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Re: [Isis-fish-users] Configurer ISIS pour R
by Audric Vigier 09 Apr '19

09 Apr '19

On 09/04/2019 09:13, Audric Vigier wrote: > > Salut, > > Je viens de ré-essayer en installant R 3.5.3, en lui installant rJava, > lhs et sensitivity. Les warning sont partis sous R (ils n'étaient pas > importants), mais j'ai toujours le même problème avec ISIS. > > Je viens aussi de tester si dans les faits, ISIS pour pourrait quand > même foncitonner avec R (appel depuis une règle); ça ne marche pas. > J'ai évalué une règle avec cette fonction: > > static public void main (String...args) throws Exception { > > //System.out.println(System.getProperty("java.home")); > > double paramHake=10; > > // Open R session > REngine engine = new RProxy(); // R session > > // Call an R script writing a new transition matrix for > hake (only ONE matrix for hake) > engine.voidEval("NewCV<-"+Double.toString(paramHake)+"") ; > engine.voidEval("source(\"C:/Users/3053464/these/isis-fish-4.4.2.2/input/updateHakeTransitionMatrix.R\")"); > > } > > (Pour le script R, un fichier avec juste la commande > library(rootSolve) fera l'affaire) > > J'obtiens en retour ce message d'erreur dans la console : > > java.lang.reflect.InvocationTargetException > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) > at > fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptHandler.evaluateScript(ScriptHandler.java:836) > at > fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.doActionPerformed__on__buttonScriptEval(ScriptUI.java:398) > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) > at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) > at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) > at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) > at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) > at > javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) > at java.awt.AWTEventMulticaster.mouseReleased(Unknown Source) > at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) > at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) > at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) > at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) > at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) > at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) > at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) > at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) > at > java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown > Source) > at > java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown > Source) > at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) > at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) > at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) > at > java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown > Source) > at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) > at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) > Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in library(rootSolve) : > there is no package called 'rootSolve' > > at org.nuiton.j2r.jni.RJniEngine.voidEval(RJniEngine.java:408) > at org.nuiton.j2r.RProxy.voidEval(RProxy.java:230) > at rules.ChangeTransitionMatrix.main(ChangeTransitionMatrix.java:276) > ... 49 more > > > En gros la librairie rootSolve n'est pas trouvée, alors que je l'ai > installée. > > J'ai 2 répertoires pour les librairies R : > > > .libPaths() [1] "C:/Users/3053464/Documents/R/win-library/3.5" > "C:/Program Files/R/R-3.5.3/library" > > rJava, lhs, sensitivity et rootSolve sont installés dans le premier > uniquement, par défaut. Est-ce qu'ISIS aurait aussi besoin du nom du > premier? > > > On 09/04/2019 08:31, Eric Chatellier wrote: >> Salut, >> >> Je n'ai pas vraiment d'idée. >> >> Sauf peut être. >> >> Le 05/04/2019 à 19:58, Audric Vigier a écrit : >>> Warning message: package ‘sensitivity’ was built under R version 3.5.3 >> >> As tu plusieurs R sur la machine ? >> >> Sinon, peut être en supprimant et en réinstallant le package ? >>

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Configurer ISIS pour R
by Audric Vigier 09 Apr '19

09 Apr '19

Bonjour, Je suis entrain de configurer ISIS pour pouvoir appeler R depuis ISIS, mais je ne retrouve pas la doc sur le site. J'ai donc peut-être oublié une étape importante. Pour le moment, j'ai créé la variable R_HOME et ai modifié Path dans les variables environnementales pour obtenir ce qu'il y a en PJ. J'ai installé la librarie rJava dans R 3.5.1. Je viens de faire la manip avec le .dll et de redémarrer mon PC (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/2017-January/003940.html ; http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/2016-November/003884.ht… ) Pourtant, quand je teste, ISIS me renvoie 2 messages d'erreur, indiquant qu'il manquerait les librairies lhs et sensitivity. Or, elles sont installées: R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray" Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > library(lhs) Warning message: package ‘lhs’ was built under R version 3.5.3 > library(sensitivity) Warning message: package ‘sensitivity’ was built under R version 3.5.3 Après ces 2 messages, le test ne se fait pas. Que faire? J'ai laissé le début du debug en fin de message. Audric 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:136) main - Starting Isis-Fish 4.4.2.2 with args : [] 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:137) main - Date: 05/04/19 18:46 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:138) main - Java version: 1.8.0_181-b13, Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:139) main - Plaform/arch: Windows 10/amd64 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:140) main - R_HOME: C:\Program Files\R\R-3.5.1 2019-04-05 18:46:12,792 INFO [main] (IsisFish.java:141) main - PATH: C:\Program Files (x86)\Common Files\Oracle\Java\javapath;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Windows\System32\OpenSSH\;C:\Program Files (x86)\ATI Technologies\ATI.ACE\Core-Static;C:\Program Files\Git\cmd;C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\x64;C:\Users\3053464\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps;C:\Users\3053464\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\;C:\cygwin64\bin;C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin; 2019-04-05 18:46:36,991 INFO [main] (RUtil.java:151) setJavaLibraryPath - Adding 'C:\Users\3053464\Documents\R\win-library\3.5\rJava\jri\x64' to java.library.path 2019-04-05 18:46:37,226 INFO [main] (IsisFish.java:354) initVCS - Check state of local repository: C:\Users\3053464\isis-fish-4\isis-database 2019-04-05 18:46:37,226 INFO [main] (VCSSVN.java:144) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data 2019-04-05 18:46:38,335 INFO [main] (VCSSVN.java:236) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data

