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Re: [Isis-fish-users] Coefficients de migration négatifs
by Bastien Preuss 29 Jul '11

29 Jul '11

Merci Sigrid, en effet ça semble bien être ce problème d'arrondi encore une fois! Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : vendredi 29 juillet 2011 00:53 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Coefficients de migration négatifs hello Bastien, apparement ca concerne le groupe 0 donc ca limite les recherches. ensuite si tous tes coeffs affiches sont positifs, je suppose que le coeff negatif correspond a 1-sum(coeffs de migration) c est a dire que c est le % de poissons qui restent dans la zone de depart (et que isis calcule en off). encore une fois si tes coeffs de migration depuis une zone donnee somment a 1 c est sans doute un pb d arrondit. tu peux verifier en diminuant un des coeffs temporairement par exemple tu mets 19 au lieu de 20. tes coeffs sommeront a 0.99 et tu verifieras que tu n as plus de message d erreur. si le pb persiste c est que ca vient pas des arondits... et la mystere et boule de gomme! bonne chance Sigrid Quoting bastien preuss <bastien.preuss(a)ird.fr>: > Bonjour, > > Pour l'une de mes populations, lorsque je fais une simu, je vois > dans le debug plusieurs fois la ligne suivante: > > INFO [Thread-47] (SubProcessSimulationLauncher.java:273) run - dans > un sous processus> INFO [SimThread > sim_Test_Dawa_migration_grp0_2011-07-27-17-03] > (PopulationSeasonInfoImpl.java:528) getMigrationMatrix - Erreur dans > la migration, un coef est negatif > > Mes coeff de migration étant définis dans un script, j'ai essayé de > voir d'où cela provenait en afficahant mes valeurs avec un > log.info(), mais je ne vois que des valeurs positives... > J'ai aussi vérifié ma région, et je n'ai pas d'erreur ormis des > infos pour immigration et émigration vide. > > Y a-t-il un moyen de trouver d'où proviennent ces coefficients négatifs? > > Merci. > > Bastien > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Coefficients de migration négatifs
by bastien preuss 28 Jul '11

28 Jul '11

Bonjour, Pour l'une de mes populations, lorsque je fais une simu, je vois dans le debug plusieurs fois la ligne suivante: INFO [Thread-47] (SubProcessSimulationLauncher.java:273) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_Test_Dawa_migration_grp0_2011-07-27-17-03] (PopulationSeasonInfoImpl.java:528) getMigrationMatrix - Erreur dans la migration, un coef est negatif Mes coeff de migration étant définis dans un script, j'ai essayé de voir d'où cela provenait en afficahant mes valeurs avec un log.info(), mais je ne vois que des valeurs positives... J'ai aussi vérifié ma région, et je n'ai pas d'erreur ormis des infos pour immigration et émigration vide. Y a-t-il un moyen de trouver d'où proviennent ces coefficients négatifs? Merci. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration
by Bastien Preuss 26 Jul '11

26 Jul '11

Hello, Effectivement après plusieurs simu même avec des effectifs très grands les valeurs négatives que j'obtiens restent négligeables. Ça doit être la même erreur que toi, car j'ai revérifié 10 fois, et j'ai bien une somme de coefficients égale à 1, un nombre d'individus égal avant et après la migration, et pas de message dans la vérif de pêcherie. Du coup, y a-t-il un moyen de vérifier que cette erreur avait bien été corrigée? A bientôt Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mardi 26 juillet 2011 03:06 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration Hola, la seule fois ou j ai vu ca cela concernait de tres petit nombres negatifs (de l'ordre de 10^-6) c'etait causes par des conversion float-double des trucs comme ca mais je crois que ca avait ete repare. Es tu sur que tes coef somment a 1. as tu verifier que tu as autant de recruits avant et apres migration. as tu une alerte sur les migrations quand tu fais "Verifier la pecherie"? si ca persiste envois ta base. Sigrid Quoting Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr>: > Bonjour, > > > > Je rencontre une situation dont je nai pas trouvé la raison : > > Jai une zone de recrutement où arrivent tous mes individus issus de la > reproduction, puis ils migrent tous en même temps à un mois t, en se > répartissant entre plusieurs zones de vie selon des coefficients dont la > somme fait 1. > > Or après le mois de migration en question il me reste un nombre négatif > dindividus dans ma zone de recrutement > > De plus, lors du changement de classe (10 mois plus tard), cet effectif > négatif passe dans le groupe 1, et se propage ainsi de suite dans ma > population. > > > > Quelquun a-t-il une idée doù cela peut-il venir ? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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effectifs négatifs après migration
by Bastien Preuss 25 Jul '11

