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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '18

31 Dec '18

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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bug règle de gestion
by Sophie LEFORESTIER 27 Dec '18

27 Dec '18

Bonjour, J'ai un bug avec la règle de gestion "ChgmtQ_variable.java" ci-jointe. Cette règle a été écrite de manière à modifier, au début de chaque simulation, les paramètres d'accessibilité en allant les chercher dans un csv dont le chemin d'accès tient compte du nom de la simulation en cours. Il n'y a donc pas de "public param_path" qui s'affiche au moment de sélectionner la règle dans l'interface, ou de ligne "rule.0.parameter.path=" dans le parameters.properties permettant de lancer la simu sur R. Pensez-vous que le bug est associé à ça? Merci! Sophie

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simu tres lente...
by Sigrid Lehuta 11 Dec '18

11 Dec '18

Bonsoir, cette simu fonctionne mais elle met beaucoup de temps a tourner alors qu il y a 3 pop et pas de strategies... je me demande si les equations d immigration et emmigration ne la ralentissent pas ... (pops Sole3z_...) pouvez vous voir d ou vient le pb ? Merci ! pj : simu, base

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comment récupérer le nom de la simu en cours
by Sophie LEFORESTIER 07 Dec '18

07 Dec '18

Bonjour, Je souhaite écrire une règle de gestion dans laquelle je pourrais récupérer le nom de la simulation en cours. Quelle ligne de commande faut-il utiliser pour récupérer le nom de la simu? Merci Sophie

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Problème simulation ISIS 4.4.2.1.
by Sophie LEFORESTIER 23 Nov '18

23 Nov '18

Bonjour, J’utilise la version ISIS 4.4.2.1. lorsqu’une erreur est détectée dans l’équation d’une population et que je lance une simu avec cette base , la simu bug meme si cette pop n est pas selectionnee. En effet, l’équation de mortalité naturelle de la population « sole » écrite ci-dessous ne compile pas à cause du « return 0 » final. Cette erreur empêche le bon déroulement des simulations quelle que soit la population sélectionnée. “// Natural Mortality if(group == null) {return 0; }else if (group.getAge() == 1){ return 2.6;//Archambault et al. 2016 }else { // ICES & Archambault et al 2016 return 0.1; } return 0; » Merci d’avance pour votre retour Cordialement, Sophie Leforestier

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.2 released
by Eric Chatellier 23 Nov '18

23 Nov '18

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version include: #10157: Ajout d'une équation d'accessibilité URGENT !! #10158: Ne pas lancer d'exception concernant les equations dans l'interface graphique Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5475/isis-fish-4.4.2.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Message d’erreur « Connection leak detected”
by Sophie LEFORESTIER 22 Nov '18

22 Nov '18

Bonjour, Le message d’erreur suivant s’affiche dans le « debug » de mes simulations (base de données en pièce jointe) avec la version ISIS 4.4.2.1. : “ERROR [main] (DriverManagerConnectionProviderImpl.java:332) close - Connection leak detected: there are 1 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_sim_try2111_2018-11-21-13-28_2018-11-21-14-15\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0” Merci d’avance pour votre retour Cordialement, Sophie Leforestier

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.1 released
by Eric Chatellier 13 Nov '18

13 Nov '18

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version include: #10092: Equation d'inactivité lors de la définition de stratégies #10041: Add comand line action to launch simulation on local region using a prescript file Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5470/isis-fish-4.4.2.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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message d'erreur ISIS 4.4.2.
by Sophie LEFORESTIER 13 Nov '18

13 Nov '18

Bonjour, Je vous contacte suite à un message d’erreur qui s’affiche lorsque je souhaite accéder aux paramètres biologiques des espèces de la base de données ci-jointe avec la version ISIS 4.4.2. La version ISIS 4.4.1. n’affiche pas de message d’erreur pour la même action. Ci-dessous le message en question et les détails associés. Merci d’avance pour votre retour Sophie Leforestier IsisFish a détecté une erreur : java.lang.reflect.InvocationTargetException java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy22.valueChanged(Unknown Source) at javax.swing.JTree.fireValueChanged(Unknown Source) at javax.swing.JTree$TreeSelectionRedirector.valueChanged(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.fireValueChanged(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.notifyPathChange(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.setSelectionPaths(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPaths(FisheryTreeSelectionModel.java:61) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.setSelectionPath(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPath(FisheryTreeSelectionModel.java:54) at javax.swing.JTree.setSelectionPath(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.selectPathForEvent(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.handleSelection(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressed(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't display bean fr.ifremer.isisfish.entities.Population#1370350071420#0.07960912867432401 at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.nodeSelectionChanged(InputHandler.java:630) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doValueChanged__on__fisheryRegionTree(InputUI.java:336) ... 49 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: // bargeo 2015, cm double Linf = 31.5; double K = 0.52; double T0 = -0.5; int mon = context.getSimulationControl().getStep().getMonth().getMonthNumber(); double result = Linf*(1.0-Math.exp((-K*(((age+mon)/12)-T0)))); return result; at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:89) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:84) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_jvst2aa_6.evaluate(EquationImpl_$$_jvst2aa_6.java) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationImpl.getLength(PopulationImpl.java:611) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroupImpl.getLength(PopulationGroupImpl.java:74) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationBasicsHandler.setTableAgeLengthModel(PopulationBasicsHandler.java:136) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationBasicsHandler.lambda$afterInit$0(PopulationBasicsHandler.java:78) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.awt.Component.firePropertyChange(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.firePropertyChange(InputContentUI.java:320) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationBasicsUI.setBean(PopulationBasicsUI.java:377) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationUI$2.processDataBinding(PopulationUI.java:585) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.processDataBinding(InputContentUI.java:351) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.processDataBinding(InputContentUI.java:360) at jaxx.runtime.binding.DefaultJAXXBinding.propertyChange(DefaultJAXXBinding.java:144) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.awt.Component.firePropertyChange(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.firePropertyChange(InputContentUI.java:320) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationUI.setBean(PopulationUI.java:293) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationUI.setBean(PopulationUI.java:40) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.nodeSelectionChanged(InputHandler.java:620) ... 50 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.PopulationGrowth.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,double,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup) throws java.lang.Exception' for class formules.PopulationGrowthfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370350186827_0_4032064127509535 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:446) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:280) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:74) ... 78 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:443) ... 80 more Caused by: java.lang.NullPointerException at formules.PopulationGrowthfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370350186827_0_4032064127509535.compute(PopulationGrowthfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370350186827_0_4032064127509535.java:5) ... 85 more

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '18

30 Sep '18

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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