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(no subject)
by Sigrid Lehuta Aug. 23, 2017

Aug. 23, 2017

Hello je rencontre à nouveau des problèmes de semantics, cette fois dans une regle ou j ai pourtant acces à la DB et directement à la compilation. Je recupere ds simulation storage des matrices de resultats (grosvalue) et je travaille ensuite dessus grace aux semantics et j obtiens des type mismatch de List<capture#2-of ?> avec la liste d entites. Vous pouvez m aider ? le script en pj et les erreurs ci dessous. MERCI (V4.4.1-rc1 nouveau jar, script adapté d un script en V3 si c est pas 2) 3. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 213) List <Strategy> str = mat.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#2-of ?> to List<Strategy> ---------- 4. WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 217) FileUtils.writeStringToFile(file,exportPercString); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method writeStringToFile(File, String) from the type FileUtils is deprecated ---------- 5. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 270) List<Strategy> strats = valueStrPop.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#3-of ?> to List<Strategy> ---------- 6. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 271) List<Species> sps = valueStrPop.getSemantic(1); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#4-of ?> to List<Species>

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semantics decorator ??
by Sigrid Lehuta Aug. 18, 2017

Aug. 18, 2017

J'ai le message d'erreur suivant pour un script d optim (en pj). C'est quoi un decorateur de semantics ?? Merci ! 2017-08-18 13:09:17,895 INFO [pool-3-thread-9] (EntitySemanticsDecorator.java:136) decorate - Fallback use string representation because i can't decorate (String->Entity): fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy#1499957804648#0.89950503610871:Bol_ESP java.lang.NullPointerException: null at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator$EntityTxProvider.findById(EntitySemanticsDecorator.java:64) ~[isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator.decorate(EntitySemanticsDecorator.java:134) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.util.EntitySemanticsDecorator.decorate(EntitySemanticsDecorator.java:45) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at org.nuiton.math.matrix.MatrixSemanticsDecorator$SemanticsDecoratorMatrixIterator.getSemanticsCoordinates(MatrixSemanticsDecorator.java:621) [nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at optimizations.DichotomyMultiSpecies.calculFonctionObjectif(DichotomyMultiSpecies.java:551) [isis-build/:?] at optimizations.DichotomyMultiSpecies.endSimulation(DichotomyMultiSpecies.java:283) [isis-build/:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:161) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) [isis-fish-4.4.1.0-rc-1.jar:?] at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149) [?:1.8.0_131] at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624) [?:1.8.0_131] at java.lang.Thread.run(Thread.java:748) [?:1.8.0_131]

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Simulations en parallèle
by Audric Vigier Aug. 17, 2017

Aug. 17, 2017

Bonjour, J'essaie d'utiliser un script d'optimization (voir à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=adf4ad9d-2b2e-95dc-27a1-72d… ). C'est un algorithme génétique, avec des générations de 20 simulations. Sur mon PC, 3 simulations ISIS + le processus gérant ces simulations peuvent tourner en parallèle. Le problème, c'est que je n'arrive pas à faire tourner une génération jusqu'à la fin à cause d'un conflit d'accès à la base de données : Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194] Lorsque ça arrive, la simulation et le processus java associé ne se terminent jamais. Ce n'est pas la première fois que j'ai eu cette erreur, et j'ai déjà limité au maximum l'usage de TopiaContext et les accès à la base de données (ce qui explique aussi pourquoi mon script est si peu générique à certains endroits). J'ai réduit les accès à la base de données au minimum (il y en a uniquement dans la fonction changeDB() ), et je ne vois pas quoi faire d'autres pour éviter d'accéder à la base de données alors qu'elle est déjà utilisée. Qu'est-ce que je peux envisager d'autre? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Accéder au SimulationContext
by Audric Vigier Aug. 16, 2017

Aug. 16, 2017

Bonjour, Je travaille sur un script d'optimisation. Ce script doit pouvoir modifier des facteurs de ciblage, qui sont estimés au fil des simulations. Pour chaque métier, le facteur de ciblage du merlu est donné par une équation, dépendant uniquement de valeurs définies dans le SimulationContext (flags). Ce sont ces valeurs du SimulationContext que je veux en fait modifier dans le script d'optim. Depuis le script d'optim, je connais l'OptimizationContext, le SimulationStorage, et je ne vois pas comment accéder au SimulationContext depuis ces classes, ce qui m'empêche de faire la modif. Comment je peux m'y prendre? Autre question : il y a tout un tas de classes DAO (MetierDAO, etc.) dans l'API, que j'ai revues dans un script. Elles servent à quoi? Que veut dire "DAO"? Bonne soirée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Mise à jour scripts VCS officiel ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier Aug. 3, 2017

