- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] Datarmor : usage des noeuds de login
by slehuta March 25, 2020

March 25, 2020

Bonjour, je lance des simulation ISIS-Fish sur datarmor en utilisant la configuration habituelle qui normalement ne pose pas probleme. Je transmet le message à code lutin car je ne comprends pas ce que vous demandez. Avez vous interompu mes jobs? Eric, vaut il mieux que je configure les lancements datarmor pour utiliser le isis-database-4 sur mon datawork plutot qu en local ? Merci Le 2020-03-22 12:11, Denis Croizé-Fillon a écrit : > Bonjour, > > Merci de ne pas faire de transfert (rsync cp scp ...) via les noeuds de login : > > Pour les échanges avec l'extérieur : > - un accès ftp est possible à votre repertoire scratch : /home1/scratch/slehuta/eftp qui correspond au répertoire scratch une fois connecter en ftp sur eftp.ifremer.fr avec login et password extranet > - un échange via la queue ftp est possible : /appli/services/exemples/pbs/ftp.pbs > > Pour des échanges importants au sein des espaces de stockage de datarmor : lancer un job en interactif sur sequentiel et réaliser le traitement. Voici un exemple pour 1h avec 10 Go de mémoire réservé > > qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=10gb -l walltime=01:00:00 > > Pour les questions sur l'usage de la machine : assistance(a)ifremer.fr > > Denis

4 19

Calcul du nombre d'oeufs produits - boucle sur les groupes
by BACH Adrian March 20, 2020

March 20, 2020

Bonsoir, J’espère que votre confinement se passe bien ! Une petite question java : je voudrais calculer le nombre d’œufs produits pendant la période de fraye d’un seul mois sur une seule zone de pop avec le calcul suivant (champ ‘équation de reproduction’ dans le panneau ‘Reproductions’) // nombre d'oeufs produits = somme sur les groupes 4 à 7 du calcul sexRatio*fecondite*[nombre de poissons dans le groupe]*[leur poids] Je suis complètement nouveau en java donc je ne sais trop comment obtenir les valeurs entre crochets, mais je pensais à un truc comme ça : //double prodOeufs = 0; // //for(PopulationGroup g : pop.getPopulationGroup().get()){ // if (g < 4) { // return 0; // } else { // double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); // prodOeufs = prodOeufs + res; // } //} //return prodOeufs; Mais j’obtiens les erreurs suivantes : 1. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 23) if (g < 4) { ^^^^^ The operator < is undefined for the argument type(s) PopulationGroup, int ---------- 2. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3 problems (3 errors) Pourriez-vous me donner un petit coup de main ou partager un script faisant sensiblement le même calcul ? Merci et bonne soirée, Adrian ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

3 3

creation de listes
by Sigrid LEHUTA March 10, 2020

March 10, 2020

Mon ignorance de java me bloque... :-( Je veux creer des listes de doubles ou int, de taille connue et initialisées à 0 (ou autre) pour eviter les problemes quand un element est appelé la premiere fois. J ai tenté : double[] tabAbGroup = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}; List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); 21. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\HCR_transition_MSY_newTACcomput_SoleSMAC.java (at line 272) List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); Comment faut il reelement faire ? Merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 2

v4.4.4.1 ne s'ouvre pas
by Stephanie MAHEVAS March 6, 2020

March 6, 2020

Bonjour Eric je n'arrive pas non plus à ouvrir ISIS v4.4.4.1. j'ai l'impression que cela vient d'un pb de synchronisation (svn) entre isis-fish-4 et isis-fish-4-copie (copie faite avant l'ouverture de la v4.4.4.0) ... car mon isis-fish-4 etait vide (depuis ta derniere manip sur mon ordi) et il est plein sans que je n'ai eu le temps de copier les simus ou quoi que ce soit... Et je ne comprends pas pourquoi/comment il pourrait y avoir des synchro entre ces deux repertoires. C'est embetant ces bases qui sont corrompues sans qu'on ne comprenne pourquoi et qui necessitent des manipulations pas très robustes. Tu peux voir d'ou vient le probleme ? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 5

lancement simu sur datarmor
by Sigrid LEHUTA March 6, 2020

March 6, 2020

J'ai lancé un plan sur datarmor. j avais testé la config c etait ok. Il a crée 2simus sur 81 dont le status est bloqué à "Connexion à datarmor" puis pause... helas le debug est trop gros pour etre ouvert (j ai lancé un autre plan en local...) Comment savoir ce qui ne va pas ? en pj la copie d ecran de config et fenetre de lancement merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 3

