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Plantage de simus selon la population, NullPointerException getRecruitment
by Loic GASCHE 07 Nov '13

07 Nov '13

Bonjour, Je tente de faire tourner quelques simulations pour tester une nouvelle base et des scripts que nous sommes entrain de créer. Je définis 6 populations, 3 pour la sole et 3 pour la plie, qui couvrent 3 zones différentes en Manche. Suivant la population sur laquelle je choisis de faire tourner la simulation soit elle tourne correctement soit elle plante. En particulier les simulations plantent systématiquement avec une population pour la sole (Sole_7D_Solent) et avec une population pour la plie (Plie_7D_Somme) alors qu'avec les autres populations (Sole_7D_Somme, Sole_7D_Seine, Plie...) tout tourne. Le message d'erreur est toujours le même : ERROR|18:00:35,284|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor.getRecruitment(PopulationMonitor.java:235) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:422) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|18:00:35,334|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 9.785 J'ai essayé de trouver des différences entre la manière dont sont définies ces différentes populations dans ma base mais je n'ai rien trouvé. Une idée de la cause de cette erreur ? Loïc

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Faire des cellules de 0.125 degrés de côté ?
by Loic GASCHE 24 Oct '13

24 Oct '13

Bonjour, En reprenant ma base, où ma zone est normalement découpée en cellules de 0.125 degrés de côté, je me suis aperçu que les cellules composant mes zones sont beaucoup plus grosses que 0.125*0.125 (elles font 0.25*0.25, soi 1/8 rectangle statistique). Pour tenter de voir d'où venait le problème j'ai créé une nouvelle zone, devant avoir des cellules de 0.125 de côté. Si on regarde la carte de la zone dans son intégralité les cellules ont la bonne taille. Si par contre on regarde les mailles composant la zone, on se retrouve avec des mailles affichées faisant 0.25 degrés de côté. Il semble que dans la liste de gauche les mailles sont définies avec la bonne taille (0.125), mais plusieurs mailles adjacentes sont considérées comme étant une même maille sur la carte. Une idée de la cause du problème ? Loïc

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Reunion des utilisateurs 5-6 decembre 2013 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS 17 Oct '13

17 Oct '13

Bonjour à tous je vous rappelle que la réunion annuelle des utilisateurs ISIS-Fish se tiendra les 5 et 6 décembre prochains à Nantes. *AVANT le 25/10: Pour les Ifremeriens, merci d'engager vos missions (A060720).** **Pour les autres qui souhaiteraient venir, merci de me dire si vous avez besoin que l'on prenne en charge vos frais de déplacements.* je reviendrai vers vous pour l'ODj la fin de semaine prochaine. Amitiés Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '13

30 Sep '13

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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out of Memory / vitesse de simulation
by Sigrid LEHUTA 17 Sep '13

17 Sep '13

salut, merci pour vos réponses concernant les différences de vitesse de simulation sur 2 ordis équivalents. Il se trouve en fait que je faisais tourner la même base mais pas les mêmes espèces et l'une d'elles (la sole) est bcp plus lente. Pourtant elle a seulement 5 zones pop contre 3 pour l autre espèce plus rapide... mystere. Le check de la pecherie ne révèle pas d erreur. j ai aussi eu, tjs pour la sole (pas de pb avec les autres sp), un plan d exp sequentiel stoppé a 15 simus pour "out of memory" (cf log ci dessous). je suis en 32 bits comme suggere par Benjamin et J'avais modifié les options pour utiliser BigMappedVector comme suggeré par Eric mais je ne suis pas sure que ca ait ete pris en compte étant donné le log: "at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46)". Je joints la base au cas ou l'un de vous voudrait s'y pencher. Merci d'avance de vos pistes d amélioration. at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedConstructorAccessor155.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 29 more INFO|20:29:08,788|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 6148.380 -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

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manip de matrices
by Sigrid Lehuta 05 Sep '13

05 Sep '13

Hola, je cherche un specialiste de matrixND... j ai une matrice 3D [mois,str,met] que je veux remplir avec une serie de matrices 2D. chaque matrice 2D est [str, met] et correspond a un mois. j'aurais bien fait un int [] pos = {0,0,0}; mat3D.getSubMatrix(0,mois).paste(pos,mat2D_mois); mais getSubMatrix renvoit une nouvelle matrice... est ce que int [] pos = {mois,0,0}; mat3D.paste(pos,mat2D_mois); functionnerait? Ai je une alternative a la boucle sur chaque element? Merci!

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Re: [Isis-fish-users] file not found exception
by Eric Chatellier 03 Sep '13

03 Sep '13

Le 03/09/2013 10:35, sigridlehuta(a)gmail.com a écrit : > [[PAGE_NAME]] > Le fichier est dur à lire, mais il ne semble pas contenir d'erreur qui expliquerais le bug. Que contient le dossier 'sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13' ? -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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file not found exception
by sigridlehuta＠gmail.com 03 Sep '13

03 Sep '13

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file not found exception
by Sigrid Lehuta 03 Sep '13

03 Sep '13

Hello, ca fait 2 fois que j'ai cette erreur qui stoppe le déroulement de mon plan d'experiences dependant. Cette fois il tournait sur caparmor (je ne sais plus pour la derniere fois). A quoi est ce du? est ce que ca peut etre une rupture de communication entre mon PC et caparmor? comment l'eviter? Merci INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:525) getSimulation - Try to open simulation sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13(C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13) INFO [pool-3-thread-1] (CalibrationPLE_2qMixChannel.java:374) afterSimulation - after simulation ERROR [pool-3-thread-1] (SimulationService.java:1073) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan simulationplans.CalibrationPLE_2qMixChannel fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at simulationplans.CalibrationPLE_2qMixChannel.afterSimulation(CalibrationPLE_2qMixChannel.java:375) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJob.finished(SimulationService.java:1070) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:252) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 6 more INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:591) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13 ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:428) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:675) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:627) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:480) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 4 more

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report de bug
by Sigrid LEHUTA 22 Aug '13

22 Aug '13

desolee je ne retrouve plus comment on fait un report de bug sur le site (je n accède qu a la liste des demandes...) Le bug concerne l interface de lancement de simulation, J'ai des bases issues les unes des autres avec des especes semblables (mais pas les memes valeurs de param ou zones). Si apres lancement d une simu avec une de ces bases, je veux en lancer une autre avec une autre base, l interface ne se met pas a jour avec les paramètres de la nouvelle base elle conserve ceux de l ancienne... je dois ermer isis et le r'ouvrir pour avoir une interface vierge qui affiche les bons parametres quand je charge la nouvelle base. est ce corrigeable? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

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