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bug simu ISIS 4.3.1.0
by Loic GASCHE 21 Oct '14

21 Oct '14

Bonjour, Je tente de faire des simus sous la version 4.3.1.0 d'ISIS, dans tous les cas (ancienne simu, nouvelle simu sans règles avec juste 2 espèces) la simu plante en décembre 0 et j'ai les éléments suivants dans le debug: INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>ERROR [SimThread sim_test_7DV11_4310_base_2014-10-06-17-56] (InProcessSimulatorLauncher.java:484) localSimulateSameThread - Error during simulation INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:Sole_7D Group 0 in [fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527366#0.9694061162266924:Sole_7D Group 0, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527366#0.701181986476046:Sole_7D Group 1, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.297053332257443:Sole_7D Group 2, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.41845975005061276:Sole_7D Group 3, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.4617100438175895:Sole_7D Group 4, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.7751185314640228:Sole_7D Group 5, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527398#0.7608148379295032:Sole_7D Group 6, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527413#0.9116062411270588:Sole_7D Group 7, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527413#0.9934439528339516:Sole_7D Group 8, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527413#0.1597456549667967:Sole_7D Group 9, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527429#0.4978425245163256:Sole_7D Group 10, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527429#0.5770786376125724:Sole_7D Group 11] INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:308) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:281) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:353) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:361) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup_aroundBody100(SiMatrix.java:1617) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.SiMatrix$AjcClosure101.run(SiMatrix.java:1) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup(SiMatrix.java:1577) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:501) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> INFO [SimThread sim_test_7DV11_4310_base_2014-10-06-17-56] (InProcessSimulatorLauncher.java:513) localSimulateSameThread - Simulation time: 67.988 INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>--- Cache Statistiques --- WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:555) checkProgression - Simulation exception : java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:Sole_7D Group 0 in [fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527366#0.9694061162266924:Sole_7D Group 0, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527366#0.701181986476046:Sole_7D Group 1, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.297053332257443:Sole_7D Group 2, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.41845975005061276:Sole_7D Group 3, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.4617100438175895:Sole_7D Group 4, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527382#0.7751185314640228:Sole_7D Group 5, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527398#0.7608148379295032:Sole_7D Group 6, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527413#0.9116062411270588:Sole_7D Group 7, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527413#0.9934439528339516:Sole_7D Group 8, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527413#0.1597456549667967:Sole_7D Group 9, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527429#0.4978425245163256:Sole_7D Group 10, fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup#1385455527429#0.5770786376125724:Sole_7D Group 11] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:308) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:281) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:353) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:361) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup_aroundBody100(SiMatrix.java:1617) at scripts.SiMatrix$AjcClosure101.run(SiMatrix.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup(SiMatrix.java:1577) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:501) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) Je n'ai pas trop suivi les évolutions récentes d'ISIS donc j'ai un peu de mal à trouver la source du problème. En particulier, la façon dont sont définis les groupes pop à-t-elle changé ? Loïc

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Lancement de plans d'optim sous 4.3.1.1
by Audric VIGIER 20 Oct '14

