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Re: [Isis-fish-users] PB import région
by Bastien Preuss 29 Mar '11

29 Mar '11

Petit rectificatif, en fait j'obtiens aussi les mêmes erreurs avec la version 3.3.0.6, mais pas tout le temps. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Bastien Preuss Envoyé : mercredi 30 mars 2011 10:36 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] PB import région En fait, j'avais changé le nom de ma région pour ne pas avoir ce soucis, mais il semble qu'en réalité le nom de la région ne change pas même s'il est modifié dans l'interface... Ce qui pose effectivement le problème d'avoir déjà une base du même nom. Est-ce normal? Deuxièmement je rencontre des erreurs avec la version 3.3.0.7 que je n'ai pas sur la version 3.3.0.6 avec la même Région: 1- Je ne peux pas modifier une saison. Quand j'en sélectionne une, tous les éléments restent en grisé, puis ensuite je ne peux même plus sélectionner une autre saison. 2- J'ai voulu annuler une modification dans les zones, et j'ai eu un message d'erreur à ce moment là. Je mets le debug en PJ. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 29 mars 2011 20:23 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] PB import région Le 29/03/2011 10:57, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour > > Jessaie dimporter ma région (qui est en v3.3.0.6) sur un nouvel ordinateur > qui est en v3.3.0.7, et ça ne marche pas. Pourtant, javais déjà fait cette > manip sans soucis il y a quelques semaines. > > Je lai importée en passant par un .zip > > Je mets le debug en pj. > > Cest un pb avec ACTIVRULE non null qui existe déjà mais ça ne me > parle pas > bcp ;-) > Je pense qu'une base du même nom existe déjà dans le isisdatabase3. Essaye en la supprimant avant. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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PB import région
by Bastien Preuss 29 Mar '11

29 Mar '11

Bonjour Jessaie dimporter ma région (qui est en v3.3.0.6) sur un nouvel ordinateur qui est en v3.3.0.7, et ça ne marche pas. Pourtant, javais déjà fait cette manip sans soucis il y a quelques semaines. Je lai importée en passant par un .zip Je mets le debug en pj. Cest un pb avec ACTIVRULE non null qui existe déjà mais ça ne me parle pas bcp ;-) Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Definition du recrutement dans l'equation de reproduction
by Jessica Andre 28 Mar '11

28 Mar '11

Bonjour, Toujours sur le thème du manque de relation stock-recrutement pour mes espèces : Comment-est-ce-que je peux introduire depuis la formule de reproduction un code qui me permet d'obtenir a quel pas de temps on est dans la simulation ? Comme ca je peux dire a ISIS, si on est dans la première année de simulation, le recrutement est tant ; dans la deuxième, c'est tant, etc... Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test
by Bastien Preuss 25 Mar '11

25 Mar '11

Salut Jessica, Dans la calib l'import du fichier se fait comme cela (je mets 2 exemples): protected File exportHistoric = new File("C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/Historic. csv"); public String param_nomfichier_debarquementsBecFilet = "C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsBecFil et.csv"; Mais je ne sais pas si on peux le faire directement dans l'équation de repro...? Si tes matrices de repro sont toutes petites (comme tu avais l'air de le dire), ne peux tu pas rentrer les valeurs à la mains dans le script d'équation de repro? Bon courage. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : vendredi 25 mars 2011 08:15 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Ah OK.... Bon, java et moi on est pas encore copain mais je perds pas espoir.... J'avais en tête la même idée que Bastien (importer un fichier .csv avec les recrutement pour chaque année) mais je sais pas trop où/comment l'importer. Parce qu'avec une équation de repro nulle, la population fait pas long feu... Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Friday, 25 March 2011 7:09 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Pour cette histoire de reproduction inconnu, n'y a-t-il pas la possibilité pour Jessica de mettre à la place de l'équation une ligne de commande pour lire un fichier .csv comme lors de la calibration par exemple? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : jeudi 24 mars 2011 19:41 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Le 24/03/2011 00:58, Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > Merci pour les précisions. Je n'avais effectivement pas donne d'engin pour non metier "inactivité". > Donc j'ai relance la simu après avoir rajouté un engin et j'obtiens: > > ERROR|10:25:13,105|InProcessSimulatorLauncher.java|434|localSimulateSameThre ad|Error during simulation > java.lang.NullPointerException > at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixFishingMortality$_AW_$scripts_SiMatr ix(SiMatrix.java:578) > > donc ligne 578 du SiMatrix: > double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group); > Il n'y aurait pas de Target factor pour un des métiers, ou plutôt pas de Target factor par groupe. J'ai vérifié et ils sont tous renseignés (j'ai mis return 0; pour les espèces non ciblées par un engin). Une suggestion?! En fait non. Une NullPointerException (une joie du java) signifie la plupart du temps que vous appeler une méthode sur un objet null. Donc, dans "infoMet.getTargetFactor(group)", seul infoMet peut être null. La ligne précedente qui défini infoMet est MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month); donc, un de vos metier n'a pas de saison portant sur le mois "month". > Une autre question concernant la reproduction. J'ai 4 espèces et aucune n'a de stock-recruitement relationship établie (donc pas d'équation de reproduction, ou plutôt elle retourne 0). Il va falloir que je renseigne ISIS sur le nombre de nouveau individus produit chaque mois. Je ne suis pas sure comment faire ca (script de pre-simu je suppose mais c'est la que ca se gâte...).En fouillant sur le web, j'ai trouve ce que je cherche (je crois): l'endroit ou est créée la matrice de reproduction > > http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/fr/ifremer/isisfis h/entities/PopulationSeasonInfoImpl.html#797 > > Il est spécifié ligne 793: > * Construit la matrice de reproduction. C'est un vecteur contenant le nombre d'individu créer par la reproduction. Le vecteur est structure en zone de reproduction.* > Donc il y aurait une matrice de reproduction par population, et c'est un vecteur. Comme je n'ai qu'une zone de reproduction par espèce (composée de 10 cellules par exemple), ce serait essentiellement un vecteur de 1x1 donc un chiffre par espèce?! > Si je veux appeler cette matrice (ou plutôt la remplir), qu'elle est son nom? Matrix ND ReproductionMatrix? Ou juste ReproductionMatrix? En lisant bien le code, cette matrice est construite par évaluation de l'équation de reproduction. Donc la seule façon de la remplir est de définir l'équation de reproduction. Voici à titre d'exemple, l'équation de la base GolfeDeGascogne : double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test
by Bastien Preuss 24 Mar '11

