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Densité de population
by bastien.preuss＠noumea.ird.nc 17 Sep '09

17 Sep '09

Bonjour, je me pose une question sur la façon dont est calculé la densité de poissons (je n'ai pas trouvé de détails sur le Wiki). Quand on rentre un effectif par zone, celui-ci est réparti de façon homogène dans les mailles de la zone. La densité est elle alors calculer grace à la taille de la maille, qui est en degré, donc surface en degré²?! Y a-t-il une correspondance automatique entre les degrés et les mètres dans Isis? Ou même, y a-t-il une prise en compte des distance grace au fond de carte géoréférencé (mais il me semble que non). Merci. Bastien

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erreur lors de la vérification
by bastien.preuss＠noumea.ird.nc 15 Sep '09

15 Sep '09

Bonjour lorsque je lance la vérification de la région j'ai message d'erreur suivant: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check (CheckRegion.java:89) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check (CheckRegion.java:333) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check (CheckRegion.java:234) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check (CheckRegion.java:367) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.checkFisheryRegion (InputAction.java:1246) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.FisheryRegionUI.check (FisheryRegionUI.java:147) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.FisheryRegionUI.doActionPerformed__on__check (FisheryRegionUI.java:353) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) at $Proxy0.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Merci. Bastien

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Modifications du Wiki ISIS
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 15 Sep '09

15 Sep '09

Bonjour, j'ai créé un compte sur le wiki ISIS pour pouvoir le modifier, le nom d'utilisateur est DelphineRocklin. Pourrais-je avoir l'autorisation ? Merci, Delphine

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erreur sim dernière version
by chirine HUSSEIN 15 Sep '09

15 Sep '09

bonjour à tous, j'ai bien telecharger la dernière version d'ISIS, mais en lancant les simuatios j'ai eu un message d'errur. je vous envoie le fishier d'erreur en attache. merci bien pour l'avance. chirine

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la matrice de prix est vide
by Sigrid LEHUTA 14 Sep '09

14 Sep '09

quand j utilise une equation qui depend de la date et de la classe il ne remplit pas la matrice de prix (alors qu il le fait quand j ai juste une fonction de la classe de taille) pourtant il calcule correctement le prix.... merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Bug regle null pointer
by Sigrid LEHUTA 14 Sep '09

