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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Jean Couteau 16 Nov '10

16 Nov '10

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas d'élément ? Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : > > J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la calibration. > J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais ça > plante après la première simu avec l?erreur suivante : > > > java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas > dans la matrice [12, 10] Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= =u5X5 -----END PGP SIGNATURE-----

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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 16 Nov '10

16 Nov '10

hello à tout hasard... est-ce qu'il ne pourrait pas s'agir d'un probleme d'indexation? En java les indices d'une matrice commence à 0 et non à 1 comme en R par exemple stephanie Bastien PREUSS <bastien.preuss(a)ifremer.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Jai un problème avec la matrice dobservation me servant à la calibration. > Jai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais ça > plante après la première simu avec lerreur suivante : > > > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:340) afterSimulation - > sommes sur les strategies, metiers et zones faites > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:353) afterSimulation - > calcul du critere > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:354) afterSimulation - > dim de L [12, 12] > > INFO [pool-2-thread-2] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:355) afterSimulation - > dim de obs [12, 10] > > ERROR [pool-2-thread-2] (SimulationService.java:919) finished - Stop > simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan > analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite > > java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas > dans la matrice [12, 10] > > > > > > Il semble donc que rien ne soit trouvé dans ma matrice de débarquement > observés, elle nest pourtant pas vide, et les bonnes dimensions ont bien > été spécifiées au début du script > > Jai recréé la matrice pour voir, mais ça ne change rien. > > > > Est-ce que lerreur pourrait venir dautre part ? > > Je mets le debug en PJ si cela peut aider. > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > >

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Pb matrice obs
by Bastien PREUSS 16 Nov '10

16 Nov '10

Bonjour, Jai un problème avec la matrice dobservation me servant à la calibration. Jai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais ça plante après la première simu avec lerreur suivante : INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:340) afterSimulation - sommes sur les strategies, metiers et zones faites INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:353) afterSimulation - calcul du critere INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:354) afterSimulation - dim de L [12, 12] INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite.java:355) afterSimulation - dim de obs [12, 10] ERROR [pool-2-thread-2] (SimulationService.java:919) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas dans la matrice [12, 10] Il semble donc que rien ne soit trouvé dans ma matrice de débarquement observés, elle nest pourtant pas vide, et les bonnes dimensions ont bien été spécifiées au début du script Jai recréé la matrice pour voir, mais ça ne change rien. Est-ce que lerreur pourrait venir dautre part ? Je mets le debug en PJ si cela peut aider. Merci. Bastien

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Pb accents dans le scipt de calibration
by Bastien PREUSS 16 Nov '10

16 Nov '10

Bonjour, Un tit problème avec les accents ! Dans le plan de calibration aux lignes 99, 396 et 429 il y a des accents, par exemple : debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv séparateur ';'"); Ils sont dans des mots entre guillemets donc ça ne pose pas directement de problèmes je pense, mais à chaque fois que l’on utilise ce script, les accents sont modifiés par d’autres caractères, par exemple : debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv sÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â©parateur ';'"); Cette opération se répétant à chaque simu, le fichier fini par grossir énormément. Je suis arrivé jusqu’à un script de calibration faisant 1.5Mo au lieu de 23K ce qui cause le plantage de ISIS, même sans lancer de simu, simplement à l’ouverture du script concerné. En remplaçant simplement les « é » par « e » ça semble résoudre le problème. A bientôt. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] Dimensions de la matrice MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_MET
by Eric Chatellier 15 Nov '10

15 Nov '10

Le 15/11/2010 16:46, Bastien PREUSS a écrit : > > Merci Eric, > > Le plan d’analyse se lance mais s’arrête après la première simu, et aucun > fichier Historic.csv n’est créé (malgré que le chemin soit bien spécifié dans > le plan). > > D’autre part il semble y avoir contradiction sur les choix des sumOverDim de > la matrice « ResultName. MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP », car > dans le plan d’analyse de la calibration les dimensions sont définies comme suit : > > L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies > > L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers > > L = L.sumOverDim(3);// sum over zones > > L = L.sumOverDim(4);// cumulated by groups > > Alors que dans le script ResultName, elles sont définies comme : > > /** > > * Matrix with five dimensions > > * Dimension 1 : Date > > * Dimension 2 : Strategy > > * Dimension 3 : Metier > > * Dimension 4 : Group > > * Dimension 5 : Zone > > */ > > Après plusieurs essais il semble que ça soit les dimensions spécifiées dans le > ResultName qui soient les bonnes. > Il me semble que ce plan d'expérience a été écrit par Sigrid. Je pense qu'elle pourra t'aider mieux que moi :) > > J’obtiens cependant toujours l’erreur : > > ERROR [pool-2-thread-4] (SimulationService.java:919) finished - Stop > simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan > analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_BCO > > java.lang.IndexOutOfBoundsException: toIndex = 12 > > A quoi cela correspond il ? > C'est l'instruction MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, 2, 4).copy(); qui n'est pas correcte, qui arrête le plan et qui n'écrit donc pas le fichier Historic.csv -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Dimensions de la matrice MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_MET
by Bastien PREUSS 15 Nov '10