24 Mar '11

Pour cette histoire de reproduction inconnu, n'y a-t-il pas la possibilité pour Jessica de mettre à la place de l'équation une ligne de commande pour lire un fichier .csv comme lors de la calibration par exemple? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : jeudi 24 mars 2011 19:41 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Le 24/03/2011 00:58, Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > Merci pour les précisions. Je n'avais effectivement pas donne d'engin pour non metier "inactivité". > Donc j'ai relance la simu après avoir rajouté un engin et j'obtiens: > > ERROR|10:25:13,105|InProcessSimulatorLauncher.java|434|localSimulateSameThre ad|Error during simulation > java.lang.NullPointerException > at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixFishingMortality$_AW_$scripts_SiMatr ix(SiMatrix.java:578) > > donc ligne 578 du SiMatrix: > double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group); > Il n'y aurait pas de Target factor pour un des métiers, ou plutôt pas de Target factor par groupe. J'ai vérifié et ils sont tous renseignés (j'ai mis return 0; pour les espèces non ciblées par un engin). Une suggestion?! En fait non. Une NullPointerException (une joie du java) signifie la plupart du temps que vous appeler une méthode sur un objet null. Donc, dans "infoMet.getTargetFactor(group)", seul infoMet peut être null. La ligne précedente qui défini infoMet est MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month); donc, un de vos metier n'a pas de saison portant sur le mois "month". > Une autre question concernant la reproduction. J'ai 4 espèces et aucune n'a de stock-recruitement relationship établie (donc pas d'équation de reproduction, ou plutôt elle retourne 0). Il va falloir que je renseigne ISIS sur le nombre de nouveau individus produit chaque mois. Je ne suis pas sure comment faire ca (script de pre-simu je suppose mais c'est la que ca se gâte...).En fouillant sur le web, j'ai trouve ce que je cherche (je crois): l'endroit ou est créée la matrice de reproduction > > http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/fr/ifremer/isisfis h/entities/PopulationSeasonInfoImpl.html#797 > > Il est spécifié ligne 793: > * Construit la matrice de reproduction. C'est un vecteur contenant le nombre d'individu créer par la reproduction. Le vecteur est structure en zone de reproduction.* > Donc il y aurait une matrice de reproduction par population, et c'est un vecteur. Comme je n'ai qu'une zone de reproduction par espèce (composée de 10 cellules par exemple), ce serait essentiellement un vecteur de 1x1 donc un chiffre par espèce?! > Si je veux appeler cette matrice (ou plutôt la remplir), qu'elle est son nom? Matrix ND ReproductionMatrix? Ou juste ReproductionMatrix? En lisant bien le code, cette matrice est construite par évaluation de l'équation de reproduction. Donc la seule façon de la remplir est de définir l'équation de reproduction. Voici à titre d'exemple, l'équation de la base GolfeDeGascogne : double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Question sur une simulation test
by Jessica Andre 24 Mar '11