14 Sep '09

voilà la règle erreur null pointeur exception ligne 576 l idee c est que soit j ai un plan d analyse qui tourne et je recupere la liste fuelprice dans le context, soit je ne suis pas dans un plan d analyse et je recupere un double param_fuelprice en param de la regle que je mets comme premier et unique element de la liste. mais apparement ca marche pas... :-( merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) package rules; import java.util.HashSet; import java.util.HashMap; import java.util.Map; import java.util.List; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays; import java.util.Set; import java.io.File; import java.io.Writer; import java.io.FileWriter; import java.io.BufferedWriter; import java.io.FileReader; import java.util.Collection; import java.util.Collections; import org.codelutin.util.StringUtil; import static org.codelutin.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.codelutin.math.matrix.*; import org.codelutin.util.FileUtil; import scripts.ResultName; import scripts.RuleUtil; import scripts.SiMatrix; import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription; import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo; import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; import fr.ifremer.isisfish.types.Month; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; /** *RUM_multinomial_Costs.java *a partir de RUM_multinomial * Created: 10/09/09 * * @author sigrid * @version $Revision: $ * * Last update: $Date: $ * by : $Author: sigrid $ */ /** * RUM utilise les RUM pour predire a chaque mois la proportion de chaque metier realisÃƒÆ’Ã‚Â© par les pecheurs *en fonction des abondance par zone, de la biomasse totale et des VPUE realisees sur les metiers le mois *precedant et l annee precedante * ATTENTION ce code est valable si un metier n est pratiquÃƒÆ’Ã‚Â© que dans une et une seule strategie */ public class RUM_multinomial_Costs_Anchois extends AbstractRule { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ static private Log log = LogFactory.getLog(RUM_multinomial_Costs_Anchois.class); public Population param_pop = null; public Double param_fuelprice = 0.3411; static final protected String VPUE_O = "LandingsValueOther"; static final protected String VPUE_A = "LandingsValueAnchovy"; static final protected String INTERCEPT = "Intercept"; static final protected String EFFORT_PY = "EffortPY"; static final protected String EFFORT_PM = "EffortPM"; static final protected String EFFORT = "Effort"; static final protected String LVALUE_O = "LandingsValueOther"; static final protected String LVALUE_A = "LandingsValueAnchovy"; static final protected String BETA_O = "BetaOthers"; static final protected String BETA_A = "BetaAnchovy"; static final protected String ALPHA_O = "AlphaOthers"; static final protected String ALPHA_A = "AlphaAnchovy"; static final protected String COST = "Cost"; // To keep and export %effort / metier date File exportEffort = new File ("Effort.csv");//yv //File exportEffort = new File ("C:/these/ISIS-RUM/Simulation/Effort.csv");//yv //Load matrix of coefficients of rum //public String param_nomfichier_coeffRUM = "C:/SIGRID/work/CouplageISIS-RUM/Simulation/CoeffRum.csv";//yv public String param_nomfichier_coeffRUM0 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/CoeffRum0.csv"; public String param_nomfichier_coeffRUM1 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/CoeffRum1.csv";//yv public String param_nomfichier_coeffRUM2 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/CoeffRum2.csv";//yv public String param_nomfichier_coeffRUM3 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/CoeffRum3.csv";//yv //public String param_nomfichier_coeff = "C:/SIGRID/work/ISIS-FISH/simu/RUM/Coeff.csv"; //Load matrix of coefficients of relations Effort - Value others met other et anchovy et anchovy met other public String param_nomfichier_coeffOthers0 = "Inputs_Anchois/CoeffOthers_ssIntercept/CoeffOthers0.csv"; public String param_nomfichier_coeffOthers1 = "Inputs_Anchois/CoeffOthers_ssIntercept/CoeffOthers1.csv"; public String param_nomfichier_coeffOthers2 = "Inputs_Anchois/CoeffOthers_ssIntercept/CoeffOthers2.csv"; public String param_nomfichier_coeffOthers3 = "Inputs_Anchois/CoeffOthers_ssIntercept/CoeffOthers3.csv"; //public String param_nomfichier_coeffOthers0 = "C:/SIGRID/work/CouplageISIS-RUM/Simulation/CoeffOthers0.csv";//yv //public String param_nomfichier_coeffOthers1 = "C:/SIGRID/work/CouplageISIS-RUM/Simulation/CoeffOthers1.csv";//yv //public String param_nomfichier_coeffOthers2 = "C:/SIGRID/work/CouplageISIS-RUM/Simulation/CoeffOthers2.csv";//yv //public String param_nomfichier_coeffOthers3 = "C:/SIGRID/work/CouplageISIS-RUM/Simulation/CoeffOthers3.csv";//yv //public String param_nomfichier_coeff = "C:/SIGRID/work/ISIS-FISH/simu/RUM/CoeffOthers.csv"; public String param_nomfichier_distances0 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/Distances0.csv"; public String param_nomfichier_distances1 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/Distances1.csv"; public String param_nomfichier_distances2 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/Distances2.csv"; public String param_nomfichier_distances3 = "Inputs_Anchois/CoeffRumMultiCost/Distances3.csv"; protected File CoeffRum0; protected File CoeffRum1; protected File CoeffRum2; protected File CoeffRum3; protected File CoeffOthers0; protected File CoeffOthers1; protected File CoeffOthers2; protected File CoeffOthers3; protected File Distances0; protected File Distances1; protected File Distances2; protected File Distances3; protected MatrixND matrixCoeffRUM; protected MatrixND matrixCoeffOthers; protected MatrixND matrixVar; protected List<Metier> metiers; protected MatrixND matrixDistances; // interdit de faire des set sur les strategies de la map, il faut recuperer les strategies de la date courante protected Map<String , Strategy> mesStrategies; protected String [] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_BIOMASS, ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP, ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET, ResultName.MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET, }; /** * @return the necessaryResult */ public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. * @return L'aide ou la description de la regle */ public String getDescription() { return _("calcul le temps passe sur chaque metier possible a l aide des RUM / "+ "necessite au moins 2 annÃƒÆ’Ã‚Â©es de simulation / "+ "attend une matrice de coefficients du RUM / "+ "une matrice de coeff pour le calcul des valeurs des especes non dÃƒÆ’Ã‚Â©crites / "+ "exporte les pourcentages et valeurs calculÃƒÆ’Ã‚Â©s chaque mois"); } /** * AppelÃƒÆ’Ã‚Â© au dÃƒÆ’Ã‚Â©marrage de la simulation, cette mÃƒÆ’Ã‚Â©thode permet d'initialiser * des valeurs * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void init(SimulationContext context) throws Exception { // load coefficients of rum file in a matrix if (param_nomfichier_coeffRUM0==null || "".equals(param_nomfichier_coeffRUM0)){ CoeffRum0 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierRum 0 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); CoeffRum1 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierRum 1 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); CoeffRum2 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierRum 2 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); CoeffRum3 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierRum 3 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); } else { CoeffRum0 = new File(param_nomfichier_coeffRUM0); CoeffRum1 = new File(param_nomfichier_coeffRUM1); CoeffRum2 = new File(param_nomfichier_coeffRUM2); CoeffRum3 = new File(param_nomfichier_coeffRUM3); } // load coefficients of relation others file in a matrix if (param_nomfichier_coeffOthers0==null || "".equals(param_nomfichier_coeffOthers0)){ CoeffOthers0 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierOthers 0 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); CoeffOthers1 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierOthers 1 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); CoeffOthers2 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierOthers 2 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); CoeffOthers3 = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichierOthers 3 csv sÃƒÆ’Ã‚Â©parateur ';'"); } else { CoeffOthers0 = new File(param_nomfichier_coeffOthers0); CoeffOthers1 = new File(param_nomfichier_coeffOthers1); CoeffOthers2 = new File(param_nomfichier_coeffOthers2); CoeffOthers3 = new File(param_nomfichier_coeffOthers3); } //Load