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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '17

30 Sep '17

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Java 8 sera la version minimum supportée par ISIS-Fish 4.4.1.0+
by Eric Chatellier 26 Sep '17

26 Sep '17

Bonjour, À partir de ISIS-Fish 4.4.1.0, Java 8 sera requis comme version minimum pour faire tourner l'application. Je pense que la majorité des utilisateurs doivent déjà utiliser Java 8, donc cela devrait avoir très peu d'impact. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Arrêt de plans de simulations
by Audric Vigier 15 Sep '17

15 Sep '17

Bonjour, je suis entrain de faire tourner des plans de simulations sur 5 ordinateurs : -11520 simus sur celui de Sigrid -4950 sur celui de Youen -8640 sur celui de Steph -11520 sur celui d'EMH -3840 sur Acoustica Les 3 prmeiers plans de simus se sont arrêtés cette nuit, le plan sur EMH tourne sur 7 coeurs sur 10, et celui sur Acoustica continue sans encombre. Pour Sigrid (environ 1760 simus ont tourné), Youen (neviron 1920) et EMH, j'ai les mêmes symptômes : -une fenêtre pop-up "unable to create new native thread" -suivie de ce message : java.lang.OutOfMemoryError: unable to create new native thread at java.lang.Thread.start0(Native Method) at java.lang.Thread.start(Thread.java:717) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.addWorker(ThreadPoolExecutor.java:957) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.processWorkerExit(ThreadPoolExecutor.java:1025) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1167) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624) at java.lang.Thread.run(Thread.java:748) Pourtant avec la commande df -h, dans tous les cas, je remarque que la mémoire est loin d'être pleine (ici je travaille sur dev/sda7, il me reste 14G) : Sys. de fichiers Taille Utilisé Dispo Uti% Monté sur udev 16G 0 16G 0% /dev tmpfs 3,2G 9,3M 3,2G 1% /run /dev/sda7 68G 51G 14G 80% / tmpfs 16G 64M 16G 1% /dev/shm tmpfs 5,0M 4,0K 5,0M 1% /run/lock tmpfs 16G 0 16G 0% /sys/fs/cgroup /dev/sda2 100M 9,8M 90M 10% /boot/efi /dev/sda3 725G 450G 276G 63% /media/Windows cgmfs 100K 0 100K 0% /run/cgmanager/fs //nantes/echange 1,6T 1,3T 320G 81% /media/echange //nantes/discard 1,6T 1,3T 320G 81% /media/discard //lorient/echantil 1,2T 727G 474G 61% /media/echantil //lorient/credo 1,2T 727G 474G 61% /media/credo tmpfs 3,2G 52K 3,2G 1% /run/user/1001 /dev/sda8 4,5G 806M 3,5G 19% /media/youyou/34ffe439-1750-4588-bfb5-ff01136b3346 Sur le PC de Steph (environ 1075 simus), je n'ai aucun message d'erreur, mais rien ne tourne, et de même, la mémoire n'est pas pleine. Je ne peux pas faire suivre les debugs, ils font des dizaines de Go. Quel autre paramètre à surveiller pour éviter que ça ne se reproduise? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Plans de simulations et pollution du Temp
by Audric Vigier 11 Sep '17

11 Sep '17

Bonjour, Je fais un plan de simulation en local sur un PC Windows. Pour éviter de remplir son disque dur C:, je fais tourner isis sur un disque dur externe de plus d'1To, en déplaçant isis-fish-4 et isis-fish-4.4.1.0-rc-1, sur ce DDE, et en changeant la config d'ISIS-Fish. Ca ralentit les simus, mais ça m'évite que mon plan ne s'arrête prématurement parce qu'il n'y a plus de mémoire. Néanmoins, j'ai pu constater ce matin que C: était plein. ISIS-Fish a rempli mon répertoire C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp de plein de fichiers et répertoires , les plus lourds étant des répertoires de préparation de simulations (isisfish-simulation-XXXXXXXXXXXXX-preparation). Vienne tensuite les .zip de simulation (isis-sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_ForLHS_2017-09-09-12-41_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX.zip), les fichiers properties (isis-fish-paramXXXXXXXXXXXXXXXXXXX.properties), puis plein de scripts Java très légers Comment éviter ça? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Plans de simulations et parallélisation ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 08 Sep '17

08 Sep '17

Bonsoir, Je souhaite faire tourner des 10aines de milliers de simulations ISIS grâce à un plan de simulation (et c'est urgent). Pour éviter de perdre du temps, je veux bien sûr paralléliser tout ça. En faisant un test sur 10 simus sur mon PC, j'ai remarqué que mon plan tourne .... mais en utilisant 1 seul de mes 4 coeurs. Pourtant, quand j'ai utilisé un algo génétique, il y a qq semaines, il n'y avait aucun souci avec la parallélisation. J'utilise la version d'ISIS qui permet d'utiliser des algos génétiques (4.4.1.0-rc-1 snapshot). J'ai mis ma config en PJ; le nécessaire de simulation (simu, règles, inputs, région, export perso) est dispo à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=797bfad0-0f92-06b6-89c2-eae… Bonne soirée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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(no subject)
by Sigrid Lehuta 23 Aug '17

