- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

15-1 6 décembre 2014 - Reunion annuelle des utilisateurs
by Stephanie MAHEVAS Oct. 1, 2014

Oct. 1, 2014

Bonjour à tous *Attention changement de date et changement de formule** ** ** **la réunion des utilisateurs ISIS se** **déroulera à Nantes les 15 et 16 décembre Salle 7**.* Au programme : lundi 15/12: revue des nouveautés et corrections de bug - bilan des applications - evolutions à venir, questions diverses, budget, projets mardi 16/12 : seminaire modelisation avec les modelisateurs halieutes d'Ifremer Cet atelier a pour objectif de nous réunir autour de questions méthodo (Optimisation, Estimation intégrée, Couplage et autres si suggestions) pour 1) faire un bilan d'avancement des différents modèles (Atlantis, Osmose, IAM, EcoMars, Marxan et ISIS) 2) réflechir à la perspective d'une collaboration sur un appel d'offre à venir et 3) partager nos expériences sur ces questions méthodo Si vous avez des suggestions ou requêtes particulières, n'hésitez pas à nous en faire part! Merci de confirmer votre participation en remplissant le doodle : http://doodle.com/32tx8ppidcisqqe9 Bonnes vacances d'été Sigrid et Stéphanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 2

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2014

Sept. 30, 2014

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

1 0

(sans objet)
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr Sept. 11, 2014

Sept. 11, 2014

j ai un soucis apres avoir deplacer le repertoire isis-fish-4, isis ne s ouvre plus ... merci ! INFO [main] (IsisFish.java:132) main - Starting Isis-Fish 4.3.0.1 with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:133) main - Date: 11/09/14 12:11 INFO [main] (IsisFish.java:134) main - Java version: 1.7.0_09-b05, Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:135) main - Plaform/arch: Linux/amd64 INFO [main] (IsisFish.java:136) main - R_HOME: null INFO [main] (IsisFish.java:137) main - PATH: /usr/local/bin:/usr/bin:/bin INFO [main] (IsisFish.java:343) initVCS - Check state of local repository: /media/Cachalot/isis-fish-4/isis-database INFO [main] (IsisFish.java:375) initVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:231) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data WARN [main] (IsisFish.java:159) main - Error during vcs initialisation fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSException: Impossible de mettre à jour at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.checkout(VCSSVN.java:542) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initVCS(IsisFish.java:389) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:155) Caused by: org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: E204899: Unable to make directories at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:64) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:51) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNFileUtil.ensureDirectoryExists(SVNFileUtil.java:1540) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgAbstractUpdate.checkout(SvnNgAbstractUpdate.java:782) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgCheckout.run(SvnNgCheckout.java:16) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgCheckout.run(SvnNgCheckout.java:10) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.ng.SvnNgOperationRunner.run(SvnNgOperationRunner.java:20) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc2.SvnOperationRunner.run(SvnOperationRunner.java:20) at org.tmatesoft.svn.core.wc2.SvnOperationFactory.run(SvnOperationFactory.java:1149) at org.tmatesoft.svn.core.wc2.SvnOperation.run(SvnOperation.java:294) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNUpdateClient.doCheckout(SVNUpdateClient.java:777) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.checkout(VCSSVN.java:529) ... 2 more INFO [main] (IsisFish.java:166) main - after init done in 1.552. INFO [Thread-3] (CronService.java:84) run - Starting 1 registered services ERROR [Thread-4] (IsisFish.java:673) uncaughtException - Global application exception java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.cron.RemoveOldFileTask.removeMonitoredSimulations(RemoveOldFileTask.java:79) at fr.ifremer.isisfish.cron.RemoveOldFileTask.run(RemoveOldFileTask.java:63) at java.lang.Thread.run(Thread.java:722) INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 6 thread for dans un sous processus INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for sur le serveur Caparmor INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationExecutor.java:87) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for dans le même processus INFO [AWT-EventQueue-0] (IsisTray.java:117) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:152) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:140) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:395) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:433) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.setListSimulResultChooseModel(ResultChoiceUI.java:113) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.refresh(ResultChoiceUI.java:104) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$afterCompleteSetup(ResultChoiceUI.java:97) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$completeSetup(ResultChoiceUI.java:386) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$initialize(ResultChoiceUI.java:418) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.<init>(ResultChoiceUI.java:163) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createResultChoiceUI(SimulUI.java:323) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:364) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.<init>(SimulUI.java:157) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:395) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:433) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:152) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:140) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSensitivityUI(WelcomeTabUI.java:383) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:434) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) WARN [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:241) getResultNames - Can't find result name script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:232) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.setListSimulResultChooseModel(ResultChoiceUI.java:113) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.refresh(ResultChoiceUI.java:104) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$afterCompleteSetup(ResultChoiceUI.java:97) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$completeSetup(ResultChoiceUI.java:386) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$initialize(ResultChoiceUI.java:418) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.<init>(ResultChoiceUI.java:163) at fr.ifremer.isisfish.ui.sensitivity.SensitivityUI.createResultChoiceUI(SensitivityUI.java:317) at fr.ifremer.isisfish.ui.sensitivity.SensitivityUI.$initialize(SensitivityUI.java:370) at fr.ifremer.isisfish.ui.sensitivity.SensitivityUI.<init>(SensitivityUI.java:155) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSensitivityUI(WelcomeTabUI.java:383) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:434) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) ERROR [AWT-EventQueue-0] (IsisFish.java:673) uncaughtException - Global application exception java.lang.NullPointerException: Null child not allowed at javax.swing.tree.TreePath.pathByAddingChild(TreePath.java:327) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.setParent(VariableHeightLayoutCache.java:1064) at javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode.insert(DefaultMutableTreeNode.java:186) at javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode.add(DefaultMutableTreeNode.java:409) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.expand(VariableHeightLayoutCache.java:1485) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.expand(VariableHeightLayoutCache.java:1287) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache.rebuild(VariableHeightLayoutCache.java:742) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache.setModel(VariableHeightLayoutCache.java:108) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.setModel(BasicTreeUI.java:411) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.propertyChange(BasicTreeUI.java:3394) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(PropertyChangeSupport.java:335) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(PropertyChangeSupport.java:327) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(PropertyChangeSupport.java:263) at java.awt.Component.firePropertyChange(Component.java:8382) at javax.swing.JTree.setModel(JTree.java:879) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.$completeSetup(ScriptUI.java:1448) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.$initialize(ScriptUI.java:1571) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.<init>(ScriptUI.java:213) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:440) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:137) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.postInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:605) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:776) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:126) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:706) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:251) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:721) at java.awt.EventQueue.access$200(EventQueue.java:103) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:682) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:680) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:691) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:244) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:163) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:151) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:147) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:139) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:97) -- Sigrid Lehuta Post doctoral research associate Ifremer Boulogne sur mer contact : slehuta(a)ifremer.fr Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

