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Catch weight versus Landings
by Jessica Andre 30 May '12

30 May '12

Bonjour, Question sur les résultats issues des simu. Techniquement, les landings c'est les Catch Weights - les Discards. Donc, pour un mois donné, si je somme sur les strategies,metiers et groups dans mes résultats, et que mes CatchWeight sont 94 tonnes et mes DiscardsWeight 36,3 tonnes, mes Landings devraient être 57.7t. Or les résultats me montrent 533.8 tonnes de landings.... Comprends pas, comment est-ce-possible ?! J'ai ca pour toute mes espèce, les landings sont supérieurs aux CatchWeights... Si c'est une erreur d'unité, je la voie pas. Toute suggestions bienvenues... Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Modification regle TotalClosure
by Jessica Andre 15 May '12

15 May '12

Bonjour, J'ai un petit souci de codage. Je cherche a modifier la règle TotalClosure pour qu'elle s'applique en mars-avril mais seulement pour une de mes 4 espèces. J'ai bidouillé le code mais ca m'applique quand même la fermeture pour toute les espèces. Alors comme je rame un peu (retours de congés maternité, la tête en vrac...), si quelqu'un pouvais m'aider ca serait gentil. J'ai mis la règle en PJ avec mon log de simu (simplifié pour 2 espèces sur 1 an). Merci d'avance a l'âme généreuse... Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification 10 May '12

10 May '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Use caparmor-sftp instead of caparmor server Issue: 1180. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Impossible de modifier la liste des regles après un rechargement de simulation Issue: 1231. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/384 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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ISIS sur un ordi style CARPARMOR
by Jessica Andre 07 May '12

07 May '12

Bonjour, Une question pour Jean je penses... Je vais commencer des simulations très prochainement sur un ordi avec multi-processeurs et j'ai une question technique... Je en sais pas comment CARPARMOR marche (linux ?!) mais est-il-possible d'envoyer les simulations en tant que « package » sur un super ordinateur (l'un est Windows-based, l'autre linux je crois) sans avoir a installer ISIS dessus et utiliser des commandes -R pour exécuter les simus (si oui, quelles sont les commandes systeme?!), ou faut-il installer le programme sur la bête de course?! Merci d'avance jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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version 3.3.0.7
by Jessica Andre 07 May '12

07 May '12

Re-bonjour, Ou puis-je trouver le zip de version 3.3.0.7 de ISIS (le téléchargement sur les site commence a 3.3.0.8)... Merci Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] AS Fact Frac
by Bastien Preuss 03 May '12

03 May '12

Merci ! Au fait une question : pourquoi avions nous dit que les plans Fact Fract se réalisaient avec des paramètres discrets alors quIsis retourne une erreur si les paramètres sont discrets mais pas lorsquil sont continus ? Merci. De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid Lehuta Envoyé : mercredi 25 avril 2012 01:03 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] AS Fact Frac voici la fonction d herve pour les plan factoriels fractionnaires (elle date peut etre un peu...). Le 16 avril 2012 04:35, Jean Couteau <couteau(a)codelutin.com> a écrit : Le 11/04/2012 07:26, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour, > > > > Jobtiens des résultats dAS qui me paraissent étonnant. Afin dêtre > certain que je nai pas fait derreur dans la paramétrisation de mon AS, > quelquun pourrait-il 1) me donner les paramètres à entrer pour un plan > à 28 paramètres incertains avec 2 modalités (Min-Max) et une résolution III. Euh, là l'aide d'un scientifique serait appréciée :D Steph ? > > 2) me confirmer le nom de la méthode dans la liste de linterface qui > correspond au plan factoriel fractionnaire. C'est bien la FactFrac (j'ai plus le nom exact en tête) qui utilise une méthode de Hervé Monnod. La méthode FrF2 utilise une méthode d'un package R. D'ailleurs Stéphanie. Il était question qu'Hervé fasse un package R de sa méthode, tu sais si c'est publié ? Ou alors ça sera dans la BAO Mexico ? Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification 26 Apr '12