Aug. 3, 2017

Bonjour, Pour explorer de vieilles bases de données ISIS, j'ai dû utiliser des ISIS 4.3 (en renommant mon isis-fish-4 autrement en attendant pour éviter les modifs intempestives). Sous ISIS 4.3, à l'ouverture, on me signalait que quelque chose clochait avec RejetsNombre.java (je ne sais plus quoi exactement). Une fois de retour sous ISIS 4.4, j'ai réutilisé le répertoire isis-fish-4 habituel, sauf que le script RejetsNombre.java (VCS officiel) avait été quand même modifié et n'était plus compilable, les fonctions de ce script contenaient des "========= .r389". A l'ouverture d'ISIS 4.4.1.0, on ne me proposait pas de mettre à jour mes scripts VCS officiel, et rien n'était signalé, et je n'avais pas la possibilité de voir les différences avec la version du serveur. J'ai depuis pu récupérer le script RejetsNombre.java tel qu'avant toutes ces modifs grâce à une copie locale. Néanmoins, je trouve étrange de ne pas pouvoir reprendre le "bon" script sur le serveur. Bonne journée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Erreur Script remplissage automatique des target factor
by Pierre ISSAC Aug. 2, 2017

Aug. 2, 2017

Bonjour, Je voudrais remplir automatiquement ma base de Target Factor à l'aide d'un fichier csv sous format Semantics. Lors de la lecture du script je reçois l'erreur suivante: Caused by: org.nuiton.math.matrix.MatrixException: Line doesn't match dimension and default value information:[24,7,4];;; Je pense qu'il y a une erreur dans le format du csv. La matrix est en trois dimension : Metier, premier mois de la saison, espèces En pj le script et le fichier csv Bonne journée

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Fwd: debug.text
by smahevas July 28, 2017

July 28, 2017

et un deuxieme merci de ton aide stephanie -------- Courriel original -------- OBJET: debug.text DATE: 2017-07-20 16:29 DE: serghini mansour <serghini2002(a)yahoo.com> À: "smahevas(a)ifremer.fr" <smahevas(a)ifremer.fr> Bonne reception

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Library to do radar plots
by Sigrid Lehuta July 27, 2017

July 27, 2017

I used the R library ggradar library(ggplot2) devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar", dependencies=TRUE) library(ggradar) Example of use : ### Radar : catch@year /species, arrows are species, lines are years meanErrYear <- aggregate(percErr~year+sp, data=caaY, FUN=mean) MEY <- reshape(meanErrYear,direction = "wide",idvar="year",timevar="sp") MEY <- rbind(MEY, c(99,colMeans(MEY[,-1]))) MEY <- replace(MEY,MEY>100,100) # avoid to big values ggradar(MEY,grid.min = 0,grid.mid = 50, grid.max = 100,legend.title = "Year")

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Fwd: *******SPAM*******
by smahevas July 20, 2017

July 20, 2017

Eric, un premier bug de lancement de simulation avec la base atelier golfe de gascogne sans regle par un utilisateur du groupe marocain une idee? merci Stephanie -------- Courriel original -------- OBJET: *******SPAM******* DATE: 2017-07-20 16:35 DE: Jilali Bensbai <j.bensbai(a)gmail.com> À: smahevas(a)ifremer.fr merci -- BENSBAI Jilali Chef URD Exploitation et Gestion Des Pêches INRH-Casa Tel : +212661598386 Other émail : bensbai(a)inrh.ma j_bensbai(a)yahoo.fr

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Re: [Isis-fish-users] ISIS-Fish info
by Stephanie MAHEVAS July 20, 2017

