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simulation tres lentes
by Sigrid Lehuta 20 Aug '13

20 Aug '13

Hello je fais tourné isis (meme region meme plan d experience) sur 2 ordis recents equivalent (core i7,64 bits,8GoRAM) et l un est bcp plus lent que l'autre, mais "lent inquietant" genre 6 mois = 5min tandis que l'autre met 1 min /simu. Auriez vous des pistes sur ce que je dois regarder qui pose possiblement probleme? Merci

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combiner des DBs?
by Sigrid Lehuta 12 Aug '13

12 Aug '13

Bonjour tout le monde, je me demandais s'il était possible de "combiner" des bases de données (régions) existantes par exemple en modifiant le fichier data.h2.db. par exemple: Loic et moi travaillons sur la meme region geographique. je veux que Loïc reccupère tous mes engins, métiers, stratégies et zones pêche avec les paramètres correspondants sans qu'il ait a tout entrer a la main dans l'interface, puis-je recopier une partie de mon fichier data.h2.db dans le sien? N'hesitez pas a demander si ca n'est pas clair. Merci d'avance. Sigrid

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out of memory error
by Sigrid Lehuta 12 Aug '13

12 Aug '13

Bonjour, j ai un probleme de memoire quand je fais tourner les simus d un plan dependant. C'est tres lent d une part, et le plan s arrete a la 5eme simulation avec cette erreur (cf log joint.): ERROR|16:28:12,977|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.RuntimeException: Can't create vector at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:242) at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.<init>(BasicMatrix.java:80) at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.<init>(MatrixNDImpl.java:97) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.create(MatrixFactory.java:208) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.copy(AbstractMatrixND.java:166) at scripts.SiMatrix.aw $original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerCell$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:641) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw $original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 30 more INFO|16:28:13,008|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 5361.316 Voyez vous un pb specifique a ma base? peut on regler ce soucis de memoire? Merci

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acces a la zone dans l equation de croissance
by Sigrid Lehuta 09 Jul '13

09 Jul '13

Hola les isisiens, on avait discuté d acceder au mois courant dans l equation de repro. Eric proposait context.getSimulationControl().getStep() en precisant que ca n'est pas propre. Qu'en est il de reccuperer la zone courante (pour que l equation de croissance depende de la zone). Peut on la reccuperer? Si non j'envisage de passer par les "variables". Y a t il une doc sur leur utilisation? pouvez vous m envoyer des explications? Merci d avance. Sigrid

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '13

30 Jun '13

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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upload des résultats d'AS avec la base sur le site ISIS ?
by Loic GASCHE 17 Jun '13

17 Jun '13

Bonjour, Sur le site ISIS on peut mettre à disposition les bases utilisées pour faire les simus. Est-il aussi possible de donner accès au RData obtenu après avoir fait tourner les AS (demande de journal dans mon cas, mais peut être intéressant si des personnes s'intéressent à nos résultats mais n'ont pas le temps ou les moyens de refaire tourner les simus) ? La grosse différence est que la base ne fait que quelques ko dans mon cas alors que le RData fait environ 320 Mo, est-ce que cela peut poser problème ? Loïc

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Re: [Isis-fish-users] bug dans une regele: object list null pointer: RESOLU
by Sigrid Lehuta 13 Jun '13

13 Jun '13

Merci Jean!!!!!! je suis vraiment rouillée en JAva moi! A bientôt pour plus de bugs! Merci d'avance! Le 13 juin 2013 12:45, Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : > Bonjour, > Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... > Pourriez vous me dire quoi? > Merci! > > voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> > metNameList... > strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); > for(Strategy str : allStrategies){ > String[] vecNames = metStr.get(str); > List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(** > vecNames)); > matEffort = MatrixFactory.getInstance().**create( > "matEffort", > new List[]{metNameList,dates}, > new String[]{"Metiers","Date"}); > strMat.put(str,matEffort); > } > > -- > Sigrid LEHUTA > ~ ><> ~ > Post-doctoral research associate > Laboratoire Ressources Halieutiques > IFREMER Boulogne sur Mer > 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France > Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) > Fax : 03 21 99 56 01 > > > Membre de l'Association Française d'Halieutique > http://sirs.agrocampus-ouest.**fr/AFH/index.php/en<http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en> > > "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. > Saltelli. > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > >

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bug dans une regele: object list null pointer
by Sigrid LEHUTA 13 Jun '13

13 Jun '13

Bonjour, Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... Pourriez vous me dire quoi? Merci! voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> metNameList... strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); for(Strategy str : allStrategies){ String[] vecNames = metStr.get(str); List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(vecNames)); matEffort = MatrixFactory.getInstance().create( "matEffort", new List[]{metNameList,dates}, new String[]{"Metiers","Date"}); strMat.put(str,matEffort); } -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

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bug dans ma regle: null pointer exception
by Sigrid Lehuta 13 Jun '13

13 Jun '13

Bonjour, Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... Pourriez vous me dire quoi? Merci! voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> metNameList... strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); for(Strategy str : allStrategies){ String[] vecNames = metStr.get(str); List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(vecNames)); matEffort = MatrixFactory.getInstance().create( "matEffort", new List[]{metNameList,dates}, new String[]{"Metiers","Date"}); strMat.put(str,matEffort); } Effort_2008_2010_MixChannel.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzTFdMY2VVazVjQlU/edit?usp=drive_…> INFO|12:30:17,243|InProcessSimulatorLauncher.java|291|changeClassLoader|Classloader used for simulation: fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader@4e5cdbfd[file:/C:/Users/slehuta/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_EffortHist_2013-06-13-12-30/, file:/C:/Users/slehuta/isis-fish-4/isis-build/sim_EffortHist_2013-06-13-12-30/] INFO|12:30:17,391|InProcessSimulatorLauncher.java|203|message|Setting Cache aspects INFO|12:30:17,392|SimulationControl.java|202|setText|Setting Cache aspects INFO|12:30:18,753|DataStorage.java|164|getMemStorage|Create new memory storage for sim_EffortHist_2013-06-13-12-30 INFO|12:30:18,949|DataStorage.java|209|getStorage|Create new storage for sim_EffortHist_2013-06-13-12-30 INFO|12:30:20,132|InProcessSimulatorLauncher.java|203|message|Simulation execution INFO|12:30:20,132|SimulationControl.java|202|setText|Simulation execution INFO|12:30:20,134|SimulationContext.java|363|message|Presimulation Script execution INFO|12:30:20,135|SimulationControl.java|202|setText|Presimulation Script execution INFO|12:30:21,482|SimulationControl.java|202|setText|Rules initialisation:[rules.Effort_2008_2010_MixChannel@17a65e83] ERROR|12:30:21,871|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at java.util.Arrays$ArrayList.<init>(Unknown Source) at java.util.Arrays.asList(Unknown Source) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel.aw $original$_AW_$init$_AW_$rules_Effort_2008_2010_MixChannel(Effort_2008_2010_MixChannel.java:258) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel_1__1260650406_1714870043___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:126) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initCall(RuleAspect.java:76) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel_1__1260650406_1714870043___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel_1__1260650406_1714870043___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel.init(Effort_2008_2010_MixChannel.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:111) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|12:30:21,891|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 4.664

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Re: [Isis-fish-users] bug a janvier 0: Resolu!
by Sigrid Lehuta 12 Jun '13

12 Jun '13

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