- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] NA dans les indices de sensibilité de Morris
by Jean Couteau 08 Dec '10

08 Dec '10

Le 08/12/2010 14:28, Bastien PREUSS a écrit : > > Je lance un AS avec Morris, mon plan comprend 35 simu, ça tourne > parfaitement, toutes les simu se terminent, mais quand je vais voir dans les > résultats, mes indices de sensibilité ont la valeur NA partout. J’ai regardé > dans les exports .csv et dans le RData, c’est pareil. > > Y aurait-il une raison connue à cela ? Oui, la fonction Morris n'arrive pas à calculer les indices de sensibilité avec les résultats que tu lui donnes (d'après le debug, tu as bien des résultats pour toutes tes simus, mais à la sortie de la fonction morris, tu as des NA pour non calculé en gros). A première vue je dirais qu'il te faut plus de simulations pour calculer les indices de sensibilité. Stéphanie tu confirmes ? Un moyen de tester avant de lancer les simus ISIS (qui sont longues quand même :D) : Dans R, tu crées une fonction qui a n paramètres, n étant le nombre de paramètres de ton AS (exemple : X1*X2*X...*Xn) et tu lances l'AS que tu veux sur cette fonction (qui simule ton modèle ISIS). Si tu as des résultats à ton AS, c'est bon tu peux lancer la même AS dans ISIS. (Note, j'ai jamais tester cette méthode, mais ça devrais le faire normalement). Jean

2 1

NA dans les indices de sensibilité de Morris
by Bastien PREUSS 08 Dec '10

08 Dec '10

Bonjour, La recompilation des scripts à bien résolut le problème, merci Eric ! Je rencontre maintenant un problème qui ne semble pas venir directement dISIS, peut être que je fais quelque chose de travers ( ?) : Je lance un AS avec Morris, mon plan comprend 35 simu, ça tourne parfaitement, toutes les simu se terminent, mais quand je vais voir dans les résultats, mes indices de sensibilité ont la valeur NA partout. Jai regardé dans les exports .csv et dans le RData, cest pareil. Y aurait-il une raison connue à cela ? Je mets le debug en PJ au cas ou, il y a des lignes « DEBUG » que je ne comprends pas. Merci. Bastien

1 0

Re: [Isis-fish-users] Simu bloquée dans la fenêtre de progression
by Eric Chatellier 08 Dec '10

08 Dec '10

Le 07/12/2010 10:29, Bastien PREUSS a écrit : > J'ai arrêté la simu puis je l'ai relancée, elle va jusqu'au bout, mais ne > descend toujours pas. > Je mets le debug, mais je vois pas d'erreur dedans. C'est un manque de chance :) Il y a eu un changement important entre isis 3.3.0.3 et 3.3.0.4 mais tes scripts n'ont pas été recompilés pour appliquer la modification. Tu peut aller dans C:/Documents and Settings/bpreuss/isis-build et supprimer tout son contenu. Après avoir relancé Isis, il va tout recompiler et tout devrait refonctionner correctement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Simu bloquée dans la fenêtre de progression
by bastien.preuss＠ifremer.fr 07 Dec '10

07 Dec '10

Bonjour, J'ai lancé il y a plusieurs jours une AS, les simulations ont tournées, mais la dernière bien que terminée reste dans la partie haute de la fenêtre de progression. Pas moyen de l'enlever de la liste des simu, je n'arrive plus non plus à lancer d'autres simu car elles sont en attente à la queue. Ce que je trouve bizarre c'est que la simu bloquée apparait bien dans le dossier simulation de la databas3, et je peux aussi la visualiser dans la fenêtre résultats. Par contre dans mon .RData, quand je l'importe dans R, j'ai tous les objets sauf "isis.methodAnalyse", cela veut-il dire que mon plan de simu ne s'est pas complètement terminé? Je n'ai plus le debug du jour où j'avais lancé cette AS, je mets tout de même celui d'aujourd'hui en PJ, mais il n'y a pas d'erreur dedans. Merci de votre aide. Bastien

3 2

Voter pour choisir le logo d'ISIS
by Stephanie MAHEVAS 06 Dec '10

06 Dec '10

Bonjour à toute la communauté des utilisateurs/développeurs d'ISIS j'ai recueilli 14 propositions de logos. Chacun d'entre vous peut dès à présent voter pour que l'on puisse choisir enfin... le logo d'ISIS! ;-) *Clôture du vote le 15 décembre 23h59!* Les règles sont les suivantes : 1. vous classer les logos par ordre de préférence (mettre un numéro de 1 (celui que l'on préfère) à 14 sous l'image après avoir cliqué sur le lien ci-dessous) 2. vous pouvez laisser la valeur 0 pour ceux que vous jugez inadaptés Le dépouillement se ferra selon la méthode de Condorcet (http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_Condorcet) c'est à dire que ce qui importe c'est l'ordre dans lequel on classe les logos et pas la valeur que l'on y met. Vous pouvez visualiser les différents logs en cliquant sur une des images et appuyer sur le bouton next (invisible tant que l'on ne passe pas dessus avec sa souris) pour faire défiler tous les logos. Le lien pour voter est le suivant : http://pollen.chorem.org/pollen/poll/VoteFor/d7ab86d6825a41d19203466d00ba22… Bon vote à tous ! :-) Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 0

Warn dans Debug - les simus ne se alncent pas sur caparmor
by Stephanie MAHEVAS 29 Nov '10

29 Nov '10

Bonjour mes simus sont en attente de lancement sur caparmor depuis un petit bout de temps et j'ai des Warn inexplicables dans mon debug. Repertoire soit disant inexistants mais qui existent...??? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 5

