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DATARMOR - Fiche -Utilisation memoire-
by Sigrid LEHUTA 12 Jan '21

12 Jan '21

Bonjour la liste ISIS et Bonne Année ! J'ai reçu ce message qui m'invite a redimensionner mes jobs futurs, au vu de la mauvaise optimisation des ressources mémoire de datarmor au cours de mes précédents jobs. Évidemment je n'y comprends rien ;-) Pourriez vous m'aider à comprendre et agir en réponse ? Merci ! Sigrid -------- Message transféré -------- Sujet : DATARMOR - Fiche -Utilisation memoire- Date : Mon, 11 Jan 2021 16:48:10 +0000 De : root <root(a)ifremer.fr> Pour : slehuta(a)ifremer.fr Bonjour, vous trouverez ci-joint la fiche rattachée à votre user slehuta concernant votre utilisation mémoire sur Datarmor.

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '20

31 Dec '20

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] plan de simulation sur datarmor
by slehuta 08 Dec '20

08 Dec '20

Salut Eric, aucune des simu n a été rapatrié... comment as tu acces a cette info ? Que dois je faire relancer ? merci Le 2020-12-08 10:03, Eric Chatellier a écrit : > Le 08/12/2020 à 09:00, slehuta a écrit : > >> Salut >> >> j'ai testé avec "datarmor", la connexion etait ok et j ai ce message > Je vois que cela fonctionnait hier, mais pas ce matin. > > Problème de réseau ? ou datarmor n'est plus joignable temporairement ?

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charger une ancienne simu
by slehuta 08 Dec '20

08 Dec '20

Hello Eric, j'ai ce message d erreur en rechargeant une vieille simu. La simu a tourné en 4.4.0 et j ai essayé de la charge en 4.4.2 et en 4.4.5. Vois tu d ou ca vient ? Merci fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de charger une ancienne simulation at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.loadOldSimulation(ParamsHandler.java:263) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$loadOldSimulation$3(ParamsHandler.java:304) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.NullPointerException at jaxx.runtime.context.DefaultJAXXContext.setContextValue(DefaultJAXXContext.java:77) at jaxx.runtime.context.DefaultJAXXContext.setContextValue(DefaultJAXXContext.java:72) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulatorContext.setRegionStorage(SimulatorContext.java:86) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.loadOldSimulation(ParamsHandler.java:238) ... 15 more

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plan de simulation sur datarmor
by slehuta 08 Dec '20

08 Dec '20

Bonjour Eric, j ai relancé mon plan sur datarmor depuis la 4.4.5.1. et cette fois non, plus ça ne fonctionne pas. Le debug est trop gros pour etre joint, je met simplement la fin ci dessous s'il t en faut plus tu me dis. Vois tu où est le problème ? Merci Sigrid 2020-12-07 14:43:35,637 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:533) openSSHSession - Try to log on slehuta@datasession0:22 2020-12-07 14:43:35,637 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:541) openSSHSession - Ssh key found 'C:\ISIS-Fish\toto.txt' will be used to connect to 2020-12-07 14:43:35,640 ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:530) checkProgression - Progression thread update error java.rmi.RemoteException: Can't connect; nested exception is: com.jcraft.jsch.JSchException: java.net.UnknownHostException: datasession0 at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.updateControl(SSHSimulatorLauncher.java:353) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.checkProgression(SimulationMonitor.java:498) [isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:441) [isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:396) [isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] Caused by: com.jcraft.jsch.JSchException: java.net.UnknownHostException: datasession0 at com.jcraft.jsch.Util.createSocket(Util.java:394) ~[jsch-0.1.55.jar:?] at com.jcraft.jsch.Session.connect(Session.java:215) ~[jsch-0.1.55.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.openSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:577) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.getSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:496) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.updateControl(SSHSimulatorLauncher.java:351) ~[isis-fish-4.4.5.1.jar:4.4.5.1] ... 3 more Caused by: java.net.UnknownHostException: datasession0 at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at java.net.PlainSocketImpl.connect(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at java.net.SocksSocketImpl.connect(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at java.net.Socket.connect(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at java.net.Socket.connect(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at java.net.Socket.<init>(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at java.net.Socket.<init>(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] at com.jcraft.jsch.Util$1.run(Util.java:362) ~[jsch-0.1.55.jar:?] at java.lang.Thread.run(Unknown Source) ~[?:1.8.0_241] 2020-12-07 14:43:35,651 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:533) openSSHSession - Try to log on slehuta@datasession0:22 2020-12-07 14:43:35,651 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:541) openSSHSession - Ssh key found 'C:\ISIS-Fish\toto.txt' will be used to connect to