20 Oct '14

Bonjour, J'ai un souci pour lancer des plans d'optimisation sur Caparmor. Je viens d'en lancer 2, et souhaite en faire tourner 16. Le problème, c'est qu'à partir du 3ème plan, lorsque je veux lancer un plan, le plan est directement en bas dans l'interface des simus, et n'est pas lancé. J'ai mis un morceau de debug intéressant en PJ. J'ai tenté l'expérience en relançant un des 2 plans qui tourne déjà en guise de 3ème plan, et là non plus le plan n'est pas lancé. Donc mes inputs, simus, regions, scripts ne sont pas à mettre en cause a priori. Qu'est-ce qui peut bien provoquer cette erreur? C'est dommage, car la semaine dernière j'ai pu faire tourner 16 plans sur Caparmor sans encombre avec cette version d'ISIS... Audric INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:359) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isis-sim_Delta5StageRecuitSimule10paramSCE_2014-10-20-11-32_74133231834388736394.zip INFO [pool-3-thread-6] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_Delta5StageRecuitSimule10paramSCE_2014-10-20-11-32_7 INFO [pool-3-thread-6] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-6] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-6] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-6] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-6] (SSHSimulatorLauncher.java:715) uploadSimulation - Creating remote temp directory (if not exists) /home1/caparmor/avigier/isis-tmp/ INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - backup database en cours INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - backup database terminé INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - Compilation des scripts INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - Temps de compilation 0.435s INFO [pool-3-thread-7] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_ESSAIDelta2_3RecuitSimule10paramSCE_2014-10-20-11-42 ERROR [pool-3-thread-7] (OptimizationPrepareJob.java:159) run - isisfish.error.evaluate.optimization.script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:98) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) WARN [pool-3-thread-7] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_ESSAIDelta2_3RecuitSimule10paramSCE_2014-10-20-11-42 fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: isisfish.error.evaluate.optimization.script at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:161) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:98) ... 4 more INFO [pool-3-thread-6] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [pool-3-thread-6] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Attente du démarrage de la simulation INFO [pool-3-thread-6] (SimulationControl.java:206) setText - Attente du démarrage de la simulation INFO [pool-3-thread-6] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [pool-3-thread-6] (SimulationMonitor.java:365) simulationStart - Saving simulation sim_Delta5StageRecuitSimule10paramSCE_2014-10-20-11-32_7 as started

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Utiliser ISIS 4.3.0.1 sur Caparmor sans remplir mon disque dur de fichiers inutiles?
by Audric VIGIER 09 Oct '14

09 Oct '14

Bonjour, J'ai un souci de taille en utilisant ISIS sur Caparmor. Depuis quelques jours, je fais tourner des plans d'optimisations sur Caparmor sans réel souci, sans m'arrêter. Pour être sûr que le disque dur de mon PC ne soit pas saturé de simulations, j'ai modifié .config\isis-fish-4 (PJ) afin que toutes les simulations soient stockées sur un disque dur externe. Ca ne résoud bien sûr pas le souci des simulations téléchargées inutilement (j'aimerai ne pas du tout les stocker), mais j'ai quand même noté qu'elles sont bien plus légères que sous la V 4.2 ce qui m'a permis de faire beaucoup de plans d'optim. Et elles sont stockées sur mon DDE, la manip marche, les simus se font. Le vrai problème, c'est que le disque dur de mon PC est tout de même bourré de fichiers inutiles (il y en a 80 Go, C:\ est plein à craquer et mon PC devient tellement pénible à utiliser qu'il lag quand je rédige ce mail). Les simulatoins sont effectivement stockées sur un DD externe, mais C:\Users\AppData\Local\Temp est plein de fichiers .properties et de .zip de simulations et de résultats, dont je ne ferai rien et que je ne voulais surtout pas voir sur mon PC! Quelques exemples de noms : simulation-results3318048850457857059.zip isis-sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ans10FOP12_2014-10-02-17-34_6872209626273347526092.zip, i.e. isis-[nom_simu]2209626273347526092.zip isis-fish-param7853614144062361959.properties Maintenant que C:\ est plein de chez plein, le téléchargement des simus Caparmor s'est arrêté. Je vais envoyer tous les fichiers inutiles à la corbeille pour que tout reparte, mais le problème va se reproduire.... Comment faire pour éviter ça? Audric #Last saved Mon Oct 06 17:12:43 CEST 2014 #Mon Oct 06 17:12:43 CEST 2014 backup.directory=G\:\\isis-fish-4\\isis-backup community.database.directory=G\:\\isis-fish-4\\isis-community-database compilation.directory=G\:\\isis-fish-4\\isis-build database.directory=G\:\\isis-fish-4\\isis-database default.export.names= javadoc.directory=G\:\\isis-fish-4\\isis-docs monitoring.directory=G\:\\isis-fish-4\\isis-monitoring simulation.ssh.control.check.interval=120 simulation.ssh.datapath=isis-fish-4/isis-database simulation.ssh.isis.home=/home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.3.1 simulation.ssh.javapath430=/home3/caparmor/poussin/jdk7/bin/java simulation.ssh.max.memory=2000M simulation.ssh.max.threads=17 simulation.ssh.pbsbinpath=/usr/pbs/bin simulation.ssh.pbsqsuboptions=-m n simulation.ssh.server=caparmor-sftp simulation.ssh.tmppath=isis-tmp simulation.ssh.userhome=/home1/caparmor/avigier simulation.ssh.username=avigier ssh.key.file=C\:\\Users\\avigier\\.ssh\\isis_rsa

