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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.1.0 released
by Eric Chatellier April 3, 2018

April 3, 2018

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: #9204: Problème d'interface lorsque l'estimation de la durée restante pour la simulation est négative #9308: Les scripts ne compilent pas si le programme est installé dans un chemin avec caractères spéciaux #9334: Problème lors de l'utilisation de script d'optimisation (lock de la base) #9339: NPE sur une matrice récupéré depuis le ResultStorage en dehors d'une simulation #9364: On linux thread not terminated #9648: Impossible d'importer une matrice ND dans l'interface de lancement de simulation #7989: Use java 8 compiler and code compliance #8733: Export de tous les paramètres pour illustrer un papier #9363: Add datarmor simulation launcher #9680: Changer le titre "Coefficient" par "Effectif" pour les Immigrations seulement #9428: Update libs (hibernate 5.2...) Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5139/isis-fish-4.4.1.0-bin… Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish March 31, 2018

March 31, 2018

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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erreur script FillTargetFactors
by Sigrid Lehuta March 22, 2018

March 22, 2018

Encore moi ! j avais crée un script (objet script) qui remplissait les equations de target factors tout seul. je l ai repris aujourd hui pour le modifier pour une autre base. j ai fais fichier /nouveau/script, je l ai completement effacé et j ai collé le texte de l ancien script, que j ai ensuite modifié a la marge (SMAC c est le nouveau). quand je fais evalué, j ai cette erreur : Caused by: java.io.FileNotFoundException: InputMixChannel\MatrixTargetFactors_glm.nb2Cpue_190216.csv (Le chemin d’accès spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open0(Native Method) at java.io.FileInputStream.open(FileInputStream.java:195) at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:138) at java.io.FileReader.<init>(FileReader.java:72) at scripts.FillTargetFactors.updateMetier(FillTargetFactors.java:143) at scripts.FillTargetFactors.run(FillTargetFactors.java:59) at scripts.FillTargetFactors_SMAC.main(FillTargetFactors_SMAC.java:171) ... 49 more or le chemin indiqué est celui de l ancien script. je l ai modifié dans le nouveau. C est comme si quand j execute ce nouveau script il essayait d executer l ancien ! Ca vient du copié collé ? Merci

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Probleme lancement isis sous linux
by Sigrid Lehuta March 22, 2018

March 22, 2018

Hola, je rencontre encore des problemes pour le lancement d isis sur mon serveur. quand je double clic sur le .sh le terminal apparait, l icone dans la barre des taches aussi mais pas l interface et j ai ce message d'erreur. Idem si je lance depuis un terminal. C est assez urgent desolee. Merci de votre aide Sigrid java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.datastore.VersionStorage.getStorageNames(VersionStorage.java:404) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage.getRuleNames(RuleStorage.java:118) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser.$completeSetup(RuleChooser.java:523) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser.$initialize(RuleChooser.java:588) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser. (RuleChooser.java:132) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.createRuleChooser(ParamsUI.java:837) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.$initialize(ParamsUI.java:1068) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI. (ParamsUI.java:197) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createParamsUI(SimulUI.java:289) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:337) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI. (SimulUI.java:145) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:370) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:408) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI. (WelcomeTabUI.java:123) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.afterInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:96) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:583) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:754) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI. (WelcomeUI.java:109) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:719) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:311) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:756) at java.awt.EventQueue.access$500(EventQueue.java:97) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:709) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:703) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:80) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:726) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:201) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:116) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:105) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:93) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:82)

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Défaut de fonctionnement sur Java 9
by Eric Chatellier Feb. 22, 2018

Feb. 22, 2018

Bonjour, La dernière version stable de Java version 9 est sortit en septembre 2017. Elle contient des changements importants et Isis Fish ne fonctionne pas encore dessus. Nous vous recommandons de rester sur Java 8 pour le moment.

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ISIS ne se lance plus sous xubuntu
by Audric Vigier Feb. 21, 2018

Feb. 21, 2018

Bonjour, J'ai voulu redémarrer ISIS tout à l'heure, et il ne se lance plus : root@emhcalcul:/users/calcul/isisfish/isis-fish-4.4.1.0-SNAPSHOT# ./isisfish.sh ./isisfish.sh : ligne 5 : 2987 Abandon (core dumped) java $MEMORY -jar isis-fish-4.4.1.0-SNAPSHOT.jar $* &> debug.txt Ma config java : root@emhcalcul:/users/calcul/isisfish/isis-fish-4.4.1.0-SNAPSHOT# java -version openjdk version "9-internal" OpenJDK Runtime Environment (build 9-internal+0-2016-04-21-232247.buildd.src) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 9-internal+0-2016-04-21-232247.buildd.src, mixed mode) J'ai laissé le debug en PJ. Que se passe-t-il? A+ Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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stack overflow
by Audric VIGIER Feb. 18, 2018

