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ISIS, R et FLR (encore et encore)
by Paul MARCHAL July 24, 2012

July 24, 2012

Bonjour, Voici un nouveau problème qui apparaît en lançant R depuis ISIS. La rèble utilisée La règle (XSA, attachée ici) crée entre autres choses un objet, NauxAges, de type (RDataFrame). Le problème survient lorsque l'on veut récupérer les informations contenues dans cet objet avec "get"(e.g. ligne 374 de XSA). Cela ne marche pas, alors que cela fonctionnait très bien avec la v3. Je vous joins le fichier "debug". Merci pour vos lumières Paul -- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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Changement des effectifs initiaux
by Jessica Andre July 24, 2012

July 24, 2012

Bonjour, Quelle est la commande pour accéder (et accessoirement changer) les effectif initiaux ?! Dans l'API, j'ai trouvé dans SimulationParameterImpl un numbers qui est une Map. Je sais pas trop comment l'utiliser, et surtout je ne vois pas de fonction Set... Merci d'avance ! Jess P.S. Merci Eric pour ta réponse a mon dernier email ! *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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ISIS-Fish, R et FLR: le retour
by Paul MARCHAL July 19, 2012

July 19, 2012

Bonjour, J'ai un nouvel ordinateur 64 bits, sur lequel j'ai installé la version 4.1.0.1 d'ISIS-Fish. Les programmes utilisés font appel à R et FLR. R est initialisé correctement lorsque je lance l'appli ISIS pour 64 bits, mais le problème est que FLR ne peut être lancé que sur des applis en 32 bits. Du coup, j'ai relancé ISIS en 32 bits, mais cette fois R ne s'initialise pas. Pourtant, le R_HOME est correct (et pointe la version 32 bits de R). Je vous envoie le debug qui m'est envoyé. Le même problème se pose sur l'ordinateur d'Youen. Merci pour vos suggestions Bon après-midi Paul -- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.2 released
by forge.codelutin.com Release Notification July 18, 2012

July 18, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o La sauvegarde des facteurs discrets ne fonctionne plus Issue: 1346. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.2-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/409 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2012

June 30, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Installation version 4
by Jessica Andre June 29, 2012

June 29, 2012

Bonjour Eric, J'ai donc installé la version 4, importé ma région, changé mes Rules et mon plan de simulation pour être en accord avec la nouvelle version. Ca compile ok (ca me met juste 2 notes en bas : Note: C:\Documents and Settings\jandre\isis-fish-4\isis-database\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details.) J'essaye de lancer une simulation très simple (une espèce sur 3 ans) et ca veut rien faire... Il n'y a pas de message d'erreur, l'onglet de lanceur de simulation est ouvert, l'Etat est : « Préparation de la simulation » et puis il ne se passe rien de rien... Mais je ne vois pas d'erreur dans le debug. Aussi, je ne peux pas créer de CommunitySimulationplans depuis l'onglet, ca m'affiche une erreur, qui n'apparait d'ailleurs pas dans le debug non plus. J'ai copié le message dans un .txt. Par contre je peux créer un nouveau script ou une règle, juste pas un plan de simulation. Qu'est-ce-qu'il se passe ?! Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au<mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Au secour! Plan d'analyse independant
by Jessica Andre June 28, 2012

June 28, 2012

Bonjour, Un petit appel de détresse. Mon plan d'analyse indépendant compile mais ne marche pas. Et j'ai un milestone éminent... Si quelqu'un a une idée, je suis preneur! Merci d'avance Jess -----Original Message----- From: Jessica Andre Sent: Monday, 25 June 2012 1:57 PM To: 'isis-fish-users(a)list.isis-fish.org' Subject: RE: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Bonjour Eric, Merci pour les corrections du plan d'analyse. Et pour avoir remis l'API de la version 3, ca m'a un peu manqué... J'ai continué a modifier le plan d'analyse pour qu'il me créer un csv file avec certain résultats des simu. Tout semble compiler OK mais quand je teste mon plan d'analyse, ca ne tourne pas et m'affiche un message d'erreur (impossible de lancer la simulation). J'ai attache le debug en PJ, et mon plan d'analyse (quand tu dis " un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan", est-ce-que c'est bien comme je l'ai fait dans la nouvelle version de mon plan d'analyse?!) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 22 June 2012 5:49 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Le 22/06/2012 02:09, Jessica Andre a écrit : > > Re-bonjour, > > Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant > sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. > Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je > travaille toujours sur la version > 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet.). J'en ai remplace certaine et > ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois > bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la > syntaxe correcte et a corriger le code. > > J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une > idée lumineuse. > Bonjour, Je pense que tu t'es basé sur un script de la V4 d'où les erreurs. Je les ai corrigé dans la pièce jointe. J'ai remis l'API de la version 3 pour t'aider un peu plus: http://www.isis-fish.org/isis-fish-3.3.0/apidocs/ Attention aussi: - un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant
by Bastien Preuss June 28, 2012

