- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] impossible d evaluer l equation selectivite : ANNULE
by Sigrid Lehuta 28 Aug '14

28 Aug '14

OK trouvé! 2014-08-28 14:22 GMT+02:00 Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com>: > Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de > compiler le script : > C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-build\sim_sqz1_2014-08-28-14-14\formules\SelectivityEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1409212458025_0_3981853106136114.java > at > fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:265) > at > fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:227) > at > fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:75) > ... 26 more > Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de > compiler le script : -1 > at > fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:262) > ... 28 more > > j ai verifié les equations de selectivité elles sont toutes bonnes et > basiques (return 1;) > > comment puis je savoir de quelle equation il s agit precisemment ? > je met la base en pj. il s agit de la pop veined squid et des engins OTB > ou OTH. > > Merci >

1 0

impossible d evaluer l equation selectivite
by Sigrid Lehuta 28 Aug '14

28 Aug '14

Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de compiler le script : C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-build\sim_sqz1_2014-08-28-14-14\formules\SelectivityEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1409212458025_0_3981853106136114.java at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:265) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:227) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:75) ... 26 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de compiler le script : -1 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:262) ... 28 more j ai verifié les equations de selectivité elles sont toutes bonnes et basiques (return 1;) comment puis je savoir de quelle equation il s agit precisemment ? je met la base en pj. il s agit de la pop veined squid et des engins OTB ou OTH. Merci

1 0

equation de recruitment : réponse et bug
by Sigrid Lehuta 28 Aug '14

28 Aug '14

Hello, en fait dans l'interface de saisie, la partie distribution du recrutement de l'onglet reproduction, a l'air d etre remplie avec une matrice meme si on en a pas saisi (cf capture d'ecran, ici il n'y a pas de matrice...). De plus ce problème n'est pas detecté par le verificateur de pecherie. Du coup, je croyais avoir une matrice d etalement du recrutement pour l'espece alors que non. Il faudrait que tout soit grisé ou au moins qu'il n'y ait pas de case remplie tant qu'on a pas entré de matrice de distribution du recrutement. Merci [image: Images intégrées 1] > ERROR|19:13:35,442|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error > during simulation > java.lang.NullPointerException > at fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor.getRecruitment( > PopulationMonitor.java:236) > at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator. > java:436) > at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:218) > at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate( > SimulatorEffortByCell.java:51) > at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher. > InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread( > InProcessSimulatorLauncher.java:441) > at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher. > InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher. > java:271) > INFO|19:13:35,458|InProcessSimulatorLauncher.java|513| > localSimulateSameThread|Simulation time: 5.263 > INFO|19:13:35,458|IsisCacheBackendOnGuava.java|239|adjustedCache|Cache > size ajusted to 1,586Ko (equivalent to 2 step need) > INFO|19:13:35,474|InProcessSimulatorLauncher.java|202|message|Simulation > terminée > INFO|19:13:35,474|SimulationControl.java|206|setText|Simulation terminée > > > et voici l equation qui compile: > // forced recruitment each year > int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); > double[] poly08 = {0,0.072,0.038,0.068,0.03,0. > 034,0.083,0.016,0,0.008,0.01,0,0.015,0,0.046,0,0.035,0,0,0, > 0.034,0.053,0.031,0.03,0.036,0,0.024,0,0.063,0,0,0.03,0. > 132,0.076,0,0.039,0,0,0}; > double[] poly09 = {0,0.105,0.062,0.061,0.014,0. > 035,0.063,0.017,0,0,0,0,0.01,0,0.041,0,0.013,0,0,0,0.024,0. > 061,0.054,0.02,0.033,0.014,0.016,0,0.038,0,0,0.114,0.085,0. > 045,0,0.035,0.018,0,0.021}; > double[] coeffs = {0,0.104,0.03725,0.06975,0.01925,0.0345,0.069,0.01625,0, > 0.006,0.005,0,0.0115,0,0.041,0,0.03525,0,0,0,0.033,0.07775, > 0.0535,0.02225,0.03925,0.01075,0.0175,0,0.042,0,0,0. > 07675,0.08325,0.05025,0,0.026,0.01075,0,0.00975}; > > // recruitment TS 2008-2010 > double [] TSRec ={19488138,60032669}; // from nb at age WGNSSK 2012 > // matrix result / zone > > double val = 38808489; // average 2003-2009 > for(Zone zr : zoneRepro){ > if(prepro == 1){ > if(y<2){ > val = TSRec[y]; > if(y == 0){ coeffs = poly08; > }else { coeffs = poly09;} > } > String zoneName = zr.getName(); > String indice = zoneName.replaceAll("Poly([0-9]+)", "$1"); > int i = Integer.parseInt(indice); > double valzone = coeffs[i] * val; > > result.setValue(zr,valzone); > } else {result.setValue(zr,0.0);} > } > return 0; > > -- > Sigrid LEHUTA > ~ ><> ~ > Ecologie et Modèles pour l'Halieutique > IFREMER Nantes > Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France > Tél : 02 40 37 40 09 (N° interne : 8009) > > Membre de l'Association Française d'Halieutique > http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en > > "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. > Saltelli. > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