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ISIS 4310 simu bloquée à "préparation de la simulation"
by Loic GASCHE 08 Oct '14

08 Oct '14

Après d'autres essais avec des simus très simples et ma base, je n'arrive même plus lancer la simulation. Celle-ci reste en phase "préparation de la simulation" et rien ne se passe. Il semble y avoir des problèmes avec certains scripts, mais ça ne ressemble pas à nos erreurs bloquantes habituelles. Une idée ? Loïc

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Souci de connexion à Caparmor avec ISIS 4.3.0.1
by Audric VIGIER 01 Oct '14

01 Oct '14

Bonjour, Raconter mes soucis sur la mailing-list me manquait tant que je m'y remets! Je viens d'arriver sur une nouvelle machine, je viens d'installer les dernières versions d'ISIS et Java (7.67). Aucun souci pour exécuter ISIS, faire une simulation en local, importer de vieilles simus. Ça se gâte quand je veux faire une simu sur Caparmor, puisque je ne peux même pas m'y connecter via ISIS("Connexion impossible (Auth fail)"; voir config + debug en PJ). C'est la même chose avec caparmor-sftp, service7 et service13. Pourtant, j'ai bien généré une clé SSH en local, et quand je me connecte à Caparmor via Cygwin, mes identifiants sont toujours bons et je peux me connecter. Qu'est-ce qui coince? Audric INFO [main] (IsisFish.java:132) main - Starting Isis-Fish 4.3.1.0 with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:133) main - Date: 01/10/14 11:56 INFO [main] (IsisFish.java:134) main - Java version: 1.7.0_67-b01, Java HotSpot(TM) Client VM INFO [main] (IsisFish.java:135) main - Plaform/arch: Windows Vista/x86 INFO [main] (IsisFish.java:136) main - R_HOME: null INFO [main] (IsisFish.java:137) main - PATH: C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem INFO [main] (IsisFish.java:343) initVCS - Check state of local repository: C:\Users\avigier\isis-fish-4\isis-database INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:231) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-community INFO [main] (VCSSVN.java:231) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-community INFO [main] (IsisFish.java:166) main - after init done in 5.292. INFO [Thread-4] (CronService.java:84) run - Starting 1 registered services INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for dans un sous processus INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for sur le serveur Caparmor INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for dans le même processus INFO [AWT-EventQueue-0] (IsisTray.java:117) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationStorage.java:596) getSimulation - Try to open simulation sim_Realite10param_2014-04-03-11-07(C:\Users\avigier\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Realite10param_2014-04-03-11-07) INFO [AWT-EventQueue-0] (RegionStorage.java:238) getRegion - Try to open region GolfeDeGascogneEcoMod_EC2010(C:\Users\avigier\isis-fish-4\isis-database\regions\GolfeDeGascogneEcoMod_EC2010) INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:324) loadOldSimulation - No xml design plan file found INFO [AWT-EventQueue-0] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for GolfeDeGascogneEcoMod_EC2010 INFO [AWT-EventQueue-0] (SSHLauncherConfigAction.java:279) testSSHConfiguration - Ssh key found 'C:\Users\avigier\.ssh\isis_rsa' will be used to connect to ERROR [AWT-EventQueue-0] (SSHLauncherConfigAction.java:330) testSSHConfiguration - Can't connect com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at com.jcraft.jsch.Session.connect(Session.java:512) at fr.ifremer.isisfish.ui.config.SSHLauncherConfigAction.testSSHConfiguration(SSHLauncherConfigAction.java:307) at fr.ifremer.isisfish.ui.config.SSHLauncherConfigUI.doActionPerformed__on__testButton(SSHLauncherConfigUI.java:507) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) at com.sun.proxy.$Proxy3.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - backup database en cours INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - backup database terminé INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - Compilation des scripts INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:206) setText - Temps de compilation 1.345s INFO [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 INFO [pool-3-thread-1] (SimulationMonitor.java:365) simulationStart - Saving simulation sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 as started WARN [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 java.rmi.RemoteException: Username is empty at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:280) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:302) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) INFO [pool-3-thread-2] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 WARN [pool-3-thread-2] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 java.rmi.RemoteException: Username is empty at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:280) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:302) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) INFO [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 WARN [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 java.rmi.RemoteException: Username is empty at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:280) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:302) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) INFO [pool-3-thread-2] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 WARN [pool-3-thread-2] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 