file of distances Distances0 = new File(param_nomfichier_distances0); Distances1 = new File(param_nomfichier_distances1); Distances2 = new File(param_nomfichier_distances2); Distances3 = new File(param_nomfichier_distances3); // reccuperation des metiers et strategies SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); List<Strategy> allStrategies = siMatrix.getStrategies(new Date(0)); List <String> coeffs = Arrays.asList(new String[]{ALPHA_O,BETA_O,ALPHA_A,BETA_A}); List <String> coeffRum = Arrays.asList(new String[]{INTERCEPT, EFFORT_PY, EFFORT_PM, VPUE_O ,VPUE_A, COST}); List<Month> months = Arrays.asList(Month.MONTH); // creation de mes strategies qui ne contient pas les espagnols mesStrategies = new HashMap<String, Strategy>(); for(Strategy str : allStrategies) { mesStrategies.put(str.getName(), str); } mesStrategies.remove("Espagnols"); /*List <Strategy> mStr = new ArrayList(mesStrategies.values()); for(Strategy str : mStr){ System.out.println(str.getName());} //mesStrategies = new ArrayList(strategies.entrySet());*/ //// import des fichiers de coeff des rum [1 par strategie, metier*coeff] MatrixND matCoeffRum0 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffRum0", new List[]{ metiers,coeffRum}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); MatrixND matCoeffRum1 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffRum1", new List[]{ metiers,coeffRum}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); MatrixND matCoeffRum2 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffORum2", new List[]{metiers,coeffRum}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); MatrixND matCoeffRum3 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffRum3", new List[]{metiers,coeffRum}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); matCoeffRum0.importCSV(new FileReader(CoeffRum0),new int []{0,0}); matCoeffRum1.importCSV(new FileReader(CoeffRum1),new int []{0,0}); matCoeffRum2.importCSV(new FileReader(CoeffRum2),new int []{0,0}); matCoeffRum3.importCSV(new FileReader(CoeffRum3),new int []{0,0}); //// import des fichiers de coeff pour le calcul des valeurs non simulees [1 par strategie, metier*coeff] MatrixND matCoeffOthers0 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffOthers0", new List[]{metiers,coeffs}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); MatrixND matCoeffOthers1 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffOthers1", new List[]{ metiers,coeffs}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); MatrixND matCoeffOthers2 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffOthers2", new List[]{metiers,coeffs}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); MatrixND matCoeffOthers3 = MatrixFactory.getInstance().create( "matCoeffOthers3", new List[]{metiers,coeffs}, new String[]{"Metiers","Coeff"}); matCoeffOthers0.importCSV(new FileReader(CoeffOthers0),new int []{0,0}); matCoeffOthers1.importCSV(new FileReader(CoeffOthers1),new int []{0,0}); matCoeffOthers2.importCSV(new FileReader(CoeffOthers2),new int []{0,0}); matCoeffOthers3.importCSV(new FileReader(CoeffOthers3),new int []{0,0}); //// import des distances parcourues MatrixND matDistances0 = MatrixFactory.getInstance().create( "matDistances0", new List[]{metiers,months}, new String[]{"Metiers","Month"}); MatrixND matDistances1 = MatrixFactory.getInstance().create( "matDistances1", new List[]{metiers,months}, new String[]{"Metiers","Month"}); MatrixND matDistances2 = MatrixFactory.getInstance().create( "matDistances2", new List[]{metiers,months}, new String[]{"Metiers","Month"}); MatrixND matDistances3 = MatrixFactory.getInstance().create( "matDistances3", new List[]{metiers,months}, new String[]{"Metiers","Month"}); matDistances0.importCSV(new FileReader(Distances0),new int []{0,0}); matDistances1.importCSV(new FileReader(Distances1),new int []{0,0}); matDistances2.importCSV(new FileReader(Distances2),new int []{0,0}); matDistances3.importCSV(new FileReader(Distances3),new int []{0,0}); //creation et import des matrices des coeff // RUM matrixCoeffRUM = MatrixFactory.getInstance().create( "matrixCoeffRUM", new List[]{new ArrayList(mesStrategies.values()), metiers, coeffRum}, new String[]{"Strategies","Metiers","Coeff"}); MatrixND matImportRum = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{14,2}); for(Strategy