August 2013 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

out of Memory / vitesse de simulation
by Sigrid LEHUTA 17 Sep '13

17 Sep '13

salut, merci pour vos réponses concernant les différences de vitesse de simulation sur 2 ordis équivalents. Il se trouve en fait que je faisais tourner la même base mais pas les mêmes espèces et l'une d'elles (la sole) est bcp plus lente. Pourtant elle a seulement 5 zones pop contre 3 pour l autre espèce plus rapide... mystere. Le check de la pecherie ne révèle pas d erreur. j ai aussi eu, tjs pour la sole (pas de pb avec les autres sp), un plan d exp sequentiel stoppé a 15 simus pour "out of memory" (cf log ci dessous). je suis en 32 bits comme suggere par Benjamin et J'avais modifié les options pour utiliser BigMappedVector comme suggeré par Eric mais je ne suis pas sure que ca ait ete pris en compte étant donné le log: "at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46)". Je joints la base au cas ou l'un de vous voudrait s'y pencher. Merci d'avance de vos pistes d amélioration. at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedConstructorAccessor155.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 29 more INFO|20:29:08,788|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 6148.380 -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

3 6

report de bug
by Sigrid LEHUTA 22 Aug '13

22 Aug '13

desolee je ne retrouve plus comment on fait un report de bug sur le site (je n accède qu a la liste des demandes...) Le bug concerne l interface de lancement de simulation, J'ai des bases issues les unes des autres avec des especes semblables (mais pas les memes valeurs de param ou zones). Si apres lancement d une simu avec une de ces bases, je veux en lancer une autre avec une autre base, l interface ne se met pas a jour avec les paramètres de la nouvelle base elle conserve ceux de l ancienne... je dois ermer isis et le r'ouvrir pour avoir une interface vierge qui affiche les bons parametres quand je charge la nouvelle base. est ce corrigeable? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

2 1

simulation tres lentes
by Sigrid Lehuta 20 Aug '13

20 Aug '13

Hello je fais tourné isis (meme region meme plan d experience) sur 2 ordis recents equivalent (core i7,64 bits,8GoRAM) et l un est bcp plus lent que l'autre, mais "lent inquietant" genre 6 mois = 5min tandis que l'autre met 1 min /simu. Auriez vous des pistes sur ce que je dois regarder qui pose possiblement probleme? Merci

4 8

combiner des DBs?
by Sigrid Lehuta 12 Aug '13

12 Aug '13

Bonjour tout le monde, je me demandais s'il était possible de "combiner" des bases de données (régions) existantes par exemple en modifiant le fichier data.h2.db. par exemple: Loic et moi travaillons sur la meme region geographique. je veux que Loïc reccupère tous mes engins, métiers, stratégies et zones pêche avec les paramètres correspondants sans qu'il ait a tout entrer a la main dans l'interface, puis-je recopier une partie de mon fichier data.h2.db dans le sien? N'hesitez pas a demander si ca n'est pas clair. Merci d'avance. Sigrid

2 1

out of memory error
by Sigrid Lehuta 12 Aug '13

12 Aug '13

Bonjour, j ai un probleme de memoire quand je fais tourner les simus d un plan dependant. C'est tres lent d une part, et le plan s arrete a la 5eme simulation avec cette erreur (cf log joint.): ERROR|16:28:12,977|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.RuntimeException: Can't create vector at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:242) at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.<init>(BasicMatrix.java:80) at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.<init>(MatrixNDImpl.java:97) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.create(MatrixFactory.java:208) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.copy(AbstractMatrixND.java:166) at scripts.SiMatrix.aw $original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerCell$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:641) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw $original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 30 more INFO|16:28:13,008|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 5361.316 Voyez vous un pb specifique a ma base? peut on regler ce soucis de memoire? Merci

2 1