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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '14

31 Mar '14

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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durée de la règle TailleMin ?
by Loic GASCHE 25 Mar '14

25 Mar '14

Bonjour, En regardant le fichier "information" dune de mes dernières simus je me suis rendu compte que la ligne ruleTime.post.TailleMin avait une valeur environ 100 fois plus élevée que les autres. Cela signifie-t-il que le temps nécessaire pour faire la postAction de la règle TailleMin a effectivement été 100 fois plus élevé que pour faire n'importe quelle autre partie de n'importe quelle autre règle ? Si c'est le cas, n'est-ce pas étrange ? Cette règle ne fait pas partie des plus compliquées créées et la postAction semble essentiellement consister en la mise à jour des valeurs d'une matrice. Loïc

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Re: [Isis-fish-users] plantage simulateur par cellule
by Eric Chatellier 20 Mar '14

20 Mar '14

Le 10/03/2014 17:42, Yves Reecht a écrit : > Salut, > > Voici les bases et paramètres de simulation. > Dis moi s'il te faut davantage d'infos. > > J'ai mis les paramètres avec les règles TACs2008-2011 + HCR transition MSY, > mais le problème reste le même sans règle. Les deux bases tournent correctement mais demande pas mal de mémoire pendant qu'elle tourne. Et finalement, tu les lances comme comme Loic les lance ? Il ne semble pas y avoir de spécificité, donc ça me ferais plus penser un problème ailleurs. Combien ton ordinateur a-t-il de mémoire ram au total ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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plantage simulateur par cellule
by Yves Reecht 10 Mar '14

10 Mar '14

Bonjour à tous, Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut. Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? Je joins le log et les paramètres de simu. Merci d'avance, Yves -- ------------------------------------------------------------ Yves REECHT Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER - Centre Manche Mer du Nord 150, Quai Gambetta 62200 Boulogne-sur-Mer FRANCE tel. +33 (0)3 21 99 56 09 --------------------------------------------------)><))))°>

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Temps de simu très variables pour les simus d'une même AS ?
by Loic GASCHE 07 Mar '14

07 Mar '14

Bonjour, C'est un phénomène qu'on observe assez souvent, mais que je n'arrive pas à expliquer : des simulations d'une même AS ne durent pas du tout le même temps dans certains cas quand on les fait tourner sur caparmor. Par exemple, dans ma grosse AS qui avait planté, j'ai retrouvé deux simus qui avaient tourné et avaient été téléchargées correctement (la 161 et la 193), ce qui veut dire qu'elles avaient tourné en moins de 3 heures. J'en ai encore eu un exemple assez frappant ce matin. J'ai repris les paramètres de ma grosse AS pour faire des tests de petites AS afin de voir si les options PBS fonctionnent. Sur les 4 simus de l'AS une d'entre elles a plus de 2 ans d'avance sur les autres en milieu de simu ! C'est très loin d'être négligeable. Donc je me demandais si on a une idée de la causes de ces ralentissements/accélérations, et si ca ne peut pas être lié au fait qu'on gagne si peu de temps en écrivant dans la ram alors qu'on avait prévu d'en gagner beaucoup plus ? Loïc

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directive PBS depuis l'interface caparmor d'ISIS ?
by Loic GASCHE 03 Mar '14

03 Mar '14

Bonjour, Dans son dernier mail Denis indique qu'on peut augmenter nous-mêmes le temps alloué à chaque simu en faisant : "une directive PBS" #PBS -l walltime=05:00:00 ce qui correspond à 5 heures dans cet exemple. Je suis assez surpris qu'ils laissent cette option à l'utilisateur, mais bon si c'est le cas ça nous arrange. La question est : peut-on ajouter ce bout de code depuis l'interface ISIS ? On a une case qui s'appelle "emplacement des exécutables PBS", faut-il le mettre là ? J'ai essayé d'y ajouter -l walltime=05:00:00, ca cause une erreur et rien ne se lance. Loïc

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Fwd: error 143 : ISIS jobs killed because wall time is reached ?
by Loic.Gasche＠ifremer.fr 28 Feb '14

