March 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] Mortalité naturelle
by Bastien Preuss 31 Mar '11

31 Mar '11

Hello, Sisi c'est clair! Pour l'affichage de l'effectif c'est bien ce que j'avais en tête mais je ne retrouvais plus où cela été indiqué (dans les FAQ donc!). Je trouve cela d'ailleurs étonnant car ça embrouille un peu pour savoir sur quel effectif s'applique les mortalités et même les repro, notamment à cause des migrations. Dans mon cas par exemple, si je regarde dans les résultats dans ma zone de repro j'ai 0 individus lors du premier mois (juillet) de reproduction (car ce qui est affiché est l'effectif de fin juin). Or quand j'affiche N.getValue() dans mon log j'ai bien un effectif qui est présent et auquel s'applique ma repro. Dans mes résultats, cet effectif se trouve en fait dans ma zone de vie (non repro) au mois de juillet. Donc, dans les résultats, ma repro s'applique à un effectif présenté comme en dehors de la zone de repro! On si perd un peu vu que j'ai plusieurs zones de vie et plusieurs zone de repro! Pourquoi ne pas afficher les effectifs à t+epsilon ? Pour revenir sur le nombre d'œufs et les recrus... en calculant moi-même ces valeurs je trouve la même chose pour le nombre d'œufs mais impossible de retomber sur le même nombre de recrue. Si je ne me trompe pas, la valeur affiché dans les résultats devrait correspondre au nb œufs auquel est appliqué la mortalité des recrues (<=> group = null) puis un mois de mortalité du groupe 0 (<=> group = 0). Je n'ai pas réussi à afficher dans le log les valeurs de naturelDeathRate appliquées aux recrues (j'ai essayé avec "pop.getNaturalDeathRate()" mais ça me sort uniquement le nom de la variable et non sa valeur. Comment puis-je faire? Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : jeudi 31 mars 2011 06:48 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Mortalité naturelle Hello, (je reprends du service) non pas de résultats correspondants. Si c est juste pour une verif tu peux faire afficher la valeur dans les logs en ajoutant un log.info dans l equation de repro. tu pourras ensuite verifier que ton nombre de recrus est bien egal a nb d oeufs *e-M. Mais ATTENTION et je crois que ca repond peut etre a ton autre question (migration) dans les resultats les abondances affiches correspondent a la fin du pas de temps précédent cad fin mai pour juin, fin juin pour juillet... c'est a dire à t et pas a t+epsilon apres les evenements de recrutement migration... http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c gi/v3/faq#Affichagedeseffectifsetbiomassesdanslafen.2BAOo-treder.2BAOk-sulta ts Du coup pareil tes recrus apparaitront surement le mois d apres et auront donc subis en plus de la mortalité jusqu au recrutement, un autre mois de mortalité de recru. C est peut etre pas tres clair :-\ A+ Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Je voudrais savoir s?il y a un moyen de connaitre le nombre d??ufs pondus > dans les simulations? > > Je n?ai pas vu cette valeur dans la liste des résultats ou des exports. > > > > De plus je voudrais m?assurer que la mortalité naturelle appliquée avant le > recrutement à ce nbr d??ufs pondus correspond bien à la ligne suivante de > l?équation de mortalité : > > « if (group == null) return 10.0; » > > > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Mortalité naturelle
by Bastien Preuss 30 Mar '11

30 Mar '11

Bonjour, Je voudrais savoir s’il y a un moyen de connaitre le nombre d’œufs pondus dans les simulations? Je n’ai pas vu cette valeur dans la liste des résultats ou des exports. De plus je voudrais m’assurer que la mortalité naturelle appliquée avant le recrutement à ce nbr d’œufs pondus correspond bien à la ligne suivante de l’équation de mortalité : « if (group == null) return 10.0; » Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] PB import région
by Bastien Preuss 30 Mar '11

