December 2005 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[ isis-fish-Bugs-454 ] Simulation echouee - erreur fonction de repro?
by noreply＠labs.libre-entreprise.org 24 Feb '06

24 Feb '06

Bugs item #454, was opened at 23/05/2005 15:02 You can respond by visiting: http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?func=detail&atid=113&aid=454&grou… Category: Interface Simulation Group: ver-2-0 Status: Open Resolution: None Priority: 5 Submitted By: Stéphanie Mahévas (smahevas) Assigned to: Benjamin POUSSIN (bpoussin) Summary: Simulation echouee - erreur fonction de repro? Initial Comment: LAncement simu avec ISIS V2.0.4 Base : golfedeGascogne simulation avec une seule strategie et une seule pop sur 1 an (str=NephropsLargeGuilvinec, pop = Nephrops) erreur.txt : 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.IsisDBManager est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.xml.XMLEncoderDecoder est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.CapturabiliteFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.ClassePopulationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.MappingZoneReproZoneRecruFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.EmigrationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.EnginFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.EspecesCapturablesFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.FlotilleFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.FormuleFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.ImmigrationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.InfoSaisonMetierFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.InfoSaisonPopFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.MailleFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.MetaPopulationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.MetierFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.MigrationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.PopulationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.PropChangeFloFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.RegionFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.RegleGestionFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.SecteurFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.MetaSecteurFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.SecteurSimpleFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.SelectiviteFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.SimulationFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.ScriptObjectFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.ScriptMethodFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.EffortDescriptionFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.PortFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.SetOfVesselsFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.TripTypeFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.VesselTypeFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.StrategyFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.StrategyMonthInfoFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.PropStrMetFactory est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.simulation.SimulationControlLocal est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.nodb.Date est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:04 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.simulation.GravityModelOptimisation est inconnu par wrap. o:[object Object] i:0 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.nodb.SimulationParameter est inconnu par wrap. Dans Simul.simul pops: [nephrops] Ns:[ matrix2D [ 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7, 0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,5.98E7,0.0,5.98E7,5.98E7,5.98E7,]] YearNumber:1 deb de simuler 2 dans SimulateurES.initRegle fin SimulateurES.initRegle la date:0 CALCULMOIS pop= nephrops 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.db.PopulationObject est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.IsisDBManager est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class org.codelutin.math.matrix.MatrixNDImpl est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class fr.ifremer.nodb.Mois est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class java.util.Collections$UnmodifiableRandomAccessList est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class org.codelutin.math.equation.ECMAScript est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class org.codelutin.math.matrix.MatrixNDImpl est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class java.util.Collections$UnmodifiableRandomAccessList est inconnu par wrap. 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global wrap INFO: class java.util.ArrayList est inconnu par wrap. FESI.Exceptions.EcmaScriptException: Runtime error Access error invoking java method size: Class FESI.Data.ESWrapper can not access a member of class java.util.Collections$UnmodifiableCollection with modifiers "public" detected at line 5 in string starting with: 'var compt=0;'... 