May 2009 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

[Isis-fish-user] Wiki : autorisation de modifier une page
by Sigrid LEHUTA 29 May '09

29 May '09

Bonjour tout le monde, Chirine a apparement un probleme de connexion au wiki. Savez vous pourquoi ? je transferts son mail. Chirine as tu bien créé ton compte à partir de cette adresse ? http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -------- Message original -------- Sujet: Re : stocker un fichier sur le wiki Date: Fri, 29 May 2009 09:08:08 +0000 (GMT) De: chirine HUSSEIN <m475chi(a)yahoo.fr> Pour: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Références: <440288.94022.qm(a)web24502.mail.ird.yahoo.com> <4A1EB04D.90206(a)ifremer.fr> Salut sigrid, merci pour l'infos, mais apparemment j'ai un problème de connexion wiki (toujours il y a le message Nom d'utilisateur ou mot de passe erroné ), j'ai demandé le mot de passe mais toujours je ne reçois rien sur mon mail de connecion) , quand j'essaie d'ouvrir l'editeur de wiki, il y a toujours le message (Vous n'êtes pas autorisé à modifier cette page). à + chirine ------------------------------------------------------------------------ *De :* Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> *À :* chirine HUSSEIN <m475chi(a)yahoo.fr> *Envoyé le :* Jeudi, 28 Mai 2009, 17h39mn 57s *Objet :* Re: stocker un fichier sur le wiki Salut Chirine, c'est une bonne idée ! Précise bien au dessus de ton script que c'est un script R (et pas java) pour le traitement des résultats de simulation. Pour le stoquage, je ne comprends pas exactement le fonctionnement non plus ! Mais pour charger un fichier, tu ouvres l editeur du wiki (icone bulle) à l endroit ou tu veux inserer le lien, et tu tapes : [[attachment:nomDuFichier.txt|Script en R pour le traitement des sorties]] la partie avant le "|" c est le nom de ton fichier, la partie apres le "|" c est ce qui apparaitra dans le wiki, tu peux ecrire ce que tu veux. tu enregistres. ensuite tu cliques sur ton lien (qui apparait en rouge). Une page apparait ou tu peux charger ton fichier. Je crois qu'il faut qu il garde le même nom que celui que tu lui as donner dans le lien (ici : nomDuFichier.txt). Je pense que ca devrait fonctionner. A++ chirine HUSSEIN a écrit : > salut sigrid, > > Je voudrais stocker sur le wiki les fichiers R et instructions > interessantes pour les utilisateurs ce qui concernt l'importation les > resultats des simulation d'un plan d'analyse. Cepndant,je n'arrive pas > à trouver comment ça fonctione (le stockage). peus-tu me un coup de > main ou bien je t'envoie le fichier ? > > merci > > à + > > chirine > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

3 8

[Isis-fish-user] plan d'analyse
by chirine HUSSEIN 27 May '09

27 May '09

Bonjour, J’ai un petit souci avec les simus de l’analyse de sensibilité, et je n'arrive pas à comprendre d’où vient le problème. Je lance les simus (256 sims), mais à cause de problème de mémoire, j’ai arrêté le plan et recommencer à partir de la ligne de la matrice d’expérience où le plan est arrêté, mais les sims ne marche plus (message d’erreur l’élément {0} demandé n’existe pas dans la matrice [256,9]). Autre problème, dans les résultats, par fois il n'y a pas de différences...je trouve les mm valeurs d’abondance, de biomasse et des captures pour certains sims, ce qui n'est pas trop normal. J’ai vérifié les lignes correspondantes dans la matrice et elles ne sont pas identiques !! Je vous envoie le fichier d’erreur Merci d’avance chirine

2 3

[Isis-fish-user] Pas de différences de résultats dans les simus avec ou sans réglementation
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 19 May '09

19 May '09

Salut les ISISiens, j'ai un petit soucis avec les simus, et je n'arrive pas à comprendre ce qui coince. Je lance une simu sans réglementation pour voir l'évolution "normale" de ma pop., puis des simus avec réglementation (comme par exemple certaines zones en cantonnement, ou taille limite de capture etc etc etc). Cependant, dans les résultats, il n'y a pas de différences...je trouve les mm valeurs d'abondance (entre autres) qu'il y ait une réglementation ou non.... Ce qui n'est pas trop normal.... Si par exemple je ferme une zone à la pêche : je peux vérifier qu'avec réglementation, les captures dans cette zone sont nulles. Par contre, pas de changement d'abondances au cours du temps...bizarre, bizarre.... Y a-t-il un souci de correspondances entre les zones? Ou qqch ds le script à modifier? merci delph

