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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2012

Dec. 31, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Mise à jour de la version de Java utilisée par ISIS-Fish (7)
by Eric Chatellier Dec. 21, 2012

Dec. 21, 2012

Bonjour, Le support du JDK 6 s'arrêtera en février 2013, les mises à jour ne seront plus assurées [1]. Nous encourageons donc les utilisateurs d'ISIS-Fish à anticiper l'arrêt de ce support et à passer à la version 7 [2]. Une prochaine mise à jour d'ISIS-Fish (probablement 4.3.x.x) imposera au minimum une version 7 pour continuer à fonctionner. Cordialement, Eric Chatellier. [1] : https://blogs.oracle.com/henrik/entry/java_6_eol_h_h [2] : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Documentation sur les règles
by Eric Chatellier Dec. 20, 2012

Dec. 20, 2012

Bonjour, J'ai ajouté un début de doc sur les règles à cette adresse: http://www.isis-fish.org/v4/user/scripts/rules.html -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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pb synchro
by Stephanie MAHEVAS Dec. 20, 2012

Dec. 20, 2012

j'ai des fichiers qui ne se synchronisent pas... merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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utilisation de context.getValue dans ISIS
by Loic GASCHE Dec. 18, 2012

Dec. 18, 2012

Bonjour, Après maintes tentatives d'utilisation de context.getValue dans une règle afin de récupérer des valeurs/TimeStep/Population définis dans une autre règle je viens lacer un appel au secours : Comment est-on sensés uriliser cette commande ? En ce qui concerne setValue on a dans l'API : setValue(String name, Object value) Permet de stocker une valeur en fonction d'une cle. Donc est-ce que ça ne permet de stocker qu'une valeur ou peut-on aussi stocker le nom d'une population ou un timestep ? Pour getValue on a : getValue(String name) Permet de recuperer une valeur prealablement stocker avec un setValue. Apparemment ça rend un "Object" ce qui tendrait à me faire dire qu'on peut stocker et retrouver n'importe quoi avec setValue et getValue et pas juste des valeurs, est-ce juste ? Autre question : Comment ISIS sait-il que le "Object" sorti par getValue est une "Population" ou un "TimeStep" ? Dans SiMatrix getVAlue est utilisé de la manière suivante : SiMatrix result = (SiMatrix) context.getValue(SiMatrix.class.getName()); ce qui ne semble pas tout à fait correspondre à ce qui est décrit dans la doc des API donc je suis un peu paumé... Il faut déjà que ISIS sache à quoi correspond "context", et apparemment le import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; au début ne suffit pas ? Il faut faire comme dans SiMatrix et rajouter protected SimulationContext context = null; ?? A quoi servent le (SiMatrix) avant context.get... et le SiMatrix au début de al ligne ? Help ? Loïc

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rule is not abstract and does not override abstract method ?
by Loic GASCHE Dec. 17, 2012

Dec. 17, 2012

Bonjour, ISIS me donne le message d'erreur suivant quand je vérifie ma règle : C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-community-database\rules\HCR_transition_MSY.java:72: rules.HCR_transition_MSY is not abstract and does not override abstract method preAction(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep,fr.ifremer.isisfish.entities.Metier) in fr.ifremer.isisfish.rule.Rule public class HCR_transition_MSY extends AbstractRule { ^ C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-community-database\rules\HCR_transition_MSY.java:167: method does not override or implement a method from a supertype @Override ^ Je ne vois pas quelle est la cause du soucis, sachant que j'ai repris la structure habituelle d'une règle. Une idée ? Deuxième question : peut-on déclarer des paramètres à saisir par l'utilisateur comme "static" ? Par exemple : public static double param_propSurvieHCR = 0; ou public static Population param_populationHCR = null; si on veut les utiliser dans une autre règle après ? Ou alors il faut les déclarer normalement et passer par le "context" pour faire communiquer les règles entre elles comme le conseille Eric (c.à.d peut-on stocker n'importe quoi avec un setValue ?) ? Loïc

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Regles TACpoids20012011TailleMin/TACpoids20012011OgiveTriMerlu
by Fabian ZIMMERMANN Dec. 17, 2012