26 Apr '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Update to topia 2.6.9 Issue: 823. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to openmap 5.0 Issue: 650. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to hibernate 3.6.10.Final Issue: 824. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to h2 1.3.166 Issue: 821. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to swingx 1.6.3 Issue: 826. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to nuiton-utils 2.4.7 Issue: 822. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Habitats : Ajout de variables pour repérer les influences sur la dynamique de flottille. Issue: 434. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Update to jsch 0.1.48 Issue: 825. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Tester R sur caparmor Issue: 733. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Nettoyage des RData des AS Issue: 736. Thanks to Jean Couteau. Resolved by jcouteau. o Fix UI simulation list reloading Issue: 919. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o NPE when updating jobs list table Issue: 1166. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Sensitivity export that use Maturity ogive doesn't work since 4.0 Issue: 1165. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Changes: o Update to freemarker 2.3.19 Issue: 914. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to commons-math3-3.0 Issue: 944. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to rsyntaxtextarea 2.0.2 Issue: 1167. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/363 Have fun! -IsisFish team

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AS Fact Frac
by Bastien Preuss 24 Apr '12

24 Apr '12

Bonjour, Jobtiens des résultats dAS qui me paraissent étonnant. Afin dêtre certain que je nai pas fait derreur dans la paramétrisation de mon AS, quelquun pourrait-il 1) me donner les paramètres à entrer pour un plan à 28 paramètres incertains avec 2 modalités (Min-Max) et une résolution III. 2) me confirmer le nom de la méthode dans la liste de linterface qui correspond au plan factoriel fractionnaire. Merci bcp. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Récupération des valeurs de paramètres lors d'un plan d'expérience
by Bastien Preuss 24 Apr '12

24 Apr '12

Bonjour jessaie, de récupérer les valeurs des paramètres de mes AS (les vraies pas les codages entre 0 et 1). Jai regardé dans les fichiers « parameter.properties » de chaque simu, mais je ny est rien trouvé de claire. Si non dans le R.data (en PJ) de mon AS, je vois bien les vraies valeurs de Binf et Bsup de chaque param, puis le plan dexpérience, mais là avec le codage 0/1, par contre, je ne trouve pas les valeurs réellement utilisées dans le plan dexpérience. Je me demande donc où je peux trouver cette info, afin de pouvoir vérifier quelle valeur de chaque param a été utilisée lors de chaque simu ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 18 Apr '12

18 Apr '12

J'ai modifié de nouveau tous les getValueandCompute('xx'), en définissant dès ma base les noms de 'xx' même pour les Facteurs de ciblage, de façon à ce que Isis ne les génère pas lui-même lors de la saisie dans l'interface de l'AS. Puis j'ai modifié les noms d'équations, lors de la saisie de chaque facteur dans l'interface d'AS, et là ça fonctionne. Donc comme proposait Eric hier, une petite note dans le manuel serait pas mal, ou modifier le code de manière à ce que Isis génère obligatoirement lui-même les noms mais sans caractère qui pose problème. Après peut être que ce problème n'est plus d'actualité dans la version 4 que je n'utilise pas. Merci pour votre aide les lutins. En espérant ne pas rencontrer d'autre soucis :-) Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 18 avril 2012 20:47 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 18/04/2012 10:41, Eric Chatellier a écrit : > Jean ? Euh, je donne ma langue au chat ? Plus sérieusement, l'erreur est très étrange. R n'arriverai pas à transformer un data.frame en data.frame, ce qui me semble assez improbable. data<-data.frame(xxxxxxxxxxxxxx) isis.simule<-data.frame(data) <- Erreur ici Donc je pense que le premier data.frame n'a pas été créé et R n'a pas remonté d'erreur. Par contre, à la deuxième instruction il est pas content car data est en fait aussi une fonction R (il va d'ailleurs falloir changer de nom de variable, je ne m'en était pas encore apperçu).... Bastien, comme on a ta base, tu peux nous dire quelle AS tu lances ? (paramètres, facteurs et valeurs). Je vais essayer de reproduire ici tes problèmes et essayer de comprendre pourquoi il ne crée pas le premier data.frame. Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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