15 Nov '10

Merci Eric, Le plan danalyse se lance mais sarrête après la première simu, et aucun fichier Historic.csv nest créé (malgré que le chemin soit bien spécifié dans le plan). Dautre part il semble y avoir contradiction sur les choix des sumOverDim de la matrice « ResultName. MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP », car dans le plan danalyse de la calibration les dimensions sont définies comme suit : L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers L = L.sumOverDim(3);// sum over zones L = L.sumOverDim(4);// cumulated by groups Alors que dans le script ResultName, elles sont définies comme : /** * Matrix with five dimensions * Dimension 1 : Date * Dimension 2 : Strategy * Dimension 3 : Metier * Dimension 4 : Group * Dimension 5 : Zone */ Après plusieurs essais il semble que ça soit les dimensions spécifiées dans le ResultName qui soient les bonnes. Jobtiens cependant toujours lerreur : ERROR [pool-2-thread-4] (SimulationService.java:919) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_BCO java.lang.IndexOutOfBoundsException: toIndex = 12 A quoi cela correspond il ? Bastien

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toujours le meme pb avec Caparmor....
by Stephanie MAHEVAS 15 Nov '10

15 Nov '10

Bonjour cf objet. Je joins des extraits du debug. Ilne trouve pas le parameters.properties. Pourtant cette fois ci, pas de "+"... steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... INFO [monitor-thread] (SimulationStorage.java:463) getSimulation - Try to open simulation as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2789(F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2789) ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:420) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de lire les paramêtres du fichier : F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2789\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:359) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:658) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:619) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:474) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:417) Caused by: java.io.FileNotFoundException: F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2789\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:353) ... 4 more INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:471) waitAndCheckProgression - Job as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2804 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:583) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2804 INFO [monitor-thread] (SimulationStorage.java:463) getSimulation - Try to open simulation as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2804(F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2804) ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:420) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de lire les paramêtres du fichier : F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2804\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:359) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:658) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:619) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:474) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:417) Caused by: java.io.FileNotFoundException: F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2804\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:353) ... 4 more INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:194) setText - Simulate one month INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:194) setText - Add economics results INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:583) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2927 INFO [monitor-thread] (SimulationStorage.java:463) getSimulation - Try to open simulation as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2927(F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2927) ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:420) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de lire les paramêtres du fichier : F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2927\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:359) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:658) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:619) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:474) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:417) Caused by: java.io.FileNotFoundException: F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2927\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:353) ... 4 more INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:194) setText - Téléchargement des résultats INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:194) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationStorage.java:463) getSimulation - Try to open simulation as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2966(F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2966) ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:420) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de lire les paramêtres du fichier : F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2966\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:359) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:658) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:619) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:474) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:417) Caused by: java.io.FileNotFoundException: F:\stefisis\isis-database-3\simulations\as_ICES2010_Mplus_10Pourct_152Param_2010-11-09-11-04_2966\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:353) ... 4 more INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:194) setText - Téléchargement des résultats

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Re: [Isis-fish-users] Erreur lors de la calibration
by Eric Chatellier 15 Nov '10

15 Nov '10

Le 15/11/2010 14:13, Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > Je tente toujours de faire tourner une calibration, mais sans succès, > j’obtiens la même erreur depuis vendredi… > > Est-ce quelqu’un saurait interpréter le debug ? > > Il s’agit peut être de chemins d’accès à des fichiers, mais je n’ai pas trouvé > d’où cela provenait. > Ça se produit car un des paramètres du plan n'est pas défini (null). Apparemment, on peux ne pas définir certains paramètres sur les règles (optionnel), mais sur les plans, ca plante. C'est peut être un bug. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Erreur lors de la calibration
by Bastien PREUSS 15 Nov '10

15 Nov '10

Bonjour, Je tente toujours de faire tourner une calibration, mais sans succès, jobtiens la même erreur depuis vendredi Est-ce quelquun saurait interpréter le debug ? Il sagit peut être de chemins daccès à des fichiers, mais je nai pas trouvé doù cela provenait. Merci. Bastien

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Erreur au lancement de la calibration
by bastien.preuss＠ifremer.fr 12 Nov '10

12 Nov '10

Bonjour, j'essaie de lancer une calibration de la capturabilité, mais une erreur apparait avant le lancement du plan de simulations. D'après ce que j'ai vu dans le debug la raison indiquée est: ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:721) <init> - isisfish.error.evaluate.preplan.script org.apache.commons.beanutils.ConversionException: Can't convert 'null' to org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity Mais je ne vois pas concrètement çà quoi cela fait référence. Est-ce que quelqu'un voit de quoi il s'agit? Merci? Bastien

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