str : mesStrategies.values()){ for(Metier met : metiers){ for(String coeff : coeffRum){ if ("BolBasques".equals(str.getName())) { matImportRum = matCoeffRum0; }else if ("BolBretons".equals(str.getName())) { matImportRum = matCoeffRum1; }else if ("PelProfil1".equals(str.getName())) { matImportRum = matCoeffRum2; }else if ("PelProfil2".equals(str.getName())) { matImportRum = matCoeffRum3;} matrixCoeffRUM.setValue(str,met, coeff, matImportRum.getValue(met,coeff)); }// fin de for coeff }// fin de for met }// fin de for strategy // captures non simulees matrixCoeffOthers = MatrixFactory.getInstance().create( "matrixCoeffOthers", new List[]{new ArrayList(mesStrategies.values()), metiers, coeffs}, new String[]{"Strategies","Metiers","Coeff"}); MatrixND matImport = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{14,2}); for(Strategy str : mesStrategies.values()){ for(Metier met : metiers){ for(String coeff : coeffs){ if ("BolBasques".equals(str.getName())) { matImport = matCoeffOthers0; }else if ("BolBretons".equals(str.getName())) { matImport = matCoeffOthers1; }else if ("PelProfil1".equals(str.getName())) { matImport = matCoeffOthers2; }else if ("PelProfil2".equals(str.getName())) { matImport = matCoeffOthers3;} matrixCoeffOthers.setValue(str, met, coeff, matImport.getValue(met,coeff)); }// fin de for coeff }// fin de for met }// fin de for strategy System.out.println("matrixCoeffOthers : "+matrixCoeffOthers); System.out.println("coeff RUM: " + matrixCoeffRUM); //// Matrice des distances parcourues matrixDistances = MatrixFactory.getInstance().create( "matrixDistances", new List[]{metiers,new ArrayList(mesStrategies.values()),months}, new String[]{"Metiers","Strategies","Month"}); MatrixND matImportDist = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{14,12}); for(Strategy str : mesStrategies.values()){ for(Metier met : metiers){ for(Month mois : months){ if ("BolBasques".equals(str.getName())) { matImportDist = matDistances0; }else if ("BolBretons".equals(str.getName())) { matImportDist = matDistances1; }else if ("PelProfil1".equals(str.getName())) { matImportDist = matDistances2; }else if ("PelProfil2".equals(str.getName())) { matImportDist = matDistances3;} matrixDistances.setValue(met, str, mois, matImportDist.getValue(met,mois)); }// fin de for months }// fin de for met }// fin de for strategy /*for(MatrixIterator i = matrixDistances.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Strategy str = (Strategy) sem[1]; int metNum = i.getCoordinates()[0]; if("BolBasques".equals(str.getName())){ i.setValue(matDistancesprovi.getValue(metNum,0)); } else if("BolBretons".equals(str.getName())){ i.setValue(matDistancesprovi.getValue(metNum,1)); } else if("PelProfil1".equals(str.getName())){ i.setValue(matDistancesprovi.getValue(metNum,2)); } else if("PelProfil2".equals(str.getName())){ i.setValue(matDistancesprovi.getValue(metNum,3)); } }*/ }// fin de init protected Map<Date, MatrixND> allMatrixVar = new HashMap<Date, MatrixND>(); protected MatrixND getMatrixVar(Date askedDate) { MatrixND result = allMatrixVar.get(askedDate); // si on demande on matrice qui n existe pas encore : on la cree if (result == null) { MatrixND matrixVar = createMatrixVar(); allMatrixVar.put(askedDate, matrixVar); result = matrixVar; } return result; } protected MatrixND createMatrixVar (){ // Creation d'une nouvelle matrix qui n'existe pas encore ... MatrixND matrixVar = MatrixFactory.getInstance().create( "matrixVar", new List[]{new ArrayList(mesStrategies.values()), metiers, Arrays.asList(new String[]{EFFORT, LVALUE_O, LVALUE_A})}, new String[]{"Strategies","Metiers","Variables"}); return matrixVar ; } /** * ajoute a file le contenu de la matrice pour la date donnee */ protected void exportEffort(File file, Date date) throws Exception { if(date.getDate() > 0){ MatrixND mat = allMatrixVar.get(date.previous()); //mat = mat.getSubMatrix(2, EFFORT); //mat = mat.reduceDims(2); BufferedWriter out = new BufferedWriter(new FileWriter(file, true)); int d = date.previous().getDate(); /*for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object str = i.getSemanticsCoordinates()[0]; Object met = i.getSemanticsCoordinates()[1]; Object var = i.getSemanticsCoordinates()[2]; double value = i.getValue(); out.write(d + ";" + str + ";" + met + ";"+ var +";" + value); out.newLine(); }*/ List <Strategy> str = mat.getSemantics()[0]; List <Metier> met = mat.getSemantics()[1]; for(Strategy s : str){ for(Metier m : met){ double val1 = mat.getValue(s,m,0); double val2 = mat.getValue(s,m,1); double val3 = mat.getValue(s,m,2); out.write(d + ";" + s + ";" + m + ";" + val1 +";" + val2 + ";" + val3); out.newLine(); } } out.close(); } } /** * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites */ public boolean condition(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { boolean result = true ; return result; } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÆ’Ã‚Â©e avant le pas * de temps de la simulation. * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ boolean first = true ; public void preAction(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { // la prÃƒÆ’Ã‚Â©action n est realisee qu une seule fois pour tous les metiers if (first == true){ first = false ; SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); ResultStorage Result = context.getSimulationStorage().getResultStorage(); MatrixND currentMatrixVar = getMatrixVar(date); List<Strategy> strategies = currentMatrixVar.getSemantics(0); List<Metier> metiers = currentMatrixVar.getSemantics(1); // 1) reccupere les landings values en anchois des metiers anchois le mois precedent if (date.getDate() != 0) { MatrixND valueMat = Result.getMatrix(date.previous(), ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET); MatrixND valuePerMet = valueMat.getSubMatrix(0, new ArrayList(mesStrategies.values()).toArray()); for(Strategy strIndex : strategies){ for(Metier metIndex : metiers){ getMatrixVar(date.previous()).setValue(strIndex,metIndex,LVALUE_A,valuePerMet.getValue(strIndex,metIndex)); } } System.out.print("MatrixVar "+ getMatrixVar(date.previous())); } MatrixND EffortNominalPerStrMet_pm = null; if (date.getDate() != 0){ //reccupere de l effort nominal par strategy met du pas de temps precedant EffortNominalPerStrMet_pm = Result.getMatrix( date.previous(), ResultName.MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET); System.out.println("EffortNominalPerStrMet_pm "+EffortNominalPerStrMet_pm); } // Boucle sur les strategies int comp = 0 ; for(Strategy strIndex : strategies){ comp += 1; System.out.println("boucle strategie "+comp); // interdit de faire des set sur les strategies de la semantique de la matrice, il faut recuperer les strategies de la date courante Strategy str = (Strategy)context.getDB().findByTopiaId(strIndex.getTopiaId()); StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(date.getMonth()); Collection<EffortDescription> strMet = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers() ; double effortTotStr = 0 ; if (date.getDate() != 0){ effortTotStr = EffortNominalPerStrMet_pm.getSubMatrix(0,str,1).sumOverDim(1).reduce().getValue(0); } System.out.println("effort total strategie"+ str.getName() + effortTotStr); //2) calcul les valeurs non simulees du mois prÃƒÆ’Ã‚Â©cÃƒÆ’Ã‚Â©dant et des proportions d effort // liste des hypotheses... if (date.getDate() != 0){ for (EffortDescription effort : strMet){ Metier met = effort.getPossibleMetiers() ; System.out.println("Boucle metier 1, metier possible: "+met.getName()); double eff = EffortNominalPerStrMet_pm.getValue(str,met); if(effortTotStr != 0){ getMatrixVar(date.previous()).setValue(str,met,EFFORT,eff / effortTotStr); } else { getMatrixVar(date.previous()).setValue(str,met,EFFORT,0); } System.out.println("effort str"+str.getName()+met.getName()+" : "+eff); System.out.println("effortTotStr = "+ effortTotStr); System.out.println("propMet = "+ getMatrixVar(date.previous()).getValue(str,met,EFFORT)); double valOtherMetOther = 0; //yv double valAnchovyMetOther = 0; //yv double valOtherMetAnchovy = 0;//yv if ("Autre".equals(met.getName())){ if (eff != 0) { valOtherMetOther = matrixCoeffOthers.getValue(str,met,ALPHA_O) + matrixCoeffOthers.getValue(str,met,BETA_O)*eff; valAnchovyMetOther = matrixCoeffOthers.getValue(str,met,ALPHA_A) + matrixCoeffOthers.getValue(str,met,BETA_A)*eff; } getMatrixVar(date.previous()).setValue(str,met,LVALUE_O,valOtherMetOther); getMatrixVar(date.previous()).setValue(str,met,LVALUE_A,valAnchovyMetOther); System.out.println("LVALUE_O, metOther :"+getMatrixVar(date.previous()).getValue(str,met,LVALUE_O)); System.out.println("LVALUE_A, metOther :"+getMatrixVar(date.previous()).getValue(str,met,LVALUE_A)); }else { if (eff != 0) { valOtherMetAnchovy = matrixCoeffOthers.getValue(str,met,ALPHA_O) + matrixCoeffOthers.getValue(str,met,BETA_O)*eff; } getMatrixVar(date.previous()).setValue(str,met,LVALUE_O,valOtherMetAnchovy); System.out.println("LVALUE_O, metAnchovy :"+getMatrixVar(date.previous()).getValue(str,met,LVALUE_O)); } } } // 3) calcul des pourcentages d effort // a) %Effort pour la premiere annÃƒÆ’Ã‚Â©e : reccuperation des pourcentages d effort du pas de temps dans la database if (date.getDate() > 11){ /*// boucle sur les met de la str for (EffortDescription effort : strMet){ Metier met = effort.getPossibleMetiers() ; System.out.println("Boucle metier 2, metier possible: "+met.getName()); getMatrixVar(date).setValue(str, met, EFFORT, smi.getProportionMetier(met)); } // b) calcul avec les RUM des pourcentages d effort du pas de temps }else{*/ // map temporaire de stoquage des valeurs de sum cum calculees pour les met de la strategie. Map<Metier, Double> tmp = new HashMap<Metier, Double>(); double tot = 0; List<Double> fuelprice ; fuelprice = (List<Double>)context.getValue("fuelPrice"); System.out.println("fuelprice avant:"+fuelprice); if (fuelprice == null){ System.out.println("oui null"+param_fuelprice); fuelprice.set(0,param_fuelprice); System.out.println("fuelprice apres:"+fuelprice); } // boucle sur les met de la str for (EffortDescription effort : strMet){ Metier met = effort.getPossibleMetiers() ; System.out.println("Boucle metier 3, metier possible: "+met.getName()); Date previousDate = date.previous(); Date previousYear = date.previousYear(); MatrixND matrixVarPreviousMonth = getMatrixVar(previousDate); MatrixND matrixVarPreviousYear = getMatrixVar(previousYear) ; double FuelPrice; if(fuelprice.size() == 0){ FuelPrice = fuelprice.get(0); }else { FuelPrice = fuelprice.get(date.getYear()); } double peff_pm = matrixVarPreviousMonth.getValue(str,met,EFFORT); double peff_py = matrixVarPreviousYear.getValue(str,met,EFFORT); double val_O = matrixVarPreviousMonth.getValue(str,met,LVALUE_O); double val_A = matrixVarPreviousMonth.getValue(str,met,LVALUE_A); double eff_pm = EffortNominalPerStrMet_pm.getValue(str,met); double Vpue_O = 0; double Vpue_A = 0; if(eff_pm != 0){ Vpue_O = val_O / eff_pm; System.out.println("vpue o :"+Vpue_O); Vpue_A = val_A / eff_pm; System.out.println("vpue a:"+ Vpue_A); } double sumCum = matrixCoeffRUM.getValue(str,met,INTERCEPT) + peff_pm * matrixCoeffRUM.getValue(str,met,EFFORT_PM)*100 + peff_py * matrixCoeffRUM.getValue(str,met,EFFORT_PY)*100 + Vpue_O * matrixCoeffRUM.getValue(str,met,VPUE_O) + Vpue_A * matrixCoeffRUM.getValue(str,met,VPUE_A) + FuelPrice * matrixDistances.getValue(met,str,date.getMonth())* matrixCoeffRUM.getValue(str,met,COST); System.out.println("tout pour le calcul peff_pm : " + peff_pm + "peff_py : "+peff_py); System.out.println("tout pour le calcul coeffs : intercept " + matrixCoeffRUM.getValue(str,met,INTERCEPT) + "pm : "+matrixCoeffRUM.getValue(str,met,EFFORT_PM) + "py : "+matrixCoeffRUM.getValue(str,met,EFFORT_PY) + "VPUEO : "+matrixCoeffRUM.getValue(str,met,VPUE_O) + "VPUEA : "+matrixCoeffRUM.getValue(str,met,VPUE_A)); System.out.println("sumCum :"+sumCum); tot += Math.exp(sumCum); tmp.put(met,Math.exp(sumCum)); } for (EffortDescription effort : strMet){ Metier met = effort.getPossibleMetiers() ; System.out.println("Boucle metier 4, metier possible: "+met.getName()); double percent = 0; if(tot != 0){ percent = tmp.get(met)/tot; } System.out.println("tmp.get(met):"+tmp.get(met)+" tot : "+tot); //getMatrixVar(date).setValue(str, met, EFFORT, percent); // attribution de la nouvelle prop pour le mois if (!context.getMetierMonitor().getForbiddenMetier().contains(met)) { smi.setProportionMetier(met,percent); System.out.println("smi set " + smi.getProportionMetier(met)); } } } } exportEffort(exportEffort, date); } } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÆ’Ã‚Â©e apres le pas * de temps de la simulation. * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void postAction(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { first = true ; } } _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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[Isis-fish-user] comment réccuperer une valeur calculée dans une regle dans une autre règle ?
by Sigrid LEHUTA 11 Sep '09