Dec. 17, 2012

Bonjour, il y a un bug dans les règles TACpoids20012011TailleMin/TACpoids20012011OgiveTriMerlu: Si des métiers atteignent le TAC, cette information n'est pas annulé pour les prochaines ans. Ça veut dire qu'il n'y a pas un reset pour la distribution d'effort au debout d'un nouveau an et du coup les métiers qui atteignent le TAC sont exclu pour toute la simulation. Je ne trouve pas la raison pour ça, quelque une idée? merci, Fabian

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Pb passage V 4.2.1.0
by Loic GASCHE Dec. 17, 2012

Dec. 17, 2012

Bonjour, Je suis passé à la version 4.2.1.0 d'ISIS et je rencontre mes premiers soucis en tentant de faire tourner des simus : - Si je lance une nouvelle simu avec la v4.2.1.0 elle plante à Décembre 0 et me dit qu'il y a un pb dans SiMatrix à la ligne 1649 et que ça concerne le calcul de F par groupe (ce n'est pourtant pas directement ce qui est à cette ligne ?). - Si je reprends une ancienne simu qui vient de mon AS, elle tourne, le calcul de F par groupe semble juste, mais le calcul du Ftot est faux (F extrêmement faible). Pour tenter de comprendre d'où peut venir le problème j'ai voulu retourner sous la v4.1.1.0. En faisant un essai simple avec une nouvelle simu et les anciennes règles de TAC : - Si je lui dit d'utiliser DefaultSimulator_F la simu s'arrête tout se suite car impossible de charger ce script (alors qu'il est dans mon community_database) - Si je lui dit d'utiliser DefaultSimulator la simulation reste bloquée à l'étape "Exécution des scripts de Presimulation" qui semble se répéter encore et encore... Une idée de la cause de mes problèmes ? Loïc

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Utilisation d'une règle par une autre règle ?
by Loic GASCHE Dec. 17, 2012

Dec. 17, 2012

Bonjour les lutins, Une question : une règle de gestion peut-elle utiliser une autre règle de gestion ? Par exemple une règle qui va calculer la valeur d'un TAC pour une année donéne peut-elle, une fois cette valeur calculée, appeler la règle TACpoids avec cette valeur pour que le TAC calculé s'applique pour l'année en cours ? Loïc

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Capturabilité dans ISIS/ catchability notion in ISIS
by Sigrid Lehuta Dec. 11, 2012

Dec. 11, 2012

Hello, juste une mise au point (comme dirait Jackie Quartz) sur la notion de capturabilité dans ISIS (vu que j'essaie de l expliquer a mon reviewer, j'en profite). Et je redige en anglais pour prendre de bonnes habitudes. In ISIS the parameter is called capturabilité/catchability but it should be disponibilité/availability, that is to say the fish related part of catchability (Gascuel, see below). in ISIS the human related part of catchability, called global fishing power in Gascuel's paper, is handled by fishing parameters (target factors, fishing efficiency, selectivity). More accurately, disponibilité/availability of fish further decomposes into - accessibility: the presence rate on fishing grounds so it's related to spatio-temporal distribution of fish, which is explicit in ISIS and doesn't need to be accounted for using a parameter. - vulnerability: related to fish behavior. So I think ISIS's catchability is actually vulnerability. Do you agree? I am not sure those concepts are widely accepted (for instance here vulnerability is used for accessibility... http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00182344?LI=true#page-4) But should we make it clear somewhere on the website (where?) and even better cite a source clearly explaining the concepts as we use them? *hmmm and by the way, do you know a source I could cite in my paper to support my description of accessibility (I can't find the FAO tech paper)? * :-) Thanks, Sigrid Gascuel: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/pdf/136.pdf citing: Anonyme, 1979. Monitoring of fish stock abundance : the use of catch and effort data. FAO Fish. Tech. Paper. 155 : 101 p. Chadwick M., R.N. O'Boyle, 1990. L'analyse des données de captures et d'effort. In: Méthodes d'évaluation des stocks halieutiques, Brêthes J.C., R.N. O'Boyle éd., Univ. Québec à Rimouski, Vol. I et II, 77-101.

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