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ISIS-Fish Manche Est
by Baptiste ALGLAVE 09 Apr '19

09 Apr '19

Bonjour, je suis nouveau sur ISIS et j'ai des difficultés à faire tourner des simulations sur mon ordinateur personnel. Le logiciel renvoie notamment le message d'erreur suivant : "2019-04-05 14:45:14,886 ERROR [AWT-EventQueue-0] (IsisMapBean.java:639) initMap - Can't init map". Je joins au mail le debug de la simulation. Est-ce que quelqu'un aurait une idée pour résoudre le problème ? Baptiste.

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Analyse de sensibilité : modifier en pré-simulation; groupes de facteurs; coefficients
by Audric Vigier 05 Apr '19

05 Apr '19

Bonjour, Je suis entrain de préparer une analyse de sensibilité Morris avec l'interface d'ISIS; ce que je fais avec la doc sous les yeux. Mais subsistent quelques questions: - Lorsque j'utilise la distribution "QUnif %" , et que je veux un range de variations de 20%, je mets quelle valeur pour "coefficient" : 20, 0.2 ou 1.2 ? -J'ai défini des groupes de facteurs (par exemple, 1 facteur par stratégie, alors que conceptuellement il ne s'agit que d'un seul facteur). Est-ce que tous les facteurs d'un même groupe varient de manière identique, comme s'il ne s'agissait que d'un seul? -J'ai une variation compliquée à décrire: je souhaite faire varier le CV des matrices de transition pour 2 espèces. Pour y parvenir, je souhaite calculer la matrice avec un couplage RJava et ré-actualiser les matrices, le tout en pré-simulation. Cependant, je ne trouve pas comment faire une AS sur des éléments en pré-simu. Est-ce que c'est implémenté? Sinon, je magouillerai avec une règle de gestion active uniquement au pas de temps de 0, dans sa pré-action. Bonne soirée, Audric

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '19

31 Mar '19

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] réduire temps de simulation
by Eric Chatellier 25 Mar '19

25 Mar '19

Le 25/03/2019 à 10:10, Sophie LEFORESTIER a écrit : > Bonjour Eric, > > Oui en effet c'est le mois de février qui est très long à tourner à cause des > équations de migration, émigration et immigration pour chacune des trois > sous-populations. > > On pourrait peut-être écrire ces équations différemment pour espérer gagner du > temps de simulation, qu'en penses-tu? As oui en effet, je pensais que tes equations était simple, je viens d'en voir une un peu plus compliqué. Dans cette equations (Sole3z_UK) : TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; double newJuv_Rye = 0; double newJuv_UKwest = 0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") ){ newJuv_Rye+= i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv_UKwest += i.getValue(); } } } } if (group.getAge() == 1) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Rye")) { result = newJuv_Rye; }else if(zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) { result = newJuv_UKwest; } return result; } else return 0; Tu fais plein de chose avec "MatrixAbundance", mais si ton groupe n'est pas "1" oui si les zones ne sont pas "Sole_nurs_Rye" et "Sole_nurs_UKwest", tu fais tout ce travail pour rien. Tu pourrais bien optimiser l'equation en déplacant simplement le IF : TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; if (group.getAge() == 1 && ( zoneName.equals("Sole_nurs_Rye") || zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) ) { for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") ){ newJuv_Rye+= i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv_UKwest += i.getValue(); } } } } String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Rye")) { result = newJuv_Rye; } else if(zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) { result = newJuv_UKwest; } } return result; Il y en a deux autres à faire aussi dans Sole3z_WestFR et Sole3z_EastFR. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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réduire temps de simulation
by Sophie LEFORESTIER 21 Mar '19

