part ? > > Je mets le debug en PJ si cela peut aider. > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > >

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Pb matrice obs
by Bastien PREUSS Nov. 16, 2010

Nov. 16, 2010

Bonjour, Jai un problème avec la matrice dobservation me servant à la calibration. Jai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais ça plante après la première simu avec lerreur suivante : INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:340) afterSimulation - sommes sur les strategies, metiers et zones faites INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:353) afterSimulation - calcul du critere INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:354) afterSimulation - dim de L [12, 12] INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:355) afterSimulation - dim de obs [12, 10] ERROR [pool-2-thread-2] (SimulationService.java:919) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas dans la matrice [12, 10] Il semble donc que rien ne soit trouvé dans ma matrice de débarquement observés, elle nest pourtant pas vide, et les bonnes dimensions ont bien été spécifiées au début du script Jai recréé la matrice pour voir, mais ça ne change rien. Est-ce que lerreur pourrait venir dautre part ? Je mets le debug en PJ si cela peut aider. Merci. Bastien

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Pb accents dans le scipt de calibration
by Bastien PREUSS Nov. 16, 2010

Nov. 16, 2010

Bonjour, Un tit problème avec les accents ! Dans le plan de calibration aux lignes 99, 396 et 429 il y a des accents, par exemple : debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv séparateur ';'"); Ils sont dans des mots entre guillemets donc ça ne pose pas directement de problèmes je pense, mais à chaque fois que l’on utilise ce script, les accents sont modifiés par d’autres caractères, par exemple : debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv sÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â©parateur ';'"); Cette opération se répétant à chaque simu, le fichier fini par grossir énormément. Je suis arrivé jusqu’à un script de calibration faisant 1.5Mo au lieu de 23K ce qui cause le plantage de ISIS, même sans lancer de simu, simplement à l’ouverture du script concerné. En remplaçant simplement les « é » par « e » ça semble résoudre le problème. A bientôt. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] Dimensions de la matrice MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_MET
by Eric Chatellier Nov. 15, 2010

Nov. 15, 2010

Le 15/11/2010 16:46, Bastien PREUSS a écrit : > > Merci Eric, > > Le plan d’analyse se lance mais s’arrête après la première simu, et aucun > fichier Historic.csv n’est créé (malgré que le chemin soit bien spécifié dans > le plan). > > D’autre part il semble y avoir contradiction sur les choix des sumOverDim de > la matrice « ResultName. MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP », car > dans le plan d’analyse de la calibration les dimensions sont définies comme suit : > > L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies > > L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers > > L = L.sumOverDim(3);// sum over zones > > L = L.sumOverDim(4);// cumulated by groups > > Alors que dans le script ResultName, elles sont définies comme : > > /** > > * Matrix with five dimensions > > * Dimension 1 : Date > > * Dimension 2 : Strategy > > * Dimension 3 : Metier > > * Dimension 4 : Group > > * Dimension 5 : Zone > > */ > > Après plusieurs essais il semble que ça soit les dimensions spécifiées dans le > ResultName qui soient les bonnes. > Il me semble que ce plan d'expérience a été écrit par Sigrid. Je pense qu'elle pourra t'aider mieux que moi :) > > J’obtiens cependant toujours l’erreur : > > ERROR [pool-2-thread-4] (SimulationService.java:919) finished - Stop > simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan > analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_BCO > > java.lang.IndexOutOfBoundsException: toIndex = 12 > > A quoi cela correspond il ? > C'est l'instruction MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, 2, 4).copy(); qui n'est pas correcte, qui arrête le plan et qui n'écrit donc pas le fichier Historic.csv -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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