April 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Conférence ISIS-Fish aux RMLL 2010 à Bordeaux
by Jean Couteau May 25, 2010

May 25, 2010

Bonjour à tous, je vous annonce que j'animerais une conférence sur ISIS-Fish lors des Rencontres Mondiales du Logiciel Libre 2010 qui se tiendront du 6 au 11 juillet à Bordeaux. Si ça vous intéresse d'y assister... Je n'ai pas encore le jour et l'heure de la conférence, les programmes n'étant pas encore définitifs, mais je vous en ferais part dès que je les aurais. L'annonce de la conférence sur le site des RMLL : http://2010.rmll.info/ISIS-Fish-un-simulateur-libre-pour-la-recherche.html Bonne journée Jean Couteau Code Lutin

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capturabilité...
by Sigrid LEHUTA April 30, 2010

April 30, 2010

Un petit point sur ce que c est la capturabilité d isis par rapport a la capturabilité dont on parle habituellement ... Si d autres users peuvent completer on pourra mettre ca sur le wiki en complement du manuel (c est surement dans les publis aussi si qqn le retrouve). (en anglais parce que je le copie d ailleurs) The accessibility is the probability for a fish in a given area at a given season to be fished by a standard fishing unit with non-selective gear (catchability sensu Seber, 1982). These parameters reflect fish (aggregative) behaviour and potentially depend on stage and season. c est la capturabilité d isis, on aurait du l appeler accessibilité. Fishing mortality is computed based on spatial fishing effort standardised per métier (targeting intensity) and gear (standardisation factor), on gear selectivity as a function of fish length and on fish accessibility. The product of these four parameters is commonly called catchability. Apres on estime ce qu on peut, car dependemment des donnees dispo, les differents facteurs ne sont pas forcement identifiables. La manière (j espere correcte au moins pragmatique) dont je le vois c est : qu est ce qui fait la difference entre les captures de deux métiers à effort,efficacité technique, zone de pêche, mois, taille de poisson, et engin identique ? réponse : le target factor ! autrement dit le target factor et le standardisation factor entre engin c'est respectivement les effets engin et métier dans un modele CPUE ~ year * month * area * length class * technical efficiency * gear * metier -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re: [Isis-fish-users] PBS sur cluster
by Eric Chatellier April 28, 2010

April 28, 2010

> Bonjour Eric, Bonjour, > Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive pas bien > linformation pour lancer la simu. > > On ne trouve pas de fichier de type attendu. De quel fichier parler vous ? > Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec les > instructions > attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant à la > main. La simulation apparait-elle dans la queue des simulations en cours (dans isis) ? Sur le cluster, il doit y avoir plusieurs fichiers dans le dossier "isis-tmp" : - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-pbs.id (l'identifiant du job) - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-output.txt (la sortie de isis sur le cluster) Et si la simulations a réussie: - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-result.zip - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-result.md5 > Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre le nom entré > par lutilisateur et la date incrémentée automatiquement), ça pose > problème lors de la lecture du fichier Quel soucis, vous avez un message d'erreur en particulier ? Normalement les identifiants sont entre quote "", les espaces ne devrait pas poser de problèmes. Plus globalement, il devrait y avoir des erreurs sur le isis client (debug.txt) ou sur le isis cluster (output.txt). Autre question sinon, qu'affiche la commande qsub lorsque vous la lancez à la main ? De mémoire sour caparmor ca écrit : $ qsub -q qLong simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-script.seq 46456465.service4 46456465.service4 est l'identifiant du job. Sur caparmor, qsub sort églalement des fichiers dans le compte utilisateur pour savoir si la soumission du job à réussie. -- Éric Chatellier

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Re: [Isis-fish-users] pb classes
by Eric Chatellier April 28, 2010

April 28, 2010

> Bonjour, > > Malheureusement le fichier fait 11Mo et à été rejeté... Tu peux l'uploader ici : http://upload.codelutin.com/ -- Éric Chatellier

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PBS sur cluster
by Bastien Preuss April 28, 2010