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.5.1 released
by Eric Chatellier 01 Dec '20

01 Dec '20

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.5.1 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #11097: Les simulations issues des plan indépendant ne fonctionne pas sur datarmor #10994: Pouvoir définir une Collection d'entité en paramètre de script Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6506/isis-fish-4.4.5.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Pas de peche
by Charlotte Sève 15 Oct '20

15 Oct '20

Hello, Depuis hier, mes simulations ne veulent pas lancer la dynamique de pêche alors que je sélectionne les stratégies dans l'interface de lancement (cf parameters properties ci-joint). Ci-joint le débug. Est-ce que quelqu'un aurait une solution ? Merci beaucoup et bonne journée ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Problemes - script contient des erreurs de compilation
by Charlotte Sève 12 Oct '20

12 Oct '20

Bonjour à tous, J'ai installé ISIS v4.4.5.0 sur un nouvel ordinateur (un PC) mais je n'arrive pas à lancer des simulations. La simulation ne commence même pas (se termine en janvier 0). De plus, dans les règles ou exports de résultats dans l'onglet simulation, il y a marqué en rouge partout "ce script contient des erreurs de compilation". Est-ce que quelqu'un aurait une idée pour arranger tout cela ? Ci-joint le debug. Merci beaucoup et bonne journée à tous, Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '20

30 Sep '20

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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status simus sur datarmor
by Sigrid LEHUTA 11 Sep '20

11 Sep '20

Salut j ai lancé un plan de simu de 5000 simus sur datrmor depuis l interface ISIS (4.4.2.5) hier matin. le nb de simus preparées s est incrémenté progressivement jusqu a 5000 mais contrairement a d habitude aucune n est apparue dans l interface. la post action inclue le remplissage d un fichier qui n a pas ete modifié... Dois je m inquieter ? comment savoir ou isis en est ? merci en pj une copie d ecran de l interface et ci dessous un extrait du debug 2020-09-09 12:38:10,452 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4995 2020-09-09 12:38:11,195 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4995 2020-09-09 12:38:11,881 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49954473398386705627805.zip 2020-09-09 12:38:11,960 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647890366-preparation 2020-09-09 12:38:11,960 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4995 2020-09-09 12:38:11,962 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647891962-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996/$1 2020-09-09 12:38:12,050 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:12,051 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:12,775 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:13,482 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49967282928055230931345.zip 2020-09-09 12:38:13,556 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647891962-preparation 2020-09-09 12:38:13,557 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4996 2020-09-09 12:38:13,558 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647893558-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997/$1 2020-09-09 12:38:13,629 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:13,630 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:14,348 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:15,143 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_499782683584838831402.zip 2020-09-09 12:38:15,212 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647893558-preparation 2020-09-09 12:38:15,212 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4997 2020-09-09 12:38:15,213 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647895213-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998/$1 2020-09-09 12:38:15,287 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:15,287 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:16,046 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:16,706 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49986568574236227929767.zip 2020-09-09 12:38:16,779 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647895213-preparation 2020-09-09 12:38:16,779 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4998 2020-09-09 12:38:16,781 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647896780-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999/$1 2020-09-09 12:38:16,857 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:16,857 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:17,567 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:18,223 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:351) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isis-sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_49997048588845957208170.zip 2020-09-09 12:38:18,308 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647896780-preparation 2020-09-09 12:38:18,308 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:130) run - Simulation generated: sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_4999 2020-09-09 12:38:18,310 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:773) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599640752229-preparation.zip in directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647898309-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000/$1 2020-09-09 12:38:18,386 INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:780) importAndRenameZip - Last entry was sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000/simulators/SimulatorEffortByCell.java extract name sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000 2020-09-09 12:38:18,387 INFO [pool-2-thread-1] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for sim_SMAC-LHS5000_2020-09-09-10-39_5000 2020-09-09 12:38:19,176 WARN [pool-2-thread-1] (SimulationPlanPrepareJob.java:215) hasNext - Can't remove directory C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1599647898309-preparation -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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