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.math.equation.ECMAScript calcul GRAVE: ECMAScript.calcul: Erreur lors de l'evaluation du code: var compt=0; for(var z=1; z<=zoneRepro.size();z++){ compt=0; for(var c=1;c<=classes.size();c++){ var cf=classe.get(c).getCoefficientFecondite(); compt+=N.getValue(c,z)*cf; } result.set(z,compt*prepro); } 0; 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.math.equation.EquationBase calcul GRAVE: EquationBase.Calcul: 23 mai 2005 14:14:05 fr.ifremer.db.InfoSaisonPopObject getMatriceReproduction GRAVE: Erreur lors de la creation de la matrice de reproduction: 23 mai 2005 14:14:05 org.codelutin.ecmascript.Global call GRAVE: Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul 23 mai 2005 14:14:05 fr.ifremer.SimulationThread run ATTENTION: La simulation a échoué fr.ifremer.simulator.SimulationException: Erreur durant la creation de la simualtion resultat. at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:308) at fr.ifremer.SimulationThread.runLocalSimulation(SimulationThread.java:292) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulation(SimulationThread.java:381) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulationAndExport(SimulationThread.java:413) at fr.ifremer.SimulationThread.run(SimulationThread.java:263) Caused by: org.codelutin.ecmascript.ECMAScriptException: Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:189) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:349) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:222) ... 4 more Caused by: FESI.Exceptions.EcmaScriptException: Runtime error Error in java method calculMois Caused by exception: Erreur lors de la creation de la matrice de reproduction: org.codelutin.dbobject.DBObjectException: Erreur lors de la creation de la matrice de reproduction: at fr.ifremer.db.InfoSaisonPopObject.getMatriceReproduction(InfoSaisonPopObject.java:754) at fr.ifremer.simulation.Simulateur2.calculSurPopulation(Simulateur2.java:165) at fr.ifremer.simulation.Simulateur2.calculMois(Simulateur2.java:207) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:908) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:387) at FESI.AST.ASTWhileStatement.jjtAccept(ASTWhileStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:518) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:515) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:179) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:349) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:222) at fr.ifremer.SimulationThread.runLocalSimulation(SimulationThread.java:292) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulation(SimulationThread.java:381) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulationAndExport(SimulationThread.java:413) at fr.ifremer.SimulationThread.run(SimulationThread.java:263) Caused by: org.codelutin.math.equation.FunctionException: Erreur dans l'evaluation at org.codelutin.math.equation.EquationBase.calcul(EquationBase.java:108) at fr.ifremer.db.InfoSaisonPopObject.getMatriceReproduction(InfoSaisonPopObject.java:720) ... 50 more Caused by: org.codelutin.math.equation.FunctionException: Erreur dans ECMAScript.calcul at org.codelutin.math.equation.ECMAScript.calcul(ECMAScript.java:76) at org.codelutin.math.equation.Variable.calcul(Variable.java:39) at org.codelutin.math.equation.EquationBase.calcul(EquationBase.java:104) ... 51 more Caused by: org.codelutin.ecmascript.ECMAScriptException: Erreur lors de l'evaluation du code: var compt=0; for(var z=1; z<=zoneRepro.size();z++){ compt=0; for(var c=1;c<=classes.size();c++){ var cf=classe.get(c).getCoefficientFecondite(); compt+=N.getValue(c,z)*cf; } result.set(z,compt*prepro); } 0; at org.codelutin.ecmascript.Global.evaluateString(Global.java:129) at org.codelutin.math.equation.ECMAScript.calcul(ECMAScript.java:71) ... 53 more Caused by: FESI.Exceptions.EcmaScriptException: Runtime error Access error invoking java method size: Class FESI.Data.ESWrapper can not access a member of class java.util.Collections$UnmodifiableCollection with modifiers "public" detected at line 5 in string starting with: 'var compt=0;'... at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:912) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:1022) at FESI.AST.ASTBinaryExpressionSequence.jjtAccept(ASTBinaryExpressionSequence.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:464) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:294) at FESI.AST.ASTProgram.jjtAccept(ASTProgram.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateProgram(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:128) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluate(Evaluator.java:843) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluate(Evaluator.java:935) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluate(Evaluator.java:1062) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluate(Evaluator.java:1033) at org.codelutin.ecmascript.Global.evaluateString(Global.java:124) ... 54 more detected at line 117 of function 'SimulateurES_simuler' in string starting with: 'function SimulateurES(){}'... called at line 24 of function 'Simul_simul' in string starting with: 'function Simul(){}'... at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:910) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:387) at FESI.AST.ASTWhileStatement.jjtAccept(ASTWhileStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:518) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:515) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:179) ... 6 more fin de simulation Mon May 23 14:14:06 CEST 2005: (Memoire libre/Memoire Total = 79705112/161820672) ---------------------------------------------------------------------- You can respond by visiting: http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?func=detail&atid=113&aid=454&grou…

