- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] AS
by Jean Couteau 23 Nov '10

23 Nov '10

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : > Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une erreur, > je ne trouve pas ce qui la provoque : > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get > scenarios from calculator En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces paramètres ? Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= =ItGp -----END PGP SIGNATURE-----

2 1

AS
by Bastien PREUSS 23 Nov '10

23 Nov '10

Bonjour, Je me lance dans les AS, du coup une série derreurs pointe son nez ! Je lance donc un Regular fraction, mais jobtiens dès le début une erreur, je ne trouve pas ce qui la provoque : ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get scenarios from calculator Il semble que lerreur soit provoquée à la ligne 510, mais de quel script sagit-il ? Je ne trouve pas de SimulationService.java Ou peut être DefaultSimulator ? Merci de votre aide. Bastien

1 0

AS ne se terminent pas - debug
by Delphine Rocklin 23 Nov '10

23 Nov '10

Salut ISIS j'ai finalement réussi à ouvrir l'énorme debug, et j'ai copié/collé la première et dernière partie de celui-ci dans les fichiers ci-joints. Bon la grande majorité du debug ressemble à la deuxième partie !! Merci Delph

2 6

Saga "AS qui ne se terminent pas" - 3ième épisode
by Delphine Rocklin 22 Nov '10

22 Nov '10

Salut ISIS bon ben comme pour les derniers essais, mes simus d"AS plantent....grrrrr... En fait, sur les 256 simus qui sont censées tourner, les 50 dernières bloquent. Toutes les autres ont réussi sans pb, mais pour ces 50 ou 60, il ne se passe rien. Il indique dans la fenêtre de simus "lancement sur caparmor' ou qqch du genre, mais il n'y a rien qui se lance...la barre d'avancement des simus reste blanche immaculée ! J'aimerais bien envoyer le debug, mais là il fait 3 Go....je ne peux mm pas l'ouvrir...hum hum Est-ce quelqu'un a une idée du pourquoi du comment ? Ca commence à être sacrément rageant de voir qu'à chaque fois ça bloque à 50 de la fin ! Et sinon, peut-on quand même effectuer une AS (c'est une FF) avec les simus qui ont fonctionné ou faut-il attendre nécessairement la fin de l'ensemble des simus ? Ou alors peut-être que qqun a accès à caparmor pour voir où elles en sont sur caparmor...si c'est juste un pb de retour de l'info ou si vraiment il ne se passe rien... Merci Delphine

3 6

Re: [Isis-fish-users] Calibration avec différenctiation des métiers / charger une matrice 3D
by Sigrid LEHUTA 18 Nov '10

18 Nov '10

Salut Bastien, oui bien sur c est possible ! mais la methode que je connais est un peu laborieuse accroche toi ! 1) tu crees et charges tes 3 matrices 2D matMetier0, matMetier1, matMetier2 2) tu crees une matrice 3D vide : (je mets metier en dim 2 comme dans L) int [] dimMatrix = {12,3,10}; matrixDebarquement =MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); et ensuite je pense que la seule methode c est de la remplir valeur par valeur par une boucle en allant chercher les valeurs dans les 3 matrices. for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] coco = i.getCoordinates(); if (coco[1] == 0){ i.setValue(matMetier0.getValue(coco[0],coco[2])) }else if (coco[1] == 1){ etc. Ca ca marche mais attention car l ordre des metiers 0, 1 et 2 doit etre le meme que dans la matrice L. Donc soit tu fais auparavent une boucle sur L et tu fais afficher le nom du metier et les coordonnées pour connaitre l ordre soit tu construis la matrice debarquement avec des semantics : MatrixFactory.getInstance().create( "matrixDebarquement",new List[]{dates, metiers, groups}, new String[]{"Dates","Metiers","Groups"}); où dates, metiers et groups sont des list des objets. On en reparle si tu choisis cette option ! A++ Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour, > > > > > > J’aimerais réaliser une calibration en prenant en compte les différents > métiers, c'est-à-dire sans sommer les captures sur les métiers. > > > > Pour la matrice L des captures simulées il ne semble pas problématique > de conserver la dimension correspondante aux métiers et de ne pas faire > la somme sur cette dimension (ligne 340 du script), mais concernant la > matrice des observations qui est importée au départ, comment peut ont > importer une matrice à plus de 2 dimensions ? ou à la limite importer > plusieurs matrices à 2 dimensions ? > > Dans mon script j’ai créé la matrice de la façon suivante : > > > > /////*** specify dimention of the matrix containning > observations (observed landings for instance) > > /////*** numbers of group/columns : could be equal to your > number of classes in ISIS but may also be different if your had only > aggregated data > > int nbGroup = 10; > > /////*** enter number of observation per year (if you have > observation by quarter put 4) / lines of the observations file > > int nbTrim = nbYear * 12; > > /////*** enter the number of métiers > > int nbMet = 3; > > int[] dimMatrix = {nbMet, nbTrim, nbGroup }; > > matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); > > //matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new > int[]{nbGroup}); > > // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); > > // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new > List[]{groups}); > > matrixDebarquement.importCSV(new > FileReader(debarquementsObserves), new int[] {0, 0, 0 }); > > log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); > > //db.closeContext(); > > } > > > > > > Mais je n’arrive pas à faire un import qui convienne pour fixer > « debarquementsObserves » avant, qui est créés comme suis à l’origine > dans le script : > > > > public String param_nomfichier_debarquements = "C:/Documents and > Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsMet.csv";//in > row : time ; in columns : age or length group > > protected File debarquementsObserves; > > protected MatrixND matrixDebarquement; > > > > Est-ce que quelqu’un aurait déjà fait ça, ou saurait comment faire ? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

