September 2013 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '13

30 Sep '13

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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out of Memory / vitesse de simulation
by Sigrid LEHUTA 17 Sep '13

17 Sep '13

salut, merci pour vos réponses concernant les différences de vitesse de simulation sur 2 ordis équivalents. Il se trouve en fait que je faisais tourner la même base mais pas les mêmes espèces et l'une d'elles (la sole) est bcp plus lente. Pourtant elle a seulement 5 zones pop contre 3 pour l autre espèce plus rapide... mystere. Le check de la pecherie ne révèle pas d erreur. j ai aussi eu, tjs pour la sole (pas de pb avec les autres sp), un plan d exp sequentiel stoppé a 15 simus pour "out of memory" (cf log ci dessous). je suis en 32 bits comme suggere par Benjamin et J'avais modifié les options pour utiliser BigMappedVector comme suggeré par Eric mais je ne suis pas sure que ca ait ete pris en compte étant donné le log: "at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46)". Je joints la base au cas ou l'un de vous voudrait s'y pencher. Merci d'avance de vos pistes d amélioration. at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedConstructorAccessor155.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 29 more INFO|20:29:08,788|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 6148.380 -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

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manip de matrices
by Sigrid Lehuta 05 Sep '13

05 Sep '13

Hola, je cherche un specialiste de matrixND... j ai une matrice 3D [mois,str,met] que je veux remplir avec une serie de matrices 2D. chaque matrice 2D est [str, met] et correspond a un mois. j'aurais bien fait un int [] pos = {0,0,0}; mat3D.getSubMatrix(0,mois).paste(pos,mat2D_mois); mais getSubMatrix renvoit une nouvelle matrice... est ce que int [] pos = {mois,0,0}; mat3D.paste(pos,mat2D_mois); functionnerait? Ai je une alternative a la boucle sur chaque element? Merci!

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Re: [Isis-fish-users] file not found exception
by Eric Chatellier 03 Sep '13

03 Sep '13

Le 03/09/2013 10:35, sigridlehuta(a)gmail.com a écrit : > [[PAGE_NAME]] > Le fichier est dur à lire, mais il ne semble pas contenir d'erreur qui expliquerais le bug. Que contient le dossier 'sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13' ? -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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file not found exception
by sigridlehuta＠gmail.com 03 Sep '13

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file not found exception
by Sigrid Lehuta 03 Sep '13

03 Sep '13

Hello, ca fait 2 fois que j'ai cette erreur qui stoppe le déroulement de mon plan d'experiences dependant. Cette fois il tournait sur caparmor (je ne sais plus pour la derniere fois). A quoi est ce du? est ce que ca peut etre une rupture de communication entre mon PC et caparmor? comment l'eviter? Merci INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:525) getSimulation - Try to open simulation sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13(C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13) INFO [pool-3-thread-1] (CalibrationPLE_2qMixChannel.java:374) afterSimulation - after simulation ERROR [pool-3-thread-1] (SimulationService.java:1073) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan simulationplans.CalibrationPLE_2qMixChannel fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at simulationplans.CalibrationPLE_2qMixChannel.afterSimulation(CalibrationPLE_2qMixChannel.java:375) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJob.finished(SimulationService.java:1070) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:252) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 6 more INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:591) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13 ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:428) run - An exception occurs durring monitoring fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't read simulation parameters from file C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:397) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:675) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:627) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:480) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:425) Caused by: java.io.FileNotFoundException: C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13\parameters.properties (Le fichier spécifié est introuvable) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getParameter(SimulationStorage.java:392) ... 4 more

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