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simu lente + info bizarre V4.4.2.5
by Sigrid LEHUTA 04 Mar '20

04 Mar '20

Bonjour, mes simulations mettent beaucoup de temps à démarrer et les informations de durée de chaque etape sont fausses (cf dessous). Voyez vous d ou vient le probleme ? quelles infos vous sont necessaires ? Simulation Information: Duration: 0ns Start: 1970.01.01 01:00:00 End: 1970.01.01 01:00:00 -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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erreur assez similaire en V4.4.2.5
by Sigrid LEHUTA 04 Mar '20

04 Mar '20

org.hibernate.service.spi.ServiceException: Unable to create requested service [org.hibernate.engine.jdbc.env.spi.JdbcEnvironment] at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:271) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:233) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.JdbcServicesImpl.configure(JdbcServicesImpl.java:51) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:94) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:242) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.handleTypes(MetadataBuildingProcess.java:352) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.complete(MetadataBuildingProcess.java:111) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.build(MetadataBuildingProcess.java:83) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:417) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:86) at org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:244) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.preInitServices(TopiaContextImpl.java:270) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl. (TopiaContextImpl.java:222) at org.nuiton.topia.TopiaContextFactory.getContext(TopiaContextFactory.java:182) at fr.ifremer.isisfish.datastore.DataStorage.getStorage(DataStorage.java:213) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.regionChange(ParamsHandler.java:170) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$regionChange$1(ParamsHandler.java:256) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.ui.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:65) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$null$0(IsisFish.java:691) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.HibernateException: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:63) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:94) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:242) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.buildJdbcConnectionAccess(JdbcEnvironmentInitiator.java:145) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:66) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:35) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.initiateService(StandardServiceRegistryImpl.java:88) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:259) ... 52 more Caused by: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:512) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool. (HikariPool.java:105) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource. (HikariDataSource.java:71) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:59) ... 60 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.mvstore.db.MVPrimaryIndex.getRow(MVPrimaryIndex.java:202) at org.h2.mvstore.db.MVTable.getRow(MVTable.java:492) at org.h2.mvstore.db.MVSecondaryIndex$MVStoreCursor.get(MVSecondaryIndex.java:493) at org.h2.engine.Database.open(Database.java:768) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:286) at org.h2.engine.Database. (Database.java:280) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:66) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:179) at org.h2.engine.Engine.createSessionAndValidate(Engine.java:157) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:140) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:28) at org.h2.engine.SessionRemote.connectEmbeddedOrServer(SessionRemote.java:351) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:124) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:103) at org.h2.Driver.connect(Driver.java:69) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:95) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:101) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:341) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:506) ... 63 more -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Rule "removeCatchOther" : null pointer exception
by slehuta 04 Mar '20

04 Mar '20

Bonsoir, je m'arrache les cheveux depuis quelques heures sur cette regle de gestion son objectif : retirer des captures en prélevant dans la matrice d'abondance par zone et groupe. La difficulte : les captures sont disponibles cumulees sur toutes les pop d'une espece. On decide donc que si plusieurs pop de l espece sont presentes dans une zone dans laquelle on preleve, on preleve les captures au prorata de l abondance de la pop dans la zone. Autre subtilité enquiquinante, toutes les pop n occupent pas les memes zones (cf mon mail suivant). je crois avoir reussi a contourner tout ca mais il me sort maintenant un null pointer exception pour un bete booleen qui est pourtant declaré ! Voyez vous ce que j'ai raté ? MERCI !!!! pj : - la regle + fichier de captures à prelever - la base - ci dessous le debug 2020-03-03 22:23:43,009 INFO [pool-3-thread-1] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 0) 2020-03-03 22:23:43,317 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée 2020-03-03 22:23:43,330 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : java.lang.NullPointerException at rules.removeCatchOther.postAction_aroundBody4(removeCatchOther.java:174) at rules.removeCatchOther$AjcClosure5.run(removeCatchOther.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPostCall(RuleAspect.java:99) at rules.removeCatchOther.postAction(removeCatchOther.java:161) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:276) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260)

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type Doc deprecated
by Sigrid LEHUTA 04 Mar '20

04 Mar '20

Un warning dans une regle de gestion J'ai voulu importer la nouvelle library doc mais apparement c est pas bien : Merci WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\removeCatchOther.java (at line 69) import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The type Doc is deprecated ---------- 2. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\removeCatchOther.java (at line 69) import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import fr.ifremer.isisfish.util.Doc collides with another import statement ---------- 2 problems (1 error, 1 warning) -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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comment tester si double != null
by slehuta 04 Mar '20

04 Mar '20

re bonjour, je cherche a tester si une matrice contient une valeur pour un jeu de coordonnées semantics [group,zone] connu. J'ai testé if(mamatrix.getValue(group,zone) != null)... mais un double ne peut pas etre testé pour null... comment on teste alors a part a tester si mamatrix.getSubMatrix(0,group).getSubMatrix(1,zone) != null) ? Merci

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Probleme simulation
by Charlotte Sève 21 Feb '20

21 Feb '20

Hello, J'essaye de lancer une simulation et je n'arrive pas à comprendre pourquoi ISIS plante après le premier mois de simu... Est-ce que quelqu'un saurait m'aider là-dessus ? Voilà le debug en p-j Merci beaucoup ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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dRE: Changement de la carte par défaut
by BACH Adrian 20 Feb '20