24 Mar '11

Bonjour, Je viens de finir de paramétré ma pêcherie dans ISIS. Je n'ai pas encore calibré pour q, je voulais juste voir si ca tourne « a blanc », juste en simulant pour une de mes populations (q=1 partout pour le fun) et sans règles de gestion. Et ca ne tourne pas... Si je regarde les premières ligne du log de la simulation (Log_simugar_fail.txt) : java.lang.NullPointerException at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$stdEffortPerHour$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:1191) at scripts.SiMatrix_1__81536693_1886140710___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) .... Donc si je comprends bien, ISIS n'arrive pas a obtenir le Gear Standardisation Factor (qui est pourtant renseigné) a la ligne 1191 du Si Matrix pour calculer le stdEffortPerHour?! Que veut dire la seconde ligne et a quoi correspondent la série de chiffre ?! J'ai aussi attache le debug, au cas ou. Merci ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 18 Mar '11

18 Mar '11

Donc d'après ce que je vois dans le code, le paramètre "intervalle d'activité" dans l'onglet type de navire n'est pas utilisé non plus, c'est bien ça ? -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : jeudi 17 mars 2011 19:06 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Salut Bastien C'est exact ! bien vu. Dans l'interface TypeDeMaree, on doit saisir 1. Durée en HEURE 2. Temps minimal entre deux voyages en HEURE Dans l'interface StrategieSaisieMois, il apparait un menu deroulant avec les differents types de marées définis par les deux parametres saisis dans l'interface TypeDeMaree transformés en JOUR si la durée est >=24Heure et en HEURE sinon. Si on regarde dans l'API à TRIPTYPE, les deux parametres sont en Time unit qui est en HOUR PER DAY. Ces deux parametres sont donc bien stockées en HEURE. A+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > Merci pour ces éclaircissements. > > Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois > où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom et > deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. Ces > paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont > indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans le > cas contraire, ils sont indiqués en heures. > > A+ > > Bastien > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > Bonjour > > Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par > défaut) et des unités. > Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais > il y a sûrement encore des faiblesses. > Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE > SAISIR EN HEURES. > ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface > StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est > renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en > jour). > Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette > equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus > comment y acceder. Eric? > > > Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca > comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire > des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. > Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur > différente dans les interfaces. > Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? > Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les > renvoyer et je finaliserai une liste. > > a+ > stephanie > > Bastien Preuss a écrit : > >> Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de >> faire un report de bug aux lutins. >> >> Jenvoie ça demain après que Stéphanie et dautres aient pu faire leurs. >> >> Bastien >> >> *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* >> Dominique PELLETIER >> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 >> *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre >> de trajets] >> >> Merci Bastien, >> >> dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était >> prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties >> Dominique >> >> Bastien Preuss a écrit : >> >> Pas évident de ne pas sembrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé >> en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les >> paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on >> ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le >> manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en >> jours, mais cest bien en heures quil faut le mettre daprès les >> équations. >> >> Donc de ce coté, cest bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. >> Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas >> être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en >> modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie >> pas le nombre de trajets. >> >> Du coup léquation est plutôt : >> >> (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) >> >> Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et >> TripDurationstr,test en heures. >> >> Bastien >> >> *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] >> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 >> *À :* PREUSS >> *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de >> trajets] >> >> salut Bastien, >> >> tu as aussi été confronté à ce problème ? >> Domi >> >> >> -------- Message original -------- >> >> *Sujet: * >> >> >> >> [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets >> >> *Date: * >> >> >> >> Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 >> >> *De: * >> >> >> >> Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> >> <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >> >> *Répondre à :: * >> >> >> >> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >> >> *Pour :: * >> >> >> >> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >> <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> >> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >> >> >> >> >> >> Bonjour, >> >> Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les >> stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. >> >> Daprès larticle Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est >> défini comme : >> >> (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / >> (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) >> >> Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h >> >> Comme jai défini un metier inactivité dans mes stratégies, jai >> fixé MinNbInactDays à 0. >> >> Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour lavoir en >> heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca >> maffiche 93 trajets, cest-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le >> MinTimeBetweenTrips >> >> Pourquoi ?! Je narrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS >> fait ce calcul... >> >> Merci davance. >> >> Jess >> >> >> > **************************************************************************** > *********** > >> *Dr Jessica André* >> >> Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) >> >> Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) >> >> Marine Research Laboratories, Private Bag 49 >> >> Hobart, TAS 7001, Australia >> >> Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 >> >> Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 >> >> Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >> >> Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 >> >> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> >> >> -- >> >> >> Dominique PELLETIER >> >> Cadre de recherche Biodiversité >> >> Coordinatrice du projet PAMPA >> >> /Senior scientist/ >> >> /Head of PAMPA project/ >> >> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >> >> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >> >> Nouvelle-Calédonie >> >> Tél. (687) 285171 >> >> Fax. (687) 287857 >> >> -- >> >> Dominique PELLETIER >> >> Cadre de recherche Biodiversité >> >> Coordinatrice du projet PAMPA >> >> /Senior scientist/ >> >> /Head of PAMPA project/ >> >> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >> >> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >> >> Nouvelle-Calédonie >> >> Tél. (687) 285171 >> >> Fax. (687) 287857 >> >> ------------------------------------------------------------------------ >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> > > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Impossible de coller/importer matrice changement de groupes
by Jessica Andre 18 Mar '11