2 1

Calibration avec différenctiation des métiers
by Bastien PREUSS 18 Nov '10

18 Nov '10

Bonjour, Jaimerais réaliser une calibration en prenant en compte les différents métiers, c'est-à-dire sans sommer les captures sur les métiers. Pour la matrice L des captures simulées il ne semble pas problématique de conserver la dimension correspondante aux métiers et de ne pas faire la somme sur cette dimension (ligne 340 du script), mais concernant la matrice des observations qui est importée au départ, comment peut ont importer une matrice à plus de 2 dimensions ? ou à la limite importer plusieurs matrices à 2 dimensions ? Dans mon script jai créé la matrice de la façon suivante : /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data int nbGroup = 10; /////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file int nbTrim = nbYear * 12; /////*** enter the number of métiers int nbMet = 3; int[] dimMatrix = {nbMet, nbTrim, nbGroup }; matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); //matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{nbGroup}); // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new List[]{groups}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves), new int[] {0, 0, 0 }); log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); //db.closeContext(); } Mais je narrive pas à faire un import qui convienne pour fixer « debarquementsObserves » avant, qui est créés comme suis à lorigine dans le script : public String param_nomfichier_debarquements = "C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsMet.cs v";//in row : time ; in columns : age or length group protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; Est-ce que quelquun aurait déjà fait ça, ou saurait comment faire ? Merci. Bastien

1 0

Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Sigrid LEHUTA 17 Nov '10

17 Nov '10

hello Bastien, pourrais tu envoyer ton script de calibration ? - pour afficher la matrice obs tu fais System.out.println("matriceObs :"+ obs); - pour le [0,10] c est normal si la matrice est 12 x 10 l'element [0,10] serait dans la 11 eme colonne or y en a pas... alors qu il existe dans la matrice L 12x12 qui est parcourue par l iterateur - maintenant pourquoi L est 12x12 ? as tu ete la regarder dans l interface de resultats ? essaie de l afficher aussi dans les logs avant et apres les sumOverDim pour voir et de la comparer a celle de l interface le pb vient surement des sumOverDim... si oui on le verrai dans le code A+ Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour Sigrid, > > Merci de ta réponse. > Justement je ne comprends pas pourquoi j'ai les 2 dimensions de L qui font > 12, car je n'ai pas 12 groupes mais 10 (d'où le 10 dans ma matrice "obs"), > ni 12 stratégies, ni 12 métiers, ni 12 zones... le seul 12 c'est le nombre > de mois! J'ai les débarquements par mois donc 12 lignes dans ma matrice > d'obs, et 10 groupes d'âge dans ma pop d’où les 10 colonnes. > > Donc je ne comprends pas 1) comment la matrice L peut faire [12;12]; 2) > pourquoi il y a une erreur lors de la lecture du première élément de ma > matrice "obs" comme s'il était vide (est-il possible de vérifier que le .csv > a été chargé correctement?). > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid > LEHUTA > Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 7:03 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs > > Si en effet, > ta matrice L a normalement autant de groupes que ta population > Donc je suppose > 1) qu il y a 12 groupes d ages dans ta pop, non ? > > si oui pourquoi seulement 10 dans les observations ?? > > 2) que tes sum sur metiers strategies etc ne soient pas faites sur les > bonnes dimensions... ce qui expliquerait que tu aie 12 elements en > dimension 2 (12 strategies, 12 metiers, 12 zones ??) au lieu de 10... > > C est possible ?? > > > > Bastien PREUSS a écrit : >> Dans le script je ne spécifie pas si le premier élément est 0 ou 1. >> Je donne le chemin d'accès de mon fichier .csv qui contient 10 colonnes et >> 12 lignes sans noms de colonnes ni de lignes, puis je dis dans le script > que >> le nombre de colonnes est 10 et le nombre de lignes 12. >> Donc à priori il ne devrait pas y avoir de problème sur le nombre de >> dimensions sur cette matrice... >> >> Je remarque que la matrice "L" fait [12,12] et la matrice "obs" fait > [12,10] >> la première correspondant aux valeurs simulées et la seconde aux valeurs >> observées, ces matrices ne devrait-elle pas être de mêmes dimensions? >> >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean >> Couteau >> Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 12:44 PM >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs >> >> -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- >> Hash: SHA1 >> >> >> Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas >> d'élément ? >> >> Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : >>> J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la >> calibration. >>> J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais >> ça >>> plante après la première simu avec l?erreur suivante : >>> >>> java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas >>> dans la matrice [12, 10] >> Jean >> >> -----BEGIN PGP SIGNATURE----- >> Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) >> Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ >> >> iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x >> /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 >> hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 >> UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 >> iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe >> gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= >> =u5X5 >> -----END PGP SIGNATURE----- >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

