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erreur à l'import de de la region GDL de Mtahieu
by Stephanie MAHEVAS Feb. 4, 2019

Feb. 4, 2019

Bonjour voici le message d'erreur. une idee d'ou ca vient..... ? Merci Stephanie java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 39 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:299) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuRegionImport(InputUI.java:308) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't import file C:\Users\smahevas\C-ISISFish\AppliGdL\17-12-2018\gdl1.7.14.parametreeSur2016-2017_2.9.zip at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:450) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:399) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:293) ... 45 more Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.restore at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1207) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:427) ... 47 more Caused by: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not execute statement at org.hibernate.exception.internal.SQLStateConversionDelegate.convert(SQLStateConversionDelegate.java:106) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:111) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:97) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:178) at org.hibernate.engine.query.spi.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:204) at org.hibernate.internal.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1575) at org.hibernate.query.internal.NativeQueryImpl.doExecuteUpdate(NativeQueryImpl.java:274) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.executeUpdate(AbstractProducedQuery.java:1504) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1202) ... 48 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE TIMESTAMP, ACTIVERULESTEP INTEGER, NAME LONGVARCHAR, PARAM LONGVARCHAR ) [42101-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:86) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:79) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:58) at org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:102) at org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:261) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:199) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:153) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:175) ... 53 more -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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bugs lancement simu depuis R
by Sophie LEFORESTIER Feb. 4, 2019

Feb. 4, 2019

Bonjour, Je voulais vous faire part de quelques bugs que j'ai rencontré en essayant de lancer une simulation depuis R : Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")). Après avoir fait tourner la simulation sur R, je me suis rendue compte que le fichier parameters.properties dans le isis-fish-4 de la simulation qui venait de tourner était complètement différent de celui qui avait été utilisé pour lancer la simulation (12 mois simulés au lieu de 48, règle de gestion et export non pris en compte, pas le bon simulateur…). Quel que soit le parameters.properties utilisé pour lancer la simulation, le parameters.properties dans le isis-fish-4 des simulations lancées depuis R est toujours identique et ne tient pas compte de la réelle paramétrisation de la simulation (voir ci-dessous). #Parameters #Tue Dec 11 14:39:13 CET 2018 description= exports= generatedPreScript= isisFishVersion=4.4.2.1 libLogLevel=error numberOfMonths=12 numberOfSensitivitySimulation=-1 optimizationGeneration=-1 optimizationGenerationIndividual=-1 preScript=SimulationParameter params.......... regionName=Sole_SMAC resultDeleteAfterExport=false resultNames= scriptLogLevel=info sensitivityAnalysisOnlyKeepFirst=false simulLogLevel=info simulationPlanNumber=-1 simulatorName=DefaultSimulator.java useCache=true useOptimization=false usePreScript=true useSimulationPlan=false useStatistic=false Aussi, le script d'export "Captures_AgeStructure.java" (ci-joint) ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R (alors que tout fonctionne quand c'est lancé depuis l'interface). J'ai pu voir un message d'erreur au cours du déroulement du debug dans la console (ce message n'apparaît pas dans le debug.txt d'une simu lancée depuis l'interface) : 1. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 37) import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 58) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- 3. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 88) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- Merci d'avance pour votre retour! Cordialement, Sophie Leforestier

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problème export
by Sophie LEFORESTIER Feb. 4, 2019

Feb. 4, 2019

Bonjour, J'ai un problème cette simulation qui ne tourne pas lorsque seul l'export "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java" est demandé et, en revanche, fonctionne quand l'export "Abundances.java" est demandé en plus de "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java" (version 4.4.2.2). D'après le debug.txt, le problème semble provenir de l'équation d'immigration de la population "Sole3z_WestFR" (voir ci-dessous). Par ailleurs, lorsque la simu fonctionne (quand les deux exports sont demandés), elle met beaucoup de temps à tourner, surtout au cours des mois de février de chaque année). Avez-vous une idée d'où ça vient? En pièces jointes le script d'export "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java", la base ainsi que le parameters.properties de la simulation. Merci d'avance ! Sophie Leforestier 2019-01-10 09:11:46,124 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't evaluate equation at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.catchEvaluateException(EvaluatorHelper.java:276) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:685) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:626) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:438) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:242) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double newJuv_Veys = 0; double newJuv_Seine =0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().getName().equals(pop.getSpecies().getName()) && !p.getName().equals(pop.getName())){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); //ab = ab.getSubMatrix(0,1,1);// ages 2 ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; PopulationGroup grp = (PopulationGroup) sem[0]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Veys")) { newJuv_Veys += i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Seine")){ newJuv_Seine += i.getValue(); } } } } double result = 0; if (group.getAge() == 1) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Veys")) { result = newJuv_Veys; }else if(zoneName.equals("Sole_nurs_Seine")) { result = newJuv_Seine; } return result; } else return 0; at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:89) at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor23.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:84) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_jvst2df_6.evaluate(EquationImpl_$$_jvst2df_6.java) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:657) ... 5 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.ImmigrationEquation.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,org.nuiton.math.matrix.MatrixND,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone) throws java.lang.Exception' for class formules.ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:465) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:299) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:74) ... 11 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor26.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:462) ... 13 more Caused by: java.lang.NullPointerException at formules.ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329.compute(ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329.java:13) ... 17 more