30 Mar '11

En fait, j'avais changé le nom de ma région pour ne pas avoir ce soucis, mais il semble qu'en réalité le nom de la région ne change pas même s'il est modifié dans l'interface... Ce qui pose effectivement le problème d'avoir déjà une base du même nom. Est-ce normal? Deuxièmement je rencontre des erreurs avec la version 3.3.0.7 que je n'ai pas sur la version 3.3.0.6 avec la même Région: 1- Je ne peux pas modifier une saison. Quand j'en sélectionne une, tous les éléments restent en grisé, puis ensuite je ne peux même plus sélectionner une autre saison. 2- J'ai voulu annuler une modification dans les zones, et j'ai eu un message d'erreur à ce moment là. Je mets le debug en PJ. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 29 mars 2011 20:23 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] PB import région Le 29/03/2011 10:57, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour > > Jessaie dimporter ma région (qui est en v3.3.0.6) sur un nouvel ordinateur > qui est en v3.3.0.7, et ça ne marche pas. Pourtant, javais déjà fait cette > manip sans soucis il y a quelques semaines. > > Je lai importée en passant par un .zip > > Je mets le debug en pj. > > Cest un pb avec ACTIVRULE non null qui existe déjà mais ça ne me parle pas > bcp ;-) > Je pense qu'une base du même nom existe déjà dans le isisdatabase3. Essaye en la supprimant avant. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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migration
by Bastien Preuss 30 Mar '11

30 Mar '11

Bonjour, Jai une saison de reproduction de juillet à octobre mais pourtant les individus narrivent quen aout et sont toujours là en novembre (ils ont quitté la zone de reproduction seulement en décembre). Est-ce normal et due au moment où leffectif est décompté dans le mois ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] PB import région
by Bastien Preuss 29 Mar '11

29 Mar '11

Petit rectificatif, en fait j'obtiens aussi les mêmes erreurs avec la version 3.3.0.6, mais pas tout le temps. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Bastien Preuss Envoyé : mercredi 30 mars 2011 10:36 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] PB import région En fait, j'avais changé le nom de ma région pour ne pas avoir ce soucis, mais il semble qu'en réalité le nom de la région ne change pas même s'il est modifié dans l'interface... Ce qui pose effectivement le problème d'avoir déjà une base du même nom. Est-ce normal? Deuxièmement je rencontre des erreurs avec la version 3.3.0.7 que je n'ai pas sur la version 3.3.0.6 avec la même Région: 1- Je ne peux pas modifier une saison. Quand j'en sélectionne une, tous les éléments restent en grisé, puis ensuite je ne peux même plus sélectionner une autre saison. 2- J'ai voulu annuler une modification dans les zones, et j'ai eu un message d'erreur à ce moment là. Je mets le debug en PJ. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 29 mars 2011 20:23 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] PB import région Le 29/03/2011 10:57, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour > > Jessaie dimporter ma région (qui est en v3.3.0.6) sur un nouvel ordinateur > qui est en v3.3.0.7, et ça ne marche pas. Pourtant, javais déjà fait cette > manip sans soucis il y a quelques semaines. > > Je lai importée en passant par un .zip > > Je mets le debug en pj. > > Cest un pb avec ACTIVRULE non null qui existe déjà mais ça ne me > parle pas > bcp ;-) > Je pense qu'une base du même nom existe déjà dans le isisdatabase3. Essaye en la supprimant avant. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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PB import région
by Bastien Preuss 29 Mar '11

29 Mar '11

Bonjour Jessaie dimporter ma région (qui est en v3.3.0.6) sur un nouvel ordinateur qui est en v3.3.0.7, et ça ne marche pas. Pourtant, javais déjà fait cette manip sans soucis il y a quelques semaines. Je lai importée en passant par un .zip Je mets le debug en pj. Cest un pb avec ACTIVRULE non null qui existe déjà mais ça ne me parle pas bcp ;-) Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Definition du recrutement dans l'equation de reproduction
by Jessica Andre 28 Mar '11

