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erreur migration base V3 en V4
by Sigrid Lehuta 29 Jan '14

29 Jan '14

Erreur Message: java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException Level: SEVERE Stack Trace: java.lang.reflect.InvocationTargetException jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:264) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) 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java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Impossible d'importer la région fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:283) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) 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java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Can't import file F:\work\PapierIIFET\RegionGolfeGascognePelagique300710.zip fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:458) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) 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java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) could not execute native bulk manipulation query org.hibernate.exception.SQLStateConverter.convert(SQLStateConverter.java:92) org.hibernate.exception.JDBCExceptionHelper.convert(JDBCExceptionHelper.java:66) org.hibernate.engine.query.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:219) org.hibernate.impl.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1310) org.hibernate.impl.SQLQueryImpl.executeUpdate(SQLQueryImpl.java:396) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1367) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:435) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) 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java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE DATE, ACTIVERULEDATE INTEGER, NAME LONGVARCHAR, PARAM LONGVARCHAR ) [42101-166] org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:329) org.h2.message.DbException.get(DbException.java:169) org.h2.message.DbException.get(DbException.java:146) org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:108) org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:66) org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:45) org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:73) org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:226) org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:143) org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:129) org.hibernate.engine.query.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:210) org.hibernate.impl.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1310) org.hibernate.impl.SQLQueryImpl.executeUpdate(SQLQueryImpl.java:396) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1367) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:435) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) 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Re: [Isis-fish-users] [ISIS-Fish - Anomalie #4263] (Nouveau) can't find export non demandé...
by Stephanie MAHEVAS 29 Jan '14

29 Jan '14

pourquoi cherche t-il un export de sensitivity dans les exports??? Le 29/01/2014 11:03, admin(a)forge.codelutin.com a écrit : > La demande #4263 a été soumise par Sigrid Lehuta. > > ---------------------------------------- > Anomalie #4263: can't find export non demandé... > http://forge.codelutin.com/issues/4263 > > * Auteur: Sigrid Lehuta > * Statut: Nouveau > * Priorité: Urgent > * Assigné à: > * Catégorie: > * Version cible: > ---------------------------------------- > je relance de vieilles simu de steph qui tournent sans AS et la simu ne se lance pas avec ce message > > C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\exports\SensitivityBiomassRelativeY6.java (Le fichier spécifié est introuvable) > > or cet export n est pas necessaire... > > > > ---Fichiers----------------------------- > debug.txt (472,604 ko) > > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Pb GC
by Stephanie MAHEVAS 29 Jan '14

29 Jan '14

une simu avec une vieille bonne petite base golfe de gascogne (1 seule pop en age!) qui plante pratiquement à la fin avec un pb de memoire ... voici la fin du debug INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>Exception in thread "SimThread sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13" fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Out of memory try with more memory (option -mx) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:433) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at java.nio.ByteBuffer.allocate(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.nio.cs.StreamDecoder.<init>(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.nio.cs.StreamDecoder.<init>(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.nio.cs.StreamDecoder.forInputStreamReader(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at java.io.InputStreamReader.<init>(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.util.FileUtil.getReader(FileUtil.java:441) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.util.FileUtil.getReader(FileUtil.java:426) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.util.FileUtil.readAsString(FileUtil.java:546) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:148) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:85) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:113) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor16.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:197) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_javassist_19.evaluate(EquationImpl_$$_javassist_19.java) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroupImpl.getPrice(PopulationGroupImpl.java:146) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel.aw$original$_AW_$grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet$_AW_$scripts_GravityModel(GravityModel.java:513) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1_829486577_1802245991___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1_829486577_1802245991___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1_829486577_1802245991___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel.grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(GravityModel.java) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel.aw$original$_AW_$grossValueOfLandingsPerStrategyMet$_AW_$scripts_GravityModel(GravityModel.java:606) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1__1700666475_300087170___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1__1700666475_300087170___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1__1700666475_300087170___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> INFO [main] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 INFO [pool-2-thread-1] (SubProcessSimulationLauncher.java:254) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 0) INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:525) getSimulation - Try to open simulation sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13(E:\ISISFish\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13) INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:202) setText - Add economics results INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:591) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 as stopped merci Stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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test
by Stephanie MAHEVAS 29 Jan '14

29 Jan '14

-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Journées ISIS-Fish : c'est NOS journées ! ;-)
by Sigrid Lehuta 24 Jan '14

24 Jan '14

Hello, Pour vous rappeler que ces journées, c'est l'occasion de faire remonter les questions, problèmes et demandes en live et d'obtenir des explications sur ce que vous voulez. Alors n'hésitez pas à préparer vos listes de doléances, on sera là pour ça ! A jeudi !