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Exports fishing mortality
by Audric Vigier Feb. 4, 2019

Feb. 4, 2019

Bonjour, Les scripts d'exports pour MortalitePechegroupe et MortalitePecheTotale dans le community d'ISIS 4.4.2.2 ne compilent pas, ils sont infestés de lignes bizarres... Est-ce que c'est possible de les remplacer par les scripts joints svp? Je ne sais plus comment soumettre des scripts pour le community. Bon après-midi, Audric

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"args" ligne commande lancement simu sur R
by Sophie LEFORESTIER Jan. 8, 2019

Jan. 8, 2019

Bonjour, Je souhaiterais savoir à quoi correspond l'élément "args" de la ligne de commande permettant de lancer une simulation sur R (voir ci-dessous). MEMORY="-Xmx1024M" exec = "isis-fish-4.4.2.1.jar" log = "debug.txt" args = "--simulationWithRegionNameAndScript" nomSimu = "ESSAI_20-12" region = "Sole_SMAC" script = "preScript.java" cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, args, nomSimu, region, script,sep=" ") message(cmd) system(cmd) Merci Sophie

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2018

Dec. 31, 2018

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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bug règle de gestion
by Sophie LEFORESTIER Dec. 27, 2018

Dec. 27, 2018

Bonjour, J'ai un bug avec la règle de gestion "ChgmtQ_variable.java" ci-jointe. Cette règle a été écrite de manière à modifier, au début de chaque simulation, les paramètres d'accessibilité en allant les chercher dans un csv dont le chemin d'accès tient compte du nom de la simulation en cours. Il n'y a donc pas de "public param_path" qui s'affiche au moment de sélectionner la règle dans l'interface, ou de ligne "rule.0.parameter.path=" dans le parameters.properties permettant de lancer la simu sur R. Pensez-vous que le bug est associé à ça? Merci! Sophie

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simu tres lente...
by Sigrid Lehuta Dec. 11, 2018

Dec. 11, 2018

Bonsoir, cette simu fonctionne mais elle met beaucoup de temps a tourner alors qu il y a 3 pop et pas de strategies... je me demande si les equations d immigration et emmigration ne la ralentissent pas ... (pops Sole3z_...) pouvez vous voir d ou vient le pb ? Merci ! pj : simu, base

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comment récupérer le nom de la simu en cours
by Sophie LEFORESTIER Dec. 7, 2018

Dec. 7, 2018

Bonjour, Je souhaite écrire une règle de gestion dans laquelle je pourrais récupérer le nom de la simulation en cours. Quelle ligne de commande faut-il utiliser pour récupérer le nom de la simu? Merci Sophie

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Problème simulation ISIS 4.4.2.1.
by Sophie LEFORESTIER Nov. 23, 2018

Nov. 23, 2018

Bonjour, J’utilise la version ISIS 4.4.2.1. lorsqu’une erreur est détectée dans l’équation d’une population et que je lance une simu avec cette base , la simu bug meme si cette pop n est pas selectionnee. En effet, l’équation de mortalité naturelle de la population « sole » écrite ci-dessous ne compile pas à cause du « return 0 » final. Cette erreur empêche le bon déroulement des simulations quelle que soit la population sélectionnée. “// Natural Mortality if(group == null) {return 0; }else if (group.getAge() == 1){ return 2.6;//Archambault et al. 2016 }else { // ICES & Archambault et al 2016 return 0.1; } return 0; » Merci d’avance pour votre retour Cordialement, Sophie Leforestier

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