2 1

(Urgent) stoquer dans le context de la next simulation ds un simulationPlan
by Sigrid Lehuta Sept. 10, 2014

Sept. 10, 2014

Ca ne fonctionne pas. Voila comment j'ai fait, mais je vais appeler de suite pour avoir la solution car j'ai plus le temps de chercher. dans mon plan : nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("epsSRSole",epssol); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("epsSRPlaice",epsple); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("epsSRRedMullet",epsmur); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("migSole",migsol); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("migPlaice",migple); nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("migRedMullet",migmur); dans l init d une regle: String tmp0 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("epsSRSole"); double [] epssol = StringUtil.toArrayDouble(tmp0.split(";")); String tmp1 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("epsSRPlaice"); double [] epsple = StringUtil.toArrayDouble(tmp1.split(";")); String tmp2 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("epsSRRedMullet"); double [] epsmur = StringUtil.toArrayDouble(tmp2.split(";")); String tmp3 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("migSole"); double [] migsol = StringUtil.toArrayDouble(tmp3.split(";")); String tmp4 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("migPlaice"); double [] migple = StringUtil.toArrayDouble(tmp4.split(";")); String tmp5 = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("migRedMullet"); double [] migmur = StringUtil.toArrayDouble(tmp5.split(";")); context.setValue("epsSRSole",epssol); context.setValue("epsSRPlaice",epsple); context.setValue("epsSRRedMullet",epsmur); context.setValue("migSole",migsol); context.setValue("migPlaice",migple); context.setValue("migRedMullet",migmur); dans mes equations: if(context.getValue("epsSR"+pop.getName()) != null){ Object[] epslist = (Object[])context.getValue("epsSR"+pop.getName()); eps = (Double) epslist[y-3]; System.out.println("eps repro"+eps); }else eps = 0; // N(0,0.16) if (y>2 && context.getValue("mig"+pop.getName()) != null){ Object[] miglist = (Object[])context.getValue("mig"+pop.getName()); y = (int)miglist[y-3]; System.out.println("migration y="+y); } Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.MigrationEquation.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,org.nuiton.math.matrix.MatrixND,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone) throws java.lang.Exception' for class formules.MigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370351884680_0_28760183076366463 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:369) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:249) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:75) ... 12 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor107.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:366) ... 14 more Caused by: java.lang.ClassCastException: [D cannot be cast to [Ljava.lang.Object; at formules.MigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370351884680_0_28760183076366463.compute(MigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370351884680_0_28760183076366463.java:10) Le 9 septembre 2014 17:01, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > hmm pas simple > > > je stocke des array sous forme de string, que je vais repasser en string > dans des equations de la DB. > J'ai besoin de la methode StringUtil.toArrayDouble > comment y ai je acces ds une equation? > > merci ! > > > Le 9 septembre 2014 15:03, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a > écrit : > > Le 09/09/2014 11:24, Sigrid Lehuta a écrit : >> > Hello, >> > dans un plan de simulation je veux en pré-simulation stoquer des >> valeurs dans >> > le context de la prochaine simu. (pour que ca soit accessible pendant >> la simu >> > en faisant context.getValue("blabla")) >> Le SimulationContext n'existe que si une simulation est en cours, donc ce >> n'est >> pas possible via ce contexte. >> >> La seule façon que je vois est de passer par les paramètres de simulation >> et la >> Map "tagValue". >> >> Dans ton plan: >> Map<String, String> tagValues = new HashMap<String, String>(); >> tagValues.put("key1", "value1"); >> params.setTagValue(tagValues); >> >> Et ensuite, dans la simulation: >> SimulationParameter params = >> context.getSimulationStorage().getParameter(); >> String value = params.getTagValue().get("key1"); >> >> -- >> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> > >