28 Mar '11

Bonjour, Toujours sur le thème du manque de relation stock-recrutement pour mes espèces : Comment-est-ce-que je peux introduire depuis la formule de reproduction un code qui me permet d'obtenir a quel pas de temps on est dans la simulation ? Comme ca je peux dire a ISIS, si on est dans la première année de simulation, le recrutement est tant ; dans la deuxième, c'est tant, etc... Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test
by Bastien Preuss 25 Mar '11

25 Mar '11

Salut Jessica, Dans la calib l'import du fichier se fait comme cela (je mets 2 exemples): protected File exportHistoric = new File("C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/Historic. csv"); public String param_nomfichier_debarquementsBecFilet = "C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsBecFil et.csv"; Mais je ne sais pas si on peux le faire directement dans l'équation de repro...? Si tes matrices de repro sont toutes petites (comme tu avais l'air de le dire), ne peux tu pas rentrer les valeurs à la mains dans le script d'équation de repro? Bon courage. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : vendredi 25 mars 2011 08:15 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Ah OK.... Bon, java et moi on est pas encore copain mais je perds pas espoir.... J'avais en tête la même idée que Bastien (importer un fichier .csv avec les recrutement pour chaque année) mais je sais pas trop où/comment l'importer. Parce qu'avec une équation de repro nulle, la population fait pas long feu... Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Friday, 25 March 2011 7:09 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Pour cette histoire de reproduction inconnu, n'y a-t-il pas la possibilité pour Jessica de mettre à la place de l'équation une ligne de commande pour lire un fichier .csv comme lors de la calibration par exemple? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : jeudi 24 mars 2011 19:41 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Le 24/03/2011 00:58, Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > Merci pour les précisions. Je n'avais effectivement pas donne d'engin pour non metier "inactivité". > Donc j'ai relance la simu après avoir rajouté un engin et j'obtiens: > > ERROR|10:25:13,105|InProcessSimulatorLauncher.java|434|localSimulateSameThre ad|Error during simulation > java.lang.NullPointerException > at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixFishingMortality$_AW_$scripts_SiMatr ix(SiMatrix.java:578) > > donc ligne 578 du SiMatrix: > double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group); > Il n'y aurait pas de Target factor pour un des métiers, ou plutôt pas de Target factor par groupe. J'ai vérifié et ils sont tous renseignés (j'ai mis return 0; pour les espèces non ciblées par un engin). Une suggestion?! En fait non. Une NullPointerException (une joie du java) signifie la plupart du temps que vous appeler une méthode sur un objet null. Donc, dans "infoMet.getTargetFactor(group)", seul infoMet peut être null. La ligne précedente qui défini infoMet est MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month); donc, un de vos metier n'a pas de saison portant sur le mois "month". > Une autre question concernant la reproduction. J'ai 4 espèces et aucune n'a de stock-recruitement relationship établie (donc pas d'équation de reproduction, ou plutôt elle retourne 0). Il va falloir que je renseigne ISIS sur le nombre de nouveau individus produit chaque mois. Je ne suis pas sure comment faire ca (script de pre-simu je suppose mais c'est la que ca se gâte...).En fouillant sur le web, j'ai trouve ce que je cherche (je crois): l'endroit ou est créée la matrice de reproduction > > http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/fr/ifremer/isisfis h/entities/PopulationSeasonInfoImpl.html#797 > > Il est spécifié ligne 793: > * Construit la matrice de reproduction. C'est un vecteur contenant le nombre d'individu créer par la reproduction. Le vecteur est structure en zone de reproduction.* > Donc il y aurait une matrice de reproduction par population, et c'est un vecteur. Comme je n'ai qu'une zone de reproduction par espèce (composée de 10 cellules par exemple), ce serait essentiellement un vecteur de 1x1 donc un chiffre par espèce?! > Si je veux appeler cette matrice (ou plutôt la remplir), qu'elle est son nom? Matrix ND ReproductionMatrix? Ou juste ReproductionMatrix? En lisant bien le code, cette matrice est construite par évaluation de l'équation de reproduction. Donc la seule façon de la remplir est de définir l'équation de reproduction. Voici à titre d'exemple, l'équation de la base GolfeDeGascogne : double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test
by Bastien Preuss 24 Mar '11