June 28, 2012

Pour ce qui est du vcs, peut être que la version d'ISIS que tu utilises n'est plus sur le serveur. Mais bon c'est juste un "Warn" donc je ne pense pas que ça soit ça qui pose le problème. Il y a cette ligne : "C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\Sigrid1q.java:39: cannot find symbol symbol : class Doc location: class analyseplans.Sigrid1q @Doc("path and name of the file where parameter values and performance criteria are saved")" ^ Je ne connais pas très bien ces aspects du code, mais as-tu regardé quel pouvait être le problème avec cette déclaration "@Doc" qui est mentionnée ? Vérifies bien aussi que tes chemins d'accès ne contiennent aucune erreur... Je ne saurais t'en dire plus. Bon courage. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : jeudi 28 juin 2012 13:16 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Pourtant ca m'a l'air d'être déclaré correctement dans le plan, comprends pas. Je viens de relancer une simu fraiche, même topo mais le debug est moins long... Donc je l'ai mis en PJ aussi. J'ai l'impression que ISIS essaye de se connecter a un folder qu'il ne trouve pas (c'est quoi vcs?!) WARN [main] (IsisFish.java:145) main - Error during vcs initialisation fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSException: Impossible d'obtenir l'adresse correspondant au dépôt local Pourtant je peux faire tourner d'autre simus et ca marche. Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Thursday, 28 June 2012 10:27 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Salut Jessica, Je ne m'y connais pas trop là dedans mais par rapport à ton debug, as-tu essayer de corriger cette erreur : "C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\Future_Catch_biomass_independan tPlan2.java:73: class Future_Catch_biomass_independantPlan is public, should be declared in a file named Future_Catch_biomass_independantPlan.java" On dirait que tu ne déclares pas ton plan comme il faut... Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : jeudi 28 juin 2012 10:51 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Bonjour, Un petit appel de détresse. Mon plan d'analyse indépendant compile mais ne marche pas. Et j'ai un milestone éminent... Si quelqu'un a une idée, je suis preneur! Merci d'avance Jess -----Original Message----- From: Jessica Andre Sent: Monday, 25 June 2012 1:57 PM To: 'isis-fish-users(a)list.isis-fish.org' Subject: RE: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Bonjour Eric, Merci pour les corrections du plan d'analyse. Et pour avoir remis l'API de la version 3, ca m'a un peu manqué... J'ai continué a modifier le plan d'analyse pour qu'il me créer un csv file avec certain résultats des simu. Tout semble compiler OK mais quand je teste mon plan d'analyse, ca ne tourne pas et m'affiche un message d'erreur (impossible de lancer la simulation). J'ai attache le debug en PJ, et mon plan d'analyse (quand tu dis " un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan", est-ce-que c'est bien comme je l'ai fait dans la nouvelle version de mon plan d'analyse?!) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 22 June 2012 5:49 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Le 22/06/2012 02:09, Jessica Andre a écrit : > > Re-bonjour, > > Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant > sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. > Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je > travaille toujours sur la version > 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet.). J'en ai remplace certaine et > ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois > bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la > syntaxe correcte et a corriger le code. > > J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une > idée lumineuse. > Bonjour, Je pense que tu t'es basé sur un script de la V4 d'où les erreurs. Je les ai corrigé dans la pièce jointe. J'ai remis l'API de la version 3 pour t'aider un peu plus: http://www.isis-fish.org/isis-fish-3.3.0/apidocs/ Attention aussi: - un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant
by Bastien Preuss June 28, 2012

June 28, 2012

Salut Jessica, Je ne m'y connais pas trop là dedans mais par rapport à ton debug, as-tu essayer de corriger cette erreur : "C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\Future_Catch_biomass_independan tPlan2.java:73: class Future_Catch_biomass_independantPlan is public, should be declared in a file named Future_Catch_biomass_independantPlan.java" On dirait que tu ne déclares pas ton plan comme il faut... Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : jeudi 28 juin 2012 10:51 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Bonjour, Un petit appel de détresse. Mon plan d'analyse indépendant compile mais ne marche pas. Et j'ai un milestone éminent... Si quelqu'un a une idée, je suis preneur! Merci d'avance Jess -----Original Message----- From: Jessica Andre Sent: Monday, 25 June 2012 1:57 PM To: 'isis-fish-users(a)list.isis-fish.org' Subject: RE: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Bonjour Eric, Merci pour les corrections du plan d'analyse. Et pour avoir remis l'API de la version 3, ca m'a un peu manqué... J'ai continué a modifier le plan d'analyse pour qu'il me créer un csv file avec certain résultats des simu. Tout semble compiler OK mais quand je teste mon plan d'analyse, ca ne tourne pas et m'affiche un message d'erreur (impossible de lancer la simulation). J'ai attache le debug en PJ, et mon plan d'analyse (quand tu dis " un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan", est-ce-que c'est bien comme je l'ai fait dans la nouvelle version de mon plan d'analyse?!) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 22 June 2012 5:49 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Le 22/06/2012 02:09, Jessica Andre a écrit : > > Re-bonjour, > > Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant > sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. > Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je > travaille toujours sur la version > 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet.). J'en ai remplace certaine et > ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois > bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la > syntaxe correcte et a corriger le code. > > J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une > idée lumineuse. > Bonjour, Je pense que tu t'es basé sur un script de la V4 d'où les erreurs. Je les ai corrigé dans la pièce jointe. J'ai remis l'API de la version 3 pour t'aider un peu plus: http://www.isis-fish.org/isis-fish-3.3.0/apidocs/ Attention aussi: - un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Plan d'analyse independant
by Jessica Andre June 25, 2012

June 25, 2012

Re-bonjour, Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je travaille toujours sur la version 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet...). J'en ai remplace certaine et ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la syntaxe correcte et a corriger le code... J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une idée lumineuse... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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