3 3

erreur dans l'equation de recruitment que je ne trouve pas...
by Sigrid LEHUTA 27 Aug '14

27 Aug '14

Est ce que tu vois ce qui cloche? Merci Voici le log : ERROR|19:13:35,442|InProcessSimulatorLauncher.java|484|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor.getRecruitment(PopulationMonitor.java:236) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:436) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:218) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:271) INFO|19:13:35,458|InProcessSimulatorLauncher.java|513|localSimulateSameThread|Simulation time: 5.263 INFO|19:13:35,458|IsisCacheBackendOnGuava.java|239|adjustedCache|Cache size ajusted to 1,586Ko (equivalent to 2 step need) INFO|19:13:35,474|InProcessSimulatorLauncher.java|202|message|Simulation terminée INFO|19:13:35,474|SimulationControl.java|206|setText|Simulation terminée et voici l equation qui compile: // forced recruitment each year int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); double[] poly08 = {0,0.072,0.038,0.068,0.03,0.034,0.083,0.016,0,0.008,0.01,0,0.015,0,0.046,0,0.035,0,0,0,0.034,0.053,0.031,0.03,0.036,0,0.024,0,0.063,0,0,0.03,0.132,0.076,0,0.039,0,0,0}; double[] poly09 = {0,0.105,0.062,0.061,0.014,0.035,0.063,0.017,0,0,0,0,0.01,0,0.041,0,0.013,0,0,0,0.024,0.061,0.054,0.02,0.033,0.014,0.016,0,0.038,0,0,0.114,0.085,0.045,0,0.035,0.018,0,0.021}; double[] coeffs = {0,0.104,0.03725,0.06975,0.01925,0.0345,0.069,0.01625,0,0.006,0.005,0,0.0115,0,0.041,0,0.03525,0,0,0,0.033,0.07775,0.0535,0.02225,0.03925,0.01075,0.0175,0,0.042,0,0,0.07675,0.08325,0.05025,0,0.026,0.01075,0,0.00975}; // recruitment TS 2008-2010 double [] TSRec ={19488138,60032669}; // from nb at age WGNSSK 2012 // matrix result / zone double val = 38808489; // average 2003-2009 for(Zone zr : zoneRepro){ if(prepro == 1){ if(y<2){ val = TSRec[y]; if(y == 0){ coeffs = poly08; }else { coeffs = poly09;} } String zoneName = zr.getName(); String indice = zoneName.replaceAll("Poly([0-9]+)", "$1"); int i = Integer.parseInt(indice); double valzone = coeffs[i] * val; result.setValue(zr,valzone); } else {result.setValue(zr,0.0);} } return 0; -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 40 09 (N° interne : 8009) Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

1 0

un bug?
by Sigrid Lehuta 19 Aug '14

19 Aug '14

hello, je viens de rencontré un probleme bizarre et je veux savoir si c'est unn bug ou si c est normal et qu il faut donc y faire attention Quand j initialise mes 2 maps de cette maniere double[] toto = {1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20}; val.put(pop,toto); qval.put(pop,toto); les changements sur val affectent aussi qval tandis que je ne peux pas modifier la valeur de qval. ex: qd je fais qval.get(pop)[gp.getId()] = 5; val.get(pop)[gp.getId()] = 30; qval.get(pop)[gp.getId()] prend la valeur 30 !! Par contre ca fonctionne si je fais : double[] toto = {1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20,1e20}; double[] tata = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}; val.put(pop,toto); qval.put(pop,tata); C'est une subtilité de java? Ca vient des matrices creuses? Merci!