4 9

[Isis-fish-user] Probleme importation automatique de fichier sous R
by chirine HUSSEIN 18 May '09

18 May '09

Bonjour à tous, Nous avons un petit probleme sous R. Nous voulons importer 256 fichiers de Biomasse, par exemple, qui contiennent les resultats de simulations. Seul le numero du nom du repertoire de la simulation change dans le chemin d'acces au fichier. Savez-vous comment on pourrait automatiser la procedure d'importation de ses fichier dans R, sans avoir a repeter 256 fois la ligne de commande d'importation ? Par exemple au moyen d'un boucle for et envoyer les resultats dans une liste ? ------------------------------------------------------------ Exemple de commandes, non automatises : BIOM[[1]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_0\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) BIOM[[2]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_1\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) . . . BIOM[[256]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_256\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) ---------------- Exemple de programme qui permettrait d'automatiser (Non focntionnal car il reste un seul probleme : le numero du nom du repertoire doit changer de maniere automatique (comment introduire une sorte d'indice i) for (i in 1:nrow(SumBIOM)) { BIOM[[i]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_1\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) } Merci d'avance

2 1

[Isis-fish-user] plan d'anlyse
by chirine HUSSEIN 14 May '09

14 May '09

Bonjour à tous, Je suis en train de tourner les simulations de l’analyse de sensibilité (au totale 256 sim). Cependant, à couse d’un problème de mémoires sur les simulations n’avancent plus. J’ai relancé le plan en indiquant à quelle ligne de la matrice, je dois commencer à faire tourner les simulations. Mais ça ne marche toujours pas, il me met le message « L’élément demandé {0} n’existe pas dans la matrice [256, 9] ». Je vous envoie du fichier d’erreur ? Merci pour l’avance chirine

1 0

[Isis-fish-user] modifier les effectifs initiaux
by chirine HUSSEIN 11 May '09

11 May '09

Bonjour à tous, dans le script de l'analyse de sensibilité, je voudrais modifier les effectifs initiaux , y-a-il une moyenne? j'ai regardé dans l'API, mais je pense qu'il y a rien? merci chirine

1 0

[Isis-fish-user] modifier les effectifs initiaux
by chirine HUSSEIN 11 May '09

11 May '09

Bonjour à tous, dans le script de l'analyse de sensibilité, je voudrais modifier les effectifs initiaux , y-a-il une moyenne? j'ai regardé dans l'API, mais je pense qu'il y a rien? merci chirine

1 0

[Isis-fish-user] analyse de sensibilité
by chirine HUSSEIN 07 May '09

07 May '09

Bonjour à tous, Toujours pour l’analyse de sensibilité , mon plan d’analyse pour 9 paramètres, à priori, j’ai un problème avec un seul (facteur de ciblage) , dans l’interface Editeur de script, le plan d’analyse est correcte, mais les simulations ne tournent pas, et quand j’enlève tous ce qui concerne le facture de ciblage (dans le script), les simulations tournent bien. Je vous envoie le script du plan d’analyse, et le fichier d’erreur. Pourrez-vous jeter un coup d’œil. Merci bien pour l’avance. Chirine

3 13

[Isis-fish-user] Résultats d'une simulation : uniquement abondances / Bug si temps de simu trop long
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 07 May '09

07 May '09

Bonjour les ISISiens, j'ai fait tourner quelques simus, et 2 soucis, si vous pouvez m'éclairer : 1) une des simus a très bien fonctionné, elle a calculé les abondances de l'espèce sur 5 ans...par contre, quand j'essaye d'afficher l'évolution des captures, là ça ne marche plus, ISI me laisse un graphique tout blanc, sans aucune valeur... 2) j'ai essayé de lancer une simu sur un pas de tps plus long (10 à 30 ans) et ça tourne pour la première année (mais sacrément long) et puis ça bugg...est-ce trop lourd ? Un souci de mémoire ? Merci Delphine

3 8