6 12

Re: [ Utilisation de R dans les scripts]
by Benjamin POUSSIN 21 Dec '05

21 Dec '05

On Wed, 07 Dec 2005 12:06:39 +0100 Francois.Bastardie(a)ifremer.fr wrote: > Salut Benjamin, > > Je te remercie pour cette solution qui correspond à première vue tout à > fait à nos besoins pour l'interfaçage entre Isis et R. Cependant, on a > essayé d'installer Rserve sous Windows en suivant les consignes du site > web...et ça marche pas. Le problème c'est que il nous manque visiblement > un fichier Rserv.cfg pour lancer le serveur. As tu essayé de ton coté? > Travailles tu exclusivement sous linux? Est-ce que ça marche mieux avec > linux? Je n'utilise que Linux et ca fonctionne tres bien, j'ai meme fait fonctionné l'exemple que j'ai envoyer. > D'autre part, quand tu dis que la prochaine version de Isis integrera > les bibliothèque de Rserve, tu penses à la version 3.0.0? Sera t-il > toujours nécessaire d'installer Rserve indépendamment d'Isis? En clair > dois-je me préoccuper d'installer Rserve ou bien attendre que cela soit > intégré dans Isis (si c'est possible)? Il n'y aura que la librairie Java qui sera integrer a la prochaine release Isis (des la 2.0.25), ce qui permettra de ne pas s'embeter avec le classpath. Mais tu devras toujours installer rserve par toi meme sur R ps: par pitier pas de mail en prive pour des points techniques comme ceux la, plutot utiliser les listes de discussion devel ou user qui sont faites pour ca :(. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

3 12

GPL et Limite de garantie
by Benjamin POUSSIN 14 Dec '05

14 Dec '05

Bonjour, Voici ce que l'on peut trouver dans la licence GPL. Est-ce suffisant ? LIMITATION DE GARANTIE # Article 11. Parce que l'utilisation de ce Programme est libre et gratuite, aucune garantie n'est fournie, comme le permet la loi. Sauf mention écrite, les détenteurs du copyright et/ou les tiers fournissent le Programme en l'état, sans aucune sorte de garantie explicite ou implicite, y compris les garanties de commercialisation ou d'adaptation dans un but particulier. Vous assumez tous les risques quant à la qualité et aux effets du Programme. Si le Programme est défectueux, Vous assumez le coût de tous les services, corrections ou réparations nécessaires. # Article 12. Sauf lorsqu'explicitement prévu par la Loi ou accepté par écrit, ni le détenteur des droits, ni quiconque autorisé à modifier et/ou redistribuer le Programme comme il est permis ci-dessus ne pourra être tenu pour responsable de tout dommage direct, indirect, secondaire ou accessoire (pertes financières dues au manque à gagner, à l'interruption d'activités ou à la perte de données, etc., découlant de l'utilisation du Programme ou de l'impossibilité d'utiliser celui-ci). en anglais NO WARRANTY 11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU. SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION. 12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

1 0

installation 'Rserve'
by Francois.Bastardie＠ifremer.fr 08 Dec '05

08 Dec '05

Benjamin, L'installation de Rserve sous linux échoue avec notre configuration. Pourrais tu nous dire s'il te plait où notre installation ne serait pas en conformité avec ce qui est requis pour Rserve? Voilà les numeros de versions sur notre serveur et les messages d'erreurs que nous obtenons avec Olivier: Version de gcc : 3.4.2 20041017 (Red Hat 3.4.2-6.fc3) version de R : 2.2.0 Linux : Fedora Core 3 ------------------------------- Quand on demande à R d'installer le package ------------------------------- [root@nanny src]# R CMD INSTALL Rserve_0.3-17.tar.gz ... ... ... config.status: creating src/Makefile config.status: creating src/client/Makefile config.status: creating src/config.h ** libs gcc -g -O2 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib64 Rserv.c -o Rserve -DDAEMON -O -I/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/include -Iinclude -I. -lR -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/bin -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/lib -ldl -lcrypt Rserv.c: In function `storeSEXP': Rserv.c:418: attention : transtypage d'un pointeur vers un entier de taille différente /usr/bin/ld: ne peut trouver -lR collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution make: *** [Rserve] Erreur 1 ERROR: compilation failed for package 'Rserve' ------------------------------- Quand on décompresse le fichier et qu'on lance un make dans $R_HOME/bin/Rserve/src (après avoir fait un ./configure (qui s'est bien passé) dans le répertoire précédent. ------------------------------- [root@nanny src]# make cc Rserv.c -o Rserve -DDAEMON -O -I/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/include -Iinclude -I. -lR -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/bin -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/lib -ldl -lcrypt Rserv.c: In function `storeSEXP': Rserv.c:418: attention : transtypage d'un pointeur vers un entier de taille différente /usr/bin/ld: ne peut trouver -lR collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution make: *** [Rserve] Erreur 1