2 1

Re: [Isis-fish-users] template optimisation sequentiel + parallele
by Sigrid Lehuta 19 Aug '14

19 Aug '14

merci j'essaie. Le 19 août 2014 11:16, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > Le 19/08/2014 10:11, Sigrid Lehuta a écrit : > > re-hello, > re-salut, > > j'ai besoin d'utiliser le type de script developpé pour les algo > genetiques > > pour Audric dans lesquels une partie des simus se fait en parrallele puis > > certaine en sequentiel avant de relancer un lot en parallele. > > > > cela avait il ete testé avec succes ? > > si oui puis utiliser ce script comme exemple? > Il me semble que c'est le script d'algo genetique qu'Audric avait tenté de > faire > avant que les scripts d'optimisation soient disponibles dans IsisFish. > > Je t'envoi en PJ une version d'un script d'optimisation que nous à fourni > Audric. > > Je vais essayer de trouver du temps pour commiter un script d'exemple et > faire > un peu de doc là dessus. > > N’hésites pas si tu souhaites des précisions. > > -- > Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > >

1 0

Arrêt de plans Caparmor
by Audric Vigier 14 Apr '14

14 Apr '14

Bonjour, Je suis sur Caparmor depuis hier soir pour faire tourner un plan de simulations. Ce matin, j'ai découvert que seulement une 50aine de simus avaient tourné, la dernière d'entre elles était signalée en "Simulation terminée", ce qui normalement ne devrait pas être le cas (mon plan ne devrait s'arrêter qu'au bout de 2000 simus - il marche en local). Puis j'ai redémarré Isis (donc pas de debug) et relancé un plan, qui marche en local qui marche en local. Là il s'est arrêté une fois au bout de 5 simus, la 5ème simu étant signalée comme "Simulation terminée", mais n'est pas dans la liste des simus terminées. J'ai essayé de relancer à la main individuellemnt cette simu : elle a tourné, mais je ne peux pas faire la suite du plan de simus comme ça. J'ai donc arrêté le plan de simus, et ai relancé le même : une simu a tourné. J'arrête, je relance le même : il me fait la même chose à la simu n°4, et petite nouveauté, pour les simus 0 et 1, ISIS me renvoyait la nullPointerException en fin de message. J'ai pas réussi à identifier dans le debug ce qui pourrait expliquer ce comportement bizarre (je ne le joins pas car lourd (12Mo)). Bonne journée, Audric Erreur Message: java.lang.NullPointerException Level: SEVERE Stack Trace: null fr.ifremer.isisfish.ui.widget.FilterableComboBox$FilterComboBoxModel.getElementAt(FilterableComboBox.java:115) javax.swing.plaf.basic.BasicComboBoxUI.getDisplaySize(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicComboBoxUI.getMinimumSize(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicComboBoxUI.getPreferredSize(Unknown Source) javax.swing.JComponent.getPreferredSize(Unknown Source) java.awt.BorderLayout.preferredLayoutSize(Unknown Source) java.awt.Container.preferredSize(Unknown Source) java.awt.Container.getPreferredSize(Unknown Source) javax.swing.JComponent.getPreferredSize(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.GetLayoutInfo(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.getLayoutInfo(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.preferredLayoutSize(Unknown Source) java.awt.Container.preferredSize(Unknown Source) java.awt.Container.getPreferredSize(Unknown Source) javax.swing.JComponent.getPreferredSize(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.GetLayoutInfo(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.getLayoutInfo(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.ArrangeGrid(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.arrangeGrid(Unknown Source) java.awt.GridBagLayout.layoutContainer(Unknown Source) java.awt.Container.layout(Unknown Source) java.awt.Container.doLayout(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validateTree(Unknown Source) java.awt.Container.validate(Unknown Source) javax.swing.RepaintManager.validateInvalidComponents(Unknown Source) javax.swing.SystemEventQueueUtilities$ComponentWorkRequest.run(Unknown Source) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