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Fwd: state of your simulation on caparmor,
by Loic GASCHE 23 Jan '14

23 Jan '14

Bonjour, Voici de quoi peut-être alimenter la réunion ISIS de demain matin : - désormais on arrive bien à faire tourner les simus sur un unique coeur à la fois. - par contre on utilise toujours plus de mémoire que prévu par nos options. - il semblerait que certaines simulations restent sur le disque de caparmor alors qu'elles sont terminées. Il est possible que cela corresponde à certaines simus qui à priori sont terminées mais pour lesquelles je n'ai aucun résultat téléchargé. La question est pourquoi elles n'ont pas été téléchargées, et comment les télécharger facilement (bout de script de Sigrid ?) ? Loïc -------- Message original -------- Sujet: state of your simulation on caparmor, Date : Thu, 23 Jan 2014 14:47:58 +0100 De : Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Organisation : IFREMER Pour : GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> hi loic, i was checking how your job is running since 13th of jan until now; each of your job take max 2.5 hours. your cpu time does not exeed your wall time. (i.e. you do not use more than 1 core anymore) before 13th of Jan, it used always more than 2 cores, but it never use more than one core anymore. Did code-lutin changed java version installed at /home3/caparmor/poussin/jdk7/bin/java ?? or changed any option for submitting the script?? or is it because of difference in configuration of your job?? max memory (ram) you used is about 5.1G. thus option of java ' -Xmx2000M' is not working at all. for each simulation, /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_xxx-output.txt goes up max 268M. zip file is max 37M. so even we add some margin, each simulation takes max 400M. i.e. although you run 100 job at a time, it take max 40G of quota, if just after each job is finished, output file get transferred, and cleans up the output file and zip file. -----pb i see with 'disk'----- even though calculation finishes, result are not yet cleand (probably not transfferd to loic's PC) .zip which still stays at caparmor is at /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/*.zip each zip file have .output and .zip.md5 together, thus it make huge disk space. i list the files which stays although the job itself got finished, tina service7>20% pwd /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp service7>21% ls simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_*-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_104-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_228-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_109-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_231-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_114-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_234-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_12-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_236-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_125-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_239-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_127-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_24-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_134-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_240-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_138-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_243-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_147-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_254-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_152-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_259-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_155-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_26-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_158-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_260-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_160-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_261-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_163-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_266-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_164-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_278-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_171-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_281-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_181-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_284-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_183-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_288-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_187-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_289-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_189-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_39-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_190-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_41-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_192-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_42-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_194-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_50-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_196-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_54-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_20-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_59-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_200-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_65-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_207-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_69-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_209-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_70-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_212-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_75-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_213-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_77-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_214-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_84-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_215-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_95-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_22-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_96-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_220-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_97-result.zip service7>22% ls simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_*-result.zip |wc -l 68 -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IMN - IFREMER Pôle de Calcul Intensif pour la Mer (PCIM) Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: Tina.Odaka(a)ifremer.fr http://www.ifremer.fr/pcim ==================================================

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suppression automatique du fichier results.mapped ?
by Loic GASCHE 20 Jan '14

20 Jan '14

Bonjour, Une question : est-il normal que le fichier results.mapped soit conservé à la fin d'une simu (en particulier si cette simu appartient à une AS) ? Ne serai-il pas possible de l'effacer automatiquement en fin de simu, ou au moins de mettre une option dans l'interface de lancement d'AS qui demande si on veut le supprimer ou non en find de simu ? Loïc

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utilité du results.mapped pour les AS ?
by Loic GASCHE 17 Jan '14