1 0

matrix.getValue(int, object)
by Sigrid Lehuta Sept. 9, 2014

Sept. 9, 2014

hello j ai repris un ancien code dans lequel on reccuperait les valeurs d'une matrice qui n avait de semantics que pour la dimension 1. voila le code de creation matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber}); matrix.importCSV(new FileReader(new File(param_directory, MATRIX + ".txt")), new int[]{0,0}); matrix.setSemantic(1, Arrays.asList(new String[]{HCR,MLSsol,MLSple,TAC,GRAVITY,EPSsol,EPSple,EPSmur,MIGsol,MIGple,MIGmur,FUELprice})); plus tard (ligne 239/181) j'appelle matrix.getValue(0,HCR) et j'ai l'erreur Caused by: java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:0 in [null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:308) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:281) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:353) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:366) at simulationplans.PlanSocioec.getRule(PlanSocioec.java:181) at simulationplans.PlanSocioec.beforeSimulation(PlanSocioec.java:239) J'ai fait afficher la matrice qui est bien ce qu elle doit etre. est ce qu avant ca marchait mais plus maintenant d'appeler une valeur par un int et un semantic ou c'est autre chose ? si c est ca, comment je lui mets 0:100 comme semantic de la dimension 0? Merci

2 5

(un peu urgent) stoquer dans le context de la next simulation ds un simulationPlan
by Sigrid Lehuta Sept. 9, 2014

Sept. 9, 2014

Hello, dans un plan de simulation je veux en pré-simulation stoquer des valeurs dans le context de la prochaine simu. (pour que ca soit accessible pendant la simu en faisant context.getValue("blabla")) Comment puis je y accéder ? via SimulationStorage ? merci !

2 2

creer un export a partir de valeurs calculées par une regle...
by Sigrid Lehuta Sept. 8, 2014

Sept. 8, 2014

comment peut on creer un export de simulation contenant des valeurs crees dynamiquement par une regle de gestion ? (au hasard le TAC...) merci

3 3

Règle HCR transition MSY
by Yves Reecht Sept. 8, 2014

Sept. 8, 2014

Bonjour, Je viens de tester la règle HCR_transition_MSY, associée à TACpoidsPop_pourHCR, pour Sole et plie, avec la base V4 de Sigrid et simulateur par cellule et ça ne tourne plus sur la dernière version d'ISIS (alors qu'avant la 4.3.1 je n'avais pas eu de problème avec ces règles... certes avec la base de Loïc) : en gardant les valeurs par défaut (début janvier 3 pour la première, step 36 pour la seconde, donc au même moment), ça plante en février 3. Je joins les properties, le log et le debug. Au besoin je pourrai envoyer le dossier complet de simu. Bon week-end, Yves -- ------------------------------------------------------------ Yves REECHT Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER - Centre Manche Mer du Nord 150, Quai Gambetta 62200 Boulogne-sur-Mer FRANCE tel. +33 (0)3 21 99 56 09 --------------------------------------------------)><))))°>

2 4

post action avant ou apres calcul de Gross Value...
by Sigrid Lehuta Sept. 8, 2014

Sept. 8, 2014

voila comme dit le titre : est ce que la matrix Gross Value per strategy met est calculée avant ou apres la post action des regles? Merci

2 5

Fishing mortality per group
by Sigrid Lehuta Sept. 5, 2014

Sept. 5, 2014

j'ai une erreur quand je selectionne le resultat MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP ERROR|11:45:53,678|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup_aroundBody98(SiMatrix.java:1946) at scripts.SiMatrix$AjcClosure99.run(SiMatrix.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.realCall(IsisCache.java:202) at fr.ifremer.isisfish.util.IsisCache.get(IsisCache.java:143) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:73) at scripts.SiMatrix.fishingMortalityPerGroup(SiMatrix.java:1895) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:515) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:218) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) INFO|11:45:53,694|InProcessSimulatorLauncher.java|513|localSimulateSameThread|Simulation time: 29.538 INFO|11:45:53,905|InProcessSimulatorLauncher.java|202|message|Simulation terminée INFO|11:45:53,906|SimulationControl.java|206|setText|Simulation terminée

2 1