July 20, 2017

Dear all first, I recommend you to install the version 4.4.0.2 of ISIS-fish and not the last one, which is still under testing. Second, do you understand French because the manual is still in French .... :-\ ? Le 14/07/2017 10:13, Silvia Angelini a écrit : > Dear Dr. Mahévas, > > here we are Silvia Angelini and Lorenzo D'Andrea, we are two researchers > working with Dr. Tommaso Russo of the University of Tor Vergata in Rome. > Tommaso probably contacted you before to inform that we are using > ISIS-Fish in the framework of the MANTIS project. MANTIS aims at > investigating how a network of marine managed areas (MMAs) can contribute > to improve sustainable fisheries in the Mediterranean. In particular, we > would like to explore the effect of spatial closures and other management > measures for the most important species of the trawl fishery in the our > two case studies, that are one in the Adriatic Sea and the other one in > the Strait of Sicily (SoS). > > We start setting the ISIS-Fish model for the stock of Mullus barbatus > living in the SoS, but to proceed with the work we need to ask some > clarifications, summarised in the list that you can find hereunder. Can we > gently ask some help for clarifing our doubts? I try to answer your questions but I recommend you to read carefully the two papers of reference of the model (attached to this email). It should help you to understand the processes described and the way they can be set in the interfaces. More information are available and updated on the website of ISIS-Fish but unfortunately most tutorials are in French... You can also explore (as a source of ideas) some databases of fisheries modeled with ISIS-fish and available on the website http://www.isis-fish.org/download.html (Base de donnees Golfe de Gascogne Prospective ou Base Channel Faltfish Fishery). > > 1) About the population structure, we tried to include the growth both > manually or using the growth equation but in both cases the resulting ages > and lengths do not match our expectations; Is it age or length structured? I recommend to start with an age-structured model. if you specify a length-structured model and you want the age of the length group, you need to specify the inverse growth curve. Can you send us your database (exported from the interface Region, http://www.isis-fish.org/v4/user/usermanual/inputs.html#menu-region) and a table with what you expect ? > 2) In the Species-Zones section, why all the areas are present in both > boxes, spawning and recruitment areas? You first define the population zones (the definition of zones is given in Mahevas et al 2004). Then you precise the recruitment zone (where recruitment takes place) and the spawning zone (where reproduction (concentration of spawners) takes place). And finaly the matrix below allows you to specify the connectivity between spawning zones and recruitment zones. > 3) About the life history traits, can you explain how to include the > maturity ogive and the reproduction rate? you need to set an equation in the user-interface example of maturity ogive : double lg=group.getLength(); double Maturite=(1/(1+Math.exp(-0.2*(lg-42.85)))); return Maturite; example of reproduction rate if (group == null) return 0.0; else return 0.4; more examples in http://www.isis-fish.org/v4/user/usermanual/inputs.html#onglet-saisie-des-e… > 4) About the recruitment section: Do we have to include the reproduction > equation? no a stock-recruitment equation is enough Fisrt define the spawning season and the number of months between spawning and recruitement. If recruitment spreads over several month you can also define the distribution of recruitment Then, Reproduction equation should be : return 0; Recruitment equation should be implemented in the interface below the reproduction equation, box - "recruitment equation". Two examples are available here : http://www.isis-fish.org/v4/user/scripts.html > 5) About the accessibility: How can we get these values? What do they > represent? The accessibility of each age group in each area? this parameter is defined in Mahevas et al 2014. It is more availability than accessibility. It represent the proportion of abundance available to fishing (whatever the metier). It is used to compute fishing mortality, multiplying catchability and the standardized fishing effort. You can set it to 1 if you do not have any knowledge about it. Otherwhise it can be estimated during the calibration step of the model. > > 6) About the price, is this one interpreted as €/kg? It depends on the unity of your weight/age or weight/length relationship. If this one is in kg then price should be in kg. If it is in g than it should be in g. > 7) About the stocks section: do we have to fill the Fbar min and max group > as in the stock assessment? What is the 'abundance reference month'? And > which is the difference of selecting or not selecting 'F computed on > landings'? yes abundance reference month is the month at which the assessment working group is supposed to estimate the annual abundance and the annual fishing mortality (generally january) > > 8) Gears section: what is the standardisation effort? in Mahevas et al 2004 and Pelletier et al 2009 > > 9) About the 'Set of vessels' section: what does 'Fixed costs' mean? There > is a list of costs in the 'metier parameters’ section again in Pelletier et al 2009 > We are sorry for the long list of questions, but there are different > points in which we are stuck. Thank you so much for your help. > > Best regards > > Silvia and Lorenzo > > I hope these few elements will help you.... The "good" way of doing when you have some troubles with ISIS-Fish is to ask your question on the ISIS-Fish mailing list. To subscribe the users mailing list, you should fill a template (http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users) Finaly, if you have some funds for traveling, you can also plan a stay in Nantes to interact face-to-face with Isis-fish users and developpers.... Best Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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