April 28, 2010

Bonjour Eric, Je viens de retester les simu sur le cluster, et ça ne marche pas encore. Il ny a plus lerreur de la librairie, de ce coté là, cest bon. Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive pas bien linformation pour lancer la simu. On ne trouve pas de fichier de type attendu. Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec les instructions attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant à la main. Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre le nom entré par lutilisateur et la date incrémentée automatiquement), ça pose problème lors de la lecture du fichier Toto.pbs : #PBS -S /bin/sh ### RAPPEL Lancement sur cluster Nea : " ### qsub -q qLong toto.pbs ### JOB NAME #PBS -N ISIS ### JOB CLASS #PBS -q qLong ###Number of nodes #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=240:00:00 ### Merge output error and log files #PBS -j oe ### Ressources # This job's working directory : echo Working Directory is $PBS_O_WORKDIR cd $PBS_O_WORKDIR echo Running on host `hostname` echo Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This job runs on the following processors : echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes echo $HOME cd "/home/bpreuss/isis-fish-3.3.0.2" pwd ##source /usr/share/modules/init/csh ##module load java/1.6.0 /home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java -Xmx2500M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51" "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-preparation.zip" "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-result.zip" >& "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-output.txt" ###rm -rf "$HOME/isis-database-3/simulations/sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 0-15-25" Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] pb classes
by Eric Chatellier April 28, 2010

April 28, 2010

Le 28/04/2010 07:16, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous… > > Bonjour, > > Je ne sais pas si quelqu’un a déjà eu ce genre de problème ; la même > chose m’été arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été > résolut avec un changement de version. > > Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les > classes que j’ai créé la fois précédente sont modifiées… > > Par exemple : je créé 21 classes d’âge de 0 à 20, avec le dernier > groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je > quitte ISIS, puis quand j’ouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes > classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec > les 30 classes d’âge suivantes : > > 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 > ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 !!!! > > Il y a donc des classes qui se dédoublent… pourquoi ça ??! Mais pas > toutes !! et elle ne se suivent pas… !!! > > Serait-ce lié aux équations de croissance ? > Pourrais-tu m'envoyer la base en question ? (sans l'exporter, en zippant la région dans le dossier Regions). Merci. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Re : pb classes
by Sigrid LEHUTA April 28, 2010

April 28, 2010

Si ca t aide Eric, ca ressemble a ce bug signalé et réparé sur une version précédente. Bugs item #1534, was opened at 01/03/2007 10:14 You can respond by visiting: http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?func=detail&atid=113&aid=1534&gro… Or by replying to this e-mail entering your response between the following markers: #+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+ (enter your response here) #+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+ > >Status: Closed > Priority: 3 Submitted By: sigrid lehuta (sigrid) Assigned to: Nobody (None) Summary: doublement des classes de longueur Category: Interface Saisie/Modification Group: ver-3-0 > >Resolution: Out of Date > Initial Comment: Dans l interface de saisie, le nombre de classe de longueur a doublé, chaque classe initiale étant répliquée 1 fois. Aucune idée de l'opération à l origine de ce bug. Peut-etre tres ponctuel. ---------------------------------------------------------------------- > >Comment By: Eric Chatellier (chatellier) > Date: 02/03/2009 15:02 Message: Closed bug report (Out of date) Bastien Preuss a écrit : > > J’ai refait des tests, et le problèmes ne semble pas se reproduire à > tous les coups… > > Seulement de temps à autres… ? > > C’est bizarre non ? > > > > > > > > > > *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* > chirine HUSSEIN > *Envoyé :* mercredi 28 avril 2010 18:03 > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Objet :* [Isis-fish-users] Re : pb classes > > > > Bonjour, > > j'ai trouvé le même problème, maisapparemenet c'était liée à la base > de donnée, car quand j'ai reteléchargé la base de données de nouveaux > e, ça marche normalement (sans des modification des classes). > > > > > HUSSEIN Chirine > > > > Doctorante > Biologie Ecologie Tropicale et Méditerranéenne > UMR 5244 CNRS-EPHE-UPVD > Université de Perpignan Via Domitia, 52 Avenue Paul Alduy > 66860 Perpignan Cedex, FRANCE > Bureau/Office: +33 (0)4 68 66 20 55. > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > *De :* Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)noumea.ird.nc> > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Envoyé le :* Mer 28 avril 2010, 7 h 16 min 31 s > *Objet :* [Isis-fish-users] pb classes > > Bonjour à tous… > > > > Je ne sais pas si quelqu’un a déjà eu ce genre de problème ; la même > chose m’été arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été > résolut avec un changement de version. > > > > Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les > classes que j’ai créé la fois précédente sont modifiées… > > Par exemple : je créé 21 classes d’âge de 0 à 20, avec le dernier > groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je > quitte ISIS, puis quand j’ouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes > classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec > les 30 classes d’âge suivantes : > > 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 > !!!! > > Il y a donc des classes qui se dédoublent… pourquoi ça ??! Mais pas > toutes !! et elle ne se suivent pas… !!! > > Serait-ce lié aux équations de croissance ? > > > > > > Je mets en PJ le Debug, il semble d’ailleurs y avoir d’autres erreurs… > > > > Merci. > > > > bastien > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re : pb classes
by chirine HUSSEIN April 28, 2010

