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abondance qui diminue alors qu'il n'y a pas de mortalité !
by camille de la Vega April 19, 2011

April 19, 2011

Bonjour, Je suis nouvelle stagiaire à l'ifremer de Nantes et je teste pour la première fois la "isis fish users list" ! J'ai fais une simulation sans pêche avec une mortalité naturelle nulle pour tester la croissance seule, et mes effectifs diminuent quand même. J'ai donc essayer de faire apparaître le M dans SiMatrix en rajoutant un "log.debug" pour vérifier qu'il est bien à 0 mais il n'apparaît pas dans mon log de simulation. Qu'est ce qui pourrait faire diminuer l'abondance dans les scripts alors qu'il n'y a pas de mortalité naturelle, pas de pêche et pas d'émigration ou d'immigration ? Et pourquoi le M "debugué" n'apparaît pas ? Camille

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Calibrations guidee par un plan d'analyse independent
by Jessica Andre April 17, 2011

April 17, 2011

Bonjour, J'ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j'ai probablement besoin d'un nombre plus important de simulations et d'essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu'on a ici (enfin « super », c'est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf...) pour qu'il puisse simultanément lancer mes calibrations. Du point de vue pratique, je m'y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d'analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d'analyse de calibration j'appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en -R mais pas en java... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] Simulatreur Effort by Cell
by Bastien Preuss April 14, 2011

April 14, 2011

Ok, merci Stéphanie pour cette confirmation. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : jeudi 14 avril 2011 21:01 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Simulatreur Effort by Cell Salut Bastien, oui c'est la seule difference. L'effort genere des captures en n'accedant qu'a la proportion de biomasse de la zone pop présente sur la zone effort MAIS toute la biomasse de la zone pop à la fin du pas de temps est impactee puisque la biomasse est calculee à l'echelle de toute la zone pop. Les hypotheses sous-jacentes sont essentiellement liées au comportement biologique : DefaultSimulator : la population se promène suffisamment à l'intérieur de la zone pop pour que l'on considère que toute la population passera dans le mois dans la zone d'effort. SimulatorByCell : la population est un peu plus sédentaire donc seule la partie de la pop présente dans la zone d'effort sera impactee mais à la fin du pas de temps il y a un rebrassage de toute la pop à l'echelle de la zone pop puisque l'effectif de la population sera égal à l'effectif au pas de temps precedent moins les captures dans l'intersection. Ce qui signifie que si on veut decrire un phenomene de depletion locale liée à une population completement sedentaire, il faut creer separer la zone pop en deux ( Z1 = la zone d'intersection entre la zone d'effort et la zone pop et Z2 = zone pop restante) et utiliser DefaultSimulator. a+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Je prévois dutiliser le simulateur effort by cell, mais je voulais > savoir si la seule différence avec le DefaultSimulator était > leffectif auquel sapplique leffort de pêche ? > > Merci. > > Bastien > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Simulatreur Effort by Cell
by Bastien Preuss April 14, 2011

April 14, 2011

Bonjour, Je prévois dutiliser le simulateur effort by cell, mais je voulais savoir si la seule différence avec le DefaultSimulator était leffectif auquel sapplique leffort de pêche ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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nombre de cellules d'une zone
by Bastien Preuss April 13, 2011

April 13, 2011

Bonjour, Est-il possible de récupérer le nombre de cellules (=mailles) dune zone donnée ? A partir des méthodes de Zone, jai essayé avec sizeCell(), mais sans succès. Mais peut être que je ne lutilise pas correctement Sil est possible de faire cela, merci de votre aide ! Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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copier/coller dans migration
by Bastien Preuss April 13, 2011

April 13, 2011

Bonjour, Jai bcp de zones dans ma région, et pour saisir mes coefficients de migration cest assez long ! Y aurait-il un moyen de faire un copier/coller à partir dun autre fichier (Excel par exemple), ou dimporter un .csv ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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calibration une capturabilite, deuxieme...
by Jessica Andre April 10, 2011

April 10, 2011

Bonjour, J'ai tenté de modifier le script de Sigrid pour la calibration avec un capturabilité par espèce. D'abord, quand je vérifie la syntaxe dans ISIS, ca me marque que la compilation est réussie mais avec un message : « Note: C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexOneCatchability.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details." Quand je tente la calibration, ben ca marche pas. La table Historic.csv n'apparait pas. Le debug pointe vers la ligne du script qui écrit le historic file ( org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto);). J'ai tenté d'omettre cette ligne juste pour voir si ca tournerai sans, mais la je comprends même plus le debug.... Le tout en PJ... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] paramètre utilisable dans équation
by Bastien Preuss April 10, 2011