java.rmi.RemoteException: Username is empty at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:280) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:302) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) INFO [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 WARN [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 java.rmi.RemoteException: Username is empty at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulate(SSHSimulatorLauncher.java:280) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:302) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:543) openSSHSession - Try to log on @caparmor-sftp:22 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:551) openSSHSession - Ssh key found 'C:\Users\avigier\.ssh\isis_rsa' will be used to connect to ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:564) checkProgression - Progression thread update error java.rmi.RemoteException: Can't connect; nested exception is: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.updateControl(SSHSimulatorLauncher.java:360) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.checkProgression(SimulationMonitor.java:531) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:470) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at com.jcraft.jsch.Session.connect(Session.java:512) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.openSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:585) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.getSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:506) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.updateControl(SSHSimulatorLauncher.java:358) ... 3 more INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:543) openSSHSession - Try to log on @caparmor-sftp:22 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:551) openSSHSession - Ssh key found 'C:\Users\avigier\.ssh\isis_rsa' will be used to connect to ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:564) checkProgression - Progression thread update error java.rmi.RemoteException: Can't connect; nested exception is: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.updateControl(SSHSimulatorLauncher.java:360) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.checkProgression(SimulationMonitor.java:531) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:470) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at com.jcraft.jsch.Session.connect(Session.java:512) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.openSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:585) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.getSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:506) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.updateControl(SSHSimulatorLauncher.java:358) ... 3 more INFO [AWT-EventQueue-0] (QueueAction.java:90) stopSimulation - User stop simulation sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 INFO [AWT-EventQueue-0] (QueueAction.java:90) stopSimulation - User stop simulation sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 INFO [pool-3-thread-2] (SimulationJob.java:204) run - Not start simulation sim_essaiCaparmor_2014-10-01-11-58 because user ask stop INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:543) openSSHSession - Try to log on @caparmor-sftp:22 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:551) openSSHSession - Ssh key found 'C:\Users\avigier\.ssh\isis_rsa' will be used to connect to ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:564) checkProgression - Progression thread update error java.rmi.RemoteException: Can't connect; nested exception is: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulationStopRequest(SSHSimulatorLauncher.java:223) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.checkProgression(SimulationMonitor.java:528) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:470) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at com.jcraft.jsch.Session.connect(Session.java:512) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.openSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:585) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.getSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:506) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulationStopRequest(SSHSimulatorLauncher.java:220) ... 3 more INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:543) openSSHSession - Try to log on @caparmor-sftp:22 INFO [monitor-thread] (SSHSimulatorLauncher.java:551) openSSHSession - Ssh key found 'C:\Users\avigier\.ssh\isis_rsa' will be used to connect to ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:564) checkProgression - Progression thread update error java.rmi.RemoteException: Can't connect; nested exception is: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulationStopRequest(SSHSimulatorLauncher.java:223) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.checkProgression(SimulationMonitor.java:528) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:470) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: com.jcraft.jsch.JSchException: Auth fail at com.jcraft.jsch.Session.connect(Session.java:512) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.openSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:585) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.getSSHSession(SSHSimulatorLauncher.java:506) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SSHSimulatorLauncher.simulationStopRequest(SSHSimulatorLauncher.java:220) ... 3 more

