December 2017 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Réunion annuelle Utilisateurs ISIS-Fish
by Stephanie MAHEVAS 08 Jan '18

08 Jan '18

Cher.e.s ISIS-Fish ien.ne.s La réunion annuelle des utilisateurs en présence des développeurs de Code Lutin aura lieu le 9 janvier 2018 en salle 3 à Nantes de 10h à 16h30. Merci de vous inscrire au doodle afin d'organiser au mieux les pauses et le déjeuner : https://doodle.com/poll/tfkgyaeirebfy6xn Au programme : un point sur les avancées, test des dernières nouveautés, bugs, discussion sur les applications en cours, développements à venir, site web ISIS-fish, financements 2018. A très vite Stéphanie Mahévas et Sigrid Lehuta -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '17

31 Dec '17

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] Aide demandÃ(c)e : Immigration / Emmigration
by Sigrid Lehuta 18 Dec '17

18 Dec '17

Merci c'est beaucoup plus clair aprésent. Cela a finalement fonctionné avec le code ci dessous. Les difficultés concernaient : - l'appel d'un resultat non selectionné dans l'interface de resultats 8O - la chronologie (Abundance correspond à la fin du mois precedent la date appelée, utiliser abundanceBegin Month ou la date en cours), - le resultat à renvoyer par l'equation : un % de la population pour l'emmigration, un nombre d'individus pour l'immigration. Merci ! // Equation d'immigration TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; double newJuv = 0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); ab = ab.getSubMatrix(0,1,1); // ages 2 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") || zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv+= i.getValue(); } } } } if (group.getAge() == 2) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_spawning_UK")) { result = 0.44*newJuv; }else if(zoneName.equals("Sole_spawning_WestFR")) { result = 0.17*newJuv; } else if(zoneName.equals("Sole_spawning_EastFR")) { result = 0.39*newJuv; } return result; } else return 0; Le 14 décembre 2017 à 15:28, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > > > Question technique : > > quelles differences entre Manager, Storage et Monitor ? > > par exemple dans : > > > > MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy( > ); > > et > > MatrixND ab = > > context.getSimulationStorage().getResultStorage().getMatrix(date, p, > > name).copy(); > > Dans ce cas c'est ResultManager qu'il faut utiliser, même si en réalité, > lui appele le SimulationStorage().getResultStorage. > Le ResultManager permet de gerer les résultats pour la simulation, > d'ajouter du cache, d'avoir des accès plus simples. > > > et entre > > > > List<Population> pops = > > context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); > > et > > List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); > > Idem, ce sont les mêmes données, mais PopulationMonitor est une classe > utilitaire qui permet de gerer plusieurs choses pendant la simulation > (biomass, rejet...) > > Globalement, il faut utiliser Manager et Monitor. > Les storages, c'est techniquement lié au stockage et ça pourrait être > amené à évoluer dans les futures versions d'Isis. > -- > Éric Chatellier > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

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Aide demandée : Immigration / Emmigration
by Sigrid Lehuta 14 Dec '17

14 Dec '17

Bonjour, J'ai une population complexe nécessitant l'utilisation des matrices d'immigration et Emmigration que je n'ai jamais utilisées. Il s'agit de 3 populations qui s'échangent des juvéniles : En fonction de la zone ou se trouve un juvenile d'une pop lorsqu'il devient mature, il reste dans sa pop ou il rejoint une autre pop. Et ce pour mes 3 populations. Il s'agit donc de faire immigrer vers chaque pop un nombre de juvenile egal au nombre de juveniles des autres pops présents dans leur zone d'influence. Puis de faire emigrer de chaque pop, les juveniles n'étant pas dans la zone d influence de la pop. Question 1 : Je dois pouvoir récuperer les abondances d une autre pop ds ces equations depuis le context ? context.getSimulationStorage <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/simulator/SimulationCo…> ().getResultStorage().getMatrix <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/datastore/ResultStorag…> (TimeStep <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/TimeStep.html> step, Population <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/entities/Population.ht…> pop, ABUNDANCE) et les objets pop autres que la mienne context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); C'est ça ? Par contre ISIS réalise l'emmigration AVANT l'immigration. Donc je vais vider mes matrices N avant de recuperer les nombres de juveniles necessaires pour l immigration. Question 2) : J'envisage 3 solutions : 1) Changer le simulateur pour faire l'immigration avant l immigration. Grosses consequences ?? j imagine qu il y avait un raisonnement derriere cet ordre. 2) reccuperer dans le contexte la matrice N du pas de temps precedent qui n est pas modifiée et sur laquelle se sont appliqués les mortalités ? C'est possible ca ? 3) trouver un moyen de stoquer les nombres qqpart ??? un peu crade mais faisable ??? Qu'est ce qui vous parait le plus robuste et faisable ? Merci. Sigrid

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Equation de recrutement ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 14 Dec '17

14 Dec '17

Bonjour, Je souhaite utiliser une équation de recrutement seule pour décrire la distribution spatio-temporelle du recrutement pour plusieurs années. Le problème est multiple : -bien que l'équation de recrutement compile, ISIS-Fish ne l'utilise pas. Dans le debug, je retrouve une erreur fatale : 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2017-05-26 16:22:05,121 FATAL [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgo_2017-05-26-16-19] (PopulationImpl.java:863) getRecruitmentMatrix - Error in matrix recruitment creation 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: [recopie toute l'équation] -Malgré l'erreur fatale, ma simu ISIS tourne jusqu'à la fin. Le recrutement a donc dû être modélisé d'une certaine manière (très différente du contenu de l'équation), mais je ne vois pas comment. J'aurais préféré que la simu s'arrête dès que l'erreur est renvoyée. La région, la simu, le debug et l'équation de recrutement sont disponibles à ce lien pendant 3 semaines : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=e3846c36-45ae-898f-2045-684… . Pour ce debuggage, pas besoin des règles de gestion auxquelles je ferai appel plus tard. Bon week-end, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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