Cantonnement (version 3.3.0.5)
by chirine HUSSEIN 29 Nov '10

29 Nov '10

Bonjour tous les mondes, Depuis aujourd'hui, je n'arrive pas à lancer les simulations sur ISIS-Fish version 3.3.0.5, qui plante dès le premier mois de fermeture (les mêmes simulations (14 cantonnements), je n'avais aucun problème avec les même simulation avant. En sachant qu’avec un seul cantonnement la simulation tourne bien mais avec deux cantonnements et plus les simulations s’arrêtent. Voici en PJ le contenu du log. Merci bien pour l’avance. HUSSEIN Chirine Doctorante Biologie Ecologie Tropicale et Méditerranéenne UMR 5244 CNRS-EPHE-UPVD Université de Perpignan Via Domitia, 52 Avenue Paul Alduy 66860 Perpignan Cedex, FRANCE Bureau/Office: +33 (0)4 68 66 20 55.

2 4

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier 25 Nov '10

25 Nov '10

> En effet j'ai 2 versions de Java, > l'une en 64bits: C:\\Programs Files\Java\jdk_1.6.0_21 > et l'autre en 32 bits : C:\\Programs Files (x86)\Java\jdk_1.6.0_20 > > Je ne suis pas sûr que ça soit une super idée de supprimer mon Java 64bits > vu que c'est celui qui est utilisé par défaut par toutes les autres > applications de mon ordi qui utilisent du Java... > Du coup justement, je cherchais à indiquer à Isis le chemin pour aller > chercher le Java 32bits, mais je n'ai pas trouvé... où puis-je spécifier ce > chemin? Dans le fichier "go.bat", il y a seulement "java" qui utilse le java par defaut. Tu peux le replacer par : C:\Programs Files (x86)\Java\jdk_1.6.0_20\bin\java (en laissant la suite des paramètres) -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1

Re: [Isis-fish-users] AS
by Stephanie MAHEVAS 25 Nov '10

25 Nov '10

Actuellement oui il te faut le meme nombre de modalites et en plus ce nombre doit etre un nombre premier ... Dans tous les cas ca ne marche pas pour un facteur continu. Il s'agit d'un plan factoriel. stephanie Bastien PREUSS a écrit : > Par contre j'ai un paramètre continu et les autres sont discrets... > Du coup RegularFrac n'est peut être pas adapté?! > Pour le nombre de modalités, ça dépend des facteurs. Faut-il le nombre total > de modalités ou par facteur? > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : Tuesday, November 23, 2010 5:46 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] AS > > Tu peux aussi tester ton parametrage de regularfraction directement sous > R avant de lancer la simu. > Si tu me donnes ton nombre de modalites et la resolution souhaitee je > peux te renvoyer les bonnes valeurs à mettre. > a+ > steph > > Bastien PREUSS a écrit : > >> J'ai utilisé des paramètres que Delphine avait dans une situation >> > similaire, > >> mais du coup je vais essayer de recalculer les paramètres de >> RegularFractions. >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean >> Couteau >> Envoyé : Tuesday, November 23, 2010 5:26 PM >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] AS >> >> -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- >> Hash: SHA1 >> >> >> Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : >> >> >>> Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une >>> > erreur, > >>> je ne trouve pas ce qui la provoque : >>> >>> ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get >>> scenarios from calculator >>> >>> >> En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive >> pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces >> paramètres ? >> >> Jean >> >> -----BEGIN PGP SIGNATURE----- >> Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) >> Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ >> >> iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS >> qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 >> UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO >> UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ >> hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ >> 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= >> =ItGp >> -----END PGP SIGNATURE----- >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> > > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 1

Re: [Isis-fish-users] pb AS
by Eric Chatellier 25 Nov '10

25 Nov '10

> Salut Eric, > > J'ai bien tout en 32 bits. > Pour Java je pense que c'est la bonne version car les simu sans AS et la > calibration fonctionne sans problème. C'est juste la relation avec R qui fait que tout doit être dans la même architecture. Sans R (sans AS) il n'y a pas de différences. > J'ai un petit doute cependant sur la version de java que va chercher ISIS au > moment de l'AS, car l'erreur dans le debug est: > java.lang.UnsatisfiedLinkError: C:\Documents and > Settings\bpreuss\desktop\isis-fish-3.3.0.5-bin\isis-fish-3.3.0.5\jri\jri.dll > : Can't load IA 32-bit .dll on a AMD 64-bit platform > > Il semble bien aller chercher la version 32bits de java, mais ça à l'air de > lui poser un problème avec le 64 bits... En fait non, "Can't load IA 32-bit .dll" (R) on "AMD 64-bit platform" (Java) > Surtout qu'en regardant les infos au début du debug j'ai l'info suivante: > INFO [main] (IsisFish.java:316) init - Java version: 1.6.0_21-b06 > INFO [main] (IsisFish.java:317) init - Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit > Server VM > INFO [main] (IsisFish.java:318) init - System arch: amd64 Tu es bien en 64bits pour java. Je pense que tu en a plusieurs et que c'est celle en 64bits qui est utilisée. Si vraiment tu n'utilise pas une de ces versions, essaye en la supprimant. Sinon, il faudra dire a Isis d'en utiliser une en particulier. Sous windows, de mémoire il doit y avoir java installé au endroit suivant: - C:\\Programs Files\Java\jdk_1.6.0_21 - C:\\Programs Files (x86)\Java\jdk_1.6.0_21 -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1