21 Mar '19

Bonjour, Les simulations qui tournent avec les populations "Sole3z_WestFR", "Sole3z_EastFR" et "Sole3z_UK" (enregistrées sous l'espèce "Sole3zones" dans la base ci-jointe) mettent beaucoup de temps à tourner (il faut compter une dizaine de minutes pour faire tourner le modèle sur 4 ans). La durée importante de simulation pose problème pour calibrer le modèle sur Datarmor car le temps d'exécution des jobs est limité à 48h max. Penses-tu que l'on pourrait réduire la durée de simulation en modifiant les équations de migration relatives à ces trois populations? Merci! Sophie

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problème lancement simu sur R avec ZIP + script de pré-simu
by Sophie LEFORESTIER 04 Mar '19

04 Mar '19

Bonjour, Je peux maintenant faire tourner des simulations en utilisant le script de pré-simulation (ci-joint). Toutefois, lorsque je lance une simulation depuis R avec un ZIP qui tient compte du script de pré-simulation, une erreur apparaît : "Can't evaluate simulation prescript". En effet, le "parameters.properties" de la simulation spécifie bien qu'un prescript est utilisé, mais ce prescript ne semble pas figurer dans le ZIP. Pour information, l'utilisation du script de pré-simulation permettant de changer les paramètres de capturabilité au début de chaque simu ne permet pas de gagner du temps de simulation par rapport à l'utilisation d'une règle de gestion (temps de simu semblables à 2-3 secondes près). Merci! Sophie

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droits modification site ISIS
by Sophie LEFORESTIER 21 Feb '19

21 Feb '19

Re-Bonjour, Je souhaiterais ajouter sur le site d'ISIS le script de pré-simulation permettant de modifier les paramètres de capturabilité au début de chaque simulation. Est-ce possible d'obtenir les droits de modification du site d'ISIS? Comment faut-il procéder? Merci! Sophie

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Re: [Isis-fish-users] script pré-simu + détails durée simulation
by Sophie LEFORESTIER 21 Feb '19

21 Feb '19

Bonjour, Effectivement, le "context." semble fonctionner dans le script de pré-simulation (ci-joint). Toutefois, la simulation ne tourne toujours pas et le problème vient de la "matAccessibility" d'après le message d'erreur du debug : "matAccessibility cannot be resolved to a variable". Sais-tu comment résoudre ce problème? Pour avoir accès au debug de la simulation, j'ai dû la faire tourner sur une version précédente d'ISIS car le "debug.txt" de la dernière version (4.4.2.3.) reste vide quand une simulation est lancée depuis l'interface. Concernant la durée d'une simulation, est-ce possible de récupérer le détail des différentes étapes de la simulation (ex: temps passé pour initialiser la règle de gestion, …)? Merci! Sophie Le 18/02/2019 à 12:00, isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org a écrit : > Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-users à > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > > Pour vous (dés)abonner par le web, consultez > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le > sujet à > isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org > > Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse > isis-fish-users-owner(a)list.isis-fish.org > > Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin > qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de > Isis-fish-users..." > > > Thèmes du jour : > > 1. Re: récupération simulation.context - script pré-simu > (Eric Chatellier) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Mon, 18 Feb 2019 10:15:03 +0100 > From: Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Subject: Re: [Isis-fish-users] récupération simulation.context - > script pré-simu > Message-ID: <03633790-3611-3fd1-91ca-23e142f808e9(a)codelutin.com> > Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed > > Le 15/02/2019 à 15:14, Sophie LEFORESTIER a écrit : >> Bonjour Eric, > Bonjour, >> >> La règle de gestion que j'utilise actuellement permet de changer les >> paramètres de capturabilité au début de chaque simulation, ces derniers >> restant inchangés au cours de la simu. Comme vous l'avez dit dans vos échanges >> avec Stéphanie, il serait préférable de basculer cette règle en script de >> pré-simu pour éviter de vérifier les conditions de la règle à chaque pas de >> temps et pour tous les métiers. >> >> Comment peut-on récupérer le simulation.context dans le script de pré-simu? >> Ci-joint le script de la règle utilisée actuellement (ChgmtQ_variable.java) >> ainsi qu'une proposition de script de pré-simulation (propPrescript.java). >> Pourrais-tu y jeter un œil ? > Tu peux juste utiliser "context". Il existe et est fourni au prescript. >> >> Par ailleurs, où peut-on récupérer le détail du temps de simulation? Cela >> permettrait de voir le temps de simu gagné en passant la règle en script de >> pré-simu. > > Dans les simulations, dans le fichier "information", il y a deux lignes: > > simulationStart=2018.09.18 16\:58\:20 > simulationEnd=2018.09.18 16\:58\:40 > > En faisant la différence, tu auras le temps de simulation. >

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