April 2022 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Choisir une date pour la réunion annuelle des utilisateurs ISIS
by Stephanie MAHEVAS 14 Jun '22

14 Jun '22

Bonjour à tous suite aux échanges de ce matin pendant la formation Java pour ISIS, voici un evento pour organiser une journée utilisateurs ISIS première quinzaine de juillet. Je vous remercie de le remplir avant mercredi prochain (4 mai). https://evento.renater.fr/survey/reunion-annuelle-des-utilisateurs-isis-fis… Au programme de cette journée, une présentation de chaque application en cours (template à venir), un point sur les scripts communs pour faciliter la paramétrisation et la calibration, un point sur les outils pour développer son application (cahier électronique de paillasse, site web, stockage des bases), un temps de discussion. Si vous souhaitez que l'on aborde des points en particulier, vous pouvez les ajouter dans le programme provisoire https://drive.google.com/drive/folders/1wzvIoLMx8SE_c1BNxneQRzEMlgDYKyAj?us… Bonne journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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Formation Java ISIS-Fish les 28 -29 avril Nantes
by Stephanie MAHEVAS 27 Apr '22

27 Apr '22

Chers tous, je vous rappelle la tenue de la formation Java pour ISIS-Fish jeudi et vendredi prochain. Elle se déroulera dans la salle 1 du centre Ifremer de Nantes. Démarrage à 9h et fin... quand vous aurez tout compris ;) ! Pour faciliter l'organisation (passage à l'accueil pour les exterieurs et repas à prévoir), pouvez-vous remplir le sondage suivant <https://evento.renater.fr/survey/formation-java-isis-fish-nantes-28-29-avri…> https://evento.renater.fr/survey/formation-java-isis-fish-nantes-28-29-avri… *avant ce soir* (sic!) ? Merci Bonne journée -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) UMR DECOD Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Probleme export csv depuis l'interface résultats
by Charlotte Sève 13 Apr '22

13 Apr '22

Bonjour à tous, J'essaye d'exporter mes résultats de MatrixTotalFishingMortality en csv depuis l'interface résultats, et j'obtiens un message d'erreur qui me dit "*ISIS-Fish a détecté une erreur d'utilisation des scripts. Le dossier de compilation a été supprimé pour forcer leur recompilation. Merci de relancer ISIS-Fish.*" Après relance du logiciel, j'ai le même problème à nouveau. Est-ce que vous savez d'où cela peut venir ? Ci-dessous le rapport d'erreur et en p-j mon debug. *java.lang.NoSuchMethodError: 'java.io.File org.nuiton.util.FileUtil.getFile(java.lang.String[])' at org.nuiton.math.matrix.viewer.renderer.MatrixPanelRenderer.actionPerformed(MatrixPanelRenderer.java:135) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1967) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2308) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:405) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:279) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6614) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3342) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6379) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2263) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4990) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2321) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4822) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4919) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4548) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4489) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2307) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2769) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4822) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:772) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:721) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:715) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:391) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:85) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:95) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:745) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:743) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:391) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:85) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:742) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90)* Merci beaucoup et bonne journée, Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Re: [Isis-fish-users] Accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month
by Eric Chatellier 13 Apr '22

13 Apr '22

Le 13/04/2022 à 11:15, pablo vajas a écrit : > Bonjour, > > Excusez moi, j'ai du mal à formuler ma question. > > Dans le mail précédent, je vous ai mis un bout de code nous permettant de > récupérer la biomasse après le recrutement pour l'implémenter au pas de temps > suivant. > Par recrutement intput je pense que je parlais de cette fonction > "recruitmentInputs.get(0)". Nous, dans notre cas, nous avions besoin d'appeler > ce rectrutementInputs dans le pas de temps begin month. Ainsi une telle > fonctionne nous économiserait le détour que nous avons codé pour arriver à > cette fin. Ma question est de savoir s'il est possible de récupérer le > recrutement input begin month via une fonction, et/ou si une telle fonction > pourrait être implémentée s'il vous plaît. J'ai mis du temps à comprendre ... 😁 Il me manquait le contexte. Vous êtes dans l'equation de recrutement et cette equation reçoit en parametre une map de RecruitmentInput par population. Sur ces RecruitmentInput, la biomass et l'abondance son disponibles. Effectivement, on pourrait rajouter d'autres choses, mais pour MatrixAbundanceBeginMonth, et MatrixBiomassBeginMonth je ne sais pas. Déjà, MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth ne sont pas calculés tout le temps, disponibles suivant les résultats sélectionnés. Les rajouter dans tous les cas pourrait avoir une incidence sur les temps de simulation par exemple. Ensuite, dans le simulateur: * le recrutement est calculé (via l'equation) * la mortallité naturelle s'applique * le recrutement est ajouté à la biomasse * enfin, MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth sont calculés Pour avoir MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth lors du recrutement, il faudrait changer l'ordre des calculs, et on n'aurait potentiellement pas les mêmes données ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month
by pablo vajas 13 Apr '22

13 Apr '22

Bonjour les Lutins, Nous avons une petite question pour vous, Nous avons codé dans la partie « recrutement » un modèle global tel que : *// Valeurs du modèle d'évaluation* *double* r = 0.18; *double* K = 6331; *//double biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass().sumAll(); // zone x group* String name = "MatrixBiomassBeginMonth"; TimeStep dat = *new* TimeStep (step.getStep() -12); MatrixND biomMat = context.getResultManager().getMatrix(dat,pop,name) .copy(); *double* biom = biomMat.sumAll(); *// attention il faut avoir sélectionné le résultat "beginmonth"* log.info("lavaleurbiomasse" + biom) ; *double* res=0; PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); res = (biom+(r*biom*(1-(biom/K))))/g0.getMeanWeight(); *// return un nombre d individus et pas une biomasse* *for*(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ result.setValue(g0,z,res); } *return* 0; Ici nous avons dû coder "MatrixBiomassBeginMonth" pour avoir accès à la biomasse après le recrutement. Serait-il possible d’avoir accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month s'il vous plait ? En quelque sorte de pouvoir invoquer un « recrutement_input_begin_month » Nous vous remercions, Cordialement, Pablo

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