20 Feb '20

Bonjour Eric, Merci pour votre réponse, je viens de réussir à les ajouter, le système de projection qui a fonctionné est WGS, et les latitudes et longitudes semblent bien correspondre. Est-ce surprenant? -----Message d'origine----- De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Envoyé : jeudi 20 février 2020 17:14 À : BACH Adrian <Adrian.BACH(a)seaboost.fr> Cc : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Changement de la carte par défaut Le 20/02/2020 à 16:45, BACH Adrian a écrit : > Bonjour, > > Je suis en train d'essayer de définir la région d'ISIS sur la baie de Toulon, mais la carte par défaut n'est pas assez fine. > J'ai à disposition un shapefile des communes de France et autre du trait de côte (plus fin) de la côte PACA. > J'ai essayé d'ajouter les deux dans ISIS en les projetant au préalable dans le système World Mercator, mais le trait est discontinu et la carte commune ne semble pas apparaître. > Est-ce que ces couches sont suffisantes pour définir terre et mer dans ISIS? Si non, de quel type de fichier ai-je besoin? Je ne connais pas le fonctionnement interne d'un shape file, mais si vous voulez, je peux tester vos fichiers si vous pensez qu'ils devraient fonctionner. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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Re: [Isis-fish-users] Changement de la carte par défaut
by BACH Adrian 20 Feb '20

20 Feb '20

Bonjour, Je suis en train d'essayer de définir la région d'ISIS sur la baie de Toulon, mais la carte par défaut n'est pas assez fine. J'ai à disposition un shapefile des communes de France et autre du trait de côte (plus fin) de la côte PACA. J'ai essayé d'ajouter les deux dans ISIS en les projetant au préalable dans le système World Mercator, mais le trait est discontinu et la carte commune ne semble pas apparaître. Est-ce que ces couches sont suffisantes pour définir terre et mer dans ISIS? Si non, de quel type de fichier ai-je besoin? Merci, à bientôt! Adrian -----Message d'origine----- De : Isis-fish-users <isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org> De la part de isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org Envoyé : mercredi 12 février 2020 12:00 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Lot Isis-fish-users, Vol 124, Parution 3 Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-users à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Pour vous (dés)abonner par le web, consultez http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le sujet à isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse isis-fish-users-owner(a)list.isis-fish.org Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de Isis-fish-users..." Thèmes du jour : 1. Re: Finesse du trait de côte ISIS (slehuta) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 11 Feb 2020 17:24:11 +0100 From: slehuta <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Cc: BACH Adrian <Adrian.BACH(a)seaboost.fr> Subject: Re: [Isis-fish-users] Finesse du trait de côte ISIS Message-ID: <313c4c89ba404457a4783778df778418(a)ifremer.fr> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bonjour Adrian, bienvenu dans la communauté des utilisateurs d'ISIS ! Tu peux ajouter un shape file dans l'interface ("Ajouter une carte" cf capture d'écran) qui se substitue à la carte par défaut. Dans les prochaines versions nous travaillons à la création des zones de maniere automatique à partir de shape files, un peu de patience... N'hésite pas à nous contacter pour obtenir de l'aide dans ton développement de modèle et pour nous exposer le contexte de ton étude (thèse, stage, encadrement, questions, etc). Sigrid Le 2020-02-11 16:55, BACH Adrian a écrit : > Bonjour, > > Je travaille avec l'Ifremer de la Seyne-sur-Mer sur l'effet de l'installation d'équipements de restauration écologique dans les ports sur la population de Sar à l'échelle de la rade de Toulon. Nous voulons utiliser ISIS pour simuler différents scénarios d'équipement des ports. > > C'est ma première approche du logiciel et je viens de définir les limites de la zone d'étude ainsi qu'un maillage temporaire. Je joins au mail une capture d'écran G-earth de la zone d'étude et de l'interface ISIS pour que vous puissiez faire la comparaison. Est-ce possible d'obtenir un trait de côte plus précis ? Ou une échelle plus fine ? > > Ça semble essentiel car les zones de vie du Sar sont côtières et les juvéniles s'installent près des côtes dans les eaux très peu profondes (rarement plus d'un mètre). > > N'hésitez pas à me conseiller des lectures si jamais. > > Merci d'avance, > > Adrian > ------------------------- > Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. > > This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. > ------------------------- > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -------------- section suivante -------------- Une pièce jointe HTML a été nettoyée... URL: <http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/attachments/20200211/bb…> ------------------------------ Subject: Pied de page des remises groupées _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users ------------------------------ Fin de Lot Isis-fish-users, Vol 124, Parution 3 *********************************************** ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.4.1 released
by Eric Chatellier 20 Feb '20

20 Feb '20

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.4.1 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: Anomalie #10689: Le script isisfish.bat ne fonctionne pas Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6058/isis-fish-4.4.4.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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cr.getFecundity() undefined for PopulationGroup
by Charlotte Sève 20 Feb '20

20 Feb '20

Hello, Dans mon équation de reproduction j'essaye de calculer le nombre d'oeufs en fonction de la fécondité et malheureusement je n'arrive pas bien à comprendre d'où vient le problème suivant : The method cr.getFecundity() is undefined for the type PopulationGroup Est-ce que quelqu'un a une idée pour m'orienter sur l'origine du problème ? Merci beaucoup et bonne journée ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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