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migration des librairies V3.3.0.5
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 24 Jan '11

24 Jan '11

Salut, on vient d installer isis V 3.3.0.5 sur un nouvel ordi et il ne fait pas la migration en nuiton. Avec la V3.3.0.4 la migration se faisait et on est pas sures que ca ait deja marché avec la V3.3.0.5... Tu peux regarder ca ? Merci Sigrid et Steph

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Configuration de IsisFish et R sous linux
by Eric Chatellier 20 Jan '11

20 Jan '11

Bonjour, Voici un petit guide pour configurer correctement IsisFish sous linux. Architecture ------------ Java, R et IsisFish doivent être lancé dans la même architecture. Pour java, la commande 'java -version' doit renseigner : 'Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM' R est généralement de la même architecture que la distribution linux $ uname -m x86_64 Et R est généralement installé dans /usr/lib64/R Pour IsisFish, il faut utiliser le script de lancement "isisfish.sh" ou "isisfish64.sh" (depuis la version 3.3.0.7) Configuration ------------- La variable de configuration R_HOME doit être configurer sur l'emplacement d'installation de R pour que IsisFish la connaisse. Pour vérifier si la variable existe : $ echo $R_HOME /usr/lib64/R Si cette commande n'affiche rien, il est possible de configurer cette variable dans le fichier .cshrc (ou .bashrc) la ligne suivante : export R_HOME=/usr/lib64/R Apres avoir relancer votre terminal, la commande 'echo $R_HOME' devrait afficher cette valeur. Lancement --------- Ensuite il suffit de lancer IsisFish et de vérifier que les analyses de sensibilités fonctionnent. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Isis-Fish 3.3.0.7 est disponible
by Eric Chatellier 20 Jan '11

20 Jan '11

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Changements : * ajout des scripts de lancement pour la version 64bits Note: * les fichier go.bat et go.sh ont été renommés en isisfish.bat et isisfish.sh pour le version normale et isisfish64.bat et isisfish64.sh pour la version 64bits * attention a n'utiliser la version 64bits que si java et R sont également en 64bits Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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As avec Isis sous linux
by Stephanie MAHEVAS 18 Jan '11

18 Jan '11

Bonjour quels sont les parametres de config sous linux pour utiliser R avec ISIS? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Isis-Fish 3.3.0.6 est disponible
by Eric Chatellier 17 Dec '10

17 Dec '10

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Corrections : * erreur lors de l'utilisation de plusieurs règles cantonnement dans la même simulation * échec des simulations sur Caparmor si le nom contient un caractère spécial (+) * diverses corrections Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Equation null
by Eric Chatellier 17 Dec '10

17 Dec '10

Le 17/12/2010 11:25, Bastien a écrit : > Voici une simu. > > Par contre attention, il y avait déjà le problème de l?équation null dans > les paramètres sélectionnés pour l?AS. Il me semble que la modification de certains facteur n'était pas possible dans un premier temps à l'origine. J'avais amélioré la chose mais la modification reste encore compliqué et la fonctionnalité a besoin d'être revue. J'aurais plus de temps en début d'année prochaine pour retravailler sur Isis et corriger cela. En attendant, la modification des facteurs équation n'est pas possible mais le facteur est néanmoins correct. J'ai vérifié dans les AS de stéphanie, à l'édition il sont également null, mais les AS tournent correctement. Donc dans l'immédiat, pour recréer un facteur, le plus simple et de le recréer. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] NA dans les indices de sensibilité de Morris
by Stephanie MAHEVAS 17 Dec '10

17 Dec '10

j'ai refais tes simus en mettant le meme nombre de modalités à tous les facteurs 5. Normalement on ne devrait pas avoir à saisir ce parametre pour chaque facteur puisque Morris demande à ce que ce nombre soit le meme pour tous les facteurs. Ca c'est un bug que les Lutins doivent corriger. Le fait que tu aies eu des NA pourrait etre expliqué par le 0 qui trainait car la seule division faite pour calculer les IA de morris est la division par 1/(p-1) avec p le nombre de modalités. Pourtant quand je corrige 0 par 5, avec une duree de simu de un an, j'obtiens des results dans les csv tous égaux à 1 (Y6 et Y4) alors que si je regarde les series temporelles il y a bien une difference entre le debut et la fin de la simu (à t=12 Y=7.56E9 et à t=0 Y=8.11E9) Est-ce un probleme d'arrondis? Eric comment peut-on avoir 7.56E9/8.11E9=1? Ensuite j'ai des NA pour les IA de Y6 mais pas de Y4. du coup je ne comprends pas le pourquoi des NA. des 0 c'est possible, des NAs non.... stephanie Bastien PREUSS a écrit : > J'ai 8 paramètres et j'ai un r = 4 ce qui fait 36 simus. > Je viens d'essayer avec r = 20 ce qui fait 180 simus, mais j'ai toujours des > valeurs égales à NA... > Il ne me semble pas que le calcul de ces indices soit contraint par un > nombre de simu, par exemple sur l'exemple golf de Gascogne en juin on avait > testé r=4 pour 7 paramètres (soit 32 simu) et ça marchait sans soucis. > > Du coup je ne vois pas trop d'où cela pourrait venir? Quelqu'un aurait-il > une idée? > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean > Couteau > Envoyé : Wednesday, December 08, 2010 2:47 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] NA dans les indices de sensibilité de Morris > > Le 08/12/2010 14:28, Bastien PREUSS a écrit : > >> Je lance un AS avec Morris, mon plan comprend 35 simu, ça tourne >> parfaitement, toutes les simu se terminent, mais quand je vais voir dans >> > les > >> résultats, mes indices de sensibilité ont la valeur NA partout. J’ai >> > regardé > >> dans les exports .csv et dans le RData, c’est pareil. >> >> Y aurait-il une raison connue à cela ? >> > > Oui, la fonction Morris n'arrive pas à calculer les indices de > sensibilité avec les résultats que tu lui donnes (d'après le debug, tu > as bien des résultats pour toutes tes simus, mais à la sortie de la > fonction morris, tu as des NA pour non calculé en gros). A première vue > je dirais qu'il te faut plus de simulations pour calculer les indices de > sensibilité. Stéphanie tu confirmes ? > > Un moyen de tester avant de lancer les simus ISIS (qui sont longues > quand même :D) : Dans R, tu crées une fonction qui a n paramètres, n > étant le nombre de paramètres de ton AS (exemple : X1*X2*X...*Xn) et tu > lances l'AS que tu veux sur cette fonction (qui simule ton modèle ISIS). > Si tu as des résultats à ton AS, c'est bon tu peux lancer la même AS > dans ISIS. (Note, j'ai jamais tester cette méthode, mais ça devrais le > faire normalement). > > Jean > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] erreur Morris
by Stephanie MAHEVAS 16 Dec '10