2 1

diagramme de classe pour la nouvelle version
by Benjamin POUSSIN 08 Dec '05

08 Dec '05

Bonjour, Voici le diagramme de classe, j'ai remis tous les objets qui existait avant et integre ceux qui doivent apparaitre. Je vous l'envoie pour critique et ajout. Il y a surement quelque cardinalite manquante. Ce qu'il faut surtout regarder ce sont les liens manquant et les attributs manquant. Il y a un melange d'anglais et de francais, car les anciennes classes sont toutes en francais, et les nouvelles ou les modification en anglais, il faudrait tout mettre en anglais, mais je prefere que vous me donniez vos traductions. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

2 2

calcul de catch rate per strategy met
by Hilaire DROUINEAU 05 Dec '05

05 Dec '05

alut Benjemin, Avec le script dont on a parlé vendredi, la matrice catchrateperStartegyMet est plus dans le cache, par contre on l'a toujours dans le resultatdbmanager, tu peux peut etre la récupérer comme ça. Par contre, les tests à faire pour vérifier qu'elle est encore valable risque d'être coton... Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

1 0

Utilisation de R dans les scripts
by Benjamin POUSSIN 02 Dec '05

02 Dec '05

Salut, Voici une facon simple d'utiliser R dans les scripts. La librairie R sera incluse dans la prochaine version d'isis. Donc pour l'instant il faut la telecharger tout seul :). Il faut deja installer RServe pour que l'on est un serveur R qui attende les demandes. Pour cela installer RServe en suivant les indications du site: http://stats.math.uni-augsburg.de/Rserve/index.shtml Cote R ====== Sous Linux il suffit d'avoir R d'installer de telecharger le fichier suivant: http://stats.math.uni-augsburg.de/Rserve/dist/Rserve_0.3-17.tar.gz de se mettre en root et de faire: R CMD INSTALL Rserve_0.3-17.tar.gz Ensuite pour lancer le server R: R CMD Rserve Puis pour le cote Java ====================== Telecharger le jar pour la partie java: http://stats.math.uni-augsburg.de/Rserve/dist/JRclient-RE817.jar et mettre ce jar dans le classpath sous windows: java -cp JRclient-RE817.jar;ifremer-simulation-all.jar fr.ifremer.IfremerSimulation sous linux java -cp JRclient-RE817.jar:ifremer-simulation-all.jar fr.ifremer.IfremerSimulation bien sur il faut peut-etre mettre le path pour atteindre les fichiers jar Voici un exemple en ecmascript. L'objet R peut-etre reutiliser plusieurs fois, et il conserve normalement son etat entre les appels. var R = new Packages.org.rosuda.JRclient.Rconnection(); var result = R.eval("R.version.string"); writeln("result: "+result); et le resultat obtenu: result: [STRING "R version 2.1.0, 2005-04-18"] -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