2 25

Plan d'optimisation
by Eric Chatellier 10 Apr '14

10 Apr '14

Audric, Peut-tu nous envoyer ton plan d'optimisation pour que nous puissions essayer de l'intégrer dans le nouveau processus d’optimisation d'isis ? N'hésite pas non plus si tu penses que d'autres éléments sont nécessaires à son utilisation. Merci. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

3 3

Non lancement d'un plan de simulation en local
by Audric Vigier 03 Apr '14

03 Apr '14

Bonsoir, c'est encore moi! Nouveau problème avec ISIS: Normalement, mon PC et ses 2 coeurs me permettent de réaliser deux plans de simulation en parallèle. Là, j'en ai un qui tourne et qui devrait se terminer demain après-midi, donc j'aimerai ne pas redémarrer ISIS. J'ai un 2ème plan qui s'est interrompu (j'ai regardé l'historique par erreur, ce qui a toujours pour conséquence d'arrêter le plan, mea culpa). J'ai donc voulu le relancer, mais cette fois-ci, aucune simulation ne se met en route pour ce plan. Dans le debug, il n'y a aucune trace du plan. Des idées de résolution sans redémarrer ISIS? Bonne soirée, Zudric

1 0

Re: [Isis-fish-users] Arrêt de plans Caparmor
by Eric Chatellier 03 Apr '14

03 Apr '14

Le 03/04/2014 15:31, Audric Vigier a écrit : > Salut, > > > J'ai réessayé de faire tourner des plans et des simus seules sur caparmor, et > voilà ce que j'en ai compris pour le moment. > > > Pour les simus seules, elles ont toutes tourné. Cependant, je ne les > retrouvais pas toutes sur mon PC, j'aurais dû en télécharger à la main pour > les récupérer. Ne sachant pas encore faire (j'ai essayé les commandes pour le > faire mais je n'ai même pas le droit de me placer dans le répertoire > isis-tmp), j'ai redémarré les simus restées sur Caparmor : elles ont tourné, > puis ont été téléchargées sur mon PC. En PJ : debugSeulePasTelechargee > correspond aux éléments de debug correspondant à une simu seule pas > téléchargée. Le log de simulation simulationSeuleTelechargee que j'ai joint > correspond à la même simulation, mais qui a été téléchargée. > > > Pour les plans sur Caparmor, ça m'a fait la même chose qu'hier : ça tourne le > temps de quelques simus(entre 2 et 60), puis ça s'arrête. J'ai identifié deux > endroits où se produit l'erreur, elles se manifestent différemment dans > l'interface ISIS. > > Erreur1: quelques simulations sont réalisées et téléchargées, puis plus aucune > simulation de ce plan ne se lance, rien n'indique que le plan a été arrêté. > J'ai copié-collé la région de debug correspondant dans planerreur 1, il faut > regarder ce qui concerne pool-3-thread-1 et essaiplan1 Pour cette erreur, elle vient de ton plan: java.lang.NullPointerException at simulationplans.Recuit.calculFonctionObjectif(Recuit.java:630) at simulationplans.Recuit.afterSimulation(Recuit.java:274) Recuit.java à la ligne 630 tu appelles une fonction sur un objet null. > Erreur2:quelques simulations sont réalisées, toutes sont téléchargées saufes > la dernière. Région de debug correspondant dans planerreur2, regarder ce qui > concerne pool-3-thread-1 et essaiplan2. Il y a une autre erreur qui traîne > dans ce debug, sans rapport, concernant un plan à l'itération 1995 en local : > elle est intervenue plusieurs fois et n'a pas eu de conséquence. > > > Dernière erreur : la nullPointerException suivante > ERROR [AWT-EventQueue-0] (IsisFish.java:652) uncaughtException - Global > application exception > java.lang.NullPointerException > intervient quand deux simus locales se terminent en même temps. Pas de > conséquence, donc pas de mal. Je vais regarder les deux autres, mais je pense que j'aurais besoin de tester caparmor en direct à un moment. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

3 3