April 28, 2010

Bonjour, j'ai trouvé le même problème, maisapparemenet c'était liée à la base de donnée, car quand j'ai reteléchargé la base de données de nouveaux e, ça marche normalement (sans des modification des classes). HUSSEIN Chirine Doctorante Biologie Ecologie Tropicale et Méditerranéenne UMR 5244 CNRS-EPHE-UPVD Université de Perpignan Via Domitia, 52 Avenue Paul Alduy 66860 Perpignan Cedex, FRANCE Bureau/Office: +33 (0)4 68 66 20 55. ________________________________ De : Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)noumea.ird.nc> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Envoyé le : Mer 28 avril 2010, 7 h 16 min 31 s Objet : [Isis-fish-users] pb classes Bonjour à tous… Je ne sais pas si quelqu’un a déjà eu ce genre de problème ; la même chose m’été arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été résolut avec un changement de version. Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les classes que j’ai créé la fois précédente sont modifiées… Par exemple : je créé 21 classes d’âge de 0 à 20, avec le dernier groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je quitte ISIS, puis quand j’ouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec les 30 classes d’âge suivantes : 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 !!!! Il y a donc des classes qui se dédoublent… pourquoi ça ??! Mais pas toutes !! et elle ne se suivent pas… !!! Serait-ce lié aux équations de croissance ? Je mets en PJ le Debug, il semble d’ailleurs y avoir d’autres erreurs… Merci. bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 Pafin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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pb classes
by Bastien Preuss April 28, 2010

April 28, 2010

Bonjour à tous Je ne sais pas si quelquun a déjà eu ce genre de problème ; la même chose mété arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été résolut avec un changement de version. Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les classes que jai créé la fois précédente sont modifiées Par exemple : je créé 21 classes dâge de 0 à 20, avec le dernier groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je quitte ISIS, puis quand jouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec les 30 classes dâge suivantes : 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 !!!! Il y a donc des classes qui se dédoublent pourquoi ça ??! Mais pas toutes !! et elle ne se suivent pas !!! Serait-ce lié aux équations de croissance ? Je mets en PJ le Debug, il semble dailleurs y avoir dautres erreurs Merci. bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster
by Eric Chatellier April 26, 2010

April 26, 2010

Le 22/04/2010 01:00, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > > Pour le moment je confirme qu'il nous est obligatoire de préciser la classe > du job. > Dans la modif de ISIS qui sera faite, est-il possible de rendre la classe du > job modifiable par l'utilisateur et non pas en dur? Afin de pouvoir la > renseigner en fonction des besoins? > J'ai ajouté une option dans la configuration d'Isis pour pouvoir personnaliser les options de la commande qsub. Il faut que je test un peu et je ferais sûrement la release lundi. > A bientôt. > > Bastien > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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