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VCS offciel versus Communaute
by Stephanie MAHEVAS Oct. 23, 2012

Oct. 23, 2012

c'est sûrement la 1000000000ème fois que je pose cette question mais ptitete a encore oublié la reponse. Lorsque je cree un nouveau script (rule , simulationplans, exports,.....), je le mets dans VCS Communaute ? steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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plan de simu qui plante aleatoirement
by Stephanie MAHEVAS Oct. 23, 2012

Oct. 23, 2012

Bonjour j'ai des symptomes etranges pour une calibration. Le plan de simulation que je lance plante. Mais lorsque je repete le plan il ne plante pas toujours à la meme simulation et pas pour la meme raison. Dans le debug, c'est une fois car il ne peut pas creer un vecteur, une autre car il ne peut pas acceder au resultstorage... je reste dubitative ... voici déja le debug. + la base (ci-jointe) + les regles (ci-jointe) + properties de lancement merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Exports de F (.csv) pour ISIS
by Loic GASCHE Oct. 19, 2012

Oct. 19, 2012

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regle pour soustraire aux abondances des captures connues non decrites dans le modele de flottille
by Stephanie MAHEVAS Oct. 18, 2012

Oct. 18, 2012

je voudrais m'assurer que j'ai le doit de manipuler les coordonnees comme je l'ai fait dans la postAction Eric tu peux jeter un coup d'oeil stp? et ensuite j'ai des erreurs de compile que je ne comprends pas merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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erreur dans la nouvelle regle : TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java
by Stephanie MAHEVAS Oct. 16, 2012

Oct. 16, 2012

J'ai l'impreesion qu'il y a erreur ligne 423 la variable metier devrait etre issue des semantiques? est-ce qu ej me trompe? -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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recuperer une sous matrice en sommant sur une dimension
by Stephanie MAHEVAS Oct. 16, 2012

Oct. 16, 2012

Bonjour je souhaite faire une calibration sur plusieurs annees. Je voudrais etre sure que j'utilise correctement sum.OverDim(). Est-ce que L = L.sumOverDim(0,12) permet d'avoir un cumul de L sur la dimension 0 de 0 à 11 puis de 12 à 23, ect... je mets le script ci-dessous issu de Calibration.java écrit par Sigrid (je crois?). merci STeph MatrixND L2 = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas /////*** b = indice of the first object considered /////*** c = number of object to keep after b, b included MatrixND L = L2.getSubMatrix(1,2,4).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5 // si tu veux toutes les strategies: // MatrixND L = L2; ///*** if observations are cumulated over quarter a = 3, over year a = 12, else put "//" at the beginning of the following line // L = L.sumOverDim(0,a); L = L.sumOverDim(0,12);//sum over dates L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers L = L.sumOverDim(4);// sum over zones L = L.reduce(); -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Reunion utilisateurs ISIS 6 et 7 décembre 2012 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS Oct. 11, 2012

Oct. 11, 2012

Bonjour à tous je vous rappelle que la prochaine reunion des utilisateurs/developpeurs d'ISIS aura lieu à Nantes les 6 et 7 décembre 2012. La première journée sera consacrée aux présentations (nouveautés, cas d'étude) et la deuxième journée à la programmation java pour l'adaptation ou le développement de nouveaux scripts dans ISIS. Pour s'inscrire : http://poll-o.isis-fish.org/reunion-6-et-7-decembre-2012/ La journée programmation ne sera pas véritablement un TP/formation mais plus une assistance pour lever des difficultés ou des blocages et mettre le pied à l'étrier pour les nouveaux utilisateurs. Il est envisagé d'organiser une formation collective en Java de plusieurs jours avec Code Lutin en 2013. Pour éviter de financer cette formation sur nos budgets de développements, il faudrait la faire inscrire au plan de formation de l'Ifremer. Cela suppose donc que les agents Ifremer intéressés l'affiche comme vœu de formation dès septembre lors de l'entretien individuel . Bonnes vacances ou bon retour Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] calibration / minimisation method
by Eric Chatellier Oct. 9, 2012

Oct. 9, 2012

Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit : > Salut Eric, Salut, > > j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre > base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le > script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables > pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des > bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour > tester ~4 variables. > > Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in > multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un > jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou > est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher > mieux avec Isis ? Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;) > Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante > http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization… > ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester: import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x); Par exemple. Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2012

Sept. 30, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 26, 2012

Sept. 26, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Ajout des champs groupMin/groupMax pour pouvoir calculer la mortalité totale par pêche Issue: 1530. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/489 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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