25 Jul '11

Bonjour, Je rencontre une situation dont je nai pas trouvé la raison : Jai une zone de recrutement où arrivent tous mes individus issus de la reproduction, puis ils migrent tous en même temps à un mois t, en se répartissant entre plusieurs zones de vie selon des coefficients dont la somme fait 1. Or après le mois de migration en question il me reste un nombre négatif dindividus dans ma zone de recrutement De plus, lors du changement de classe (10 mois plus tard), cet effectif négatif passe dans le groupe 1, et se propage ainsi de suite dans ma population. Quelquun a-t-il une idée doù cela peut-il venir ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration
by Bastien Preuss 25 Jul '11

25 Jul '11

Non, émigration et immigration valent 0 De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Dominique PELLETIER Envoyé : lundi 25 juillet 2011 15:40 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] effectifs négatifs après migration tu n'as pas d'émigration irrégulière ? Bastien Preuss a écrit : Bonjour, Je rencontre une situation dont je nai pas trouvé la raison : Jai une zone de recrutement où arrivent tous mes individus issus de la reproduction, puis ils migrent tous en même temps à un mois t, en se répartissant entre plusieurs zones de vie selon des coefficients dont la somme fait 1. Or après le mois de migration en question il me reste un nombre négatif dindividus dans ma zone de recrutement De plus, lors du changement de classe (10 mois plus tard), cet effectif négatif passe dans le groupe 1, et se propage ainsi de suite dans ma population. Quelquun a-t-il une idée doù cela peut-il venir ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité _____ _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Dominique PELLETIER Cadre de recherche Biodiversité Coordinatrice du projet PAMPA Senior scientist Head of PAMPA project <http://wwz.ifremer.fr/pampa/> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex Nouvelle-Calédonie Tél. (687) 292557 / 285171 Fax. (687) 287857

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Plan d'analyse Selectivité
by camille de la Vega 08 Jul '11

08 Jul '11

Bonjour, Je voudrais faire un plan d'analyse pour faire plusieurs simulations à la suite avec chacune une sélectivité différente pour les engins "chalut". J'ai 7 sélectivités à tester. Je vous envoie mon script qui ne compile pas. Merci !! Camille

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Re: [Isis-fish-users] Utilisation des surfaces
by Bastien Preuss 08 Jul '11

08 Jul '11

OK, merci Eric. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : vendredi 8 juillet 2011 19:37 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Utilisation des surfaces Le 08/07/2011 10:28, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Dans mon modèle jutilise la surface des zones pour décrire les coefficients > de migration entre mes zones. Je calcule un paramètre c tel que : > > c = surfaceZoneArrivée / (surfaceZoneDépart + surfaceZoneArrivée) > > Dans léquation cela donne : > > c = arrivalZone.getCell().size() / (departureZone.getCell().size() + > arrivalZone.getCell().size()) ; > > Mais je me suis rendu compte que c valait 0 bien que mes surfaces soient > égales à 324 et 56. > > Jai essayé de faire : > > szd = departureZone.getCell().size(); > > sza = arrivalZone.getCell().size(); > > c = sza / (szd + sza); > > Et ça marche! c est différent de 0. > C'est un probleme de conversion, double/int. Il y a un point là dessus dans la FAQ : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c gi/v3/faq#Pourquoi41.2BAC8-1000.2BAOc-afait0.3F -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Utilisation des surfaces
by Bastien Preuss 08 Jul '11