Feb. 18, 2018

Bonjour, Je suis entrain de faire tourner un couplage entre ISIS-Fish et un autre modèle via R. Je ne fournis pas tout, c'est assez long et complexe à mettre en place (il vous faudrait installer R, changer des répertoires en dur dans les règles de gestion, il y a des inputs très lourds, etc.), ce sera plus simple d'en parler par téléphone ce lundi (0687186475). J'ai mis à ce lien le debug, la base .zip, les règles de gestion et la simulation utilisée, mais ce ne sera pas suffisant pour tout faire fonctionner : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=df860e03-af33-ac9e-4b21-8c5… Dans une règle de gestion (OgiveDeTri[...]), j'appelle une fonction en R, qui doit calculer une valeur et la renvoyer à ISIS-Fish (dans la condition de la règle, l351 à 362). Tel que je l'ai codé dans la règle, ce calcul n'est fait qu'une fois, au début d'une année (c'est le sens du flag firstIteration, pour éviter une boucle sur les métiers pour certains passages de la condition; et du if sur le mois de janvier). Le problème a lieu en janvier 8. A la toute fin de mon debug, j'ai d'abord ce bloc de lignes : 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>JANUARY 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 + JANUARY 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Assessment loop 2018-02-18 15:38:22,050 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2018-02-18 15:38:22,050 INFO [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_CorrElasticity2METSEASPropSP09_NoTAC2010Split_Step3Iter3_10YearsRatio1112_EffVars_2018-02-18-15-23] (RProxy.java:116) initOnJNI - Trying to initialize the R Proxy over JNI 2018-02-18 15:38:22,321 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2016 2018-02-18 15:38:22,321 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>0.27 2018-02-18 15:38:22,321 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Last assessed year : 2017; current assessed year : 2016 2018-02-18 15:38:24,180 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Evaluate rules conditions (3 rules) 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>JANUARY 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 + JANUARY 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Assessment loop 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2018-02-18 15:47:11,848 INFO [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_CorrElasticity2METSEASPropSP09_NoTAC2010Split_Step3Iter3_10YearsRatio1112_EffVars_2018-02-18-15-23] (RProxy.java:116) initOnJNI - Trying to initialize the R Proxy over JNI 2018-02-18 15:47:11,864 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2016 2018-02-18 15:47:11,864 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>0.27 2018-02-18 15:47:11,864 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Last assessed year : 2017; current assessed year : 2016 ISIS a donc bouclé sur la condition de la règle jusqu'à la boucle if ligne 358 (il n'a pas écrit le debug de la ligne 368 "Regle mere : le TAC est de : " + TACvalue), alors qu'il n'est pas censé le faire (il n'a aucune raison de s'arrêter à la ligne 356 et de recommencer la condition). La suite du debug est plus troublante : 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>An unrecoverable stack overflow has occurred. 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment: 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># EXCEPTION_STACK_OVERFLOW (0xc00000fd) at pc=0x00000000750c59e6, pid=8140, tid=0x000000000000237c 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,931 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># JRE version: Java(TM) SE Runtime Environment (8.0_111-b14) (build 1.8.0_111-b14) 2018-02-18 15:56:13,931 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (25.111-b14 mixed mode windows-amd64 compressed oops) 2018-02-18 15:56:13,931 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># Problematic frame: 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># C [R.dll+0x2e59e6] 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># Failed to write core dump. Minidumps are not enabled by default on client versions of Windows 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,935 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># An error report file with more information is saved as: 2018-02-18 15:56:13,935 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># C:\Users\avigier\couplageISIS_SS3TEST3zones\hs_err_pid8140.log 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># If you would like to submit a bug report, please visit: 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># http://bugreport.java.com/bugreport/crash.jsp 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code. 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># See problematic frame for where to report the bug. 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:14,360 INFO [pool-3-thread-4] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 1) Qu'est-ce que c'est cette histoire de stack overflow? Dans l'interface, la simulation est bloquée en janvier 8, à l'évaluation des conditions des règles de gestion. Qu'a-t-il pu se passer? Bon après-midi, Audric

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Ordre d'affichage des éléments
by Audric VIGIER Jan. 31, 2018

Jan. 31, 2018

Bonjour, Je travaille sur différentes bases, qui n'ont que quelques petites différences. Dans l'interface de simulation, les effectifs initiaux des populations sont à renseigner par classe de taille et zone. Pour une raison que j'ignore, les zones (colonnes) ne sont pas dans le même ordre pour une population entre certaines bases, alors qu'elles ont exactement le même nom. Cet ordre est "imposé" par ISIS. Etant donné qu'en plus, l'interface de simulation ne s'actualise pas en demandant à changer de base dans la liste déroulante, je viens de me faire avoir en changeant de base : les effectifs initiaux étaient bien répartis pour la base sur laquelle je travaille en premier (les colonnes sont dans le bon ordre), mais pas pour la deuxième base (les effectifs sont dans les mêmes colonnes, mais ces colonnes ne correspondent plus aux mêmes zones). J'ai donc 2 demandes : - Actualiser l'affichage dans l'interface de simulation au changement de base. Ce serait également pratique si l'actualisation se faisait pour les listes de règles, lorsqu'une règle vient d'être créée (évite un redémarrage d'ISIS). Mais il me semble qu'on l'a déjà évoqué à la réunion. - Afficher les éléments dans un ordre alphabétique, plutôt que dans un autre ordre, qui semble dépendre de la dernière date de modification => ordonner les colonnes de la matrice d'abondance à l'état initial par ordre alphabétique, et pas autre chose. Ce serait pratique si cette modif pouvait aussi être faite pour les listes de zones, engins, métiers, scripts, etc. dans l'interface de régions. Quand j'utilise ISIS, je raisonne plutôt en "je cherche le métier chalutier langoustines au nord de la région" qu'en "je cherche le métier que j'ai modifié en 16ème". Bon après-midi, Audric

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Réunion annuelle Utilisateurs ISIS-Fish
by Stephanie MAHEVAS Jan. 8, 2018

Jan. 8, 2018

Cher.e.s ISIS-Fish ien.ne.s La réunion annuelle des utilisateurs en présence des développeurs de Code Lutin aura lieu le 9 janvier 2018 en salle 3 à Nantes de 10h à 16h30. Merci de vous inscrire au doodle afin d'organiser au mieux les pauses et le déjeuner : https://doodle.com/poll/tfkgyaeirebfy6xn Au programme : un point sur les avancées, test des dernières nouveautés, bugs, discussion sur les applications en cours, développements à venir, site web ISIS-fish, financements 2018. A très vite Stéphanie Mahévas et Sigrid Lehuta -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2017

Dec. 31, 2017

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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