23 Aug '17

Hello je rencontre à nouveau des problèmes de semantics, cette fois dans une regle ou j ai pourtant acces à la DB et directement à la compilation. Je recupere ds simulation storage des matrices de resultats (grosvalue) et je travaille ensuite dessus grace aux semantics et j obtiens des type mismatch de List<capture#2-of ?> avec la liste d entites. Vous pouvez m aider ? le script en pj et les erreurs ci dessous. MERCI (V4.4.1-rc1 nouveau jar, script adapté d un script en V3 si c est pas 2) 3. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 213) List <Strategy> str = mat.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#2-of ?> to List<Strategy> ---------- 4. WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 217) FileUtils.writeStringToFile(file,exportPercString); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method writeStringToFile(File, String) from the type FileUtils is deprecated ---------- 5. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 270) List<Strategy> strats = valueStrPop.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#3-of ?> to List<Strategy> ---------- 6. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 271) List<Species> sps = valueStrPop.getSemantic(1); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#4-of ?> to List<Species>

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semantics decorator ??
by Sigrid Lehuta 18 Aug '17

18 Aug '17

J'ai le message d'erreur suivant pour un script d optim (en pj). C'est quoi un decorateur de semantics ?? Merci ! 2017-08-18 13:09:17,895 INFO [pool-3-thread-9] (EntitySemanticsDecorator.java:136) decorate - Fallback use string representation because i can't decorate (String->Entity): fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy#1499957804648#0.89950503610871:Bol_ESP java.lang.NullPointerException: null at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator$EntityTxProvider.findById(EntitySemanticsDecorator.java:64) ~[isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator.decorate(EntitySemanticsDecorator.java:134) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator.decorate(EntitySemanticsDecorator.java:45) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at org.nuiton.math.matrix.MatrixSemanticsDecorator$SemanticsDecoratorMatrixIterator.getSemanticsCoordinates(MatrixSemanticsDecorator.java:621) [nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at optimizations.DichotomyMultiSpecies.calculFonctionObjectif(DichotomyMultiSpecies.java:551) [isis-build/:?] at optimizations.DichotomyMultiSpecies.endSimulation(DichotomyMultiSpecies.java:283) [isis-build/:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:161) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149) [?:1.8.0_131] at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624) [?:1.8.0_131] at java.lang.Thread.run(Thread.java:748) [?:1.8.0_131]

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Simulations en parallèle
by Audric Vigier 17 Aug '17

17 Aug '17

Bonjour, J'essaie d'utiliser un script d'optimization (voir à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=adf4ad9d-2b2e-95dc-27a1-72d… ). C'est un algorithme génétique, avec des générations de 20 simulations. Sur mon PC, 3 simulations ISIS + le processus gérant ces simulations peuvent tourner en parallèle. Le problème, c'est que je n'arrive pas à faire tourner une génération jusqu'à la fin à cause d'un conflit d'accès à la base de données : Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194] Lorsque ça arrive, la simulation et le processus java associé ne se terminent jamais. Ce n'est pas la première fois que j'ai eu cette erreur, et j'ai déjà limité au maximum l'usage de TopiaContext et les accès à la base de données (ce qui explique aussi pourquoi mon script est si peu générique à certains endroits). J'ai réduit les accès à la base de données au minimum (il y en a uniquement dans la fonction changeDB() ), et je ne vois pas quoi faire d'autres pour éviter d'accéder à la base de données alors qu'elle est déjà utilisée. Qu'est-ce que je peux envisager d'autre? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Accéder au SimulationContext
by Audric Vigier 16 Aug '17

16 Aug '17

Bonjour, Je travaille sur un script d'optimisation. Ce script doit pouvoir modifier des facteurs de ciblage, qui sont estimés au fil des simulations. Pour chaque métier, le facteur de ciblage du merlu est donné par une équation, dépendant uniquement de valeurs définies dans le SimulationContext (flags). Ce sont ces valeurs du SimulationContext que je veux en fait modifier dans le script d'optim. Depuis le script d'optim, je connais l'OptimizationContext, le SimulationStorage, et je ne vois pas comment accéder au SimulationContext depuis ces classes, ce qui m'empêche de faire la modif. Comment je peux m'y prendre? Autre question : il y a tout un tas de classes DAO (MetierDAO, etc.) dans l'API, que j'ai revues dans un script. Elles servent à quoi? Que veut dire "DAO"? Bonne soirée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Mise à jour scripts VCS officiel ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 03 Aug '17

03 Aug '17

Bonjour, Pour explorer de vieilles bases de données ISIS, j'ai dû utiliser des ISIS 4.3 (en renommant mon isis-fish-4 autrement en attendant pour éviter les modifs intempestives). Sous ISIS 4.3, à l'ouverture, on me signalait que quelque chose clochait avec RejetsNombre.java (je ne sais plus quoi exactement). Une fois de retour sous ISIS 4.4, j'ai réutilisé le répertoire isis-fish-4 habituel, sauf que le script RejetsNombre.java (VCS officiel) avait été quand même modifié et n'était plus compilable, les fonctions de ce script contenaient des "========= .r389". A l'ouverture d'ISIS 4.4.1.0, on ne me proposait pas de mettre à jour mes scripts VCS officiel, et rien n'était signalé, et je n'avais pas la possibilité de voir les différences avec la version du serveur. J'ai depuis pu récupérer le script RejetsNombre.java tel qu'avant toutes ces modifs grâce à une copie locale. Néanmoins, je trouve étrange de ne pas pouvoir reprendre le "bon" script sur le serveur. Bonne journée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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