24 Mar '11

Pour cette histoire de reproduction inconnu, n'y a-t-il pas la possibilité pour Jessica de mettre à la place de l'équation une ligne de commande pour lire un fichier .csv comme lors de la calibration par exemple? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : jeudi 24 mars 2011 19:41 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Question sur une simulation test Le 24/03/2011 00:58, Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > Merci pour les précisions. Je n'avais effectivement pas donne d'engin pour non metier "inactivité". > Donc j'ai relance la simu après avoir rajouté un engin et j'obtiens: > > ERROR|10:25:13,105|InProcessSimulatorLauncher.java|434|localSimulateSameThre ad|Error during simulation > java.lang.NullPointerException > at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixFishingMortality$_AW_$scripts_SiMatr ix(SiMatrix.java:578) > > donc ligne 578 du SiMatrix: > double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group); > Il n'y aurait pas de Target factor pour un des métiers, ou plutôt pas de Target factor par groupe. J'ai vérifié et ils sont tous renseignés (j'ai mis return 0; pour les espèces non ciblées par un engin). Une suggestion?! En fait non. Une NullPointerException (une joie du java) signifie la plupart du temps que vous appeler une méthode sur un objet null. Donc, dans "infoMet.getTargetFactor(group)", seul infoMet peut être null. La ligne précedente qui défini infoMet est MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month); donc, un de vos metier n'a pas de saison portant sur le mois "month". > Une autre question concernant la reproduction. J'ai 4 espèces et aucune n'a de stock-recruitement relationship établie (donc pas d'équation de reproduction, ou plutôt elle retourne 0). Il va falloir que je renseigne ISIS sur le nombre de nouveau individus produit chaque mois. Je ne suis pas sure comment faire ca (script de pre-simu je suppose mais c'est la que ca se gâte...).En fouillant sur le web, j'ai trouve ce que je cherche (je crois): l'endroit ou est créée la matrice de reproduction > > http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/fr/ifremer/isisfis h/entities/PopulationSeasonInfoImpl.html#797 > > Il est spécifié ligne 793: > * Construit la matrice de reproduction. C'est un vecteur contenant le nombre d'individu créer par la reproduction. Le vecteur est structure en zone de reproduction.* > Donc il y aurait une matrice de reproduction par population, et c'est un vecteur. Comme je n'ai qu'une zone de reproduction par espèce (composée de 10 cellules par exemple), ce serait essentiellement un vecteur de 1x1 donc un chiffre par espèce?! > Si je veux appeler cette matrice (ou plutôt la remplir), qu'elle est son nom? Matrix ND ReproductionMatrix? Ou juste ReproductionMatrix? En lisant bien le code, cette matrice est construite par évaluation de l'équation de reproduction. Donc la seule façon de la remplir est de définir l'équation de reproduction. Voici à titre d'exemple, l'équation de la base GolfeDeGascogne : double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Question sur une simulation test
by Jessica Andre 24 Mar '11

24 Mar '11

Bonjour, Je viens de finir de paramétré ma pêcherie dans ISIS. Je n'ai pas encore calibré pour q, je voulais juste voir si ca tourne « a blanc », juste en simulant pour une de mes populations (q=1 partout pour le fun) et sans règles de gestion. Et ca ne tourne pas... Si je regarde les premières ligne du log de la simulation (Log_simugar_fail.txt) : java.lang.NullPointerException at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$stdEffortPerHour$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:1191) at scripts.SiMatrix_1__81536693_1886140710___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) .... Donc si je comprends bien, ISIS n'arrive pas a obtenir le Gear Standardisation Factor (qui est pourtant renseigné) a la ligne 1191 du Si Matrix pour calculer le stdEffortPerHour?! Que veut dire la seconde ligne et a quoi correspondent la série de chiffre ?! J'ai aussi attache le debug, au cas ou. Merci ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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