28 Feb '14

Bonjour, Voici plusieurs jours que j'essaye de joindre Tina au sujet d'un job que essayons de lancer sur caparmor. C'est une analyse de sensibilité de grande taille lancée avec le simulateur ISIS-Fish, qui nécessiterait un nombre important de coeurs. Nous avons dernièrement fait évoluer le modèle afin d'écrire un minimum d'informations, et de préférence dans la ram, afin de limiter les accès disques pour gagner du temps de simulation. J'ai procédé la semaine dernière à des tests de ce modèle sur caparmor en faisant tourner de petites analyses de sensibilité. Tout s'est bien déroulé avec des temps de simulation qui sont passés sous la barre des 3 heures pour une simulation. J'ai donc lancé la grosse AS que nous souhaitions réaliser jeudi soir, en faisant un mail à Tina pour le lui indiquer afin que nous puissions regarder le lendemain si tout tournait correctement et éventuellement allouer plus de coeurs à ce job pour le weekend. Il m'a semblé vendredi que les simulations ne tournaient pas correctement et étaient tuées par caparmor car elles n'étaient pas terminées au bout de 3 heures. Ces simulations sont pourtant plus simples que celles testées avant, et qui tournaient en moins de 3 heures. N'étant pas un grand expert de caparmor je cherchais à obtenir des informations sur ce qui a pu se passer : - les simus ont-elles bien été tuées en raison de leur durée > à 3 heures (nous utilisons la queue isisfish, par le passé Tina avait augmenté le temps max par simu à 5 heures mais l'avait baissé à 3 dernièrement je crois) ? - nous avons normalement drastiquement réduit les écritures sur le disque, pourtant notre temps de simulation n'a que peu diminué (on espérait descendre largement en dessous de 3 heures), serait-il possible de savoir d'où vient l'essentiel des temps de simulation et si beaucoup d'accès disques ont encore lieu ? - est-il possible qu'une même simulation prenne plus de temps pour tourner quand elle appartient à un job de grande taille plutôt qu'à un job contenant uniquement quelques simulations ? Caparmor a-t-il sa propre manière de calculer les temps de simulation ? - ces temps de simulation élevés peuvent-ils être expliqués par une surcharge de caparmor à ce moment là ? - Dans l'hypothèse où ces soucis sont causés par caparmor et non par le modèle et qu'il faut effectivement 3 à 4 heures pour faire une simulation, serait-il possible d'augmenter le temps alloué à chaque simulation d'une heure ? Cordialement. Loïc Gasche ----- Message transféré de Loic.Gasche(a)ifremer.fr ----- Date : Fri, 21 Feb 2014 17:46:01 +0100 De : Loic GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> Objet : error 143 : ISIS jobs killed because wall time is reached ? À : ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Hi Tina, I thought that my simulations were running well but could not check in ISIS because the interface had crashed. However I did a pbs-report and it appears that all my simulations have exited with code 143. I think this means that they have been killed ? It seems that the wall time for my simulations is over 10800, is it the reason why they were killed (if they were) ? I ran tests on caparmor with similar parameters before running my big SA and everything ran well, and in less than three hours. I may even have less rules than in my tests so simulation time should be even lower. Besides we are writing files in the ram and keep only the 13 last timeSteps, which should help reduce time too. Do you see any reason why we could have reached the maximum time for this SA and not for the others ? Loïc ----- Fin du message transféré -----

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PB de lancement de l'interface ISIS
by Loic GASCHE 25 Feb '14

25 Feb '14

Bonjour, J'ai lancé une grosse AS sur caparmor, en allant voir sur caparmor les jobs avaient l'air de tourner correctement mais dans l'interface ISIS aucune des simus de l'AS n'apparaissait comme terminée. De plus aucune simu n'est téléchargée en local. Croyant a un nouveau plantage de l'interface j'ai voulu relancer ISIS. Au lancement l’icône ISIS avec la petite ampoule apparait bien dans la barre de tache, mais l'interface ne se lance pas et j'ai un message d'erreur (en PJ). Même en redémarrant le serveur j'ai toujours ce message. De plus même si j'ai l’icône ISIS aucune simu ne se télécharge depuis caparmor. Résultat je n'arrive même pas à savoir si mes simus ont tourné correctement jusqu'ici. Je ne suis pas hyper optimiste car sur caparmor je n'ai pas de fichiers .csv dans les exports de sensibilité, mais ce serait mieux d'être fixé rapidement. Une idée de la cause de ce problème ? Loïc

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effectifs negatifs après migration
by Sigrid Lehuta 19 Feb '14

19 Feb '14

les effectifs d'une de mes zones de départ se retrouvent négatifs après migration alors que la somme des coefficients est 1 et qu'elle devrait donc etre vide (à 0). Est ce que ca peut venir d'arrondis ? ou ai-je fait une erreur dans mon equation? la voici: int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); if(y == 0){ if(group.getAge() > 2 && "30F1".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.3; }else if(group.getAge() > 2 && "30F0".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.41; }else if(group.getAge() > 2 && "29F1".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.13; }else if(group.getAge() > 2 && "28F0".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.06; }else if(group.getAge() > 2 && "28E8".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "28E9".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "29E9".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "29F0".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "27E9".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else return 0; }else if(y == 1){... etc la zone en négatif est Sole_nurs, elle ne recoit aucun poisson lors de la migration mais se vide. Merci!

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Téléchargement des simus depuis caparmor ?
by Loic GASCHE 06 Feb '14

06 Feb '14

Bonjour, J'ai actuellement une AS entrain de tourner sur caparmor. La bonne nouvelle est que Tina lui a alloué 47 coeurs, donc elle est déjà presque terminée. La mauvaise nouvelle est qu'un grand nombre de simulations n'ont pas été téléchargées : elles sont bien à décembre 11 mais ne sont pas passées dans la liste des simus terminées dans l'interface ISIS et leur dossier est vide sur le disque. Peut-on savoir d'où vient le problème (c'est susceptible d'apparaitre dans le debug ?) ? Est-ce que le fait de virer le results.mapped, qui à lui seul doit faire 99% de al taille de chaque simu ne réduirait pas les chances de pb au téléchargement ? Un point plus embêtant est que j'ai 12 simulations en plein milieu de mon AS qui ont planté pendant l'année 1... Loïc

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