- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

TMS version
by Bastien Preuss 30 May '11

30 May '11

Bonjour jai une erreur de TMS version, ça na pas lair dempêcher la simulation mais je narrive pas à résoudre cette erreur : ERROR [pool-2-thread-2] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version133_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:253) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:256) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 Faut-il faire quelque chose de particulier? Merci Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

taille minimum au debarquement
by Stephanie MAHEVAS 24 May '11

24 May '11

Bonjour il existe une regle TailleMin qui met dans les rejets les captures dont la taille est inférieure à tailleMin avec en plus un parametre de survie. stephanie PS : merci de creer une nouvel instance de mail quand le sujet change (ne pas faire de reply sur un ancien sujet pour un nouveau sujet) car ca permet de revenir dans les archives par sujet. -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 0

problème migration
by camille de la Vega 24 May '11

24 May '11

Bonjour, J'ai fais une équation de migration pour que la totalité des poissons des classes de taille 1 à 7 migrent d'une zone de recrutement à une zone de reproduction au deuxième trimestre. Mais ça ne marche pas... Est ce que mon code est correct ? double proportion=0; if(departureZone.getName()=="zone_recrutement_gascogne"&& arrivalZone.getName()=="zone_reproduction_gascogne"){ if (group.getId() == 1) proportion=1; if (group.getId() == 2) proportion=1; if (group.getId() == 3) proportion=1; if (group.getId() == 4) proportion=1; if (group.getId() == 5) proportion=1; if (group.getId() == 6) proportion=1; if (group.getId() == 7) proportion=1; } return proportion; Camille

2 3

Regle de repartition male/femelle
by Jessica Andre 22 May '11

22 May '11

Bonjour, J'ai complété la règle pour la répartition du recrutement entre male et femelle (il n'y avait plus grand-chose a faire après que Stephanie l'ai regardé...). J'ai cependant une dernière erreur a la ligne 170 que je n'arrive pas a debugger (java ne reconnais pas la classe PopulationMonitor) Une suggestion ? Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

2 4

problème de debug
by camille de la Vega 19 May '11

19 May '11

Bonjour, J'ai construit une base avec plusieurs métiers et donc plusieurs stratégies qui correspondent chacune à un métier. Il n'y a que la stratégie "chalut espagnol VIII" qui fonctionne alors que toutes ont été construites de la même façon. Avec les 6 autres stratégies, la simulation s'arrête au mois juin0. Je ne trouve pas la différence qui pourrait faire planter la simulation entre la stratégie qui marche et les autres Et je ne comprends pas le debug... Il y aurait un problème dans la matrice de mortalité par pêche ? Merci de votre aide d'avance ! Camille

2 2

Re: [Isis-fish-users] Calcul des intérsevtion de zone
by Bastien Preuss 18 May '11

18 May '11

Merci Stéphanie, J'aurais dû préciser dans ma question, justement je voulais savoir si l'intersection est recalculée même lorsque les zones ne changent pas (et que donc l'intersection ne change pas)? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr Envoyé : mardi 17 mai 2011 19:36 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Calcul des intérsevtion de zone oui. Si la zone de peche change, alors la proportion d'effort impactant la zone pop change si le nombre de cellules dans l'intersection change. stephanie Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Je voudrais savoir si les intersections de zones (zone de vie / zone de > pêche) sont recalculées à chaque pas de temps ou pas. > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

3 2

Calcul des intérsevtion de zone
by Bastien Preuss 17 May '11

17 May '11

Bonjour, Je voudrais savoir si les intersections de zones (zone de vie / zone de pêche) sont recalculées à chaque pas de temps ou pas. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

problème sur le mois du recrutement
by camille de la Vega 16 May '11

16 May '11

Bonjour ! J'ai une base avec une seule zone qui sert de zone de reproduction et de zone de recrutement. Je voudrais que le recrutement soit constant, de 10 000 individus et qu'il ait lieu au début de chaque année. J'ai donc rempli dans la base, une reproduction au mois de décembre sur 1 mois, un recrutement 0 mois après la reproduction réparti sur un mois et mon équation de reproduction est : for (Zone zone : zoneRepro) { if (month.getMonthNumber==0) { result.setValue(zone,10000); else result.setValue(zone, 0); } } return 0; Mais ce n'est pas le bon code pour spécifier le mois. J'ai essayé de mettre juste /// return 10000; /// ça ne marche pas, il n'y a pas de recrutement lors des simulations. Mais comme il n'y a qu'une seule zone, je ne devrais pas avoir à spécifier la zone si ?

2 5

Repartition du recrutement dans une population male/femelle
by Jessica Andre 15 May '11

15 May '11

Bonjour, J'ai une population structurée en longueur avec les 15 premiers groupes représentant les males et les 15 autres les femelles. La reproduction s'effectue sur 4 mois. Comme je n'ai pas d'équation stock-recrutement, je fourni le nombre de recrus chaque année directement dans l'équation de reproduction : ------------------------------------------------------------------------------------------------- int recruit = 0; int currentYear = context.getSimulationControl().getDate().getYear(); // recruitement of males (Age 0=recruit) has both male and female recruits. // They are then split in the transition tables (0.5 goes to female recruits=Age15) if (currentYear==0) recruit=28242;//Year1=1998 else if (currentYear==1) recruit=30735;//Year1=1999 else if (currentYear==2) recruit=128069;//Year2=2000 else if (currentYear==3) recruit=133271;//Year3=2001 else if (currentYear==4) recruit=66466;//Year4=2002 else if (currentYear==5) recruit=136641;//Year5=2003 else if (currentYear==6) recruit=97484;//Year6=2004 else if (currentYear==7) recruit=118732;//Year7=2005 else if (currentYear==8) recruit=51677;//Year8=2006 else if (currentYear==9) recruit=57565;//Year9=2007 else recruit=40947;//Year10=2008 for (Zone zone : zoneRepro){ result.setValue(zone, recruit/4);//4 corresponds to the 4 months of reproduction } return 0; -------------------------------------------------------------------------------------------------------- En conséquence, mes recrus s'effectuent bien sur 4 mois avec ¼ du recrutement annuel par mois de reproduction, mais elles sont toute dans le groupe Age0 qui correspond aux recrus males seulement. Je veux que la moitie de ces recrus aillent dans le groupe Age15 qui correspondent aux recrus femelles. Je ne vois pas comment le faire depuis l'équation alors j'ai tenté de le faire depuis la matrice de transition dans l'onglet saison, en mettant durant la saison de reproduction une transition de 0.5 de l'Age0 a l'Age0 et 0.5 de l'Age 0 a l'Age15. Ca me séparent bien les recrus mais pas comme il faut (recrutement des femelles est décalé d'un mois, le nombre de recrus n'est pas reparti selon mes attentes) Alors je me re-pose la question : comment est-ce-que je réparti correctement mes recrus entre males et femelles ? Merci d' avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

3 6

Lancement de R sous ISIS
by Paul MARCHAL 05 May '11

05 May '11

Bonjour, Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder? Merci pour vos réponses Paul -- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

3 3