11 Sep '09

Bonjour bonjour, J'aimerais réutiliser une quantité calculée dans une règle de gestion dans une autre règle (au même pas de temps) sans avoir a la recalculer. Est ce possible ? comment faut il déclarer la variable ? Merci d'avance -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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equation de prix : comment utiliser un resultat dans l equation ???
by Sigrid LEHUTA 09 Sep '09

09 Sep '09

hello, je veux faire intervenir les débarquements du mois dans l'équation de prix, mais j'arrive pas :'( il me dit qu il y a une erreur dans l equation de prix et en effet quand je fais afficher la matrice des captures recupérée dans l equation de prix, il me renvoit "null". voici les deux techniques que j ai testées pour récupérer la matrice des captures (je sais toujours pas la difference entre les deux mais aucune ne marche) : Population pop = group.getPopulation(); String name = "ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP"; technique 1 : Date date2 = context.getSimulationStorage().getResultStorage().getLastDate(); MatrixND landing = context.getSimulationStorage().getResultStorage().getMatrix(date2,pop, name) ; technique 2 : Date date = context.getSimulationControl().getDate().previous(); MatrixND landing = context.getResultManager().getMatrix(date, pop, name) ; (j ai pris soin de mettre date.previous() au cas ou ca viendrait de getPrice() qui serait appelé avant la création de la nouvelle ligne de la matrice de captures mais je pense pas) Est ce parce que je m'y prends mal ou parce que je ne peux pas du tout la reccupérer ? merci beaucoup !!!! sig -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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vous n'utilisez pas le depot correct...??
by Sigrid LEHUTA 08 Sep '09

08 Sep '09

Hello, C est le message que j ai eu ce matin en ouvrant la nouvelle version : "vous n'utilisez pas le depot correct pour votre version d'ISIS-Fish 3.2 voulez vous utilisez le depot correct ?" ou quelque chose dans ce gout là... Dans le doute j ai mis oui mais est ce que vous pourriez mettre un message dans FAQ expliquant la signification des messages comme celui ci et nous permettre de mesurer la potentielle gravité du clic ? ;-) Merci :-) Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 (interne : 8165) _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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seminaire ISIS-Fish
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 07 Sep '09

07 Sep '09

Bonjour à tous et désolée pour ce long silence. La liste des participants etant assez courte, le seminaire se desoulera finalement sur trois jours du 14 au 16 septembre. Une nouvelle session ouverte aussi aux non utilisateurs pourrait se dérouler au premier semestre 2010. Avec le CR du seminaire je preparerai un doodle pour identifier une periode qui satisfasse le plus grand nombre. Pour la semaine prochaine, chaque participant est supposé venir avec son ordinateur portable. Il serait préférable que chacun est téléchargée la nouvelle version d'ISIS et installé NetBeans (http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.…) pour les Tps de JAVA. Programme Séminaire des utilisateurs d'ISIS-Fish 14-15-6 septembre à NANTES * Lundi Matin : 10h-12h (intervenants : Stéphanie, Sigrid, Benjamin, Jean, Eric)* Présentation des évolutions de la V3.1 à la V3.2 Utilisation du WIKI Caparmor Installation de la V3.2 Installation de NetBeans Discussion *Lundi après-midi : 14h-18h **(intervenants : Benjamin, **Jean, Eric)* Démonstration de simulations avec la V3.2 en local et sur caparmor Interfaces de script Cours Java (syntaxe, API, manipulation des objets ISIS) Discussion *Mardi matin : 9h-12h **(intervenants : Benjamin, **Jean, Eric)* TP Java + reprise des scripts ISIS Debuggage Discussion *Mardi après-midi : 14h-18h **(intervenants : ** Stéphanie, ** **Jean)* TP analyse de sensibilité Discussion *Mercredi **(intervenants : Benjamin, **Jean, Eric)* Debuggage Au plaisir de vous voir la semaine prochaine! Stephanie _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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