18 Mar '11

Bonjour, Y-a-t-il une raison particulière pour laquelle je ne peux pas importer d'un .csv ou coller les valeurs dans l'interface pour les matrice de changement de groupe d'une population en longueur?! A la main, c'est moins marrant, surtout quand la matrice est grande... Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 17 Mar '11

17 Mar '11

Merci pour ces éclaircissements. Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom et deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. Ces paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans le cas contraire, ils sont indiqués en heures. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Bonjour Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par défaut) et des unités. Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais il y a sûrement encore des faiblesses. Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE SAISIR EN HEURES. ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en jour). Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus comment y acceder. Eric? Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur différente dans les interfaces. Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les renvoyer et je finaliserai une liste. a+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de > faire un report de bug aux lutins. > > Jenvoie ça demain après que Stéphanie et dautres aient pu faire leurs. > > Bastien > > *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* > Dominique PELLETIER > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre > de trajets] > > Merci Bastien, > > dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était > prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties > Dominique > > Bastien Preuss a écrit : > > Pas évident de ne pas sembrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé > en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les > paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on > ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le > manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en > jours, mais cest bien en heures quil faut le mettre daprès les > équations. > > Donc de ce coté, cest bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. > Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas > être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en > modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie > pas le nombre de trajets. > > Du coup léquation est plutôt : > > (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) > > Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et > TripDurationstr,test en heures. > > Bastien > > *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] > *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 > *À :* PREUSS > *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > salut Bastien, > > tu as aussi été confronté à ce problème ? > Domi > > > -------- Message original -------- > > *Sujet: * > > > > [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets > > *Date: * > > > > Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 > > *De: * > > > > Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> > <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > *Répondre à :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > *Pour :: * > > > > isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> > <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> > > > > > > Bonjour, > > Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les > stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. > > Daprès larticle Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est > défini comme : > > (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / > (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) > > Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h > > Comme jai défini un metier inactivité dans mes stratégies, jai > fixé MinNbInactDays à 0. > > Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour lavoir en > heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca > maffiche 93 trajets, cest-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le > MinTimeBetweenTrips > > Pourquoi ?! Je narrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS > fait ce calcul... > > Merci davance. > > Jess > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > Marine Research Laboratories, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > -- > > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > -- > > Dominique PELLETIER > > Cadre de recherche Biodiversité > > Coordinatrice du projet PAMPA > > /Senior scientist/ > > /Head of PAMPA project/ > > http://wwz.ifremer.fr/pampa/ > > IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex > > Nouvelle-Calédonie > > Tél. (687) 285171 > > Fax. (687) 287857 > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 15 Mar '11

15 Mar '11

Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de faire un report de bug aux lutins. Jenvoie ça demain après que Stéphanie et dautres aient pu faire leurs. Bastien De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Dominique PELLETIER Envoyé : mardi 15 mars 2011 15:27 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci Bastien, dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties Dominique Bastien Preuss a écrit : Pas évident de ne pas sembrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en jours, mais cest bien en heures quil faut le mettre daprès les équations. Donc de ce coté, cest bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie pas le nombre de trajets. Du coup léquation est plutôt : (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et TripDurationstr,test en heures. Bastien De : Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] Envoyé : mardi 15 mars 2011 13:44 À : PREUSS Objet : [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets] salut Bastien, tu as aussi été confronté à ce problème ? Domi -------- Message original -------- Sujet: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets Date: Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 De: Jessica Andre <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> Répondre à :: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Pour :: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> Bonjour, Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. Daprès larticle Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est défini comme : (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h Comme jai défini un metier inactivité dans mes stratégies, jai fixé MinNbInactDays à 0. Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour lavoir en heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca maffiche 93 trajets, cest-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le MinTimeBetweenTrips Pourquoi ?! Je narrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS fait ce calcul... Merci davance. Jess **************************************************************************** *********** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> -- Dominique PELLETIER Cadre de recherche Biodiversité Coordinatrice du projet PAMPA Senior scientist Head of PAMPA project <http://wwz.ifremer.fr/pampa/> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex Nouvelle-Calédonie Tél. (687) 285171 Fax. (687) 287857 -- Dominique PELLETIER Cadre de recherche Biodiversité Coordinatrice du projet PAMPA Senior scientist Head of PAMPA project <http://wwz.ifremer.fr/pampa/> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex Nouvelle-Calédonie Tél. (687) 285171 Fax. (687) 287857

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