simu lente + info bizarre V4.4.2.5
by Sigrid LEHUTA March 4, 2020

March 4, 2020

Bonjour, mes simulations mettent beaucoup de temps à démarrer et les informations de durée de chaque etape sont fausses (cf dessous). Voyez vous d ou vient le probleme ? quelles infos vous sont necessaires ? Simulation Information: Duration: 0ns Start: 1970.01.01 01:00:00 End: 1970.01.01 01:00:00 -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 1

erreur assez similaire en V4.4.2.5
by Sigrid LEHUTA March 4, 2020

March 4, 2020

org.hibernate.service.spi.ServiceException: Unable to create requested service [org.hibernate.engine.jdbc.env.spi.JdbcEnvironment] at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:271) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:233) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.JdbcServicesImpl.configure(JdbcServicesImpl.java:51) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:94) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:242) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.handleTypes(MetadataBuildingProcess.java:352) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.complete(MetadataBuildingProcess.java:111) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.build(MetadataBuildingProcess.java:83) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:417) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:86) at org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:244) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.preInitServices(TopiaContextImpl.java:270) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl. (TopiaContextImpl.java:222) at org.nuiton.topia.TopiaContextFactory.getContext(TopiaContextFactory.java:182) at fr.ifremer.isisfish.datastore.DataStorage.getStorage(DataStorage.java:213) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.regionChange(ParamsHandler.java:170) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$regionChange$1(ParamsHandler.java:256) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.ui.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:65) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$null$0(IsisFish.java:691) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.HibernateException: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:63) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:94) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:242) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.buildJdbcConnectionAccess(JdbcEnvironmentInitiator.java:145) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:66) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:35) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.initiateService(StandardServiceRegistryImpl.java:88) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:259) ... 52 more Caused by: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:512) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool. (HikariPool.java:105) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource. (HikariDataSource.java:71) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:59) ... 60 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.mvstore.db.MVPrimaryIndex.getRow(MVPrimaryIndex.java:202) at org.h2.mvstore.db.MVTable.getRow(MVTable.java:492) at org.h2.mvstore.db.MVSecondaryIndex$MVStoreCursor.get(MVSecondaryIndex.java:493) at org.h2.engine.Database.open(Database.java:768) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:286) at org.h2.engine.Database. (Database.java:280) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:66) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:179) at org.h2.engine.Engine.createSessionAndValidate(Engine.java:157) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:140) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:28) at org.h2.engine.SessionRemote.connectEmbeddedOrServer(SessionRemote.java:351) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:124) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:103) at org.h2.Driver.connect(Driver.java:69) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:95) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:101) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:341) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:506) ... 63 more -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 3

Rule "removeCatchOther" : null pointer exception
by slehuta March 4, 2020

March 4, 2020

Bonsoir, je m'arrache les cheveux depuis quelques heures sur cette regle de gestion son objectif : retirer des captures en prélevant dans la matrice d'abondance par zone et groupe. La difficulte : les captures sont disponibles cumulees sur toutes les pop d'une espece. On decide donc que si plusieurs pop de l espece sont presentes dans une zone dans laquelle on preleve, on preleve les captures au prorata de l abondance de la pop dans la zone. Autre subtilité enquiquinante, toutes les pop n occupent pas les memes zones (cf mon mail suivant). je crois avoir reussi a contourner tout ca mais il me sort maintenant un null pointer exception pour un bete booleen qui est pourtant declaré ! Voyez vous ce que j'ai raté ? MERCI !!!! pj : - la regle + fichier de captures à prelever - la base - ci dessous le debug 2020-03-03 22:23:43,009 INFO [pool-3-thread-1] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 0) 2020-03-03 22:23:43,317 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée 2020-03-03 22:23:43,330 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : java.lang.NullPointerException at rules.removeCatchOther.postAction_aroundBody4(removeCatchOther.java:174) at rules.removeCatchOther$AjcClosure5.run(removeCatchOther.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPostCall(RuleAspect.java:99) at rules.removeCatchOther.postAction(removeCatchOther.java:161) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:276) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260)

2 1

type Doc deprecated
by Sigrid LEHUTA March 4, 2020

March 4, 2020

Un warning dans une regle de gestion J'ai voulu importer la nouvelle library doc mais apparement c est pas bien : Merci WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\removeCatchOther.java (at line 69) import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The type Doc is deprecated ---------- 2. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\removeCatchOther.java (at line 69) import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import fr.ifremer.isisfish.util.Doc collides with another import statement ---------- 2 problems (1 error, 1 warning) -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

1 1

comment tester si double != null
by slehuta March 4, 2020

March 4, 2020

re bonjour, je cherche a tester si une matrice contient une valeur pour un jeu de coordonnées semantics [group,zone] connu. J'ai testé if(mamatrix.getValue(group,zone) != null)... mais un double ne peut pas etre testé pour null... comment on teste alors a part a tester si mamatrix.getSubMatrix(0,group).getSubMatrix(1,zone) != null) ? Merci

2 1