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Re: [Isis-fish-users] réduire temps de simulation
by Eric Chatellier March 25, 2019

March 25, 2019

Le 25/03/2019 à 10:10, Sophie LEFORESTIER a écrit : > Bonjour Eric, > > Oui en effet c'est le mois de février qui est très long à tourner à cause des > équations de migration, émigration et immigration pour chacune des trois > sous-populations. > > On pourrait peut-être écrire ces équations différemment pour espérer gagner du > temps de simulation, qu'en penses-tu? As oui en effet, je pensais que tes equations était simple, je viens d'en voir une un peu plus compliqué. Dans cette equations (Sole3z_UK) : TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; double newJuv_Rye = 0; double newJuv_UKwest = 0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") ){ newJuv_Rye+= i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv_UKwest += i.getValue(); } } } } if (group.getAge() == 1) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Rye")) { result = newJuv_Rye; }else if(zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) { result = newJuv_UKwest; } return result; } else return 0; Tu fais plein de chose avec "MatrixAbundance", mais si ton groupe n'est pas "1" oui si les zones ne sont pas "Sole_nurs_Rye" et "Sole_nurs_UKwest", tu fais tout ce travail pour rien. Tu pourrais bien optimiser l'equation en déplacant simplement le IF : TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; if (group.getAge() == 1 && ( zoneName.equals("Sole_nurs_Rye") || zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) ) { for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") ){ newJuv_Rye+= i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv_UKwest += i.getValue(); } } } } String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Rye")) { result = newJuv_Rye; } else if(zoneName.equals("Sole_nurs_UKwest")) { result = newJuv_UKwest; } } return result; Il y en a deux autres à faire aussi dans Sole3z_WestFR et Sole3z_EastFR. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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réduire temps de simulation
by Sophie LEFORESTIER March 21, 2019

March 21, 2019

Bonjour, Les simulations qui tournent avec les populations "Sole3z_WestFR", "Sole3z_EastFR" et "Sole3z_UK" (enregistrées sous l'espèce "Sole3zones" dans la base ci-jointe) mettent beaucoup de temps à tourner (il faut compter une dizaine de minutes pour faire tourner le modèle sur 4 ans). La durée importante de simulation pose problème pour calibrer le modèle sur Datarmor car le temps d'exécution des jobs est limité à 48h max. Penses-tu que l'on pourrait réduire la durée de simulation en modifiant les équations de migration relatives à ces trois populations? Merci! Sophie

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problème lancement simu sur R avec ZIP + script de pré-simu
by Sophie LEFORESTIER March 4, 2019

March 4, 2019

Bonjour, Je peux maintenant faire tourner des simulations en utilisant le script de pré-simulation (ci-joint). Toutefois, lorsque je lance une simulation depuis R avec un ZIP qui tient compte du script de pré-simulation, une erreur apparaît : "Can't evaluate simulation prescript". En effet, le "parameters.properties" de la simulation spécifie bien qu'un prescript est utilisé, mais ce prescript ne semble pas figurer dans le ZIP. Pour information, l'utilisation du script de pré-simulation permettant de changer les paramètres de capturabilité au début de chaque simu ne permet pas de gagner du temps de simulation par rapport à l'utilisation d'une règle de gestion (temps de simu semblables à 2-3 secondes près). Merci! Sophie

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droits modification site ISIS
by Sophie LEFORESTIER Feb. 21, 2019

Feb. 21, 2019

Re-Bonjour, Je souhaiterais ajouter sur le site d'ISIS le script de pré-simulation permettant de modifier les paramètres de capturabilité au début de chaque simulation. Est-ce possible d'obtenir les droits de modification du site d'ISIS? Comment faut-il procéder? Merci! Sophie

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Re: [Isis-fish-users] script pré-simu + détails durée simulation
by Sophie LEFORESTIER Feb. 21, 2019