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15-1 6 décembre 2014 - Reunion annuelle des utilisateurs
by Stephanie MAHEVAS 01 Oct '14

01 Oct '14

Bonjour à tous *Attention changement de date et changement de formule** ** ** **la réunion des utilisateurs ISIS se** **déroulera à Nantes les 15 et 16 décembre Salle 7**.* Au programme : lundi 15/12: revue des nouveautés et corrections de bug - bilan des applications - evolutions à venir, questions diverses, budget, projets mardi 16/12 : seminaire modelisation avec les modelisateurs halieutes d'Ifremer Cet atelier a pour objectif de nous réunir autour de questions méthodo (Optimisation, Estimation intégrée, Couplage et autres si suggestions) pour 1) faire un bilan d'avancement des différents modèles (Atlantis, Osmose, IAM, EcoMars, Marxan et ISIS) 2) réflechir à la perspective d'une collaboration sur un appel d'offre à venir et 3) partager nos expériences sur ces questions méthodo Si vous avez des suggestions ou requêtes particulières, n'hésitez pas à nous en faire part! Merci de confirmer votre participation en remplissant le doodle : http://doodle.com/32tx8ppidcisqqe9 Bonnes vacances d'été Sigrid et Stéphanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '14

30 Sep '14

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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(sans objet)
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 11 Sep '14