1 0

Suivi des problemes de traductions
by Benjamin POUSSIN 02 Dec '05

02 Dec '05

Salut, J'ai creer un traceur sur le site web isisfish pour permettre de suivre les problemes de traduction (ca pourrait permettre a des personnes n'ayant pas acces au fichier excel de participer tout de meme a l'amelioration :). http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?atid=438&group_id=8&func=browse Pour l'instant j'ai creer 2 categories: Français English Pour les problemes de traduction dans une des deux langues, il faudra plus tard ajouter les autres langues supportées. J'ai cree 2 groupes: ver-2-0 ver-3-0 Suivant si le probleme est dans la version 2 ou 3 d'isis. Voila, vous n'etes pas obligé de l'utiliser, je me suis juste dis que peut-etre ce serait plus simple qu'un fichier excel. Mais bon les gouts et les couleurs :) -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

1 0

fonction calculmois
by Hilaire DROUINEAU 02 Dec '05

02 Dec '05

Re Salut Benjamin Voici le fichier qu'on regardait tout à l'heure A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr ***************************************************************** // remplace: matriceCatchRatePerStrategyMet, // Abondances, // Biomasse, // matriceCatchRatePerStrategyMet, // matriceCatchPerStrategyMet, // matriceCatchWeightPerStrategyMet //corps de Calcul Mois //j'appelle AbondanceBis la matrices des abondances après recrutement, repro, migration changement de classe //Abondandance, la matrice à la fin du pas de temps //je code en ecmascript var iAbbis=Abondancesbis.iterateur(); //les matrice AbondancesBis, Abondance et Biomasses sont "rangées" pareil //on peut donc utiliser des itérateurs en "parrallèle (qui bougent en même temps iAbbis.next(); var iBiomasse=Biomasse.iterateur(); iBiomasse.next(); for (var iAb=Abondances.iterateur();iAb.next();){ var coordonnes=iAb.getSemanticsCoordinates(); var classe=coordonnes[0]; //a verfier var zone=coordonnes[1]; //a verfier //Calcul des FisgingMortality et TotalFishingMortality var TF=0; for (var istr=SiMatrice.getListeStrategies().iterator();istr.hasNext();){ var str=istr.next(); var ListeMetiers=str.getSetOfVessels().getMetiers(); //eventuellement si loopoverallmetie=true, faire ListeMetiers=SiMatrice.getListeMetiers() for (var imetier=ListeMetiers.iterator();imetier.hasNext();){ var metier=imetier.next(); var f=FishingMortality(date, str, metier, classe, zone); //Pas de changement matriceCatchRatePerStrategyMet.setValue(str, metier, classe, zone,f); TF+=f; } } //calcul de TotalCatchRate et SurvivalCatchRate var TotalCatchRate=(1-exp(-TF-classe.getMortaliteNaturelle()/12.0))*TF/(TF+classe.getMortaliteNaturelle()/12.0); var SurvivalRate=exp(-TF-classe.getMortaliteNaturelle()/12.0); //Calcul des abondances et biomasse à t+1 var n=SurvivalRate*iAbbis.getValue(); iAb.setValue(n); iBiomasse.setValue(n*classe.getPoidsMoyen()); //Calcul des CatchRatePerStrategyMet et CatchPerStrategyMet for (var istr=SiMatrice.getListeStrategies().iterator();istr.hasNext();){ var str=istr.next(); var ListeMetiers=str.getSetOfVessels().getMetiers(); //éventuellement si loopoverallmetie=true, faire ListeMetiers=SiMatrice.getListeMetiers() for (var imetier=ListeMetiers.iterator();imetier.hasNext();){ var metier=imetier.next(); var cr=matriceCatchRatePerStrategyMet.getValue(str,metier,classe,zone)/TF*TotalCatchRate;//dans matriceCatchRatePerStrategyMet on a déjà les fishingMortality matriceCatchRatePerStrategyMet.setValue(str,metier,classe,zone,cr); matriceCatchPerStrategyMet.setValue(str,metier,classe,zone, cr*iAbbis.getValue()); matriceCatchWeightPerStrategyMet.setValue(str,metier,classe,zone, cr*iAbbis.getValue()*classe.getPoidsMoyen()); } } iAbbis.next(); iBiomasse.next(); }

1 0