April 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

diminution de l'abondance toujours inexpliquée
by camille de la Vega 21 Apr '11

21 Apr '11

La simulation tourne bien pendant les 10 ans sur la base simplifiée croissance mais la diminution de l'effectif la première année ne devrait pas être là. Pourquoi l'abondance diminue comme ça à l'année 0? Camille

3 11

Re: [Isis-fish-users] diminution de l'abondance toujours inexpliquée
by Bastien Preuss 20 Apr '11

20 Apr '11

OK, super. Merci Eric. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mercredi 20 avril 2011 20:14 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] diminution de l'abondance toujours inexpliquée Le 20/04/2011 10:52, camille de la Vega a écrit : > Ba non j'ai pas d'émigration.... J'ai re vérifié : j'ai pas de mortalité > naturelle, pas de pêche, pas d'émigration. J'envois la base en copie si tu > veux regarder. Les changements d'effectifs s'expliquent par la matrice de changement de groupe (CA). 100000 * 0.0332281366164852 = 3322.8136616485203 On retrouve bien l'abondance pour mars 0. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

1 0

lenteur saisie zone
by Bastien Preuss 20 Apr '11

20 Apr '11

Bonjour, Je reviens sur un problème déjà évoqué il y a pas mal de temps: la lenteur du programme lors de la saisie des zones avec bcp de mailles. Je suis en train de modifier mes zones (qui ont bcp de mailles), et c’est très très long… Il me faut attendre plusieurs minutes après avoir cliqué sur une mailles ! Autant dire qu’il faut plusieurs heures pour modifier ou créer une zone avec bcp de mailles. Je me demande à quoi cela est-il dû, et s’il n’y a pas un moyen d’améliorer cela, en modifiant quelques paramètres de l’ordi ou autre par exemple? Dans le .bat, j’ai essayé d’augmenter la mémoire allouée à ISIS, mais ça n’a rien changé. J’ai aussi essayer de configurer les options Windows pour augmenter les performances de calcul, et ça n’a rien changé non plus. Pourtant mon ordi est plutôt puissant (i7 quad cœurs). S’il y a des astuces je suis preneur ! Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

1 solution
by camille de la Vega 19 Apr '11

19 Apr '11

Je suis désolée, j'ai envoyé un mail trop vite : J'ai rempli la matrice de distribution du recrutement avec des 0 et la simulation a marché. Et j'ai bien reçu la réponse sur mon adresse, ça a juste mis un peu de temps à arriver ! Camille

1 0

log info
by camille de la Vega 19 Apr '11

19 Apr '11

Re, Je n'ai pas reçu le mail de réponse sur mon adresse. Stephanie me l'a transmis. Pourtant je suis sur la liste ?! Le log info a marché. Et le M était bien égal à 0 partout. Je ne sais donc toujours pas d'où vient le problème. J'ai re testé la croissance sur une base encore plus simplifiée mais la simulation s'arrête au premier mois et je ne comprends pas pourquoi... Camille

1 0

abondance qui diminue alors qu'il n'y a pas de mortalité !
by camille de la Vega 19 Apr '11

19 Apr '11

Bonjour, Je suis nouvelle stagiaire à l'ifremer de Nantes et je teste pour la première fois la "isis fish users list" ! J'ai fais une simulation sans pêche avec une mortalité naturelle nulle pour tester la croissance seule, et mes effectifs diminuent quand même. J'ai donc essayer de faire apparaître le M dans SiMatrix en rajoutant un "log.debug" pour vérifier qu'il est bien à 0 mais il n'apparaît pas dans mon log de simulation. Qu'est ce qui pourrait faire diminuer l'abondance dans les scripts alors qu'il n'y a pas de mortalité naturelle, pas de pêche et pas d'émigration ou d'immigration ? Et pourquoi le M "debugué" n'apparaît pas ? Camille

2 1

Calibrations guidee par un plan d'analyse independent
by Jessica Andre 17 Apr '11

17 Apr '11

Bonjour, J'ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j'ai probablement besoin d'un nombre plus important de simulations et d'essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu'on a ici (enfin « super », c'est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf...) pour qu'il puisse simultanément lancer mes calibrations. Du point de vue pratique, je m'y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d'analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d'analyse de calibration j'appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en -R mais pas en java... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

3 4

Re: [Isis-fish-users] Simulatreur Effort by Cell
by Bastien Preuss 14 Apr '11

14 Apr '11

Ok, merci Stéphanie pour cette confirmation. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : jeudi 14 avril 2011 21:01 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Simulatreur Effort by Cell Salut Bastien, oui c'est la seule difference. L'effort genere des captures en n'accedant qu'a la proportion de biomasse de la zone pop présente sur la zone effort MAIS toute la biomasse de la zone pop à la fin du pas de temps est impactee puisque la biomasse est calculee à l'echelle de toute la zone pop. Les hypotheses sous-jacentes sont essentiellement liées au comportement biologique : DefaultSimulator : la population se promène suffisamment à l'intérieur de la zone pop pour que l'on considère que toute la population passera dans le mois dans la zone d'effort. SimulatorByCell : la population est un peu plus sédentaire donc seule la partie de la pop présente dans la zone d'effort sera impactee mais à la fin du pas de temps il y a un rebrassage de toute la pop à l'echelle de la zone pop puisque l'effectif de la population sera égal à l'effectif au pas de temps precedent moins les captures dans l'intersection. Ce qui signifie que si on veut decrire un phenomene de depletion locale liée à une population completement sedentaire, il faut creer separer la zone pop en deux ( Z1 = la zone d'intersection entre la zone d'effort et la zone pop et Z2 = zone pop restante) et utiliser DefaultSimulator. a+ stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Je prévois dutiliser le simulateur effort by cell, mais je voulais > savoir si la seule différence avec le DefaultSimulator était > leffectif auquel sapplique leffort de pêche ? > > Merci. > > Bastien > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

1 0

Simulatreur Effort by Cell
by Bastien Preuss 14 Apr '11

14 Apr '11

Bonjour, Je prévois dutiliser le simulateur effort by cell, mais je voulais savoir si la seule différence avec le DefaultSimulator était leffectif auquel sapplique leffort de pêche ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

nombre de cellules d'une zone
by Bastien Preuss 13 Apr '11

13 Apr '11

Bonjour, Est-il possible de récupérer le nombre de cellules (=mailles) dune zone donnée ? A partir des méthodes de Zone, jai essayé avec sizeCell(), mais sans succès. Mais peut être que je ne lutilise pas correctement Sil est possible de faire cela, merci de votre aide ! Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1