April 10, 2011

Merci Eric, merci Sigrid, Effectivement c'est ce que j'ai pu constater en mettant des log.info dans l'équation de migration. Bonne journée. A très bientôt. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : samedi 9 avril 2011 01:10 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org; Eric Chatellier Objet : Re: [Isis-fish-users] paramètre utilisable dans équation Hello, en fait pour la migration la boucle sur les zones existe deja mais tu ne la vois pas. Ce que tu rentres dans l editeur c est l interieur d'une double boucle for(Zone departureZone: listDesZonesDeDepart){ for(Zone arrivalZone: listDesZonesDArrivee){ # le code que tu rentres dans l editeur }} C'est meme une triple boucle puisqu on boucle aussi sur les groupes d age. voici un exemple de code migration : if(group.getId() > 14 && "MigHiver".equals(departureZone.getName())){ if("gironde".equals(arrivalZone.getName()))return gir[y]; else if("Rochebonne".equals(arrivalZone.getName())) return ro[y]; else if("LandesCote".equals(arrivalZone.getName())) return lc[y]; else if("LandesLarge".equals(arrivalZone.getName())) return ll[y]; } return 0; A+ Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > Le 08/04/2011 07:17, Bastien Preuss a écrit : >> Bonjour, >> >> J'essaie d'utiliser l'éditeur d'équation pour mes migrations, je tente d'y >> faire une boucle sur les zones de départ et d'arrivée, mais il y a un petit >> truc que j'ai dû rater car ça n'accepte pas mon for. >> Comme pour la repro, je fais un for(Zone zone : departureZone){...} >> Mais j'obtiens le message d'erreur suivant: >> >> foreach not applicable to expression type for (Zone zone : departureZone){ >> >> Je Remarque que le paramètre "zones", n'est pas dans la liste en haut de >> l'éditeur, j'imagine que cela est lié. > departureZone est une simple Zone et non une collections de Zone > donc l'erreur est normale. > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] paramètre utilisable dans équation
by Bastien Preuss April 8, 2011

April 8, 2011

Bonjour, J'essaie d'utiliser l'éditeur d'équation pour mes migrations, je tente d'y faire une boucle sur les zones de départ et d'arrivée, mais il y a un petit truc que j'ai dû rater car ça n'accepte pas mon for. Comme pour la repro, je fais un for(Zone zone : departureZone){...} Mais j'obtiens le message d'erreur suivant: foreach not applicable to expression type for (Zone zone : departureZone){ Je Remarque que le paramètre "zones", n'est pas dans la liste en haut de l'éditeur, j'imagine que cela est lié. Merci de vos conseils. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : jeudi 7 avril 2011 19:00 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] paramètre utilisable dans équation Le 07/04/2011 05:52, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > je me demande sil est possible dans une équation (par exemple équation de > mortalité) dutiliser un paramètre qui nest pas dans la liste des paramètres > située en haut de la fenêtre déditeur ? > > En essayant dobtenir directement la valeur du paramètre avec > Parametre.getValue() en toute logique ça ne marche pas, mais y a t-il un > moyen de contourner cela et de tout de même pouvoir remonter jusquau > paramètre voulu ? > Salut, Ça dépend si c'est un paramètre de la simulation ou de la pêcherie (les deux sont possibles, mais pas aussi facilement). À quels paramètres en particulier veut tu accéder ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] paramètre utilisable dans équation
by Bastien Preuss April 8, 2011

April 8, 2011

Bonjour Eric, Dans un premier temps je voudrais pouvoir utiliser l'effectif N dans l'équation de migration (ça je crois que c'est déjà possible) et dans le taux de mortalité (là par contre, je crois que c'est plus compliqué). Comme dans la l'équation de repro ou je fais N.getValue(). Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : jeudi 7 avril 2011 19:00 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] paramètre utilisable dans équation Le 07/04/2011 05:52, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > je me demande sil est possible dans une équation (par exemple équation de > mortalité) dutiliser un paramètre qui nest pas dans la liste des paramètres > située en haut de la fenêtre déditeur ? > > En essayant dobtenir directement la valeur du paramètre avec > Parametre.getValue() en toute logique ça ne marche pas, mais y a t-il un > moyen de contourner cela et de tout de même pouvoir remonter jusquau > paramètre voulu ? > Salut, Ça dépend si c'est un paramètre de la simulation ou de la pêcherie (les deux sont possibles, mais pas aussi facilement). À quels paramètres en particulier veut tu accéder ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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