08 Jul '11

Bonjour, Dans mon modèle jutilise la surface des zones pour décrire les coefficients de migration entre mes zones. Je calcule un paramètre c tel que : c = surfaceZoneArrivée / (surfaceZoneDépart + surfaceZoneArrivée) Dans léquation cela donne : c = arrivalZone.getCell().size() / (departureZone.getCell().size() + arrivalZone.getCell().size()) ; Mais je me suis rendu compte que c valait 0 bien que mes surfaces soient égales à 324 et 56. Jai essayé de faire : szd = departureZone.getCell().size(); sza = arrivalZone.getCell().size(); c = sza / (szd + sza); Et ça marche! c est différent de 0. Jaimerais savoir pourquoi la première façon en calculant directement c ne fonctionne pas ? Pour savoir si cela risque de se produire dans dautres cas. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Regle TAC
by Jessica Andre 08 Jul '11

08 Jul '11

Bonjour, Je suis en train de modifier la règle de TAC pour l'adapter a mes besoins (entre autre le calcul du TAC se fait de Mars a Mars dans l'une de mes pêcherie). Donc quelques petites question pour bien comprendre la règle avant de la modifier : Dans la condition de la règle, on calcule le catchTons a partir de « getTotalCatchTons » (en provenance du script « RuleUtil.java » ) pour savoir si on a atteint le TAC. « getTotalCatchTons » utilise la fonction getHoldCatch(pop) qui va chercher une matrice (HoldCatch). 1. Qu'est ce qu'il y a dans cette matrice exactement ( l'API n'est pas clair la dessus) ? HoldCatch correspond au CatchPerStartegyPerMetier donc c'est une matrice a 4 dimensions (0=strategies, 1=metiers, 2=group et 3=zones ?) qui cumule les catch pour l'espèce (je suppose) mais a partir de quand ? Depuis le début de la simulation ? Est-ce-que HoldCatch est remise a zéro au départ d'une nouvelle année dans la simulation? 2. Quelle est la différence avec getCatch ? Catch est aussi une matrice (combien de dimension ? Les même que HoldCatch ?) mais qui n'accumule pas les catch et donne juste les catch pour le pas de temps en cours pour la population spécifiée, c'est ca?! Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 07 Jul '11

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Bonjour Jessica, Je serai intéressé de savoir comment tu as finalement contourné le problème du nombre de trajets, suite à la discussion de mars sur la non prise en compte du temps minimal entre 2 trajet? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : mercredi 16 mars 2011 08:22 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci pour les précisions! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Wednesday, 16 March 2011 6:43 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci pour ces éclaircissements. Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom et deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. Ces paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans le cas contraire, ils sont indiqués en heures. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Bonjour Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par défaut) et des unités. Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais il y a sûrement encore des faiblesses. Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE SAISIR EN HEURES. ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en jour). Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus comment y acceder. Eric? Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur différente dans les interfaces. Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les renvoyer et je finaliserai une liste. a+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de > faire un report de bug aux lutins. > > J'envoie ça demain après que Stéphanie et d'autres aient pu faire leurs. > > Bastien > > *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* > Dominique PELLETIER > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre > de trajets] > > Merci Bastien, > > dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était > prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties > Dominique > > Bastien Preuss a écrit : > > Pas évident de ne pas s'embrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé > en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les > paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on > ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le > manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en > jours, mais c'est bien en heures qu'il faut le mettre d'après les > équations. > > Donc de ce coté, c'est bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. > Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas > être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en > modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie > pas le nombre de trajets. > > Du coup l'équation est plutôt : > > (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) > > Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et > TripDurationstr,test en heures. > > Bastien > > *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 > *À :* PREUSS > *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > salut Bastien, > > tu as aussi été confronté à ce problème ? > Domi > > > -------- Message original -------- > > *Sujet: * > > > > [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets > > *Date: * > > > > Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 > > *De: * > > > > Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> > <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > *Répondre à :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > *Pour :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > > > > > Bonjour, > > Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les > stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. > > D'après l'article Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est > défini comme : > > (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / > (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) > > Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h > > Comme j'ai défini un metier "inactivité" dans mes stratégies, j'ai > fixé MinNbInactDays à 0. > > Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour l'avoir en > heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca > m'affiche 93 trajets, c'est-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le > MinTimeBetweenTrips. > > Pourquoi ?! Je n'arrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS > fait ce calcul... > > Merci d'avance. > > Jess > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > Marine Research Laboratories, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > -- > > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > -- > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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