2 1

intitule de l onglet emigrqtion dans la 3.3.0.5
by Jessica Andre 17 Nov '10

17 Nov '10

on a remarque que dans l interface de saisie population migration, il y a 2 onglets migration en vrai l un d eux devrait etre Emigration (le troisieme) merci

2 1

Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Sigrid LEHUTA 17 Nov '10

17 Nov '10

Si en effet, ta matrice L a normalement autant de groupes que ta population Donc je suppose 1) qu il y a 12 groupes d ages dans ta pop, non ? si oui pourquoi seulement 10 dans les observations ?? 2) que tes sum sur metiers strategies etc ne soient pas faites sur les bonnes dimensions... ce qui expliquerait que tu aie 12 elements en dimension 2 (12 strategies, 12 metiers, 12 zones ??) au lieu de 10... C est possible ?? Bastien PREUSS a écrit : > Dans le script je ne spécifie pas si le premier élément est 0 ou 1. > Je donne le chemin d'accès de mon fichier .csv qui contient 10 colonnes et > 12 lignes sans noms de colonnes ni de lignes, puis je dis dans le script que > le nombre de colonnes est 10 et le nombre de lignes 12. > Donc à priori il ne devrait pas y avoir de problème sur le nombre de > dimensions sur cette matrice... > > Je remarque que la matrice "L" fait [12,12] et la matrice "obs" fait [12,10] > la première correspondant aux valeurs simulées et la seconde aux valeurs > observées, ces matrices ne devrait-elle pas être de mêmes dimensions? > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean > Couteau > Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 12:44 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs > > -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- > Hash: SHA1 > > > Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas > d'élément ? > > Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : >> J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la > calibration. >> J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais > ça >> plante après la première simu avec l?erreur suivante : >> > >> java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas >> dans la matrice [12, 10] > > Jean > > -----BEGIN PGP SIGNATURE----- > Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) > Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ > > iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x > /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 > hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 > UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 > iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe > gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= > =u5X5 > -----END PGP SIGNATURE----- > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

2 1

Re: [Isis-fish-users] Pb accents dans le scipt de calibration
by Eric Chatellier 16 Nov '10

16 Nov '10

Le 16/11/2010 12:01, Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > > > Un tit problème avec les accents ! > > > > Dans le plan de calibration aux lignes 99, 396 et 429 il y a des accents, par > exemple : debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv > séparateur ';'"); > > Ils sont dans des mots entre guillemets donc ça ne pose pas directement de > problèmes je pense, mais à chaque fois que l’on utilise ce script, les accents > sont modifiés par d’autres caractères, par exemple : > > debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv > sÃƒÆ’Ã†â€™Ãƒâ€šÃ‚Â©parateur ';'"); > > > > > > Cette opération se répétant à chaque simu, le fichier fini par grossir > énormément. Je suis arrivé jusqu’à un script de calibration faisant 1.5Mo au > lieu de 23K ce qui cause le plantage de ISIS, même sans lancer de simu, > simplement à l’ouverture du script concerné. > > En remplaçant simplement les « é » par « e » ça semble résoudre le problème. > oui, c'est un bug. Je le supprimerais plus tard, mais il faut que je fasse des tests sur caparmor (ca a été fait pour lui à l'origine). En attendant, le mieux est de ne pas mettre d'accent. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

2 1