Feb. 21, 2019

Bonjour, Effectivement, le "context." semble fonctionner dans le script de pré-simulation (ci-joint). Toutefois, la simulation ne tourne toujours pas et le problème vient de la "matAccessibility" d'après le message d'erreur du debug : "matAccessibility cannot be resolved to a variable". Sais-tu comment résoudre ce problème? Pour avoir accès au debug de la simulation, j'ai dû la faire tourner sur une version précédente d'ISIS car le "debug.txt" de la dernière version (4.4.2.3.) reste vide quand une simulation est lancée depuis l'interface. Concernant la durée d'une simulation, est-ce possible de récupérer le détail des différentes étapes de la simulation (ex: temps passé pour initialiser la règle de gestion, …)? Merci! Sophie Le 18/02/2019 à 12:00, isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org a écrit : > Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-users à > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > > Pour vous (dés)abonner par le web, consultez > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le > sujet à > isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org > > Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse > isis-fish-users-owner(a)list.isis-fish.org > > Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin > qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de > Isis-fish-users..." > > > Thèmes du jour : > > 1. Re: récupération simulation.context - script pré-simu > (Eric Chatellier) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Mon, 18 Feb 2019 10:15:03 +0100 > From: Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Subject: Re: [Isis-fish-users] récupération simulation.context - > script pré-simu > Message-ID: <03633790-3611-3fd1-91ca-23e142f808e9(a)codelutin.com> > Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed > > Le 15/02/2019 à 15:14, Sophie LEFORESTIER a écrit : >> Bonjour Eric, > Bonjour, >> >> La règle de gestion que j'utilise actuellement permet de changer les >> paramètres de capturabilité au début de chaque simulation, ces derniers >> restant inchangés au cours de la simu. Comme vous l'avez dit dans vos échanges >> avec Stéphanie, il serait préférable de basculer cette règle en script de >> pré-simu pour éviter de vérifier les conditions de la règle à chaque pas de >> temps et pour tous les métiers. >> >> Comment peut-on récupérer le simulation.context dans le script de pré-simu? >> Ci-joint le script de la règle utilisée actuellement (ChgmtQ_variable.java) >> ainsi qu'une proposition de script de pré-simulation (propPrescript.java). >> Pourrais-tu y jeter un œil ? > Tu peux juste utiliser "context". Il existe et est fourni au prescript. >> >> Par ailleurs, où peut-on récupérer le détail du temps de simulation? Cela >> permettrait de voir le temps de simu gagné en passant la règle en script de >> pré-simu. > > Dans les simulations, dans le fichier "information", il y a deux lignes: > > simulationStart=2018.09.18 16\:58\:20 > simulationEnd=2018.09.18 16\:58\:40 > > En faisant la différence, tu auras le temps de simulation. >

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récupération simulation.context - script pré-simu
by Sophie LEFORESTIER Feb. 18, 2019

Feb. 18, 2019

Bonjour Eric, La règle de gestion que j'utilise actuellement permet de changer les paramètres de capturabilité au début de chaque simulation, ces derniers restant inchangés au cours de la simu. Comme vous l'avez dit dans vos échanges avec Stéphanie, il serait préférable de basculer cette règle en script de pré-simu pour éviter de vérifier les conditions de la règle à chaque pas de temps et pour tous les métiers. Comment peut-on récupérer le simulation.context dans le script de pré-simu? Ci-joint le script de la règle utilisée actuellement (ChgmtQ_variable.java) ainsi qu'une proposition de script de pré-simulation (propPrescript.java). Pourrais-tu y jeter un œil ? Par ailleurs, où peut-on récupérer le détail du temps de simulation? Cela permettrait de voir le temps de simu gagné en passant la règle en script de pré-simu. Merci! Sophie

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Modification du fonctionnement pour l'utilisation avec Calibrar
by Eric Chatellier Feb. 13, 2019

Feb. 13, 2019

Bonjour, Pour information, dans la version 4.4.2.2, l'action que devait utiliser Calibrar dans Isis (simulationWithRegionNameAndScript) ne fonctionnait pas un mode multi-processus car chaque sous processus tentait de lire la région au même moment, et la base de données refuse ce fonctionnement. J'ai modifié le fonctionnement pour mieux coller au fonctionnement des simulations à distance (caparmor) en préparant une simulation qui inclut la simulation et en n'utilisant plus la région d'origine dans les sous processus. Préparation de la simulation ---------------------------- Dans l'interface de lancement d'une simulation, j'ai ajouté un menu "Simulation/Préparer la simulation..." qui créé un zip contenant toute la définition de la simulation. Il faut donc, utiliser ce menu une fois la simulation paramétrée (avec la région, les règles, les population, les exports...) @Sophie: Comme ici, la simulation est préparée avec la règle, et comme c'est ta règle qui gère les données calibrar, je pense que tu n'a plus besoin (dans ton cas) du prescript et du fichier parameters.properties Action sans prescript --------------------- L'action 'simulationWithRegionNameAndScript' ne doit plus être utilisée et la commande pour lancer la simulation est donc simplifiée: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulation id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip Donc, c'est l'action "simulateWithSimulation" qui prend en argument, l'ID de simulation et le fichier ZIP de préparation de la simulation Action avec prescript --------------------- Pour quand même utiliser un prescrit, c'est toujours possible avec l'action: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulationAndScript id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip chemin/du/prescript.java C'est testable avec cette version: https://forge.codelutin.com/attachments/download/5568/isis-fish-4.4.2.3-gdc… -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.3 released
by Eric Chatellier Feb. 8, 2019