11 Sep '14

j ai un soucis apres avoir deplacer le repertoire isis-fish-4, isis ne s ouvre plus ... merci ! INFO [main] (IsisFish.java:132) main - Starting Isis-Fish 4.3.0.1 with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:133) main - Date: 11/09/14 12:11 INFO [main] (IsisFish.java:134) main - Java version: 1.7.0_09-b05, Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:135) main - Plaform/arch: Linux/amd64 INFO [main] (IsisFish.java:136) main - R_HOME: null INFO [main] (IsisFish.java:137) main - PATH: /usr/local/bin:/usr/bin:/bin INFO [main] (IsisFish.java:343) initVCS - Check state of local repository: /media/Cachalot/isis-fish-4/isis-database INFO [main] (IsisFish.java:375) initVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:231) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data WARN [main] (IsisFish.java:159) main - Error during vcs initialisation fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSException: Impossible de mettre à jour at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.checkout(VCSSVN.java:542) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initVCS(IsisFish.java:389) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:155) Caused by: org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: E204899: Unable to make directories at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:64) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:51) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNFileUtil.ensureDirectoryExists(SVNFileUtil.java:1540) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgAbstractUpdate.checkout(SvnNgAbstractUpdate.java:782) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgCheckout.run(SvnNgCheckout.java:16) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgCheckout.run(SvnNgCheckout.java:10) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgOperationRunner.run(SvnNgOperationRunner.java:20) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.SvnOperationRunner.run(SvnOperationRunner.java:20) at org.tmatesoft.svn.core.wc2.SvnOperationFactory.run(SvnOperationFactory.java:1149) at org.tmatesoft.svn.core.wc2.SvnOperation.run(SvnOperation.java:294) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNUpdateClient.doCheckout(SVNUpdateClient.java:777) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.checkout(VCSSVN.java:529) ... 2 more INFO [main] (IsisFish.java:166) main - after init done in 1.552. INFO [Thread-3] (CronService.java:84) run - Starting 1 registered services ERROR [Thread-4] (IsisFish.java:673) uncaughtException - Global application exception java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.cron.RemoveOldFileTask.removeMonitoredSimulations(RemoveOldFileTask.java:79) at fr.ifremer.isisfish.cron.RemoveOldFileTask.run(RemoveOldFileTask.java:63) at java.lang.Thread.run(Thread.java:722) INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 6 thread for dans un sous processus INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for sur le serveur Caparmor INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for dans le même processus INFO [AWT-EventQueue-0] (IsisTray.java:117) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:152) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:140) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:395) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:433) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.setListSimulResultChooseModel(ResultChoiceUI.java:113) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.refresh(ResultChoiceUI.java:104) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$afterCompleteSetup(ResultChoiceUI.java:97) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$completeSetup(ResultChoiceUI.java:386) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$initialize(ResultChoiceUI.java:418) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.<init>(ResultChoiceUI.java:163) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createResultChoiceUI(SimulUI.java:323) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:364) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.<init>(SimulUI.java:157) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:395) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:433) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:152) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:140) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSensitivityUI(WelcomeTabUI.java:383) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:434) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.setListSimulResultChooseModel(ResultChoiceUI.java:113) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.refresh(ResultChoiceUI.java:104) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$afterCompleteSetup(ResultChoiceUI.java:97) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$completeSetup(ResultChoiceUI.java:386) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$initialize(ResultChoiceUI.java:418) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.<init>(ResultChoiceUI.java:163) at fr.ifremer.isisfish.ui.sensitivity.SensitivityUI.createResultChoiceUI(SensitivityUI.java:317) at fr.ifremer.isisfish.ui.sensitivity.SensitivityUI.$initialize(SensitivityUI.java:370) at fr.ifremer.isisfish.ui.sensitivity.SensitivityUI.<init>(SensitivityUI.java:155) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSensitivityUI(WelcomeTabUI.java:383) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:434) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) ERROR [AWT-EventQueue-0] (IsisFish.java:673) uncaughtException - Global application exception java.lang.NullPointerException: Null child not allowed at javax.swing.tree.TreePath.pathByAddingChild(TreePath.java:327) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.setParent(VariableHeightLayoutCache.java:1064) at javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode.insert(DefaultMutableTreeNode.java:186) at javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode.add(DefaultMutableTreeNode.java:409) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.expand(VariableHeightLayoutCache.java:1485) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.expand(VariableHeightLayoutCache.java:1287) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache.rebuild(VariableHeightLayoutCache.java:742) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache.setModel(VariableHeightLayoutCache.java:108) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.setModel(BasicTreeUI.java:411) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.propertyChange(BasicTreeUI.java:3394) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(PropertyChangeSupport.java:335) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(PropertyChangeSupport.java:327) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(PropertyChangeSupport.java:263) at java.awt.Component.firePropertyChange(Component.java:8382) at javax.swing.JTree.setModel(JTree.java:879) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.$completeSetup(ScriptUI.java:1448) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.$initialize(ScriptUI.java:1571) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.<init>(ScriptUI.java:213) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:440) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) -- Sigrid Lehuta Post doctoral research associate Ifremer Boulogne sur mer contact : slehuta(a)ifremer.fr Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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(Urgent) stoquer dans le context de la next simulation ds un simulationPlan
by Sigrid Lehuta 10 Sep '14