17 Jan '14

Bonjour, J'ai lancé une AS de 500 simulations. Je ne demande aucun export de résultat à part ceux d'AS qui sont tout petits. Mais chaque simulation de l'AS fait au bas mot 3Go car le fichier results.mapped est énorme (j'ai laissé certaines matrices de résulat un peu inutiles, mais dans tous les cas certaines matrices sont nécessaires, donc je ne sais pas si je pourrai avoir des results.mapped beaucoup plus petits dans mes prochaines AS). Avec une taille de simulations pareille j'aurai rempli mon disque dur avant la fin de l'AS. A priori le results.mapped ne contient que les matrices d'export des différents pas de temps de la simulation, dont on ne devrait pas avoir besoin pour faire l'AS ? Ma question est donc la suivante : puis-je supprimer les fichiers results.mapped de mes simulations sans empêcher le calcul des résultats de l'AS à la fin ? Loïc

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Simulations arrêtées en cours
by Loic GASCHE 07 Jan '14

07 Jan '14

Bonjour, J'ai lancé vendredi soir des simulations sur caparmor, et celles-ci semblent toutes arrêtées en cours de simulation ce matin. Je les ai lancées avec la version 4.2.1.2 d'ISIS car la méthode que je voulais utiliser (LHS) ne nous permet pas de faire d'AS sur les matrices qu' Eric à rendues accessibles dans la 4.2.1.3. J'ai recu environ un millier de messages d'erreur de caparmor concernant la "job performance" de mes simus. Dans les premiers messages reçus, cette "job performance" est de 0.72, puis elle décroit progressivement au cours du temps. Dans les derniers messages elle est au mieux à 0.05. J'ai mis en PJ l'état d'avancement des simus tel qu'on peut le voir dans l'interface ISIS. Comme elles sont sensées tourner 16 par 16 sur caparmor on voit que de nouvelles simulations ont été lancées alors que les précédentes n'étaient pas sensées être terminées. Un autre point surprenant est que toutes les simus ne s'arrêtent pas au même pas de temps. La plupart s'arrêtent à l'année 4, mais pas forcément au même mois, et certaines vont jusqu'en Décembre 11 s'arrêtent à l'export des résultats.. J'ai mis une capture d'écran de l'interface d'ISIS où on voit l'état des simus et une de la configuration pour caparmor, au cas où j'aurais encore fait une bêtise de ce côté là. Une idée de la cause du problème, et de comment le résoudre ? Loïc

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"Can't cache param to disk"
by Loic GASCHE 06 Jan '14

06 Jan '14

Bonjour, J'avais lancé pendant les vacances 5 "petites" AS sur le serveur linux de Stéphanie, car on dépassait la limite mémoire de caparmor de 2.8Gb par simu, pour un total d'un peu moins de 1000 simus. J'avais lancé ces AS avec la version 4.2.1.2 car on n'avait choisi de ne pas utiliser les dernières fonctionnalités ajoutées par Eric. Sur ces 5 AS seule une (de 108 simus) a tourné jusqu'au bout avec création du RData. En ouvrant ISIS j'avais de nombreuses fenêtres avec le message d'erreur suivant : "Can't cache param to disk" (J'ai mis une capture d'écran en PJ). J'ai aussi cliqué sur le bouton "rapport d'erreur" donc j'espère que le rapport d'erreur complet est bien arrivé. L'ordre dans lequel se sont faites les simulations me semble aussi étrange : - Seulement 6 simulations de la première AS (sur 108) ont tourné, - Puis la deuxième AS (108 simus aussi) a tourné complètement. Par contre le RData n'a été sauvegardé que le 31/12 à 11h, ce qui veut dire que cette unique AS a mis plus de 7 jours à tourner, alors qu'avec les temps de simu que j'avais observé jusqu'ici elle aurait du mettre 3 à 4 jours. - Ensuite la troisième AS (252 simus) que j'avais demandé s'est lancée, mais seules les 40 premières simus ont tourné. Un autre point bizarre est que le ISIS-monitoring ne contient pas grand chose : il y a les .zip des AS, mais seulement quelques simus (une dizaine) correspondant à la seconde AS lancée. Ces simus apparaissent d'ailleurs bien dans la file d'attente mais elles ne font rien. Je peux essayer de les relancer mais ça ne me permettra pas de finir l'AS, loin de là. Il n'y a aucune simu correspondant aux autres AS. Je n'ai pas le debug, je vais essayer d'aller voir s'il y a des logs de simus qui auraient planté en cours de route. Une idée de ce qui a causé ce problème, et de comment le résoudre ? Loïc

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