Feb. 8, 2019

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.3 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: #10238: Ajouter une action pour créer le zip de préparation de simulation sans l'executer Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5570/isis-fish-4.4.2.3-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Erreur règle de gestion sans arrêt de simulation + obtenir l'abondance
by Audric Vigier Feb. 7, 2019

Feb. 7, 2019

Bonjour, bonne année à la communauté ISIS, Je suis confronté à 2 problèmes aujourd'hui : 1/ J'ai revu l'écriture d'une de mes règles de gestion dans ISIS. Dans la condition, je suis souhaite accéder à l'abondance du pas de temps courant, avant que le moindre processus de population, pêche ou gestion ne s'applique : double abundance = matResult.getMatrix(step, onePop, MatrixAbundance.NAME).copy().sumAll(); // 0 step 1 group 2 zone Cette commande ne marche pas, car la matrice d'abondance du pas de temps courant n'est disponible qu'après la pré-action. Pourtant, j'ai vraiment besoin d'accéder à ces valeurs d'abondance dès la condition. AbundanceBeginMonth du pas de temps précédent n'est pas un bon équivalent, car elle n'a pas encore subi les mortalités du pas de temps précédent. Quel subterfuge je peux employer pour récupérer l'abondance du début du pas de temps courant? 2/ Malgré ceci, la simulation ne s'arrête pas et revient au début de la boucle de condition sur les métiers. Or je pensais que ce problème de "non plantage" était résolu ? (j'utilise ISIS 4.4.2.2). Pouvez-vous faire en sorte que ce genre d'erreur fasse s'arrêter immédiatement la simulation svp? Bonne soirée, Audric

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Modification du fonctionnement pour l'utilisation avec Calibrar
by Sophie LEFORESTIER Feb. 7, 2019

Feb. 7, 2019

Bonjour Eric, Ce nouveau mode de fonctionnement permet de faire tourner les simulations en parallèle sans encombre, merci beaucoup pour ta réactivité! Comme je n'utilise plus de preScript pour lancer les simulations, le parameters.properties de la simu en sortie reprend bien les éléments de paramétrisation de la simulation (avec règle, export…). Merci encore! Sophie -------- Message transféré -------- Sujet : [Isis-fish-users] Modification du fonctionnement pour l'utilisation avec Calibrar Date : Wed, 6 Feb 2019 16:00:04 +0100 De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Répondre à : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Organisation : Codelutin Pour : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Bonjour, Pour information, dans la version 4.4.2.2, l'action que devait utiliser Calibrar dans Isis (simulationWithRegionNameAndScript) ne fonctionnait pas un mode multi-processus car chaque sous processus tentait de lire la région au même moment, et la base de données refuse ce fonctionnement. J'ai modifié le fonctionnement pour mieux coller au fonctionnement des simulations à distance (caparmor) en préparant une simulation qui inclut la simulation et en n'utilisant plus la région d'origine dans les sous processus. Préparation de la simulation ---------------------------- Dans l'interface de lancement d'une simulation, j'ai ajouté un menu "Simulation/Préparer la simulation..." qui créé un zip contenant toute la définition de la simulation. Il faut donc, utiliser ce menu une fois la simulation paramétrée (avec la région, les règles, les population, les exports...) @Sophie: Comme ici, la simulation est préparée avec la règle, et comme c'est ta règle qui gère les données calibrar, je pense que tu n'a plus besoin (dans ton cas) du prescript et du fichier parameters.properties Action sans prescript --------------------- L'action 'simulationWithRegionNameAndScript' ne doit plus être utilisée et la commande pour lancer la simulation est donc simplifiée: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulation id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip Donc, c'est l'action "simulateWithSimulation" qui prend en argument, l'ID de simulation et le fichier ZIP de préparation de la simulation Action avec prescript --------------------- Pour quand même utiliser un prescrit, c'est toujours possible avec l'action: java -jar isis-fish-4.4.2.3-SNAPSHOT.jar --simulateWithSimulationAndScript id-simulation-1 chemin/du/preparation-simulation.zip chemin/du/prescript.java C'est testable avec cette version: https://forge.codelutin.com/attachments/download/5568/isis-fish-4.4.2.3-gdc… -- Éric Chatellier -www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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