10 Sep '14

Ca ne fonctionne pas. Voila comment j'ai fait, mais je vais appeler de suite pour avoir la solution car j'ai plus le temps de chercher. dans mon plan : nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("epsSRSole",epssol); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("epsSRPlaice",epsple); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("epsSRRedMullet",epsmur); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("migSole",migsol); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("migPlaice",migple); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("migRedMullet",migmur); dans l init d une regle: String tmp0 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("epsSRSole"); double [] epssol = StringUtil.toArrayDouble(tmp0.split(";")); String tmp1 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("epsSRPlaice"); double [] epsple = StringUtil.toArrayDouble(tmp1.split(";")); String tmp2 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("epsSRRedMullet"); double [] epsmur = StringUtil.toArrayDouble(tmp2.split(";")); String tmp3 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("migSole"); double [] migsol = StringUtil.toArrayDouble(tmp3.split(";")); String tmp4 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("migPlaice"); double [] migple = StringUtil.toArrayDouble(tmp4.split(";")); String tmp5 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("migRedMullet"); double [] migmur = StringUtil.toArrayDouble(tmp5.split(";")); context.setValue("epsSRSole",epssol); context.setValue("epsSRPlaice",epsple); context.setValue("epsSRRedMullet",epsmur); context.setValue("migSole",migsol); context.setValue("migPlaice",migple); context.setValue("migRedMullet",migmur); dans mes equations: if(context.getValue("epsSR"+pop.getName()) != null){ Object[] epslist = (Object[])context.getValue("epsSR"+pop.getName()); eps = (Double) epslist[y-3]; System.out.println("eps repro"+eps); }else eps = 0; // N(0,0.16) if (y>2 && context.getValue("mig"+pop.getName()) != null){ Object[] miglist = (Object[])context.getValue("mig"+pop.getName()); y = (int)miglist[y-3]; System.out.println("migration y="+y); } Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.MigrationEquation.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,org.nuiton.math.matrix.MatrixND,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone) throws java.lang.Exception' for class formules.MigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370351884680_0_28760183076366463 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:369) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:249) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:75) ... 12 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor107.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:366) ... 14 more Caused by: java.lang.ClassCastException: [D cannot be cast to [Ljava.lang.Object; at formules.MigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370351884680_0_28760183076366463.compute(MigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370351884680_0_28760183076366463.java:10) Le 9 septembre 2014 17:01, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > hmm pas simple > > > je stocke des array sous forme de string, que je vais repasser en string > dans des equations de la DB. > J'ai besoin de la methode StringUtil.toArrayDouble > comment y ai je acces ds une equation? > > merci ! > > > Le 9 septembre 2014 15:03, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a > écrit : > > Le 09/09/2014 11:24, Sigrid Lehuta a écrit : >> > Hello, >> > dans un plan de simulation je veux en pré-simulation stoquer des >> valeurs dans >> > le context de la prochaine simu. (pour que ca soit accessible pendant >> la simu >> > en faisant context.getValue("blabla")) >> Le SimulationContext n'existe que si une simulation est en cours, donc ce >> n'est >> pas possible via ce contexte. >> >> La seule façon que je vois est de passer par les paramètres de simulation >> et la >> Map "tagValue". >> >> Dans ton plan: >> Map<String, String> tagValues = new HashMap<String, String>(); >> tagValues.put("key1", "value1"); >> params.setTagValue(tagValues); >> >> Et ensuite, dans la simulation: >> SimulationParameter params = >> context.getSimulationStorage().getParameter(); >> String value = params.getTagValue().get("key1"); >> >> -- >> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> > >

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matrix.getValue(int, object)
by Sigrid Lehuta 09 Sep '14

09 Sep '14

hello j ai repris un ancien code dans lequel on reccuperait les valeurs d'une matrice qui n avait de semantics que pour la dimension 1. voila le code de creation matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber}); matrix.importCSV(new FileReader(new File(param_directory, MATRIX + ".txt")), new int[]{0,0}); matrix.setSemantic(1, Arrays.asList(new String[]{HCR,MLSsol,MLSple,TAC,GRAVITY,EPSsol,EPSple,EPSmur,MIGsol,MIGple,MIGmur,FUELprice})); plus tard (ligne 239/181) j'appelle matrix.getValue(0,HCR) et j'ai l'erreur Caused by: java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:0 in [null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:308) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:281) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:353) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:366) at simulationplans.PlanSocioec.getRule(PlanSocioec.java:181) at simulationplans.PlanSocioec.beforeSimulation(PlanSocioec.java:239) J'ai fait afficher la matrice qui est bien ce qu elle doit etre. est ce qu avant ca marchait mais plus maintenant d'appeler une valeur par un int et un semantic ou c'est autre chose ? si c est ca, comment je lui mets 0:100 comme semantic de la dimension 0? Merci

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