16 Dec '10

Bastien dans l'exemple que tu m'as envoyé, la cardinalité du dernier facteur (palangrotte-selectivité) est nulle. Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > Après avoir réussi à faire tourner une première AS, je tente > actuellement d’en faire une nouvelle, toujours avec Morris mais avec > plus de paramètres… malheureusement j’obtiens une erreur. > > J’aimerais pouvoir identifier moi-même l’erreur, mais le debug n’est > pas toujours très compréhensible pour moi… > > Je mets à la suite mon message d’erreur si quelqu’un peut m’aider ? Et > je me demande en même temps s’il n’y aurait pas moyen de faire une > petite « formation » interprétation du debug ! Pour ne pas solliciter > les lutins à chaque fois et devenir un peu plus autonome de ce point > de vue ! > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't > get scenarios from calculator > > java.lang.NullPointerException > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getRealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityCalculator.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityCalculator.java:121) > > at > sensitivity.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:78) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:443) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1027) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1040) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:256) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:658) > > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > > at > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39) > > at > sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25) > > at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) > > at jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) > > at $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) > > at > javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1995) > > at > javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2318) > > at > javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:387) > > at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:242) > > at > javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:236) > > at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6263) > > at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) > > at java.awt.Component.processEvent(Component.java:6028) > > at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2041) > > at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4630) > > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2099) > > at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) > > at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4574) > > at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4238) > > at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4168) > > at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2085) > > at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) > > at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) > > at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:599) > > at > java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:269) > > at > java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:184) > > at > java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:174) > > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) > > at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) > > at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) > > Merci. > > Bastien > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] erreur Morris
by Eric Chatellier 16 Dec '10

16 Dec '10

Le 16/12/2010 12:08, Bastien PREUSS a écrit : > > Bonjour, > > > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get > scenarios from calculator > > java.lang.NullPointerException > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getRealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityCalculator.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityCalculator.java:121) > > at > sensitivity.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:78) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:443) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1027) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1040) > > at > fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:256) > Pour faire une mini formation sur les erreurs, ceci est une pile d'appel de méthode qui a produit une erreur (le plus significatif est en haut de la pile). Ici NullPointerException veut dire que l'on veut appeler une méthode sur un objet non initialisé (null) Apres, pour debuguer, il y a des choses plus ou moins interessante par exemple, SensitivityCalculatorRMorris.java:78 veut dire que l'erreur des dans la suite du code apelé à la ligne 78 du script morris : setIsisFactorsR(plan, outputDirectory); donc l'erreur de situe dans Isis et non dans le script. L'endroit precis est à la ligne 207 du fichier MatrixContinuousDomain (mais attention qui est la ligne 212 dans isis 3.3.0.6) http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/fr/ifremer/isisfi… operator.equals("+") Je suppose que dans ce cas, operator est null. Donc le résultat de ce debug est qu'il y a un facteur de type MatrixContinuous qui n'a pas d'opérateur défini. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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erreur Morris
by Bastien PREUSS 16 Dec '10

16 Dec '10

Bonjour, Après avoir réussi à faire tourner une première AS, je tente actuellement den faire une nouvelle, toujours avec Morris mais avec plus de paramètres malheureusement jobtiens une erreur. Jaimerais pouvoir identifier moi-même lerreur, mais le debug nest pas toujours très compréhensible pour moi Je mets à la suite mon message derreur si quelquun peut maider ? Et je me demande en même temps sil ny aurait pas moyen de faire une petite « formation » interprétation du debug ! Pour ne pas solliciter les lutins à chaque fois et devenir un peu plus autonome de ce point de vue ! ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get scenarios from calculator java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getR ealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityCalculator.setI sisFactorsR(AbstractSensitivityCalculator.java:121) at sensitivity.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorri s.java:78) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationSe rvice.java:443) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.ja va:1027) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility (SimulAction.java:1040) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:256 ) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimul ParamsSimulate(ParamsUI.java:658) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39 ) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl .java:25) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) at jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) at $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1995) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2318) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:3 87) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:242) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener .java:236) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6263) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:6028) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2041) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4630) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2099) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4574) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4238) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4168) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2085) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4460) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:599) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Merci. Bastien

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